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慕容恪病亡，朝廷大权由太后和皇叔祖分掌。意欲夺回黄河南岸失地的东晋，想收复山西和豫西的前秦都跃跃欲试，准备发兵攻燕。两国一致要攻打燕国事出有因。公元357年，燕帝慕容俊征兵一百五十万，准备统一全国。东晋刚让前燕打得遍体鳞伤，而前秦则是三个国家中最弱的一个。两个国家都很担心，都想让慕容俊先打对方。于是都除去帝号，自称王。虽然没有向燕国称藩，但也表示我承认你燕国是老大，我不跟你争天下。晋穆帝司马聃去帝号称王，不敢称晋，自称“大岛夷国”，两年以后才敢恢复帝号，复称晋国。苻坚称大秦天王。可惜慕容俊壮志未酬，没过几个月就病死了，统一大业遂被放下。前秦、东晋两国从此则对燕国耿耿于怀。
苻坚先派人对燕国进行了一番调查，认为从国力、兵力、用将、内政等方面的综合实力对比来看，秦要略胜燕一筹，遂集结部队，准备攻伐燕国。这时苻坚得到密报，说是晋公、征东大将军、并州牧苻柳，魏公、镇东大将军、洛州刺史苻廋，赵公、征西大将军、秦州刺史苻双，燕公、安西大将军、雍州刺史苻武，四个人已经商量好了，要趁苻坚带兵东征时，在长安发动政变，拥立苻柳。
苻柳、苻廋、苻武这三个人都是苻生的弟弟，他们认为苻坚只不过是苻健的侄儿，而他们三个作为苻健的儿子，才最有资格继承皇位；苻双则是苻坚同母所生的亲弟弟，因为不满苻坚，所以也附和三人。
苻坚遂向王猛问计。王猛道：“这很简单。你装作不知道这回事，用商量东征的理由把他们四个叫到长安。等他们来到长安，一块儿都收拾了。”
苻坚遂下诏命四公入长安。这四个人都很狡猾，一看诏书就明白这是要关门打狗，请君入瓮。于是四人立刻举兵造反，苻柳占据蒲阪（今山西省运城市永济县蒲州镇），苻双占据上邽（今甘肃省天水市清水县），苻廋占据陕城（今河南省三门峡市旧陕县），苻武占据安定（今甘肃省定西市安定区）。
苻坚派人劝和，四人不从，遂派后将军杨成世征讨上邽，左将军毛嵩率兵进攻安定，建节将军邓羌去攻蒲阪，前将军杨安与广武将军张蚝攻取陕城。
陕城的苻廋因为正处在燕国边境，于是派人去燕国投降，表示愿意将陕城献给燕国，请求燕国出兵。慕容虽然秉性忠厚，但是个没主意的人，于是召众臣商议。慕容皝最小的儿子范阳王慕容德请求带兵出战，众大臣也纷纷支持出兵，但却遭到慕容评的坚决反对。慕容评认为多一事不如少一事，人家秦国内乱，燕国还是不要掺和的好，要是惹急了秦国，举倾国兵力来打燕国，燕国岂不是自寻烦恼？
苻廋使者急忙称，苻坚有天下之志，王猛是人中之杰，他们肯定要发兵攻燕。此时不乘秦国内乱而取秦，等秦国安定后，必发兵攻燕。慕容垂、皇甫真都认为使者说得对，但朝中是慕容评和太后说了算，他们不让发兵，谁也没有办法。
这时，杨成世在上邽被苻双击退，毛嵩在安定也吃了败仗。杨成世只好与毛嵩合兵一处，退守榆眉（今陕西省宝鸡市干阳县）。苻双、苻武也联合起来，反攻榆眉。秦军被围，毛嵩和杨成世急忙向长安求援，苻坚命宁朔将军吕光率众三万去增援。吕光大军来到榆眉后，见苻双和苻武有六万兵马，双倍于己。于是派人进城让毛、杨守城勿出。毛嵩和杨成世见吕光在城外，既不进攻敌人，也不入城增援，有些搞不明白，只好拼命守城。这样过了大概一个月，二王的军粮耗尽，于是退兵。吕光又派人进城对二将道，现在可以出击了。城外和城内两支军队直杀向二王军队。苻双和苻武大败，六万人剩了三万人，逃到上邽守城不出。吕光遂把上邽包围，日夜攻城。
邓羌在蒲阪与苻柳互有攻守，相持不下。后来苻双、苻武大胜，苻坚派吕光出援。苻柳就知道长安留守的军队不多了，遂由世子苻良守蒲阪，自己亲率三万大军偷袭长安。哪知道王猛早已在黄河岸边埋伏，杀得苻柳大败。苻柳逃回蒲阪，被城下的邓羌军队迎击，并被围困。苻良开城去救，反被邓羌攻入城中。王猛夺城后将苻柳父子斩首，整编降兵之后，与邓羌一起去帮杨安、张蚝攻陕城。
这时吕光也攻下了上邽，杀死苻双和苻武，带兵去攻陕城。八万兵马一齐来攻陕城，陕城很快就被攻破，苻廋被俘，押回长安。
苻坚赐苻廋自杀，但为了给自己的叔叔符健留后，宽恕了苻廋的七个儿子，并封苻廋的长子袭爵为魏公，余子皆封为县公。那个赐死苻法的苟太后因为亲生的小儿子被杀很不高兴，虽然这个小儿子是她最不喜欢的一个，于是对苻坚道：“苻廋和苻双都造反了，苻双是你亲弟弟，反而不能留后，为什么？”
苻坚道：“天下是高祖打下来的，我怎么能让高祖断子绝孙呢？至于苻双，他既然触犯国法，当以国法处置，不可因私废法。”
秦国处理内乱的时候，东晋则已经派兵北伐攻燕了。桓温带八万大军一路北进，其先头部队建威将军檀玄在湖陆（今江苏沛县北）先和燕宁东将军慕容忠打了一仗。晋军大胜，俘虏慕容忠。桓温再进抵金乡（今山东省济宁市金乡县）。这时正遇到北方大旱，许多水道干涸，晋军习惯水运辎重而不备骡马，后勤供应不上。桓温遂暂时停止进军，开凿通了三百里水路，连接泗水与清水。但因为是旱年，水并不深，还是不方便漕运，又开凿水道将汶水引入清水。
水道畅通之后，已经是深秋了，如果不能速战速决的话，冬季一到，河道结冰，后勤仍然会成为影响桓温进军的大问题。而且南方兵将不习惯在寒冷的冬季作战，很影响战斗力。于是郗超建议不要再攻城略地了，率大军直扑燕国首都邺城，只要攻破邺城，燕军一定大批北撤，黄河以南的大片失地便可很快收复。
桓温听了沉思不语。郗超又道：“如果您认为不顾后方，直逼燕都，有点儿太冒险的话。您可以先停兵不前，储备物资，等明年夏天再进兵。虽说是迟了一些，毕竟比较稳妥，明年一定能大胜燕国。”
桓温进兵邺城没有把握，驻军不进又不甘心，于是道：“你的前计太急了一些，后策又太缓了一些。”遂率陆军继续进兵，很快与燕国刚刚调集来的主力军两万前锋骑兵相遇。晋军再一次击败燕军，下邳王慕容厉逃跑。高平（今山东济宁微山县）太守徐翻献城投降。
慕容的庶兄乐安王慕容臧的八万军队接着南下与晋军交战。晋军前锋军朱序的部队失利退兵。桓温亲自指挥大军与慕容臧大战，终于大败慕容臧。慕容臧领残兵北逃。
桓温遂一路进军到武阳（今山东省聊城市阳谷县西，阳谷当时属于兖州），兖州刺史孙元在桓温还没有来的时候就挂起了晋国的旗帜起义投诚了。桓温遂又进兵枋头。枋头离邺城不过二百里地，三天的路程。慕容和太傅慕容评十分恐惧，商议欲逃故都和龙（今辽宁朝阳）。
这时，吴王慕容垂站出来说：“现在邺城还有十万人马，仍可与晋兵一战。为什么要逃呢？难道祖宗打下的江山就被我们这么轻易地扔掉么？”
慕容评坚持要逃，慕容垂坚持要战。慕容决定不了，在殿上急得直哭。这时皇甫真道：“大司马临终的时候说，如果国事紧急，一定要重用吴王，您忘了么？”大司马就是慕容恪。慕容听了，这才决定让慕容垂统兵南拒晋兵。
慕容评担心慕容垂打不过晋军，向慕容建议用让出虎牢关以西所有土地的代价去请秦兵来救。慕容遂派散骑常侍李凤、散骑侍郎乐嵩为使，去长安向秦国求救。
苻坚担心晋国灭了燕国后实力大增，对秦国不利，再加上燕国愿意割地，便派将军苟池、洛州刺史邓羌率三万军马去救燕国。
慕容垂进兵到枋头，并不与晋军交战。他先密派慕容德与兰台治书侍御史刘当以一万五千重兵紧守石门，断去晋军赖以漕运的水源，又派豫州刺史李邽守皋陵陆道，断去晋军从陆路运粮的通道；再派尚书郎悉罗腾与虎贲中郎将染干津率五千精骑兵，去组织各郡县抢收附近粮食，并阻止晋军就地收粮。然后紧闭营垒，只守不攻。
桓温向慕容垂的营寨进攻了几回，慕容垂牢守阵地，一时不能攻克，双方在枋头形成了胶着状态。一直拖延到九月，由于石门断水，清河的水位降低，不便漕运，桓温派袁真率一万兵进攻石门，以放水源。
慕容德派慕容宙和慕容寅设下一支伏兵，袭击了袁真的前锋袁瑾，袁真带兵去救袁瑾，击败慕容宙和慕容宇，但慕容德与刘当又抄了袁真后路。打来打去，最后还是晋军被打败了。
桓温听说袁真败了，一方面强令袁真不惜一切代价，一定要夺取石门，一方面派邓遐去皋陵打通陆道；又派赵降将李述和燕降将段思两个人带兵就近筹粮。
李邽以重兵死守险关皋陵，邓遐攻了好多日，也没能攻下来，十分郁闷，却拿李邽没有办法。李述、段思带兵筹粮，可到处都已经抢收完毕，被燕军运走，好不容易抢了一些粮食，却被悉罗腾与染干津带兵杀出来抢光。李述和段思都被杀死，出来筹粮的晋兵全军覆没。
这时桓温只有几天的存粮了，皋陵和石门又屡攻不下。桓温只好决一死战，猛攻慕容垂的阵营。慕容垂坚守阵地，晋军屡次攻打，没有效果。这时桓温又听说秦国出兵从洛阳攻向颍川，欲抄自己的后路。桓温粮草不继，后路遭袭，只得退兵。因为清水已经不能行船，便一把火把带来的所有大小船只烧了个干净，然后带军南撤。
桓温南撤之后，燕军顿时欢欣鼓舞，被晋军痛打了半年多，他们也想出