，是“元兴二年”。这也是因政治需要而篡改历史记录的一个小例子。
刘裕此次在建康停留的时间并不长，政治稍上轨道之后，他便和刘穆之一道返回了京口，把中央的行政权力实实在在的交给王谧。这一来固然是为了报恩，二来刘裕毕竟出身低微，向来为士族豪门所不屑，而他们此时在朝中仍然拥有相当大的影响力，对于这些人的反对，刘裕不能视而不见。再说，刘裕此次虽立下大功，但作为一个政治暴发户，资望还不足以完全压制朝野，不但在世家大族，就是一同起义的同志中，也还有很多人并不真心服他，如强行执政，极易成为众矢之的。
日本战国的最后终结者德川家康，在总结自己一生时，说过一句很睿智的话：“人生如负重远行，欲速则不达。”同样清醒的刘裕也懂得这个道理，此时以退为进，不失为明智（桓玄在这方面显然差远了，还没建下盖世的声望，就急匆匆地篡位称帝，弄得人心格外不服，终致失败）。而且王谧原先就是刘裕的好友，出身琅琊王氏这样的顶级豪门，非常符合当时官场习惯中的三公条件。且为人温和，此次更是感刘裕大恩，让他执政，一方面决不可能做对不起刘裕的事，和自己的代理人差不多，另一方面却能让刘裕在时机尚不成熟时免做出头鸟，一举两得。
当然，让王谧掌管朝政也不是没有阻力。王谧和刁逵都算得桓玄的佐命元勋，而且王谧的官位还比刁逵高得多，曾亲夺安帝的玉玺献给桓玄，如果以“附逆”论，王谧的罪显然比刁逵更大！可现在的结果是：王谧高升三公，刁逵抄家灭门！这怎么看也不像是秉公执法吧？朝野舆论对此愤愤不平，认为王谧罪大恶极，也应诛杀！如果只是一般人这么私下说说，到还不妨事，刘裕几次出面为王谧说话，也就大事化小，小事化无了。可树欲静而风不止，在持此论调的人中，出了一个不容忽视的重要人物，他便是反桓义兵的二把手：刘毅。
刘毅和王谧过不去，主要原因倒不是他正义感太强，而是出于人类一个最自然的情感反应：嫉妒，不是嫉妒王谧，而是嫉妒自己的战友，义兵的老大刘裕。
刘毅为人，心高气傲，只因形势所迫，反桓需要推刘裕为首，才可能成功，一但大业将成，究其本心，是不愿意久居刘寄奴之下的。但要怎么做才能咸鱼翻身，跳到刘裕的上头去？战功？那就别想了，他现在无法与刘裕相比，将来恐怕希望也不大！好在我们这位刘希乐虽然出身也不怎么高，却是位知识分子，诗赋清谈都很拿手，与多数士族豪门的交情远胜过大老粗刘寄奴，朝中人脉很盛。只可惜当今这位宰相王谧偏偏是刘裕的人，和自己交情不厚。如果能把王谧搞掉，刘裕在士族中就没有了代言人，就能把和自己关系良好的其他士族扶上台，比如谢琰的儿子谢混，这样我刘毅在中央的势力就能和刘寄奴分庭抗礼了！
于是，在一次朝会上，刘毅义正词严的喝问王谧：“皇帝的玉玺如今何在！？”直踩痛脚，让王谧大惊失色，以为这次大祸终于躲不过了，急忙出逃到曲阿。刘裕得知，立即让武陵王司马遵下制令让王谧回来，也亲自写信安慰他：有我在这里，你怕什么？这样，王谧又回到建康，一切职务照旧，朝廷还给他增加了二十人的警卫，刘毅最终也不敢有异议。
这件事就这样了结了，仿佛什么也没有变化，只是一道细细的裂纹，已悄悄出现在刘裕与刘毅，这对看似亲密的战友之间。
就象精美的景德镇瓷器，不管外形多么鲜亮美观，只要出现细小的裂纹，就绝不会自我弥合，只能随着时间的推移，越来越大。不久，这道裂痕随着刘敬宣的南归再次悄悄扩大。
再说刘牢之的儿子刘敬宣、女婿高雅之、以及司马休之、刘轨等人逃到南燕后，燕主慕容备德待他们还算不错，但刘敬宣等人并没因此安心当南燕的忠臣。在劝说燕军南征桓玄无效，又听到桓玄篡位的消息后，刘敬宣、高雅之与司马休之秘密制定了一个大胆程度堪比刘裕京口举兵的政变计划，打算刺杀慕容备德，拥护司马休之为主，在齐地复兴晋朝！
说实在的，这件事干得很不地道，挺忘恩负义的，而且成功的可能性几乎没有。他们中没有谁有刘裕的本事，而慕容备德不论在战场还是政坛，都是久经考验的老江湖，绝非桓玄可比。就算老马当真失了前蹄，慕容备德突然犯湖涂，硬让他们刺杀成功了，也不代表密谋就能得呈。这里可不是京口，主要实力部门都在慕容家族的掌握之中，慕容备德也是比较得人心的君主，无根无基的刘敬宣等人不可能接管南燕政权。
果然，接下去的程序便是：密谋—泄漏—失败—逃亡，刘轨和高雅之被南燕逮捕，随后斩首，刘敬宣和司马休之成功逃出南燕，躲藏到淮水与泗水一带（大致相当于今天江苏、安徽北部，属于东晋、南燕、北魏、后秦的四国交界地区）。正好刘裕京口起兵，听到这个消息，便写了一封亲笔信找人送给刘敬宣，请他回来。信送到后，左右的人怀疑此信有诈，但刘敬宣很信任老朋友：“刘裕不会骗我！”便与司马休之一起回国。
不出刘敬宣所料：刘裕确实感激他最初对自己的推荐提拔，确是诚心相邀，要报答当年的恩情，所以刘敬宣一回到建康，立即被任命为辅国将军、晋陵太守，封武冈县男。
刘裕和刘敬宣满意的同时，刘毅很不满意：他曾经在刘敬宣手下当过差，当时因为颇有才气，周围的人都认为他刘毅将来必为一代雄杰，偏偏当时的顶头上司刘敬宣却不这么看：“非同一般的雄材，应该有宽阔的**襟，刘毅怎么算得上？他为人外表宽厚而内心狭隘，自以为高人一等，如果有了机会，一定是犯上作乱，最后自取灭亡那号人！”刘毅听到领导对自己的这段评语后，恼羞成怒，从此将老领导恨得牙根痒痒：将来你刘敬宣落不到我手里到也罢了，你若落到我手里……嘿嘿，让你看看是谁自取灭亡！
现在，刘裕竟然以私废公，让这家伙无功受禄，真是岂有此理！算了，现在还得罪不起他，但高山不改，绿水长流，等着吧，总有算帐的那一天……
起居注
西逃的大楚皇帝桓玄，于三月中旬到达寻阳（今江西九江，时为江州治所），早被刘裕宣布为革命同志的江州刺史郭昶之迎接了楚帝的大驾，并竭力提供了大量的军需物资和后备兵员，一路仓皇的桓玄一行才算放下悬得高高的心：暂时安全了！稍后，曾劝桓玄不可逃跑的相国参军胡籓躲过义兵的搜捕，跋山涉水千余里追上桓玄。桓玄见到他后大喜说：“不想今天还能见到王叔治一样的义士！”（王叔治，指曹魏大司农王修。曾为孔融下属，黄巾起事时，他闻孔融被围，连夜冒死前往，共同赴难。后事袁谭，在袁谭被曹军诛杀后，不顾曹**“敢哭之者戮及妻子”的禁令，为袁谭收尸埋葬。曹**感其义气，将他赦免留用。）
不过桓玄仍不敢停留在寻阳，决定返回荆州老家。三月十四日，大楚皇帝桓玄带上退休的大晋皇帝司马德宗，一同西上。留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨、相国参军胡籓和郭昶之一起，驻防湓口（今江西九江市，湓水，即龙开河入长江处），阻挡晋军追兵。
安排停当之后，桓玄从容上路，因为危机已暂时过去，桓灵宝又迅速恢复了“伟大”！在船上，他开始抓紧时间撰写《起居注》。在《起居注》中，桓玄摆事实、讲道理，雄辩涛涛，充分证明了在最近进剿刘裕匪帮的战争中，他桓玄所做出的全部决策，无论战略战术，全都是最最英明、最最合理、最最无懈可击的！之所以从建康“转进”回荆州，完全是因为众将没有完全服从他的英明指挥，不听调度，才导致战局不是十分顺利！这样的事实多让人痛心疾首啊！但大家要相信桓家，相信大楚，紧密团结到大楚皇帝周围，就一定能渡过目前暂时的困难，走向新的胜利！
这样一篇好文章自然不会从天而降，需要作者呕心沥血地字斟句酌，桓玄拿出原来查找错别字时那种认真严谨的工作态度，全心全意投入写作！这项工作是如此地辛苦，以至于这些天桓玄都没有时间来和部属商讨一下目前的局势，和应该采取的对策。等到撰写完成，桓玄下令将这份《起居注》颁布四方，好让人民群众都能学习体会精神实质，了解对目前局势的官方正版解释，狠狠打击一小撮散布谣言的反楚分子！
所谓《起居注》，大致可以翻译成《大皇帝工作生活纪要》，是古代史官记录帝王言行的例行文件，常常成为编写史书时需要参考的基础档案。最早开始于汉武帝刘彻时，此后成为定制。按常规，《起居注》的编写唯真唯实，为做到这一点，故皇帝无权干预。对于有责任心的皇帝，《起居注》制度是对他们的一项约束。如李世民就曾请求（注意，是请求，不是命令）史官谏议大夫褚遂良让自己看一看《起居注》，被褚遂良一口回绝。李世民不安心，又问：“如果我有什么地方做的不对，你也要记下来吗？” 褚遂良答：“臣职责所在，不敢不记！”就是这么牛啊！可见在这方面，李世民远没有桓玄牛气，亲自**刀，替自己写《起居注》者，桓玄为中国历史上第一人！也是唯一一人！
四月三日，作家桓玄回到江陵（今湖北江陵，时为荆州治所），荆州刺史桓石康前往迎接，把刺史的府第搬出来，成为楚朝的临时行宫。桓玄重新任命文武百官，以卞范之为尚书仆**，负责日常政务，楚朝的中央政府又在江陵重新建立，它仍然控制有原晋朝约一半的疆域，还不能算弱小。
但楚朝这次“天子西狩”，让桓玄的威信大减，他生怕别人因此看不起他，除了颁布《起居注》外，还决定采用严刑峻法来重树声威。但如此一来，人心更加不服，上下离心