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在朝廷留在肇庆的一年另四个月中，楚党始终保持优势。一部分原因是朝廷依赖李成栋，他手下的将领控制着广东，他的儿子控制着锦衣卫，他死后也如此。一部分原因是楚党置根于外廷的官僚机构，他们竭力评弹时政，参劾官吏。这种直言敢谏，特别是金堡严厉尖刻的言词，可能使皇帝和那些（特别是吴党中的）可以称之为“现实主义者”的人感到烦恼。但朝廷又需要以此来吸引大批真心实意的文官，因为可以通过他们在它名义上控制下的各省面前树立一个真诚政府的形象。换句话说，楚党代表了明朝的正统，而这是永历朝廷这时所最需要的。不幸的是，把太多的注意力集中在朝廷和高官身上，而对省的管理注意得不够。
在早年的颠沛流离中，锦衣卫马吉翔和其他与内廷有关系的人，亲自负责皇帝的安全，从而权势日增。他们在肇庆时也是这样。这种情况是永历皇帝胆怯的性格造成的。他对明朝统治结构的无知，使他把太监和马吉翔当作挡箭牌。他在耿直的朝臣向他提出的要求面前退缩。此外，某些楚党的批评是虚伪的或空洞的，因为由于与军阀勾结以施加压力，由于提拔私人和收受贿赂，他们也变成了他们所悲叹的贪污腐化的一部分。
有一个问题特别说明这个时期统治与政策讨论的情形：张献忠义子孙可望由于宣布拥戴明朝，并听从朝廷要他把大军部署在云南的安排，要求封他为秦王。“现实主义者”主张迎合军阀的虚荣心甚至他们的领土野心，只要这些能增强朝廷的防卫；认为皇帝的封赐可以把潜在敌人化为有价值的盟友。
但是，以给事中金堡为首的明制度的限制原则和朝廷尊严的捍卫者，激烈反对这种做法。首先，正如金堡指出的，明朝“祖训”不允许对异姓封王。其次，朝廷因这件尴尬事情在百官心目中受到的威望上的损失，肯定超过从一个臭名昭彰的土匪头子的军事支持中可能得到的补偿。不论封王与否，朝廷都不可能实际控制孙可望；但如果朝廷的态度坚决，孙可望也许知难而止，会自愿效忠并且服从。②金堡的奏疏博学雄辩，但也迂腐之极；它中止了对这个问题的公开辩论达一年之久，直到楚党失势。朝廷决定改封孙可望为景国公。
但有人在这件事情上采取越权行动。堵胤锡和陈邦傅出于不同的理由，主要是为了扩张自己的权势，各自伪造敕书，封孙可望为王。陈邦傅授他以他所贪图的秦王，堵胤锡授他以郡王的爵位。①当孙可望接到这些互相矛盾的封号时，大为忿恨，派人去朝廷要求说明。于是舆论哗然，交章参劾，过了几个月，朝廷才决定批准堵胤锡的说法，但对这件事的处置失当，已经把与孙可望的关系引向灾难性的后果。
引人注目的是，在这件事上，对两种做法没有任何认真的批评，而这在四年前的弘光朝是会受到严厉谴责的。这就是广泛授予文武官员以便宜行事的权力，使一些人可以像土皇帝一样行事，对武将封官进爵不是出于奖励他的突出功劳，而是为了确保他的忠诚。只有像陈邦傅那样明目张胆的要求（赐封浔梧等地给他世守）才受到强烈反对。
在这里指出其他一些对官僚权力的侵占，也许是有用的。武将现在对各种政治问题向朝廷上疏或直接对话，几乎跟文官一样自由，而没有引起异议。皇室成员充任各种次要职务；有些被正式批准为军队领导，也许因为现在正规的官僚不再视他们为无能的闯入者而瞧不起，反之，他们相应的能力和忠诚与其他人相比，现在特别有价值。
我们还发现没有关于财政的讨论，偶尔的披露也限于州以下的。户部尚书的任命是走形式，他们极少行使职责。在永历朝廷和它下面的任何省份之间，没有正规的财政联系，也没有做任何事情来建立这种联系。没有集中的后勤管理，各个将领各自为政，有的尚诚实守法，但大多数横征暴敛。临时国都设在哪里，朝廷的物质生活就仰给于控制该地的军阀，没有一个朝臣把这当作问题。
1650年2月6日，肇庆得知明守军在听到清军靠近时，放弃了广东北方的屏障韶州。两天后，皇帝离开了肇庆，去广西东部的梧州。
朝廷的西逃
1649年，永历朝廷已经失去了对湖广和江西的控制。更早一些，在1648年10月，满族郑亲王济尔哈郎奉命消灭李自成残部中最大的一股李赤心部。②但当他在1649年春在湖广南部开始进军时，发现推进他的军队并不难，难的是控制他已经通过的地方。而且，根本找不到真正的李赤心，他已经离开湖广，去了广西。经过1649年夏季，济尔哈郎的军队控制了湖广最南部的所有主要城市，但他们对这片领土的控制很不牢靠。
不过，济尔哈郎实际上并未被授权入侵广东或广西，他也没准备这样做。江西清军也仅限于占领南昌，解救赣州和消灭该省义军的活动。李成栋的军队在赣州附近崩溃后，清军只是守住梅关，没有进入广东。此外，在北方，清廷正在镇压另一起反叛。1649年1月15日，清军镇守山西大同的总兵姜瓖起兵反正，波及全省，包括靠近北京的一些地方。他最后被出卖，于10月4日被杀。
尽管如此，1649年6月28日，北京的朝廷以隆重的形式命令三个藩王——都是投降满清的汉人——孔有德、耿仲明、尚可喜出师征服两广。中间发生了一些耽搁，原因是耿仲明受到揭发，他的部下在军中藏匿逃人，罪当死，他在江西自尽。他的儿子耿继茂代领其众，出征才按原定计划进行。1650年11月，孔有德从长沙向南，致力于重新占领广西东北部，与此同时，耿继茂和尚可喜通过梅关进入广东北部。
这次进军，清军比以前审慎，集中在少数目标上。全州至桂林的通路仍有危险，在广东中西部，关键要地仍在永历军手中。1650年4月间，孔有德在去全州的通路上巩固了自己的据点，但他直到秋天才向前推进。耿继茂和尚可喜则迅速前进。在3月向广州进攻。进攻失败后，他们在疟疾流行的夏天准备好进行一次艰难的围攻。
永历朝廷一到梧州，党争重新开始。皇帝以严厉惩治“五虎”中的四虎来发泄他的怒气和怨恨。（袁彭年以策动李成栋反正有功得到赦免。）他们被锦衣卫逮捕并非刑拷打，金堡受刑尤酷，大腿折断。罪名是图谋不轨，其实都是捏造的。抗议的奏疏雪片般飞向朝廷，指出这不是惩治言官的时候，一些朝廷所依靠的重臣向皇帝挑战，要求也惩治他们，因为他们与被关押的四人有联系。到仲夏，陈邦傅的一个军事上的对手把他的一部分军队开向梧州，支持那些想释放关在笼子里的“老虎”的人，迫害才告结束。金堡和丁时魁被谪戍贵州，刘湘客和蒙正发用钱赎罪，削籍为民。
同时，吴党有了取代楚党的机会，但未成功。虽然吴党的支持者重新入阁，许多吴党人士得到提升，但他们缺乏结成新的党派组织以进行统治所需要的才能和凝聚力。现在朝中没有为首的人，丧失了任何可称为目标或方向的东西，朝臣间的辩论降至极为琐屑的水平。湖广的军队自从何腾蛟死后便缺乏统领，朝廷就让他们各自为政。这样，当清军耐心地从北面和东面逼过来时，永历朝廷和军队统帅之间的事情都由于内部纷争和政治原因而更加恶化了。
一件有趣的事反映出此时内廷的焦虑，这便是王太后和司礼太监庞天寿请求罗马教皇英诺森十世在精神上（如果可能也在政治上）给予支援。庞天寿和瞿式耜曾接受耶稣教洗礼，也许是他们把德国耶稣会士安德烈亚斯·科夫勒介绍给皇室的。随后，科夫勒给两位太后、皇后和永历太子施行了洗礼，取了教名，并在葡萄牙殖民地澳门寻求对朝廷的军事援助。但是，尽管他同皇室关系密切，对永历在政治上却看不出有什么影响。
在朝廷新近的一次逃亡中，实际上不是科夫勒而是他的助手波兰耶稣会士米歇尔·博伊姆跟随朝廷从肇庆逃到梧州。接着，博伊姆同意把老太后和庞天寿的两封信（写信日期为1650年11月1日和4日）带往梵蒂冈。这些信真诚地请求教皇为他们的灵魂和明朝的中兴祈祷，请求派更多的天主教教士来中国。到1658年，当博伊姆终于带着教皇亚历山大七世的一封在精神上鼓励但政治上含糊的信回到东京湾时，老太后已经死去，而永历朝廷也已经被迫迁往西南他所不能到达的地方。①1650年秋末，清军突破明朝在广东和广西的防御。11月24日，尚可喜终于攻克广州，他使这座城市（它顽强地坚持了八个半月）遭受一次可怕的大屠杀。孔有德利用明朝将领之间的一次普遍分裂和全州的一次兵变，在11月27日占领桂林。瞿式耜和一个忠心的助手一起被执，拒绝投降，遂于下年1月被杀。12月2日，正当清军准备进入肇庆时，永历皇帝一行在仓皇逃往梧州的路上被抢劫，皇帝差一点被打算投降的明军所执。在西南250英里的南宁，重新组成一个缩小了许多的朝廷，进入它历史上的个新阶段。
① 写史可法的书和文章很多。最新的是史元庆的《史可法先生年谱》＇472＇（台北，1979年）。
② 彭普生：《李自成被害日期探考》＇422＇，《故宫博物院院刊》，3（1980年8月），第35—39页。
① 几种权威资料说潞王没有正式就监国位。关于他7月1日就监国位的确实证据，见黄道周：《黄漳浦文选》＇256＇，陈寿祺编（1830年；重印，《台湾文献丛刊》，137，台北，1962年），第2卷，第161—163、282—283页，和祁彪佳（1602—1645年）：《甲乙日历》＇69＇（第1版，绍兴