逃到广西梧州避难，1644年，他父亲在那里死去。朱由■和其他一些人把唐王看成一个专横跋扈的暴发户，认为他的称帝破坏了按次序继承的原则。但他们把他的登基作为既成事实接受下来，并作为隆武的臣属履行职责。但朱由■在袭桂王王位之后不久突然死去。
这样就剩下他父亲最小的儿子永明王朱由榔。①他22岁，生命的大部分在舒适的闲散中度过，直到张献忠的人马使他备受逃亡、被俘和差点被处死的惊吓。他好歹从湖广西南部逃到江西；后来被丁魁楚安置在肇庆。现在，由于他的兄长们一个接一个死去，他突然成了万历皇帝唯一活着的亲孙，明朝皇位的合法继承者。
当福建传来不祥的消息时，瞿式耜和其他官员试探出永明王愿意登基当皇帝。唯一表示坚决反对的，是永明王名义上的母亲王氏，她现在操纵她丈夫身后唯一继承人的全部事务。她认为永明王太年轻，没有经验，软弱，担负不起这乱世的重任，而广东现时又没有很多大臣，甚至连一支像样的军队也没有，无法组成一个政府并保卫它。
1646年11月初，丁魁楚接到隆武皇帝殉国的确实消息，问题就变得紧迫了。瞿式耜和丁魁楚强调国不可以一日无君，说服永明王于11月中旬在肇庆即监国位，肇庆曾是明朝一处封地的所在地，广东巡抚和两广总督的行辕也设在这里。②瞿式耜和丁魁楚成为新朝廷的大学士，湖广的主要官员被授以其他重要职位，各级武职则授与湖广、广西、四川和贵州的几十个将领。
先前，广东派出大部分有组织的武装力量去支援江西南部的防御。只留下少数难以控制的地方武装去对付（或参加）成群结队的土匪和海盗，自从1644年北京陷落的消息传到广东后，他们的活动就更加肆无忌惮了。接着在11月下旬，新监国得知赣州的义军已于12天前被清军击破，感到他和他的家室很不安全，就西去梧州。那里离清军的威胁较远而离广西忠于明室的军队较近。他不知道另一个威胁正在附近出现。
这个时候，一批隆武朝廷的官员陆续到达广州近郊。这些人中有几个曾与永明王的支持者有联系；但都感到他们不能全心全意参加那个政权，原因是个人的失意，他们做惯了大官，不屑做小官，或因肇庆集团对他们感恩戴德的隆武皇帝抱有成见。有的人还对这个新监国缺乏信心，特别是当他一看到危险，就那么轻易地离开广东之后。总之，当隆武皇帝的弟弟朱聿■于12月5日从海路到达广州后，人们抱着热烈的期望迎接他。几天以后，根据弟弟可以继承哥哥的原则，他在广州称帝，即绍武皇帝。这个政权最重要的一些官职，几乎全由广州本地人担任。
梧州的永明朝廷得知朱聿■称帝的消息时，立即决定永明王应回肇庆即皇帝位，认为他的大臣们的较高的威望和较广泛的权力最终能使他的朝廷得到普遍的支持。于是，1646年12月24日，监国永明王在肇庆成了永历皇帝，并匆忙在肇庆与广州之间的西江各战略地点设防。
武力较弱的永历朝廷企图进行谈判，结果他们的使者在绍武朝廷被杀。到目前为止，广州一直有广东土司的军队驻守，①是一个易于防守的地区，这个情况增加了绍武集团的信心，尽管他们自己的军队主要由不可靠的山贼和海盗组成，是被说服在官方的旗号下作战的。永历和绍武两军之间接连发生两次战斗：第一次，在1647年1月4日，被永历的兵部侍郎轻易赢了；但三天后的第二次，永历军队几乎全被歼灭。
两个朝廷的注意力和珍贵的人力物力，被用在这种自相残杀上，而双方更大的共同敌人却被暂时忘却了。正当绍武朝廷为庆祝他们对永历军队的胜利，在1647年1月20日举行正式的军事检阅时，广州却遭了浩劫：清军骑兵只遇到惊惶而无组织的抵抗。他们从福建的漳州一路赶来，没有被全神贯注于别的事情上的绍武朝廷所发觉。由于现在已不可能进行任何抵抗，首辅遂自杀；他的大多数同僚投降。绍武皇帝企图逃走但被抓住，跟当时聚集在广州的其他许多明藩王一样，后来被杀。①当关于这场灾难的消息传到肇庆的永历朝廷时，最初的反应是怀疑；但接着而来的报告驱散了一切幻想。1月下旬，永历皇帝匆忙离开肇庆去梧州。从那里，他继续前往桂林，形成了一种望风而逃的格局。这个格局有效地排除了西南各地真正的地区支持的发展，特别是使广东的人民永远地疏远了。
清军初次突破两广
如此神速地侵入广州的清军，是两支军队的典型结合：可靠、有纪律的八旗兵小部队和不太可靠、纪律较差的前明军的大部队——他们在清军进入北直隶后就投降了。这一次率领清军的是佟养甲，他原是辽东的汉人，出生于镶蓝旗，最近跟随博洛出征浙江和福建。率领前明军的是李成栋，他自从1645年在徐州投降后，几乎不停地替清军打仗，平定长江三角洲地区，征服福建。
广州平定后，佟养甲和几百人留下，李成栋继续取肇庆，他从那里派出两支小分队，一支沿北江而上，一支南下雷州半岛，后者后来渡过海峡到海南岛。同时，李成栋领着他的主力沿西江去梧州，于3月5日到达。他从这里派出侦察队到广西中部和西北方向的桂林，1647年4月15日，清军小部队的一次突然袭击差点占领了桂林。
整个广东和半个广西在清军面前以惊人的速度沦陷。清军再次扩张得太快，这种局面在清征服过程的每一个阶段都重复发生。明朝政府的外部标志——官印、衙门、城墙、岗哨——是容易接管的，只要这些地区的明朝政府已经失去威信。清当局常常发现比这困难得多的事是恢复社会秩序，特别是因为各种破坏分子都与抗清复明的忠臣义士结盟，开始打出正统的旗号。
许多地方只是为了保存自己，自动武装和组织起来杀一切入侵者——满族人、北兵、义军、明官军、土匪或海盗。佟养甲知道，广东的平定有赖于恢复从广州经湖广至长江中游地区，特别是经江西至江南地区的贸易路线的畅通。那些现在在广东除了打斗和偷窃就无以为生的人，那时就可以找到建设性的工作。但这时佟养甲没有足够的人去完成这个任务。
由于李成栋驻在西边，三角洲地区的土匪和义军不久就看出广州的清军只能勉强守住城市，无法应付这个府其他部分的武装起义。于是，从1647年3月中旬直到11月底，著名的“广东三忠”（东莞的张家玉、顺德的陈邦彦、南海的陈子壮）领导了一系列短期的抗战。②他们无论与永历或绍武政权都没有密切关系，因此他们在这个期间的所作所为应看成是一般地为了恢复明朝，而不是特别为了永历王朝，尽管这对后者有利。
当这些抗战活动一开始，佟养甲就命李成栋立即回到广州地区，他于4月初到达那里。从那时起直到秋天，他被迫疯狂地从一个地区赶到另一个地区，镇压一次又一次起义。最后，他的军队优越的实力和组织占了上风。10月中旬，陈邦彦在清军围攻清远时被俘；11月初，张家玉在增城与李成栋军的一次激烈战斗中被杀；11月下旬，陈子壮在李成栋军占领高明时被俘。陈邦彦和陈子壮都在广州被公开地残酷处死。
这些爱国志士所以未能恢复明朝对广东中部的控制，是因为他们招募了许多土匪和海盗参加他们的战斗队伍；结果，他们在自己的家乡不能得到其他社会贤达的广泛支持。但是，通过迫使李成栋从梧州回救广州，并留在广东中部，他们成功地解除了永历朝廷受到的直接压力，从而帮助这个朝廷度过1647年的许多磨难，并生存下来。
流亡朝廷在广西和湖广东南
3月中旬，永历皇帝一行曾在桂林作短暂停留，广西巡抚瞿式耜的衙门即设在这里。鉴于离清军很近，朝廷继续往更远的地方迁移，于3月20日溯桂江至全州，这里是广西和湖广之间的门户。这次迁移也有正当理由。现在明朝人数最多的军队是在湖广南部和西部；如果能把长江中游地区（现今的湖北和湖南）从清廷手中夺回来，那么，这里比更南的任何位置更有利于进攻。
但是，湖广各部队的供应基地和他们之间的关系极不稳定。总督何腾蛟在逃出左良玉叛变引起的灾难后，面临一个压倒一切的任务，即把被搞乱了的湖广各部队组成一支军队：第一，张献忠进犯时，有五支明官军隐藏在偏僻地区，在这个过程中他们脱离了中央的指挥和供应；第二，有三支原左良玉的军队在江西向清军假投降后，反正回到湖广；第三，有一支从云南去支援南京的军队，但在途中弘光政权就垮台了；第四，李自成的残部，他们分裂成四支，每支都曾模棱两可地与清军进行谈判，后来接受了明朝方面的官职和头衔，先是从隆武朝廷，随后从永历朝廷。
湖广的政治和经济基础曾先后遭受张献忠和左良玉部队的破坏，不能承受这样大规模集中的军队，甚至在最好的情况下也不可能。现在，这些军队大多靠抢劫为生，甚至总督直接指挥下的军队也惯于用敲诈勒索的方式从已经一无所有的居民中榨取一点可怜的给养。各方面的镇将所关心的，主要是他们的指挥权不受侵犯，他们互相提防，只有在牺牲别人以加强自己的供应和防御的前提下，他们才听从何腾蛟的命令。
在朝廷，瞿式耜规劝说，皇帝一听到风声紧急就仓卒走避，有失去民心的危险。但因为皇帝已经去了全州，瞿式耜就劝告他安心留在那儿，准备一次“亲征”，经过湖广南部到武汉，他的莅临，会使湖广的军队团结起来，一致对敌。
但是，永历皇帝即将表现出他的两面性，这是他整个在位时期的特点。一方面，他不喜欢他的心胸高贵的大臣们要他勇敢、坚毅、有远见的劝谏。他怀疑他们的大言壮语，感到他们十分乐意让他置身于危险之中。另一方面，他心怀感激地投向任何一个军阀的怀抱，