两套方案：一、由琅琊王司马德文担任司徒（反正司徒已经退化为荣誉衔，让皇族担任无碍），由中领军谢混接替王谧其他的职务；二、仍是司马德文任司徒，谢混录尚书，扬州刺史则授予刘裕，不过刘裕可以坐镇京口遥领，好发挥强项，为国家捍卫北疆，不用入京，扬州刺史的对内职责由孟昶代理。提出两套方案后，刘毅等人也显得非常谦逊，不敢擅自决定，派尚书右丞皮沈携带方案，前往京口请刘裕选择。
从表面上看，两套方案都可谓合情合理，谢混论门第，论声望都最合适接替王谧，而且两条建议似乎都没刘毅自己什么事，他摆出的是一付一心为公的高风亮节。但在实际上，不管刘裕选择方案一还是方案二，刘毅都是包赚不赔的：刘裕的势力都将被悄悄地从中央挤出去，换上他的盟友。
不过，刘毅的计划尽管很高明，他还是疏忽了一件事：这个世界上的聪明人，并不只有他刘毅一个。
义熙四年（公元408年）正月，皮沈到达京口，他首先见到的人，是刘裕的记室录事参军刘穆之。皮沈向刘穆之传达了廷议的结果，刘穆之听罢，假装要上厕所，请皮沈稍待。一到厕所，刘穆之悄悄写下一纸便条：“皮沈来了，他说的话千万不可以同意！”，然后遣人送给刘裕。过了一会儿，刘裕出来接见皮沈，不谈正事，尽打哈哈，一番你好我好天气好的客套之后，就打发皮尚书去馆驿休息。然后再召刘穆之前来询问商议此事：“你说皮沈的话不能听，是什么意思？”
刘穆之先向刘裕分析了此时的政局，预测时势的变化：“晋朝失政，非止一天，再加上桓玄篡夺，天命已移。以公今天的功勋、声望、地位，怎么还可能谦让处下，只做一个守边将领？刘毅、孟昶这些人，与你都是布衣起事，共建大义，同为谋求富贵。只是举事之时有先后，为求成功故推你为首，但在心中他们始终视你为同僚而不是上司，并不会对你心服口服，效忠于你。既然本非君臣，力量权势又相当，将来怎么可能不反目成仇，相互吞噬？（所以不可不早做准备）”把政治温情默默的面纱一把扯下，露出**裸的利益，而且一语中的，刘穆之确是个明白人。
接着，刘穆之提出对现实的问题的处理意见：“扬州是国家的根本重地，不可以假手于人，原先推让王谧，不过是一时的权宜之计。如今如果再让出去，又没有第二个王谧可用，一旦在中央失去权柄，就将处处受制于人。以朝廷上下对你猜疑和畏惧，各种各样的诽谤和谣言必然交相而至，将来的灾祸难以估量！怎么可以不深思熟虑？只是他们已经抢先拿出了朝议结果，如果一定说要自己来干，不但不好措词，也得罪了全体朝臣，不是好办法。所以公不妨这样答复他们：因为这件事关系重大，不能草率决定，我将亲往建康与大家细细商议。只要公到了京城，他们绝对不敢越过你，将这些职务另授他人！”
刘裕听罢刘穆之这番高论，大悦，决定依计而行，起程赴建康。果然，几天后，建康又出台了新朝议结果，除了司马德文仍任司徒外，完全推翻了刘毅原先的提议，任命刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，驻京辅政，并仍兼徐、兖二州刺史。之后，刘裕推荐诸葛长民任青州刺史，镇丹徒（也就相当于镇京口），自己的弟弟刘道怜任并州刺史（空衔，晋朝已无并州），镇守建康郊外石头城。至此，刘裕牢牢控制了中央，在与刘毅这位老战友的明争暗斗中，又胜了一个回合。
殷、桓谋反案上
刘裕从后台京口走到了前台建康，省去了那套遥控设施，执政更便利了。这一方面更强化了刘裕的权力，但在另一方面，因他出身低微，不符合当时习惯中摄政大臣的条件，也招致更多士族豪门和反桓战友们的不满，逐渐在晋朝内部形成了松散、但却广泛的反刘裕集团。
在历史上，要摆平内部反对派一般有两种办法。
一是进行政治大清洗，刀光闪过，人头滚滚，看谁还敢多说话？成功的例子如斯大林发动的肃反运动。不过这种疗法，虽然直指病根，但往往副作用太大，自打自受伤，如果条件不够成熟，甚至不排除有阴沟里翻船的可能性；
二是化内部矛盾为对外动力，通过对外胜利赢得威望，来压制内部反对派。这种办法的缺点是难度较大，属于那种没有金钢钻，就揽不了的瓷器活，不是高手就别想了，纵是高手都可能搞砸。所以当年桓温尽管多次使用这一招，仍一不小心就闪了手，而桓玄则一直不敢用。另外，此法虽有显著疗效，但终究治标不治本，仍不能从根本上斩断病根。
刘裕最后的选择，是两者兼而用之：不管放疗化疗都是疗，白猫黑猫都是猫，十八般兵器全用上，彼此优势互补，消灭火力盲区，终将一切反对派铲除干净！
不过，虽然是两手抓，而且两手都要硬，毕竟也得有个先后顺序。这是很好理解的，在同一时间段内，只用一个拳头打人，才能力道十足。刘裕采取的步骤是两手交替进行，相互促进：一、先铲除那些实力弱，根基浅的内部异已分子，先杀几只鸡吓吓猴子；二、再出兵通过对外的胜利扩大声望，加强权势；三、利用加强的权势，更容易地进行政治清洗，清除那些实力雄厚顽固猴子；四、通过清除异己，整合内部，去赢取更大的对外胜利；五、用更大胜利带来的更大声望，去攀登最后的顶峰……
刘裕计划定好了，现在的问题是：谁是第一只倒霉的鸡？
在讲述杀鸡过程之前，让我们先看看，一只符合吓猴子标准的鸡，应该具备什么特征。
首先，他必须是一只鸡，没有强力后台，没有军方背景，没有盘根错结的关系网，宰了也不会触犯野生动物保护法，不会对国家实力产生不利影响；
其次，他应该是一只名鸡，不能是默默无闻的小鸡雏，应该拥有相当的名望，使得宰他既能让猴子们感受到杀鸡刀的锋利，今后变老实一点，又不至于因过份震惊而猴急跳墙。
经过这样一番检索排查，一位老熟人就光荣上榜了，他便是曾做过楚朝侍中的现任东阳（今浙江金华）太守殷仲文。
殷仲文同志是一位财迷。当年他作为桓玄的亲信，在担任楚朝高级领导期间，聚敛了大量的金银钱财和珍宝古玩，他将这些东西全藏在了自家的地窖里。后来殷大人跟随桓玄从建康出逃，因太走得过仓促，这些东西没来得及带走。等他反正归晋，回建康旧宅一看，惨也，全都不翼而飞！那是多大的打击啊，从无所不有，到一无所有，这种痛苦远远超过了从来没有！但坚强的殷大人没有因此一蹶不振，他化悲痛为欲望，竭力跑官，想至少弄个国务院副总理一级的职务，捞点儿外快，好补贴一下消瘦的腰包。
跑官的要诀在于讨好实权人物，现在晋朝的头号实权人物当然是刘裕，所以殷仲文一开始就把工作重点放在刘裕身上。早在义熙元年（公元405年）三月，回建康还不久的殷仲文便向刘裕提出一个讨好的建议：朝廷的皇家乐队设施配备不全，希望以刘裕的名义重建。这个建议今天听起来平淡无奇，但中国古代对音乐的看法与今人大相径庭，如《汉书》在追述音乐的形成时，就认为音乐是由古圣人制作，用来教化万民的，非常的主旋律。因为音乐如此神圣，所以“礼乐征伐自天子出”，不是一般人有资格创作的，而且《左传》又曰：“治定功成，礼乐乃兴”，故礼乐兴也是为政有道，天下太平的象征。因此，殷仲文此时提出由刘裕来重建朝廷雅乐，是一种高水平的拍马术，其暗含的深意，只可意会，不可言传。
谁知秀才遇上兵，有理说不清，这一拍竟碰到了马腿上。也不知是刘裕的文化修养不够高，还是他对殷仲文此人就没什么好印象，竟然对此建议一口否决：“现在哪有多余的时间做这种事？而且我也不懂音乐！”见大鱼不上钩，殷仲文只好继续将他往道上引：“只要你对它有兴趣，自然就会懂了。”可刘裕接下来的回答彻底打消了殷大人的献媚计划：“正因为了解它就会喜欢它，喜欢它就会耽误正事，所以我绝不去碰它！”
对刘裕的攻略彻底失败，殷仲文只好退而求其次，前去结交刘毅。这次他干得不坏，很快便与刘毅结成密友，只可惜刘毅的**毕竟没有刘裕的粗，虽有这层关系，他也未能得到提拔重用，反而从中央被外放为东阳太守。灰心失望也好，愤愤不平也罢，中央人事部的决定总得执行，临行之时，殷仲文到刘毅的府第游宴盘桓了好几天，至于他们在这几天内，究竟谈了什么，外人就不清楚了。越是不清楚的事，越容易让人产生想像空间，殷仲文的这些举动，都让刘裕看在了眼中，进一步加深了对他的厌恶和防备。
殷、桓谋反案下
当时何无忌正担任都督豫州及扬州五郡诸军事，正好是新任东阳太守殷仲文的顶头上司，他听说殷仲文要来任职，非常高兴。之所以高兴，是因为何无忌是殷仲文的粉丝。何无忌是个业余的文学爱好者（所以当初撰写檄文的事由他来干），而殷仲文除了会拍马和贪污外，还是当时有名大笔杆子，后来南朝的著名文学家谢灵运曾评价说：“若殷仲文读书半袁豹，则文才不减班固。”
这样的文坛巨匠，自然是文学青年何无忌的仰慕对象，于是何无忌热情地邀请殷仲前来自己府上作客。殷仲文此时心情正失落，便有口无心地答应顺道拜访，何无忌闻之大喜，让人打听殷仲文的行程，在家殷勤准备。谁知殷仲文因为精神恍惚，说过之后就把这事给忘了，虽经过何无忌的驻地，却没有前往拜见，穿城而过。再说何无忌带着崇敬的心情，眼巴巴地等着偶像，这位偶像却对他视若无物，随意晾在一边就自己跑路了，他不由得大怒：怎么说我也是�