在办理前往波士顿的登机手续时，阿塔被称为CAPPS的计算机辅助乘客预扫描系统识别出来，该系统是为识别应采取特别安全措施的旅客而设计的。根据当时的现场安检规则，阿塔被CAPPS所识出的惟一后果就是，将他所登记的包裹与飞机隔离开，直到已经证实他登上了飞机。但这并未能阻止阿塔的计划。
阿塔和奥马瑞于6：45到达波士顿。7分钟以后，很明显，他接到其多年同伙马万·艾尔·谢西从洛根机场另一候机楼打来的电话。他们说了3分钟。
这是他们最后一次通话。
在6：45～7：40之间，阿塔和奥马瑞，与萨塔姆·艾尔·苏卡米、韦尔·艾尔·谢瑞以及瓦利德·艾尔·谢瑞一起，办理登机手续并登上了美利坚航空公司飞往洛杉矶的第11次航班。该航班预计于7：45离港。
在洛根机场的另一候机楼，谢西与费耶兹·巴尼汉姆德、穆罕德·艾尔·谢瑞、阿哈迈德·艾尔·哥汉姆迪以及哈姆扎·艾尔·哥汉姆迪正在办理联合航空公司第175次航班的登机手续。该航班也是飞往洛杉矶的。谢西的几个同伙很显然不习惯于旅行；据联合航空公司的检票员反映，他们不太理解一般性的安全问题，她不得不慢慢复述，直到他们给出惯常而可靠的回答。
他们的航班计划于8：00离港。
包括阿塔及其同伙在内的旅客经过的通往第11次航班入口的安检点，由环球保安公司根据其与美利坚航空公司的合同进行管理。在另一个候机楼，旅客通往第175次航班的安检门则由联合航空公司控制，由美国汉特雷公司根据其与联合航空公司的合同来实施检查。
在通过这些安检点时，每个劫机者都要受到一个步行通过式的金属探测器的监视，以检测出金属含量至少相当于22毫米口径手枪的物品。任何引发该探测器警报者将会被手持式探测棒检测——该程序要求检测者查明金属物或者引发警报的物品。另外，一台X射线机会对劫机者携带的行李进行检查，其目的是当场识别和没收武器及其他禁止带上商务飞机的物品。
没有一个检查点的监视人员能回想起劫机者或者报告任何有关监视的可疑情况。
就在阿塔在波特兰被计算机辅助乘客预扫描系统CAPPS选定的同时，其劫机小组的另外3名成员——苏卡米、韦尔·艾尔·谢瑞以及瓦利德·艾尔·谢瑞——在波士顿也被选中。这只影响到他们所登记的包裹，并未影响他们在安检点接受的检测。所有5人均顺利通过安检并走向美利坚航空公司第11次航班的入口。阿塔、奥马瑞和苏卡米在公务舱就座（分别是8D、8G和10B）。谢瑞兄弟在头等舱第二排相邻的两个座位上就座（韦尔在2A；瓦利德在2B）。他们在7：31～7：40之间登上第11次航班。飞机于7：40驶离登机口。
谢西及其小组成员均未被计算机辅助乘客预扫描系统选中，他们于7：23~7：28之间登上联合航空公司第175次航班（巴尼汉姆德在2A；谢瑞在2B；谢西在6C；哈姆扎·艾尔·哥汉姆迪在9C，阿哈迈德·艾尔·哥汉姆迪在9D）。他们的飞机于8：00之前驶离登机口。
华盛顿杜勒斯：美利坚航空公司第77次航班。在波士顿西南几百英里，位于华盛顿哥伦比亚特区弗吉尼亚郊外的杜勒斯国际机场，有至少5名男子正在准备踏上他们的早班航程。7：15，其中的2人，哈利德·艾尔·米赫德哈和迈杰德·默克得，在美利坚航空公司检票台办理飞往洛杉矶的第77次航班的登机手续。在随后的20分钟内，哈尼·哈居尔以及纳瓦夫·艾尔·哈兹米和塞尔姆·艾尔·哈兹米两兄弟，也办理了该次航班的登机手续。
哈尼·哈居尔、哈利德·艾尔·米赫德哈和迈杰德·默克得均被计算机辅助乘客预扫描系统选中。哈兹米兄弟也被在登记台的航空公司客户服务人员挑出进行特别检查，因为兄弟两人中有一人既没有照片进行身份确认，也不懂英语，兄弟两人均被认为可疑。他们被选定的惟一后果就是他们所登记的包裹与飞机被隔离开，直到已经证实他们登上飞机。
5名劫机者均通过了航空集散总站的西安全检查点；联合航空公司作为航空运输的责任人，将安检工作以合同形式委托给阿根布赖特保安公司。
该安检点的特点是，使用闭路电视录下包括劫机者在内的所有乘客接受安检的情况。7：18，米赫德哈尔和默克得进入安全检查点。
米赫德哈和默克得将其手提包置于X射线机的传送带上，并通过第一个金属探测器。两人均引起了安全报警器的鸣叫而被要求进行第二次检查。米赫德哈没有引发警报，被允许通过安检点。默克得引发警报后，1名安检人员用手持式金属探测器对他实施了检查，他也通过了这次检查。
大约20分钟以后，7：35，第77次航班的另一名乘客哈尼·哈居尔将两个手提包放在航空集散总站西安检点X射线机的传送带上，在通过安全探测器时，没有引起警报。一会儿，纳瓦夫和塞尔姆·艾尔·哈兹米进入同一安检点。塞尔姆·艾尔·哈兹米通过了金属探测器并被允许通过。纳瓦夫·艾尔·哈兹米引起了第一次和第二次金属探测器的鸣叫，并且在通过之前，被手持式探测器检查过。另外，他扛在肩上的手提袋经爆炸物检测器检查，也获得通过。录像带显示，他当时携带着一个不明物体。该物体在他的后口袋里，夹在口袋的边缘上。
当联邦航空管理局的地方民航安全办公室后来调查这些安全检查工作时，安检员们回想不起有什么特别之处。他们回想不起他们检测的乘客当中有被计算机辅助乘客预扫描系统识别出的人。我们要求一个安检专家审查手持式检测的录像带，他认为那位安检员的工作简直不着边际。安检员的工作职责应该是确定什么物品引起了安全报警器鸣叫，但是他对默克得和哈兹米很显然没有做到这一点。
７：５０，迈杰德·默克得和哈利德·艾尔·米赫德哈登机，在１２Ａ和１３Ｂ的长椅上就座。不久，哈尼·哈居尔跟随其后，在１Ｂ就座。哈兹米兄弟与哈尼·哈居尔一起就座于头等舱，两人的座位分别是５Ｅ和５Ｆ。
纽瓦克：联合航空公司第９３次航班。在７：０３～７：３９之间，塞伊德·艾尔·哥汉姆迪、阿哈迈德·艾尔·纳米、阿哈迈德·艾尔·哈兹纳维和吉亚德·亚拉赫在联合航空公司的检票台办理飞往洛杉矶的第９３次航班的登机手续。在他们4人中，两人托运了包裹，另外两人则没有。哈兹纳维被计算机辅助乘客预扫描系统ＣＡＰＰＳ选中。他托运的包裹被检查，确认是否装有爆炸物，然后通过并被装上了飞机。
这4人通过了安检点，该安检点属于联合航空公司，由阿根布赖特保安公司进行管理。同波士顿的安检点不一样的是，该安检点没有闭路电视监控系统，所以没有录像证据显示劫机分子何时通过安检点、引起了什么警报或者采取了哪些安检方法。联邦航空管理局事后询问了安检人员，但无人能回想有什么不寻常或者可疑之处。
这4人在７：３９～７：４８之间登上飞机，并均在头等舱就座。飞机没有公务舱区。亚拉赫在靠近驾驶舱的１Ｂ就座，纳米、哥汉姆迪和哈兹纳维分别在３Ｃ、３Ｄ、６Ｂ就座。
这１９人登上横穿大陆的4次航班。
他们计划劫持这些飞机，并将其变成装载有超过１１，４００加仑的喷气燃料的巨型导弹。到２００１年９月１１日上午８：００，他们突破了美国民航安全系统当时为防止劫机而设置的所有安全关卡。
第一章 “我们已控制了几架飞机”在4架班机内（2）
劫持美利坚航空公司第11次航班
美利坚航空公司第11次航班从波士顿直飞洛杉矶。９月１１日，机长约翰·奥高瑙斯基和首席驾驶员托马斯·麦克古伊奈斯驾驶的波音７６７载有９名乘务人员、８１名乘客（包括５名恐怖分子）。
飞机于７：５９起飞。在８：１４以前，它攀升至２６，０００英尺的高空，而不是预先确定的２９，０００英尺的巡航高度。所有通讯和飞行记录数据均属正常。大约在此时，“请系好座位安全带”的信号已经结束，乘务人员开始准备客舱服务。
就在此时，第11次航班与地面进行了最后一次常规联络。它确认收到了位于波士顿的联邦航空管理局空中交通管制中心发出的航行指令。在此次联络的１６秒钟之后，管制中心指令飞机驾驶员上升到３５，０００英尺。该指令和此后所有联络该飞机的努力均未得到确认。据此及其他证据，我们认为在８：１４或者此后不久劫机就开始了。
根据来自客舱的两名乘务人员贝蒂·昂和麦德琳·艾米·斯韦内的报告，我们可以推断出劫机发生时的大部分情况。在劫机开始的时候，他们正准备客舱服务，一些劫机分子——很可能是韦尔·艾尔·谢瑞以及瓦利德·艾尔·谢瑞，他们坐在头等舱的第二排——用刀子刺向两名手无寸铁的正准备客舱服务的乘务人员。
我们不能确切地知道劫机分子是如何进入驾驶舱的。按照联邦航空管理局的规则，在飞行中驾驶舱门要保持关闭和锁定状态。昂推测他们是“强行进入的”。很有可能是恐怖分子刺伤乘务人员后拿到了驾驶舱的钥匙，强迫其中一名乘务人员打开驾驶舱门，或者将机长、首席驾驶员诱出驾驶舱。或者乘务人员仅仅阻止了他们但没有成功。
与此同时或者此后不久，阿塔——机上惟一接受过驾驶喷气式飞机训练的恐怖分子——可能与奥马瑞一起，从其公务舱座位进入驾驶舱。这时，正坐在阿塔和奥马