打草稿，立刻“大喜”说：“当初我讨伐桓玄，在进攻覆舟山之前令旗也曾折断，没想到现在又碰上这个好兆头，看来今天破贼是确凿无疑的了！”
随后，晋军开始进攻。果然在刘裕的指挥下，看似严密的卢循军防线，顿时变得像纸糊一般，一道道被晋军突破，不多时，卢循军就在战场上被晋军完全压制。面对这种一面倒的战况，卢循、徐道覆大感意外之余，也都急红了眼：这是最后的决战了，岂容再败？两人都赶到前线，拿出最大的勇气，指挥五斗米道军拼死抵抗。但差一筹就是差一筹，不论卢、徐二人如何拼命，他们无法仍阻止刘裕军的强大攻势！恶战到最后，卢循军的抵抗最终还是毫无悬念地被压垮了，被杀的和投江淹死的卢循部众达一万多人，卢循和徐道覆分别乘小船逃走。五斗米道军其余的大部分兵士，不是投降，就是四处逃散。
得胜之后，刘裕收容了降兵，并大赦所有被胁迫的参与者。在下估计，逃散和被俘的卢循军兵士，肯定绝大部份都会称自己是被胁迫的，以刘裕的明智，当然不会去调查谁说得是真话，谁说得是假话。通过这项措施，使得卢循这些旧部的人心很快安定下来，重新成为晋朝的百姓。
差不多半年前，刘裕就对孙处、沈田子说过，他将在十二月破贼，果然说到做到。就在这个月，刘裕通过雷池、左里两次会战，将卢循与徐道覆的主力全部歼灭，而且他们的根据地广州也丢失了，基本上已丧失了东山再起的机会，剩下的扫尾工作，难度已经不大了。考虑到刘毅和不少对自己心怀不满的士族在朝，自己不能离开建康太远太久，以免生变。所以等左里之战结束后，刘裕本人就班师回朝了，只命令刘藩和孟怀玉二将率轻装部队继续南下，追击逃亡的卢循和徐道覆二人。
击斩徐道覆
在另一方，大败之后的卢循一路南逃，沿途收拾残兵败将，勉强又凑起数千人，赶往始兴。到始兴见到从番禺逃来的老父卢嘏和长史孙建之等人，才知道广州已经弄丢了，气急攻心的卢循只带着老父，拉上队伍，重新去反攻番禺。稍后，与卢循跑散了的徐道覆也带千余残兵逃到始兴，闭城据守，正好当了卢循的断后。
在他们身后，刘藩与孟怀玉的追兵正沿赣江南下，一路追来，于义熙七年（公元411年）正月越过南岭，围攻始兴。随后，已平定广州各郡的振武将军沈田子听到消息，也率部赶来与刘藩、孟怀玉会师，共攻始兴。说来也有些巧，他在路上与正南下的卢循擦肩而过，竟彼此都未发现对方。
尽管兵力悬殊、士气低落、外援断绝，但徐道覆不失为名将，仍咬牙坚持了近一个月，直到二月五日，始兴城才被攻克，徐道覆被斩，不过他也为卢循赢得了一个月的逃命时间。
假如卢循把这一个月时间用来逃命，像后来明朝海盗们常干的那样，泛舟东南亚，去欺负当地的土著居民，说不定还有一线生机，可他偏偏还想要夺回广州。因为当初刘裕派孙处、沈田子渡海远攻时，就只给了他们三千人马，打下番禺后又分了一大半给沈田子去攻取各郡，所以此时番禺的守军实力非常薄弱。卢循部虽然是残败之师，但还是要比守城的孙处部强大不少，而且五斗米道毕竟也在这里经营六年了，再加上又是善于蛊惑人心宗教组织，根基还是有点的。所以卢循围城后，又有不少当地教徒响应，连同原有败兵，竟然又凑起万余人，虽是乌合之众，但也可壮声势。因而就在始兴城中的徐道覆即将覆灭之际，番禺城中的孙处也处境艰难。
攻下始兴后，刘藩等人也得知了卢循正在围攻番禺的消息，沈田子便对刘藩说：“广州城虽然算得上险固，但原本是妖贼的巢穴，如今又被卢循围住，城中很难说不会发生内变。而且季高（孙处的字）兵力薄弱，不能坚持太久，一旦让卢循得手，重新占据广州，贼军的声势又会恢复。并且下官和季高一起历艰险，泛沧海，于万死之中收复广州，现在又怎么能看着他遭遇危险，不去拯救？”刘藩认为有理，于是就将兵力交付沈田子，让他率军南下救援番禺。
晋军援兵到达番禺郊外，卢循闻讯，忙统军前来交战。沈田子学韩信的战术，背水列阵，然后身先士卒，冲锋陷阵。不是败兵就是新兵的卢循军质量很差，马上就被沈田子一举击溃，晋军乘胜进击，卢循大败，只得率残部沿郁水（今珠江及其上游西江、邕江、浔江）向西逃命。孙处与沈田子合兵一处，继续追击卢循，先后又在苍梧（今广西梧州市）、郁林（今广西贵平县西南）、宁浦（今广西横县）三次打败卢循。卢循军眼看要全灭了，孙处却突发重病，沈田子停止追击，护送他回番禺（回到番禺后不久，孙处病死）。得到这个喘息的机会，卢循又死里逃走，南下袭占合浦（今广西合浦县东北），并从这里乘船下海，准备进袭交州。
交州杜慧度
此时交州的当家人，是还未接到正式委任状的交州代理刺史杜慧度。
杜慧度的祖上，原本是长安人，在曾祖父杜元这一代移居交趾，此后逐渐发展成为当地最有实力的地方豪族，到杜慧度的父亲杜瑗时，已官居日南、九德、交趾三郡太守。当时晋朝派腾遁之来担任交州刺史，在交州很有势力的另一地方豪族，九真太守李逊不愿意接受这位中央领导，派两个儿子阻断水陆要道。杜瑗便出兵击斩李逊，迎接腾遁之到任，并因这项功绩加授为龙骧将军。
谁知这位新来的腾刺史，水平和后来共产国际派到中央苏区的李德顾问差不多，上任之后草率行事，与南方林邑国（统治今天越南南方的古国，又称占城或占婆）不断发生武装冲突，还连连失利，眼看形势不妙，拍拍**走人，林邑王范胡达（世界史常称其梵名：拔陀罗拔摩一世）乘势大举进犯，连破日南、九德、九真三郡，围攻州政府所在地交趾郡。危急时刻，杜瑗捡起腾遁之扔下了烂摊子，与第三子杜玄之一道守住了郡城，并与林邑军队几次恶战，大破敌军，收复三郡，把范胡达赶回林邑。此次事件以后，杜氏家族在交州的统治地位已无可争议，杜瑗顺利成为交州刺史，实际上处于半独立状态。卢循占据广州时，以为杜瑗可用为援手，曾遣使通好，结果被杜瑗斩杀，从此双方结仇。
义熙六年，八十四岁高龄的杜瑗病逝，交州当地官员共同推举他的第五子杜慧度继承父职，因为晋朝中央实际上已不能左右交州的人事任免，而且杜家一向也很尊重朝廷，便很爽快地批准了杜慧度的继任，只是由于路途遥远，又受战乱阻隔，诏书暂时还没有送到。
卢循之所以选择进攻交州，原因有三：一、双方本来就有仇，过去的杜瑗老爷子不好惹，现在的杜慧度应该好欺负一点，就让他子还父债吧；二、原先被杜瑗击斩的李逊，有两个儿子李弈和李脱还活着，并集结了当地的俚、獠等少数民族武装近五千人，时时准备报仇，所以进攻交州有一支现成的同盟军；三、这一点更重要，合浦不是久留之地，等过几天晋军再杀来，不去交州，还有地方可去吗？从后来的历史看，卢循进攻交州的第二、三项原因是比较中肯的，第一项则属于判断失误，因为杜慧度比他父亲更不好惹！
四月，卢循率领他已经不多部众下海，穿过今天的北部湾，从红河入海口进入交州，逆流而上，直取交州首府龙编。杜慧度的消息也挺灵通，率州中文武官员与当地武装共六千人在龙编东南的石崎迎击卢循。因为石崎是卢循与李弈、李脱约定好会师的地方，卢循大概把岸上这么多人都误当成友军了，突遭杜慧度迎头痛击，战败，卢循的长史孙建之当了俘虏。等李弈、李脱的人赶到石崎，杜慧度已经得胜回师龙编了。
此时，卢循的部众据说还有三千人，加上李弈、李脱带来会合俚、獠山民，又凑起了八千人，兵仍不算少。于是卢循并不因石崎的失利而气馁，明知山有虎，偏向虎山行（只可惜他不是武松）！继续向龙编前进。
卢循之死
六月二十五日，卢循军逼近龙编南郊的渡口，他事先已下令三军，今天要打进城后再吃饭！可怜的卢循部众，连饱死鬼都当不上了，因为杜慧度正在这里等着他。杜慧度一回到龙编，就尽出杜家私产，犒赏三军，他的弟弟交趾太守杜慧期和九真太守杜章民也带人来援。因为在水军方面交州军仍弱于卢循军，故而杜慧度选择了河面较窄的南郊渡口作为战场，事先将步军埋伏于河两岸，而杜慧度本人则率船队迎击，将卢循诱进伏击河段。
不知是因为卢循轻敌，还是因为李氏兄弟报仇心切，卢循军很快就上当，冲进了杜慧度设下的口袋。两岸伏兵齐出，向河中央的卢循船队投掷一种特制的武器——雉尾炬。所谓雉尾炬，是以锋利的铁簇为芯，在它后面绑上浸油的束草，再用铁皮捆扎，外形有的像野鸡尾巴，或者是放大的鸡毛毽子，故称雉尾炬。使用的时候，先将尾部的束草点燃，然后迅速扔出去。和羽毛球的原理类似，它一旦飞出去，就一定是铁簇尖朝前，撞上敌船往往就钉了上去，而它的尾部已经是一团火，所以一旦钉上就几乎没法拔下了，用来近距离攻击古代木制的各种战船、车辆，非常有效。在满天飞舞的雉尾炬攻击下，不一会儿，卢循的船队便化成了河面上的火龙，部众完全溃散。
卢循自己也中了箭，又突围不得，知道这次算玩完了，要想不当俘虏，最好是自己了断。卢循是一个很讲究生活档次的人，虽然他之前屡屡失败，手下只剩下几千人，但身边仍有一群娇媚的妻妾歌妓跟随，行军之余，仍可随意进出花丛中。现在他要走了，却没有徐志摩的洒脱，决心在挥一挥手之余，也要带走他的花丛。卢循走进自已的座舱，先毒死妻子（大概就是孙恩的妹妹），然后招集妓妾们问：