名声很差（大概与石虎类似），因而桓玄很看不起这个侄子，从未给予他重任。后来，桓振曾感慨说：“叔父不肯早点用我，才落得今天的结局。如果叔父尚在，以我为先锋，那么平定天下也不是难事！如今只剩下我一个人（随口就把辈分比他高，官比他大的桓谦华丽地无视掉了，可见其人的傲气），不知将死在何地？”
麻痹大意的刘毅等西征将领等听说桓氏重夺江陵，已经煮熟的鸭子竟然又飞了，才开始发起新的攻击。刘毅首先攻克巴陵（今湖南岳阳），将散布虚假消息的桓氏旧将王稚徽斩杀。随后，何无忌、刘道规二将在马头（今湖北公安西北）打败桓谦，在龙泉（地处江陵之北）打败桓蔚。西征军连战连胜，何无忌不由产生了轻敌之心，决心不等刘毅到达，便直取江陵。只苦了荆州各郡的太守，早知如此，旗子不该换这么快的……
桓振不愧桓家最后一员名将，并没被前线的节节失利所吓住，仍在冷静地捕捉战机（这点正是桓玄最欠缺的，他总是一见前线不利就惊慌失措）。他估计到西征军屡胜而骄，而且本就不很多的兵力又暂时分散，知道机会来了。于是桓振出城，在江陵城西的灵溪主动出击何无忌军，同时让老将冯该设伏于附近杨树林中。一经交战，桓振诈败诱敌，何无忌因为屡胜未加防备，贸然追击，中伏大败，被斩首千余人。这样，自刘裕京口起兵以来，桓家的荆州军终于赢得了对北府军第一次像样的胜利。
桓氏败亡
毕竟是在桓家势力树大根深的荆州，桓振取胜后，荆州军声势大振，刘毅与何无忌、刘道规虽然合兵一处，也感到暂时无力继续进攻，便收兵撤回寻阳，同时上书请罪。不久，建康朝廷的处理决定下来了：因刘毅是主帅，故承担主要责任，免除刚刚担任没几天的青州刺史一职，而且没过几天，这个职位就让刘裕给兼任了。这次战败的主要责任人明明是何无忌，可最重的板子却落到刘毅头上，二刘之间隐含的矛盾继续加深。
桓振打退刘毅的西征军后，接着又打败了东进的益州军，斩益州将领柳约之，桓家在荆州的统治暂时又稳定下来，但在其它地方，桓家就没这样的好运气了。六月，毛璩攻克汉中，斩梁州刺史桓希（看来就算当初桓玄没有改变主意，真去了汉中，好日子也不会长久），梁州丧失。
更糟的是，建康方面当然不可能对桓家重据荆州无动于衷，更何况此时晋朝的两个中央中，建康政府已明显强于江陵政府，只要略假时日，刘裕所能动员的军队很快就会在实力上压倒桓家军。
“好心”的刘寄奴没让桓振等太久。几个月后，建康新政府对桓家的第二次讨伐开始了。鉴于桓振的确有两把刷子，并不太好对付，刘裕采用了类似于当年高祖破项羽的战略，兵分两路。主攻的方向仍以刘毅为主帅，在得到刘敬宣的增援后，沿长江西上，连克鲁山城（今湖北武汉市汉阳区）、偃月垒（今湖北武汉市武昌区西南）、巴陵，打败桓家老将冯该；助攻方向由南阳太守鲁宗之指挥，南下进攻襄阳，还没怎么打，桓家的雍州刺史桓蔚便仓皇弃城逃回江陵。如此，刘毅与鲁宗之两军，南北呼应，夹击荆州。
桓振在江陵一琢磨，两相比较，当然是刘毅的威胁更大。于是他于元兴四年（公元405年）正月七日从江陵出发，挟持着安帝司马德宗，出江津（今湖北沙市东南），进攻刘毅。刘毅一见桓振出来了，便命全军扼守马头（今湖北公安西北），坚壁以待，就是不与他交战。这个战略的妙处就在此：反正现在桓家就桓振一个人能打，但你总不会分身法，要对付南边就顾不了北边，反之同样。所以，桓振，你认栽吧，就不和你打，玩死你！
果然，北面的鲁宗之乘桓振南出的机会，大败桓家军将领温楷，推近到纪南（地处江陵西北，即古楚国的都城郢），而桓振面对刘毅，却求战不得。无奈之下，桓振派人去见刘毅，提出和谈条件：桓家可以把皇帝送回建康，但要求停战，同时让桓家保有荆、江二州的地盘。怎么，想求和？我们可很愿意打下去。刘毅二话没说，一口回绝。桓振气得跳脚，可又拿刘毅没有办法，而鲁宗之在桓家后院放得火已到非救不可的时候了。桓振只好收兵，然后命桓谦、冯该防守江陵，自率大军北上进攻鲁宗之。
刘毅等得就是这个机会，桓振一走远，刘毅立即挥军出击，大败冯该于豫章口（江陵东南），守城的桓谦已经吓破了胆，慌忙和桓蔚、桓怡等桓家兄弟，以及何澹之、温楷等败将一起弃城出逃，桓家大本营江陵被攻克。皇帝司马德宗和琅琊王司马德文兄弟，也总算摆脱了桓家的控制，被西征军解救出来（只是司马德文等人可能没有想到的是：这次出狼窝的代价，是进虎口）。
再说桓振到底厉害，他挥军北击，大败猝不及防的鲁宗之。但他知道强敌在后，不敢穷追，得胜后连忙收兵回江陵，谁知还是晚了一步。到达江陵城北不远处时，桓振的士兵看到城头火光冲天，知道江陵已经沦陷，各自的妻儿老小多在城中，刹时斗志尽泄。而且这次江陵失守与上一回不同，上次江陵城几乎就没什么守兵，而此时城中都是很难对付的北府兵了！桓振军军心开始瓦解，先是出现一两个逃兵，溃逃马上像急性传染病，越来越多，迅速扩散到全军，桓振纵然声嘶力竭地喝斥，但也无法制止，桓家军终于抛下兵器旗帜，一哄而散！
这次战败之后，桓家军主力尽失，残存的几个主要人物此后天南地北，生死茫茫：
桓玄的老臣卞范之，在江陵被攻陷时，不知是因为出逃不及时，还是他对现实感到绝望，已经不愿意再逃，被克城的刘毅军俘虏，立即被斩首；
老将冯该，在石城（今湖北钟祥）被刘怀肃逮捕，就地处决；
曾是前秦太子的苻宏，带着少数残兵在各地流蹿，五个月后被刘毅、刘道规等消灭；
不服输的桓振，在湖北打了两个月的游击，竟然乘着晋军防备松懈的机会，奇袭南郡，赶走新上任的荆州刺史司马休之，再次夺回江陵！但他手下已经没几个兵了，很快，刘怀肃和刘毅的军队先后杀到，与桓振战于江陵之北的沙桥。
注定了必败的沙桥战场上，桓家这员最后的猛将与部下痛饮绝命酒后，拼死一战。桓振瞪着眼睛，奋力突击，几乎无人能挡！然而大势已去，他身边的人很快死光，桓振毕竟达不达刘裕的本事，也没有刘裕的运气，他在身中数箭之后，被刘毅的部将唐兴斩杀。桓振曾叹息自己不知身死何处，现在，知道答案了……
此后，未逃走的桓家族人基本上被杀光，只有桓胤一人因是桓冲的长孙，朝廷特别加恩赦免。不过好景不长，两年后，桓胤被卷入子虚乌有的谋反案，被杀；
只有从江陵出逃的桓谦等人，几经辗转，后投奔后秦，被好客的后秦主姚兴收留，得到暂时的安全。谯国桓氏，这个曾在东晋影响力极大的名门，从此基本上退出了历史舞台。
卢循入粤
公元404和405两年，是南方政治版图大洗牌的日子，除了大楚王朝的旋起旋灭，刘寄奴的异军突起外，在岭南和巴蜀两个南朝外围区域，也发生了天翻地覆的变化。因为这两个地方的变乱，后来都与刘裕产生了联系，也有必要提一下。
引爆岭南变局的，是刘裕的老相识，五斗米道军的大当家卢循。自从卢大当家让刘裕从浙江赶到福建，又从福建赶着下了海，他就带着那帮子道友们在今天福建、广东一带沿海游荡了近一年。因为没有了刘裕的打击，卢循的处境大为好转，再次显示出他在拉帮结伙方面的过人才干，原本看上去已奄奄一息的卢循军，竟又像失去监管的传销组织一样，再次膨胀起来。
大约在元兴三年（公元404年）的六、七月份，重新恢复了元气的卢循，乘着晋朝的建康政府与江陵政府激战正酣，谁都无力顾及周边的机会，挥师攻入广州（可不要理解为今天的广东省会广州，而是约相当于今天广东、广西两省的大部份地盘），直逼番禺（广州的治所，属南海郡，这个才是今天的广州）。
别看两晋时代的广州比今天的广州市面积大出近百倍，但那时的岭南基本上还是未经开发的蛮荒之地，远不能与今天的广东相提并论。比如人口数量，偌大的广州没有今天广州市一个区的人口多，人口密度还比不上今天的西藏，即使放在当时也算人烟稀少，因此它是晋朝统治比较薄弱的地方。（《晋书？地理志》载：广州共辖十郡，六十八县，共四万三千一百二十户，按每户五人这个最常见标准计算，有二十一万五千余人；到了刘宋时代，按《宋书？地理志》载：辖十七郡，一百三十六个县，郡县数目增加的原因主要是郡县变小了，并不是广州变大了。这一点从户口就可以看出，共四万九千七百二十六户，人口总数二十万六千六百九十四，与东晋时代相差不大。当然，这两个数字多半统计不全，但即使放大一倍，也不过四十万人而已。今天的广州市，仅市区人口就高达九百三十五万，是当时整个广州的四十多倍！）
由于人口少，实力弱，广州一向在南朝政局中的影响力微乎其微，而且这里气候炎热，多生瘴气（这玩意儿好像人口一多自然就没了，不知究竟是什么东西），使人易生疾病，所以广州常常被晋朝用来流放失足干部，东晋政坛的广大上进官员们一向对广州刺史一职不屑一顾，例如桓玄就曾被任命为广州刺史，可在他看来这个刺史的职位还不如义兴太守那个“五湖长”，宁可呆在荆州老家待业，也不去上任。
不过，再小的嫩叶，也会放出氧气，当时的广州也不可能没有强项。由于它“包带山海，珍异所出，一箧之宝，可资数世”，像合浦的珍珠、南海的珊瑚，还有从南方林邑、扶南等国进口来的象牙、