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尽管没有GPS，也没有无线电联系，但刘裕对数千里之外远征军行程的计算大体仍是准确的：就在十一月二日，孙处、沈田子率领的远征舰队经过数月的艰苦航行，终于到达广州番禺。当时卢循率主力远征，番禺的守兵不多，而且自以为远离战场，根本没想到晋军会从海道千里来袭，因此毫无防备。晋军到达离城只有十余里的东冲时，城中守军还一无所知。此时正好天降大雾，孙处、沈田子二将率士兵悄悄登陆，从四面突然包围番禺，当天就攻下了城池。城陷之时，卢循的父亲卢嘏、以及长史孙建之、司马虞尪夫等人乘小船逃往始兴，其余没跑脱的亲友党羽则全被诛杀，卢循经营了六年的广州根据地就这样说没就没了，他一旦战败，将无路可逃，只是他现在暂时还无从得知。随后，孙处留在番禺安抚居民，沈田子率军出击，夺取岭南的其他郡县，完全收复广州。
在估计孙处、沈田子应该已经完成了对广州的战略迂回之后，刘裕率西征部队进至雷池（当时长江北面的一个湖泊，位置在今湖北与安徽两省交界的大官湖、龙感湖及泊湖一带，成语“不越雷池一步”的典故就出自这个地方），距离卢、徐二人此时的驻地寻阳只有百余里了。就这样，到十一月底，经过刘裕的策划和刘道规的奋战，卢、徐的五斗米道军团已经被装入了一个由东面刘裕军、西面刘道规军和南面孙处军组成的巨大罗网之中，最后的清算，即将开始……
雷池之战
再说这几个月以来，卢循也没闲着，一直在寻阳片刻不停地重组军队，重修战船。因为荀林、徐道覆都打了败仗，他虽尽了最大的努力，也没能恢复进军建康时的实力，但也还是凑起了数万大军，兵力仍然可观。他又见刘裕虽然出师，但一个多月过去，现在才走到雷池，行军好似蜗牛爬，这是为什么呢？卢循经过一番仔细分析：莫非刘裕也有些怯战？是啊，仔细想一想以往的经历，情况也并不是太悲观，虽然我们让他扁了这么多次，但次次都是陆战失利，至于打水战，我们还没有输过嘛！
基于这个判断，卢循与徐道覆商议之后，决定向东出击，与刘裕在水上决战，如果取胜，就可一扫最近屡败的晦气，再次进攻建康。为了防止刘裕守在雷池水寨中不出来，依靠水陆协同抵消水战不强的劣势，卢循军扬言：将不攻雷池，直接沿江而下，进攻建康，攻其必救，这样刘裕就非得出水寨与我军决战于水上了！
刘裕一听到这个传言，就知道卢循准备决战了。事实和卢循的设想有一点差别：刘裕行动迟缓的原因并不是怯战，正相反，他对打赢这一仗信心十足。不过刘裕也还是有一点担心，只是他担心的原因要是说出来，估计能气死徐道覆（也太不把我们当回事了）：按照刘裕的计划，卢循、徐道覆战败后应该往南逃，好去钻他布好的大口袋，可万一这俩老朋友一时心血来潮往东逃，出长江去他们的舟山老根据地，那边并没有相应的准备，事情就有些麻烦了。为此，刘裕抽出二百艘战船，命王仲德率领前往下游的吉阳（今安徽东至）设立封锁线，在那里长江的航道比较窄，王仲德将战船一字排开，横断江面，阻断卢、徐可能的东逃之路。（即将开战之前，还抽出这么多兵力到非交战地域，该说刘裕轻敌呢？还是卢循、徐道覆已经不值得他重视了？）
完成这项布置后，十二月一日，刘裕移军到雷池东岸的大雷。第二天，卢循、徐道覆的大军倾巢出动，从寻阳出发，沿长江而下。没过多长时间，大江之上就布满了卢循军的战船，而且后边还在源源不断的冒出来，从头看不见尾，兵势颇盛。根据惯性思维，卢循认为晋军的战船较小，所以他准备使用的战法是撞击，将他的楼船每两艘用铁锁连在一起，加强撞击时的质量（庞统的连环计，是不是有点眼熟？）。
面对卢循大军的来犯，刘裕先分派马步军准备了大量火攻的用具，设伏于西岸（关于这次战役发生的具体地点，史书的记载有些模糊，这个西岸，在下怀疑是指雷池的西岸，如是在长江内，此段长江差不多平行于纬度线，似应记成南岸或北岸。故此役的主战场可能就在雷池内，以下的叙述有一部分出自在下这个猜测，无史料可确证）。
刘裕先命令航速快的斗舰出击，且战且走，将卢循水军诱入雷池。待卢循水军进入雷池，刘裕已率晋军水军在其东面列阵完毕。布置妥当后，刘裕亲自敲响战鼓，挥动令旗，指挥晋军全力迎战。由于之前卢循军在水战上曾经次屡打败晋军，此时声势又有颇有些浩大，晋军有不少将领仍有些怯战，右军参军庾乐生登上战船上之后，拒绝执行刘裕的命令，就是不前进。刘裕二话不说，立即命将庾乐生斩首，这下子诸将再不敢迟疑，纷纷踊跃向前。
此时晋军战船本身的质量，已不逊色于卢循军，更配备了大量当时的先进武器——万钧神弩，用它打穿卢循军战船上的船板，就像用手指捅破窗户纸，这种无坚不摧的威力，让卢循军的士兵深受震撼，惧意顿生。同时刘裕亲自座镇中流，晋军将士全都奋力攻击，再加上此时刮起东风，战不多时，卢循军便受到压制，渐渐被逼得一步步后退，逐渐靠近西岸。早已在西岸等候多时的晋军步骑兵一待卢循军的战船近岸，立即冲出，用准备好的纵火器具投向这些战船。卢循军船大，又有铁链连锁，在近岸的浅水区越发行动不便，顿时纷纷被点燃，变成水面上的一个个大火炬，整个战场都被遮天蔽日的烟雾所笼罩。曹**在赤壁犯下的老错误，卢循又犯一次，结局竟也相同，这些船上的士兵哪还有什么战意，不是被烧死，就是跳水逃生。但岸上就是晋军，又能往哪儿逃？卢循军那些还没有被烧着的战船已顾不得落难的战友，慌忙掉头，向寻阳方向逃跑。刘裕乘势挥动水陆大军紧紧追赶，卢循的败军又一路抛下无数的沉船和尸体。直至深夜，刘裕军停止追击，卢循等人才得以逃回寻阳。
中国古代战船：楼船
我国古代一种甲板建筑特别巨大，船高首宽，外观似楼，所以被称作“楼船”。船大楼高，可远攻近战，由于古代水战多以弓箭对**以及船只对撞和跳帮肉搏为主，舰船的大小直接决定单舰所能容纳的水手和战士的数量以及舰船的撞击力，所以楼船在古代很大程度上担任了水战主力舰只。但由于船只过高，重心不稳，故多在内河水战中担任主力。
中国古代战船：斗舰
古代一种装备较好的战船，自三国时期一直使用到唐代。船上设女墙，可高三尺，船下开擎棹孔。船内五尺，又建棚，与女墙齐。棚上又建女墙，重列战士。前后左右树旗，幡，金鼓。舷上有女墙，墙下船舷开棹孔，甲板上有棚，棚上又有女墙，棚上无覆背，前后左右竖旗帜金鼓，用来指挥作战，可壮声势。《武经总要》：“斗舰者，船舷上设女墙可蔽半身，墙下开掣棹空，船内五尺又建棚与女墙，其棚上又建女墙重列。战士上无覆背，前后左右树牙旗金鼓。” 船身两旁开有插桨用的孔，船周围建有女墙，女墙上皆有箭孔，用以攻击敌人。船尾高台上有士兵负责观察水面情形。
中国古代战船：蒙冲
中国古代具有良好防护的进攻性快艇。又作艨冲、艨艟。东汉刘熙《释名．释船》载：“外狭而长曰蒙冲，以冲突敌船也。”可见蒙冲船形狭而长，航速快，专用以突击敌方船只。蒙冲有3个特点：①以生牛皮蒙背，具有良好的防御性能。②开弩窗矛穴，具有出击和还击敌船的作战能力。③以桨为动力，具有快速航行的性能。
左里之战
卢循、徐道覆经过雷池大败之后，发现形势已经很明显，原来水战他们也不再是刘裕的对手！东进肯定是无望了，再等下去必然陷入刘裕与刘道规兄弟的两面夹攻。现在唯一的出路，好像只有南逃回广州了（此时他们尚不知道广州已失）。
没等卢、徐二人议出结果，刘裕已经不想让道爷们久等了，他将雷池之役中未参战的王仲德部从吉阳招至，任命他为先锋，留辅国将军孟怀玉守雷池，大军再次对卢循军发起进攻。
得到刘裕军将至消息的卢循，很快放弃了寻阳，沿赣江南走，向豫章方向撤退。但刘裕军紧追不止，为了能够带着抢掠来的物资从容撤走，卢循决定在彭蠡泽（古鄱阳湖，比今天的鄱阳湖小得多）中段最狭窄的腰部，一个叫作左里（又名左蠡镇或左麟镇，在今江西省都昌县西北的左蠡山下）的地方据险阻击刘裕追兵。
为了守住左里，卢循投入了他剩下的全部主力部队，并全套照抄了在建康之战中从刘裕那里学来的战术：在河道口打下木桩，阻止刘裕水军进入赣江，在沿岸布设木栅，构筑防御阵地。可谓精心设防，严阵以待。十二月十八日，刘裕所率的大军追至左里，大战即将再次打响。
开战前，刘裕从远处仔细察看了卢循军的布防，对他们防御部署嗤之以鼻（山寨版的质量岂能超过原版？），立即指挥各军，准备攻击。正当刘裕手挥令旗，指挥各军行动的时候，不知是否因他一时用力过猛，令旗竟然“咔嚓”一声折为两断，旗子顺势飘落到湖水中。在场的人都大惊失色，认为这是不详之兆。但刘裕是干什么出身的，撒谎从来不用打草稿，立刻“大喜”说：“当初我讨伐桓玄，在进攻覆舟山之前令旗也曾折断，没想到现在又碰上这个好兆头，