疑他们的大言壮语，感到他们十分乐意让他置身于危险之中。另一方面，他心怀感激地投向任何一个军阀的怀抱，只要他看起来能保他和皇室的平安，唯一使他恼怒的，是这种保护常常强加给他种种限制。
这时，湖广最跋扈的镇将刘承胤说服皇帝于5月19日把朝廷从全州迁到湖广西南部他的驻地武冈。这样一来，皇帝不是去监督湖广的各镇将，而成了他们之中最受人憎恨的一个镇将的人质。在武冈，刘承胤和他的亲信大权在握，不可一世，用强硬手段把皇帝和他们所反对的大臣隔开。
整个1647年，清军在湖广的进展慢于广东。首先，为了与他们自己的宣传相一致，他们把进攻李自成残部列为首要任务，而李自成残部在何腾蛟的同意下，已经从洞庭湖向西和西北方向转移。其次，为了稳固武昌的后方，他们费了很大的气力平定义军和其他不顺从分子，这些人控制了湖广东北部的许多堡砦。因此，尽管北京在1646年9月就已宣布出征湖广南部，但孔有德直到1647年3月才占领长沙。尽管何腾蛟对清军这次进攻组织的抵抗十分无力，孔有德仍然感到情况令人沮丧。他没有立即打听出永历皇帝的下落，他的军队直到9月中旬才向武冈进发。
在武冈外围进行了几天保卫战后，刘承胤在9月23日准备投降，允许永历皇帝及皇室逃跑。带着少数互不团结的随行人员，主要在锦衣卫指挥使马吉翔的帮助下，永历皇帝一路历尽艰险，绕道逃回广西。1647年，许多留在广西的大臣加入暂时留在象州的皇帝一行。
由于广东中部的抵抗增强，所有的清军均已撤出广西。但到秋末，李成栋镇压了“三忠”，并于12月再次占领梧州，从而使肇庆的朝廷可能受到攻击。于是决定，皇室中的妇女应转移到相对安全的南宁，而皇帝则听从瞿式耜和其他人的劝谏返回桂林，他于12月30日到达那儿。
本来希望皇帝莅临桂林能促进几支湖广军队之间的合作，他们是在孔有德的推进面前退下来的，现在正忧心忡忡地挤在广西东北一隅。不幸的是，皇帝的到来只引来郝永忠的特殊请求，①他对其他将领的战斗能力没有信心。为了给继续撤退找一个合法的借口，他企图说服皇帝在他的护送下深入广西内地。在瞿式耜的坚持下，皇帝留了下来。但在1648年3月14日，郝永忠带着他的军队退到桂林，引起极大的混乱，并扬言清军骑兵已在附近。结果，瞿式耜被不守纪律的军队劫持，皇帝则在混乱中与郝永忠失散。后来，他向西南去南宁和他的家室团聚，瞿式耜设法回到桂林。尽管那座城市已被军队掠夺一空，但瞿式耜与何腾蛟仍能集合足够的军队打退清军在1648年4月14日对桂林的第三次进攻。
这时，发生了完全出乎永历政权预料的事，解救了这个危局。
金声桓和李成栋反正
金声桓自从1645年夏随左良玉军在九江投降阿济格，到1646年秋攻克赣州，他在清军平定江西的战事中是一个关键人物。金声桓在这个时期的副手和亲密同事是副总兵王得仁，原李自成部下一个将领。金声桓、王得仁与清当局的关系，表面看来不错，其实是互相猜疑的。
清廷不久就知道金声桓喜欢夸大他的功劳，而且只报喜不报忧；王得仁由于以屠杀和抢劫著名，也在及早清除之列。因此，清廷觉得金声桓不加掩饰的非分要求是难以容忍的放肆。金声桓作为一个“发号司令”的将领，从暂时掌管文武大权中尝到了甜头。但是，清廷没有正式任命他担当这样的职务，使他感到非常失望。他发现他们不仅不想让他插手民政，而且还降低他在军事上的地位，使他同这个省的其他投降将领没有区别。作为对他的让步，他最后被授予总兵，提督江西军务事，但是清廷派到江西来的两个上司——傲慢的巡抚和巡按使他恼怒。
因此，金声桓决定归顺明朝。但他迟迟不行动，要等到同江西的义军和湖广的永历朝廷作好秘密安排。但王得仁得知一个清廷官员已经控告他在平定江西时的恶劣行为。于是，在他自己队伍中的义军分子的怂恿下，他逼使金声桓摊牌。1648年2月20—21日，清廷的江西巡抚在南昌被执，巡按被杀。金声桓和王得仁打起明朝的旗号，派使者去找永历朝廷，报告他们反正的消息。
尽管金声桓的行动是出于个人动机，而且这个人也缺乏领袖的远见或才具，但他的反正产生了广泛的影响。不仅江西义军纷起，而且远在湖广西部和福建沿海的官员也重新归顺明朝。湖广北部结寨固守的抵抗者再度活跃起来，沿长江而下直到南京都有同情者攻击清军阵地。但在赣州这个要害地方，官员仍然忠于清廷。在讨论战略上的选择时，有人劝说金声桓趁清军不备，进攻南京。但在赣州和通往广东的关口仍受清军控制的情况下，金声桓担心他的后方不安全。他决定在进攻江南之前先攻下赣州。
但是，最重要的反应来自李成栋。他也是很久以来就对清廷没有慷慨报答他和他的部下而感到失望。（1648年6月，佟养甲被任命为两广总督，而李成栋只得到广东的一个较低的官职。）传说李成栋的反正不仅由于受了许多被他屠杀的义军的赤诚的感化，而且他最后决定归顺明朝是受了他的爱妾自刎的激发。②也许李成栋是一个天良未泯的人，我们只能猜测他心中想的是什么。最可靠的证据说明他的基本动机是，害怕金声桓和永历朝的将领在江西和湖广联合起来以后，他就陷于孤立，容易受到攻击。
总之，李成栋在1648年5月初同他最亲近的支持者商量好之后，胁迫佟养甲一起宣布归顺永历朝廷，也许曾威胁要杀掉佟养甲的八旗兵和所有采取满族生活方式的人。李成栋开始使用明两广总督的印信，又派人从梧州去南宁迎接永历皇帝还都肇庆。随后又送去一封书信，请求不要怀疑他是故设圈套。
但永历皇帝仍然没有赶紧返回广东。朝廷起初曾考虑瞿式耜所坚持的回桂林的意见，但后来又同意了李成栋的理由，即皇帝若不莅临，他既不能安定广东的民心，又不能保证该省的安全。由于金声桓和李成栋如此明显地扭转了朝廷的命运，人们感到皇帝应回到肇庆以表示鼓励。这样，皇帝一行终于在1648年9月下旬到达肇庆；他们在经历了一年的艰苦与屈辱之后，高兴地看到李成栋待他们十分丰厚。
在北方，这些事态发展震动了清廷。一支完全由旗兵组成的军队，在满族和蒙古将领的带领下，从北京直奔金声桓而来。此时金声桓和王得仁尚未攻下赣州，不得不匆忙撤退，回救南昌。他们刚来得及在清军于7月9日对南昌发动第一次预定的进攻之前重新进入该城。但到8月下旬，清军的这种进攻并不成功，于是准备围困这座城市，用饥饿迫使它屈服。
与此同时，清军从湖广南部的前沿阵地往后撤；在1648年一年中，何腾蛟和几个原来被困在广西东北部的将领，因此得以收复湖广南部许多地方。金声桓和王得仁曾向何腾蛟求救。但由于何腾蛟对所部将领并无多大实际控制权，不能从湖广东南部发动一次有效的陆地攻势进入江西西北部，因此援军一直没有到达南昌。南昌被围八个月之后，久已人相食，这时一些士兵秘密同意投降，清军得以在1649年3月1日攀登城墙入城。金声桓自尽，王得仁在战斗中被俘，并被处死。
同一天，在湖广中部，何腾蛟在湘潭被俘。六天后他在长沙被杀。接着在4月中旬，李成栋在江西南部涉水渡河时淹死。这是在一次收复赣州的艰苦战斗中被清军击败以后。何腾蛟的失败，是原左良玉部将领、李自成残部首领和他们名义上的上级湖广南部巡抚堵胤锡之间的一次争吵造成的。李成栋的失败，是因为清廷能接济与增援赣州，而李成栋一过梅关往北出了广东地界，永历朝廷就不能接济他。这样，三个几乎奇迹般地恢复了明朝的整个南方的人——金声桓、何腾蛟和李成栋，在1649年春一个月的时间之内，从历史舞台上消失了。
还都肇庆后的永历朝廷
回到广东后，朝廷的头一件事是封官进爵。这事的主要困难，是在分配官职和权力上要在两派人之间保持平衡，一派是在皇帝颠沛流离中的“扈驾元勋”，一派是跟随李成栋从广州来的“反正功臣”。但是不久，旧臣与新贵之间的矛盾就被更加典型的由同乡、师生和同寅关系形成的党派之间的矛盾所代替。为了生存和取得支配地位，一个党派必须在内廷、外廷和地方政府（这在永历时期就是各地将领控制下的机构）都有得力的成员。党派竞争的目标是获取官职，特别是内阁中的高级官职，从而影响甚至控制皇帝的行动。
形成了两个大党。占优势的楚党的核心成员在都察院（外廷）。它在太监和锦衣卫（内廷）中也有拥护者和同情者。此外，它还得到了地方的军事领袖（主要是李成栋，他现在是整个东南的总督，和瞿式耜，他任兵部尚书，负责保卫桂林）以及宰辅的支持。这一党的领袖，左都御史袁彭年、吏科给事中丁时魁，加上御史刘湘客、蒙正发和金堡，以他们在政治上的跋扈，被称为“五虎”。①较弱的吴党从内廷获取支持：太监、外戚，特别是马吉翔，他作为锦衣卫指挥使，成了皇帝身边有影响的随从和大臣。这一党在地方上的主要支持者是庆国公陈邦傅，他不断地并经常非法地扩张他在广西的势力。外廷的拥护者大多是各部的低级官员，在大学士中有两人被认为是吴党。
各党的名称，来自各党领袖的原籍，这至少说明了一点，即为什么在一个岌岌可危的政权里，有那么多人得到了官职。他们远离沦陷的家乡，除去俸禄、当官的特权和政府官职提供的贪污受贿的机会之外，没有别的收入。这一点对爱国义士和投机者都一样。前者可能很少想到个人利益；他们追求高官是为了对抵抗运动进行领导。后者追求高官是为了俸禄和可�