沈惟敬和杨方亨离了接见所返回驿馆，好半天才歇过来，“沈先生，你不是说万丈水涓无滴漏吗，出了这么大的乱子，这可怎么办啊？”
“不要怕，开弓没有回头箭，只要你我统一口径，就说册封大典非常圆满，难道朝廷远隔千里，还能知晓真相么？平秀吉的回书，我自会找小西行长去伪造一份，关键就看杨大人能否和惟敬同舟共济了。”沈惟敬咬牙道。杨方亨忙道：“那是自然，一切全靠沈先生运筹。”二人苦心商讨对策，一夜未眠。
册封大典以闹剧终结，但事情远没有结束，接到明使的书信后，朝鲜方面不情愿地派出了贺使，但并非如日方想像的重臣王子，只是两名官衔为州判的低级官吏，带的贺礼也是些粗布土产。秀吉闻报更加恼怒，面也不见，当即命人将朝鲜使节轰出大阪，而且下定了要继续征讨朝鲜的决心。
沈惟敬弄巧成拙，原以为日人头脑简单，只要秀吉接受了册封，他便可以交差，至于以后是凶是吉他都不管；不料“魔术表演”失败，没有能完成东封使命，只有再回过头来，骗自己人了。
秀吉驱逐朝鲜使节让他灵感突发，深思之后，写了一封折子，内中道：“平秀吉接受册封，习华音，三呼万岁，表示修好睦邻，但恐朝鲜不释前嫌，故尚未撤军，一时未具谢表。”并添油加醋地说丰臣秀吉如何对朝鲜没派高级官员来祝贺受封表示不满，暗示若议和有变，完全是日本和朝鲜之间有隙，和己无关。
过了两天，又到大阪街上买了许多日本土特产，伪称是丰臣秀吉回赠明朝的礼物，让随行人员拿了这封折子并礼物先行回国复命。杨方亨虽非君子，但毕竟是正统的朝廷官员，哪玩过这种把戏，看沈惟敬大刀阔斧地办理这一切，唬得他如醉如痴，不敢发一声。
沈惟敬哪管这些，又径直去找小西行长，要他帮忙弄一份丰臣秀吉接受册封的表文，小西行长惊魂未定，不敢答应；沈惟敬大怒，威胁要去太阁那里告发他，小西行长无奈，只得应允等事情平息一两个月后再设想盗取官印替他做假表文，方哄得沈惟敬满意而归。
12月，小西行长将一封伪造的回书表文送来，沈惟敬心知肚明，知道回京师必然将被治罪，于是让杨方亨先回，自己留朝鲜以“督促日本退兵”。
杨方亨于万历二十五年（1597年）二月回京，呈上沈惟敬买自日本的方物作为贡礼，并献上假造丰臣秀吉的谢恩表一道。
大明礼部官员对照上次小西飞来京时的表文，在验证丰臣秀吉的谢表时，发现印章是假的；加之得到朝鲜情报，倭将加藤清正已经奉命赴朝鲜整治军队，无数战船往来对马与釜山一线运送军力粮草，知道丰臣秀吉受封一事有诈。经过严厉追问，杨方亨吐露真情，将过错全部推到沈惟敬身上，并交出石星手书，书中有“如事办妥，荐（沈惟敬）为督抚”的话，神宗大怒，立刻逮捕兵部尚书石星下狱，并下旨派锦衣卫赴朝鲜追捕沈惟敬。
就在沈惟敬想着怎样瞒哄朝廷交差的同时，丰臣秀吉在2月22日发布了全国总动员令，各军团自肥前名护屋第二次出阵朝鲜，日本史称“庆长之役”，朝鲜称之为丁酉再乱。
具体兵力如下：第一军团加藤清正10000人，第二军团小西行长14700人，第三军团黑田长政10000人，第四军团锅岛直茂12000人，第五军团岛津义弘10000人，第六军团加藤嘉明13200人，第七军团蜂须贺家政11100人，第八军团毛利秀元30000人，宇喜多秀家10000人，另外侵朝各据点原有兵力为：釜山浦城小早川秀秋10390人，安骨浦城立花宗茂5000人，加德城高桥直次1000人，竹岛城小早川秀包1000人，西生浦城浅野幸长3000人，共计141390人。
日军作战的第一阶段目标为占领全罗、忠清二道，沿海筑城，巩固阵地，相机与明军决战，再行北进。从这一部署和作战目的来看，丰臣秀吉对第二次侵朝战争无必胜信心，缺乏第一次侵朝战争（所谓“文禄之役”）时的雄心壮志，参战的各大名因“文禄之役”损失过大，又无从补偿，颇为厌战，这次侵朝以前次俘获王子而又未受到多大损失的加藤清正最为积极，而主和的小西长行则不甚积极，小西行长手下人多次向朝鲜透露欲入侵的情况。
在中朝方面，万历二十二年（1594年）七月以后，明军主力已撤离朝鲜回国。朝鲜为加强国防力量，聘请了明军教官训练朝鲜军队，同时朝鲜大臣柳成龙按戚继光的《纪效新书》，打算自行练兵。
但是朝鲜国王李昖满足现状，根本不理柳成龙要求拨款购买明军火器、增加军饷的要求，而是把精力、财力都用在了重修王京宫殿上，大臣们则再次陷入党争，继士林派分裂为东人党和西人党后，两党又各自分裂为南人派和北人派、老论派和少论派。各党派在政治内耗中斗得是“其乐无穷”，最后连包括李舜臣在内的很多优秀将领都稀里糊涂地成了党争牺牲品，不是下狱就是罢官。和议近3年，朝鲜就这样白白地虚度时光，坐待战火重燃。
册封破裂之后，万历帝朱诩钧和丰秀臣吉的感觉一样，都认为受到了嘲弄，大怒之下决定誓死保卫朝鲜。既然倭人不识好歹，那就开战好了，这回不光是为了友邦，更是为了捍卫大明国的威严。
在他的严厉督促下，明朝庞大的官僚机构以少有的高效率再次组成了战时内阁，因为李如松正在辽东和土蛮作战（蒙古察哈尔部），改派麻贵为备倭大将军，佥都御史杨镐为经略，再以新任兵部尚书邢玠转任总督，统御全局，赐尚方宝剑。
麻贵是武将出生，在大同守边，有着丰富的作战经验。杨镐却是文人，万历八年的进士，在朝中有很多知交。虽然他也从过军，偕同大帅董一元，在雪夜里度墨山，袭击过蒙古，获了胜仗，但他绝不是能冲锋陷阵的勇将。这次他奉命征倭，在官阶上除了邢玠而外，以他最高，成为前线的总指挥。
这次明朝下定决心要打一场大仗，拟集中步骑兵14万人入朝作战，是第一次援朝兵力的4倍。
由于没有意识到日本宣战的突然性以及平定播州的战事正急，从南方抽调部队需要一定的时间，在5月之前，这14万人基本还停留在兵部的名册上，而在朝鲜境内，明军只有近5000人驻防。
6月，日军驻留在釜山的主力袭击朝鲜部队，杀死朝方郡守安国弘，大战一触即发。朝鲜国王李昖一边收拾财宝准备逃跑，一边轻车熟路地派人向明朝告急。到了6月底，明军援朝先头部队杨元、吴惟忠、陈愚衷军先后到达忠清、全罗道。杨元率军3000驻南原（属全罗道），陈愚衷率军2000驻全州（属全罗道），吴惟忠率军4000驻忠州（属忠清道），总兵麻贵坐镇王京，明军的到来给朝鲜君臣吃了一颗定心丸，日军忙又退回釜山。
中日朝三方剑拔弩张，沈惟敬也像热锅上的蚂蚁，虽然他并不知道石星下狱的消息，但从朝鲜的紧张形势中也嗅出了一丝危险的味道；但是过了个把月见没什么动静，又转而宽慰自己，不管怎么说，我现在还是大明的游击将军嘛，若是册封一事瞒过最好，就算不济，也可东渡日本，不愁无安身之地！嗯，俗话说，丰年需得望荒年，趁着现在双方都买我的账，最好左右逢源，最后无论谁胜谁负，都有我的好处。
他暗暗想着，居然不怎么担心了，借着游击将军的头衔，从驻朝明军中请拨了200营兵，以谈判为名整日穿梭往来南原和釜山两军营垒，按今天的话说，叫双面间谍。他这番举动虽然巧妙，在朝鲜没人识得破，奈何杨方亨在朝廷里早把他给交待了，不出一个月，京里的锦衣卫来到朝鲜平壤，径直找到明军总督府，将批捕公文在邢玠面前一递，邢玠看过公文冷哼一声：“早知这厮不是好人，去，到王京找麻提督，让他把沈惟敬捉拿归案！”
麻贵在王京接到驻守南原的明军情报，说日本频繁调动，可能有开战的企图，希望派兵增援，麻贵虽然非常重视，苦于主力尚未到达，手中无兵可派，没奈何，只得和柳成龙商量，最后派全罗道兵使李福男带700朝鲜兵去南原，虽然不济，好歹也是数百条汉子，以壮南原明军声势。
正在心中烦躁时，接到邢玠要求逮捕沈惟敬的书信，他不由大怒，好啊，当前形势如此紧张，我军内部居然还有奸细，这还了得！此人深知我军在朝鲜布置虚实，须得尽快捉住。当下写信让驻守南原的杨元派人去宜宁缉拿沈惟敬，又恐他在当地有势力，建议以磋商议和事务为名诱捕。
沈惟敬可不是草包，一听麻贵请他去王京，马上意识到出事了，要是邢总督找我也还罢了，这麻贵是什么人？是和李如松一起平定宁夏啺菖崖业奶酥髡脚砂。椅掖枭桃楹停揪筒豢赡埽≡偎滴裁匆幽显扇死矗苛胝庑┲胨柯砑＃闹胁挥傻醚┝粒πα诚嘤么诺木僭谔猩宰ズ竺婊患路妥摺！�
沈惟敬穿过屋舍，径直跳窗到了后院，牵过马冲上大街，向城东釜山方向急驰，欲投奔日本人。候在厅里的军官早得了杨元吩咐，不敢大意，这时听得后院马蹄声响，知道跑了要犯，惊怒之下奔出厅门，翻身上马循声追了下去。
二人在宜宁城内上演了一出古代版闹市狂飙，一路上不知踢翻了多少菜摊铺子，其中惊险自不必说，直追出城外20多里地，还得数军官马术娴熟，终于追上，一番拳脚比拼将其制服，不一时后面的伴当赶到，众人将沈惟敬绑了径去王京归案。
7月15日夜，日本水军在九鬼嘉隆的指挥下，突袭朝鲜水军，日军以优势兵力向停泊在漆川岛（巨济岛北端西）的朝鲜水军实行水陆夹攻。接替李舜臣的朝将元均刚愎自用，根本没做好战争的准备，仓皇结阵，被围困三四重，战船尽被烧毁，士卒焚溺殆尽，元均本人也在逃跑中被日船发炮打死。闲山等岛屿尽被日军占领。
闲山岛在朝鲜西海口，右障南原，为全罗