是一座普通的小山，如放在云贵高原的崇山峻岭间，估计连名字都不会有。但谁让它正处在古都建康城的边上，所处的地理位置太重要，便成了个战略要地。只要控制了覆舟山，即可俯瞰建康宫城，建康守军的一举一动，便尽收眼底。
三月二日，京口起事后的第四天早上，刘裕军逼近建康。他先让士兵稍事休息，饱餐一顿，随后命令将剩余粮食全部抛入水中，那意思很明确：要是打胜了，建康城里有我们的晚餐！如果打败了，我们一齐死！别指望还有第三条路！然后全军怀着决死的信念，进至覆舟山以东。
与此同时，驻扎在覆舟山的桓谦大军虽然人数比刘裕军多出十余倍，却正在军心浮动。本来也不是他们不能打仗，他们中间很多人都是久经战阵的北府老兵，平日英勇果敢。但是，我们凭什么给你桓家人卖命？桓家人害死了我们北府多少人？而且将要到来的敌人，正是我们北府的骄傲：百战百胜的刘裕刘大哥啊！兄弟们，你们愿意打吗？
没错，桓谦就是带着大量的北府老兵去覆舟山迎战刘裕的！在下不知道这个严重错误的主要责任人，是桓玄还是桓谦？只能感叹：你们难道不知道，士兵并不是没有思想，可以让人随意摆弄的机械啊！
决死不是送死，面对数量上有绝对优势的敌军，刘裕没有草率行事。他吩咐队伍中的老弱伤兵携带大量旗帜，攀登上覆舟山东边的蒋山（今南京钟山，因山上有蒋侯庙而得名），一路走一路插旗，不一会儿，蒋山和覆舟山之间的山谷间就布满了刘裕义军的旗帜。楚军的侦察兵不敢靠近，远远望见军旗遍野，就回去报告说：“覆舟山东边到处都布满了叛军，人数多得无法看清！”楚军众将更加惊慌，桓玄忙派武卫将军庾颐之，率精锐的预备队赶去支援。还未交战，也不知刘裕将如何出招，便早早使用预备队，可见桓玄的慌乱。
还未开战，楚军在气势上已败。
准备就绪，刘裕与刘毅等将，分率军士，开始猛攻桓谦大营。一如既往，刘裕仍然是一马当先，冒着楚军的刀枪箭矢，带头冲锋！义军将士们跟随在后，奋勇作战，无不以一当十，喊杀之声震天动地，连在建康宫城的桓玄都能听得到！这时东北风正烈，刘裕命大家顺风纵火，刹那间风助火势，烟雾弥天，向楚军方向席卷而去。本来就很不在状态的楚军，在刘裕军的猛攻之下斗志尽失，稍作抵抗便全军崩溃，桓谦、卞范之等大将都转身而逃，楚军大败！
楚帝遁逃
他们的皇帝桓玄呢？早在他命庾颐之前去增援桓谦之时，也另命亲信，领军将军殷仲文去石头城准备逃跑用的船支（和刘裕在覆舟山之战前抛弃余粮的作法，可谓对比鲜明！）。过不多久，桓谦战败的消息传来，大楚皇帝忙声称要亲自去前线督战，率数千名亲信卫士，带上最喜爱的儿子桓升、侄儿桓浚，出宫城南掖门，打算逃往石头城码头。
桓玄一行人还没走出太远，路遇相国参军胡籓。胡籓是位忠勇之士，发现皇上要逃跑，忙拦住他的马头，苦劝说：“现在禁卫军还有八百名弓箭手，全是忠勇可靠的荆州老兵，他们世代受桓家恩惠，都愿效死力！不带着他们与叛军决一死战，却抛弃京城逃亡，连都城都不守，天下虽大，又能逃得到哪儿去？”
桓玄此时已哽咽地说不出话来，只是举起马鞭，朝上指了指：天意如此啊！然后不再理会胡籓，挥鞭打马，带着一行人急奔石头城，与殷仲文会合，上船西逃。逆江而上，船行的自然缓慢，而桓玄的心情，比他的座船更加沉重，整天吃不下东西。再加上出逃仓促，准备不足，左右献上的饭菜十分粗劣，估计也就大学食堂的水平，让吃惯了山珍海味的桓玄更觉难以下咽。
桓玄五岁的儿子豫章王桓升，还没法理解这个大人的世界究竟发生什么变化，一向和颜悦色的父亲为何看见自己也不再笑了？乖巧的小男孩为了让爸爸高兴，使劲地用小手为爸爸按摩**口。桓玄见此情景，更加悲伤地不能自制，终于不顾体面，放声痛哭……
此时，刘裕率讨桓义军已进入了都城建康。躲过了桓玄搜捕的王仲德，抱着哥哥王元德的幼子王方回，站在路边等候。刘裕一看见他，便上前慰勉，从马上抱过王方回。只不过几天时间，与王元德等多少志士已是天人两隔，想到伤心处，刘裕与王仲德一起，相对大哭，同洒英雄泪。哭罢，立即追赠王元德为给事中，任命王仲德为中军参军。
差不多同时，南中国命运的两位主宰者，不论胜利者还是失败者都在抱着一个男孩流泪，这情景，是何其相似，又何其不同啊！
三月三日，京口起事后的第五天，刘裕进驻石头城，晋帝国的临时看守政府在建康城重新建立。刘裕只用了不到一周的时间（还可以照常休双休日），就在几乎一无所有的情况下，连败楚军，让晋朝复生了！在下只能用两个字来形容：奇迹！
当天，将大楚帝国皇家宗庙中的桓温牌位取出，在宣阳门外当众烧毁，制作新的司马家历代皇帝牌位，送进祭庙。同时，新政府开始有条不紊地运作：一、分派将领，追击西逃的大楚皇帝桓玄；二、派尚书王嘏（读音：“古”）前往寻阳迎接安帝司马德宗；三、凡未能逃走的桓楚宗室，全部诛杀！
而这个新政府在名义上的最高负责人，正是大楚帝国留在建康的最高官员，司徒王谧。以他为首楚朝高官们，不无惊恐地看到时局变化如天翻地覆，苦思自保之策。共同商议一番后，决定联名推荐刘裕领扬州刺史。由于东晋的首都建康同时也在扬州，理论上扬州刺史的官位要大大高于其他州刺史。结果刘裕坚决辞让，反而推荐王谧担任侍中、司徒、兼扬州刺史，主管朝廷机要。此时刘裕的推荐，自然比朝廷百官的联名推荐效力要高多了，根据多数服从少数的原则，王谧顺利地变换角色，又成为晋朝新政府的最高官员。王谧当初善举，现在收到高额回报了。
和王谧相比，刘裕的另一个老相识，大楚帝国的豫州刺史刁逵，可就惨了！诸葛长民被捕以后，刁逵也不知出于什么原因，把他关押了几天，才决定用囚车押送建康，呈献给桓玄处置。谁知囚车才走到出历阳十公里的当利浦，就传来了建康城已被刘裕攻破，楚帝桓玄已经逃亡的惊人消息！押送诸葛长民的那批卫兵，反应可比刁刺史敏捷，立即砸烂囚车，放出诸葛参军大人。诸葛长民便带着这批刚才还在押解自己的卫兵，返身杀回历阳。
刁逵发现情况不妙，忙调动军队迎击，却发现已经没人听他这位刺史大人的命令了，只好弃城逃跑，可也没跑得了，被自己的部下抓获。这回就轮到诸葛长民下令，把刁刺史一家装进囚车，押送建康了。到了建康城，刘裕毫不留情，将刁氏一门，无论男女老少，除了给事中刁骋一人外，全都绑赴石头城斩首！刁氏是丹徒有名的土豪劣绅，素有“京口之蠹”的“美誉”，有良田万顷，奴婢多达数千人，在当地封山占水，家中财富堆积如山。这次刁家被灭门后，刘裕玩了一次劫富济贫，抄没了刁家家产，分给京口的贫苦百姓，让这些老乡们尽力去拿，能拿多少拿多少，花了好几天功夫，这些财物才被百姓们搬完（不过，能搬走的肯定是动产，史书没提刁家的不动产怎么分配）。
当然，王谧地位虽高，只是刘裕推出的门面，此时在建康更有实际影响力的行政官员，是刘穆之。刘裕进建康以后，几乎把所有重要行动的决策和执行，都交给刘穆之负责，将他当作最亲密的心腹，事事与之商量。而刘穆之也对刘裕竭尽心力，毫无隐讳，充分发挥自己的才干，对各种繁杂的问题都能很拿出相应的处理办理，而且无不恰当。
当时，经过司马道子、司马元显、桓玄三位不称职领导人在建康的轮番掌权，国家政令废驰，法制败坏，豪门贵族横行不法，受难百姓申冤无路。各种法令多如牛毛，又常常自相矛盾，让人无法适从，逐变成儿戏，几乎无人遵守。面对这种情况，刘穆之根据出现的具体问题，随时进行校正，以严刑约束不法，如同诸葛孔明治蜀。而刘裕本人以身作则，严格遵守，对犯令者决不姑息！如出身太原王氏的尚书左仆**王愉和他的儿子王绥，就被满门抄斩。不过十天，京城风气为之一变，文武百官都谨慎小心，尽职尽责的工作，不敢懈怠。尽管主要还是那批人，但刘裕与刘穆之等人的领导下，已经脱胎换骨，一个高效的、较为清廉的、在民众中有威信的政府建立起来了。
裂痕初现
因晋安帝一时半会儿还回不了建康（也许永远都回不了），为了让己方的行动显得更名正言顺，刘裕突然宣称接到了晋安帝的密诏（发现司马德宗总能根据桓玄或刘裕的需要，迅速提升智商，不知道他的主治医师是谁？如此超越时代的伟大医学家竟未能在史书中留一笔，真令人遗憾啊！）：为了国家大计，在自己回銮之前，可由晋元帝司马睿的孙子，也就是朕的堂叔武陵王司马遵代行皇帝执权（准确的说，是负责在刘裕及其同党拟好的文件上盖章）。于是给司马遵加侍中、大将军之职，除了桓氏一门外，大赦天下。
还有一件大事也是不能不办的，那就是改年号。“永始”是伪楚年号，当然不能再用。之前的“大亨”也是由“桓大亨”制定的，属于政治不正确的“邪恶年号”，也不能用。于是最后决定恢复当初由司马元显制定的“元兴”年号，这一年（公元404年）就变成了元兴三年。如果有细心的读者查一下正统的《中国历史纪年表》，就会发现这几年是一顺路的“元兴”，“大亨”和“永始”好象从来没有存在过，而在实际上，真正不存在的，是“元兴二年”。这也是因政治需要而篡改历史记录的一个小例子。
刘裕此次在建康停留的时间并不长，�