居民收入相比，仅相当于同期城镇居民收入年均增长幅度的一半，而且差距还在继续扩大。中国城乡居民收入差距从改革开放初期的2。57∶1扩大到2000年前后的3。23∶1。
农民增收困难，收入连续下降，其他的问题也随之而来。农民负担越来越重，种田甚至亏本，土地被撂荒，农村公共事业越来越糟，农民就业受到限制，城乡差距扩大，收入分配悬殊，乡镇机构人员超编，农村生态环境恶化，农村腐败和农村社会治安问题日渐突出，读不起书、看不起病所有的“三农”问题似乎在一夜之间全都暴露出来。多种迹象显示，“农村真穷，农民真苦，农业真危险”已然成了一个不争的事实。中央财经领导小组办公室的官员说，“三农”问题已到了非解决不可的时候了。国务院总理朱镕基也坦言，他日夜思考的问题是如何增加农民收入，这个问题最大，让他头痛不已。
中国“三农”何以至此？除了农产品价格下跌、非农产业发展对农民增收的作用减弱、农民进城打工的门槛抬高等这些直接原因外，有分析认为，长期以来中国实施的“城乡二元经济社会结构及城市偏向的赶超型工业化战略”是导致“三农”问题的根本原因。
为推进以城市化和工业化为核心的现代化发展之路，中国的“三农”为此作出了巨大的牺牲和贡献。有分析测算，通过工农产品价格剪刀差、土地征用、工资差和未上社保等几项“二元”举措，中国农民为工业化和城市化提供的积累，最保守估计高达30万亿人民币！而这还不包括农村储蓄向城市和工业提供的有偿信贷资金，也不包括过去农民为国家上交的各种税费。
“我们欠农民太多。”“中国的历史应当记住：农民对于新中国的创立和建设，对于推动中国的现代化，作出了巨大的贡献。我们今天制定和实施的经济社会发展战略、体制和政策，要对得起为建国和发展付出了巨大牺牲的农民。”《国家政策要对得起付出巨大牺牲的农民》，周天勇，《中国经济时报》，2007年7月17日。
虽然中国农民为中国的发展作出过巨大的贡献和牺牲，但自从新中国成立后，以户籍制度为代表的城乡二元结构体制却人为地把农民划分成为了“二等公民”。
“农民人均年收入不到1400元，却要征收200—300元/人的人头税，农民交不起税，就管他们叫‘刁民’，让‘刁民’下跪、办‘学习班’、关‘小黑屋’，这是基层干部常用的工作方法。”③《誓为农民鼓与呼——专访李昌平先生》，李昌平，小雨，《南风窗》，2002年12月3日。农民种地亏本，靠种地没法生活，要离开农村进城打工，却要花几百元办齐各种证明才能离开农村；农民进了城，还要花几百元在城里办很多证明才让住下来；城市人有社会保障，农村人没有；城市人可以贷款消费，农村人贷款生产都困难；农村的基础设施都必须自己集资办，城市的基础设施却是国家包办；工人有工会，艺术家有文联，工商户有工商联，中国各个阶层都有一个政治性的常设组织，唯独占中国总人口70％的农民是个例外，他们没有自己政治上的组织，政府听不到他们的声音③
第一部分 第46节：国脉（21）
由此看来，三农问题不仅是一个经济问题，更是一个政治、社会、历史问题，众多问题错综复杂，交织难解。
“三农”问题的产生不仅有变化的市场因素和深层次的体制原因，还跟中国“三农”所处的新环境有很大关系。事实上，在2000年世纪之交前后，中国经济生活的各个方面，包括农业所处的环境都发生了深刻的变化。2000年中国宣布总体实现小康，人均GDP达到800美元。城镇居民消费结构随之快速变化，生活费开支中的恩格尔系数快速降低，到2003年，中国城镇居民恩格尔系数比10年前降低了13个百分点，新增部分消费主要用在了房子、汽车、教育、通讯、旅游等方面，用于食品方面的开支明显减少。而农产品供给的能力提高了，但市场的扩大却更困难了。
另外，新技术革命带来资本、技术对劳动的替代，使乡镇企业安置农村劳动力变得越来越困难。到1996年，在乡镇企业就业的农民达到1。35亿人，但是此后的7年，这个数字却是不断减少。通过就地转移农村富余劳动力增加农民收入，也遇到了空前的挑战。
与此同时，经济全球化浪潮涌动，自中国2001年加入世界贸易组织后，为中国农产品的出口提供了机遇，但也带来了国外农产品进口增加的压力。
而从经济周期的角度来看，2000年前后整个中国经济都处在相对缓慢的增长期内。在此阶段，大多数生产者的经营状况形势严峻，价格下跌、销售困难的现象不仅存在于工业品，大多数农产品也都存在这些问题。
可想而知，农民收入增长缓慢，就意味着70％人群的购买力低下，潜力巨大的农村市场就无法启动，扩大内需就得不到有力支持，消费品就会继续过剩，企业开工不足，工人下岗，经济不景气状况就很难改变，进而影响国民经济全局，制约中国经济的持续增长和城乡经济的协调发展。“三农”问题成了一个牵一发而动全身的问题。
五千年来从未这么好过
“三农”问题在世纪之交成为中国经济社会发展过程中的最大难题，也成为中央政府最为头疼的问题。为了减轻农民负担，2000年，国务院决定在安徽等8个省市开展费改税工作试点。改革后县乡财政收入大多减少40％以上，但是上级的转移支付并不能弥补所有缺口，导致县乡财政困境加剧，义务教育投入锐减。税费改革对于减轻农民负担的效果也并不显著，2001年，税费改革暂缓进行。
自20世纪90年代中后期“三农”问题被提出来以后，专家、学者就积极建言献策，政府也不断出台各项政策，下达各种文件，提出了诸如高效农业、科技兴农、公司加农户、撤乡弃镇、机构调整、税费改革、村民自治等措施。这些措施不能说是没有效果，只是其收效甚微，有时成本甚至超过收益，一些具体的措施还会遇到数不清的繁缛困难，困难之大，有时足以让措施无功而返。
“三农”问题本身是一个庞大复杂的综合性问题，许多问题之间都相互联系，彼此派生，互为因果。解决“三农”问题如果就现状而论现状，东一锤子西一榔头，其结果是按下葫芦浮起瓢，治标不治本。“三农”问题专家温铁军认为，农村存在的复杂问题，是典型的社会主义初级阶段的有中国特色的“三农”问题，不能表面化就事论事，只有出台综合性治理政策才有可能解决问题。另有学者也指出，对于如此严重的、全局性的农村危机，需要一揽子解决计划，需要一步到位，直接抵达大本大源。
在复杂事物发展过程中，看问题要抓主要矛盾和矛盾的主要方面，这是唯物辩证法的基本道理。要解决中国“三农”问题，必须抓住“三农”问题的主要矛盾和矛盾的主要方面。中国“三农”的一个最基本特征就是农民数量与资源禀赋之间的矛盾突出。人口多，人均资源少，尤其是人均耕地面积小，人地关系高度紧张是中国最基本的国情，也是“三农”问题的主要矛盾。中国农村有人口9亿之多，有劳动能力的人至少有5。5亿之多，每年还新增劳动力1000多万，而据测算中国的土地最多只需要1亿多农业劳动力就足够了，所以中国农村存在着4亿多剩余劳动力。以人口增长速度和提供的劳动机会计算，至少在40年后，中国还依然面临着劳动力过剩的问题。众多的劳动力在农村内部无法消化，只能向城镇转移，而城镇（市）化也是许多发达国家在发展过程中必经的阶段。
第一部分 第47节：国脉（22）
综合中国“三农”问题的主要矛盾和“三农”问题产生的原因，解决“三农”问题的根本途径是：“站在全国、全球范围内，以市场化改革为导向，发挥国家、政府的主导作用，调动农民的积极性、主动性，利用各种途径减少农业人口数量、转移农村过剩人口、实现农民非农化。——国内立足国情，国际寻找优势；劳动力自由化，土地资本化；国家解放农民，支持农民，农民发挥自我主体功能；大力发展农业产业化经营，加快城镇化建设步伐，实现农民非农化。——这是破解三农问题的大方向。”《三农问题的根本出路》，马泽文，《经济界》，2003年02期。
农村人口向城市有序转移是中国稳定发展的关键，而增加农民收入、提高农民生活质量是一把打开中国通向稳定繁荣之门的钥匙。“增加农民收入——农民购买力增强——城市经济发展、就业机会增多——农民转移加快（实现有序转移）——农民收入增加，这样的结果是城乡良性互动、共同稳定发展。”《“三农”问题不会导致中国崩溃》，李昌平，中国学术引擎网，80075/xingzhengguanli/200807/24？174944。shtml。
问题的是非曲直早已清楚明了，作出正确的结论似乎也并不需要多少高深的道理，关键是需要拿出面对问题和付诸行动的勇气。
2002年，中共十六大第一次提出要统筹城乡经济社会发展；2003年，中央农村工作会议提出，全面建设小康社会，重点和难点都在农村，要把“三农”工作作为全党工作的重中之重，要求对农业实行“多予、少取、放活”的方针；2003年10月，中共十六届三中全会提出了“五个统筹”即“统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济社会发展、统筹人与自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放”的“五个统筹”发展思想。的科学发展观，其中排在首位的就是要求“统筹城乡发展”。
2003年前后，中国总体上已进入“以工促农、以城带乡