长子桓玄是要继承父爵的）。到此时；桓温在军队和民间的声望；已是举国无人能及。
桓温意气风发的同时；褚蒜子归隐后的日子其实非常坎坷。
升平五年（公元361）夏五月丁巳；褚蒜子遭到了人生的又一次重大打击：她唯一的孩子晋穆帝司马聃忽然得了重病；很快就去世了。这时他才只有十九岁。不到四十岁的褚蒜子在青年丧偶之后；不得不又接受丧子的厄运。
但是老天并不合作；它连哀伤的时间都没有多给褚蒜子；就要让她面对王朝的又一次危机：早逝的穆帝没有儿子；晋王朝的新帝从何来？她很快就理清头绪；从司马氏诸王中找到了血统上与帝位最接近的人选：晋成帝长子琅琊王司马丕。
几乎就是司马聃病逝的同一天；褚蒜子的〃皇太后令〃就颁布了；令曰：〃帝奄不救疾；胤嗣未建。琅邪王丕；中兴正统；明德懋亲。昔在咸康；属当储贰。以年在幼冲；未堪国难；故显宗高让。今义望情地；莫与为比；其以王奉大统。〃
司马聃去世后的第三天；他二十一岁的堂兄司马丕登上了东晋王位。是为哀帝。
司马丕已经成年；作为婶母的褚蒜子自然没有垂帘听政的必要。也许是因为婶母的策立；也许是因为婶母的影响力；司马丕称帝后仅仅封自己的生母周氏为皇太妃。东晋王朝仍然只有褚蒜子这一位太后。
然而在治国的方略雄图上；这位年青人却辜负了褚蒜子的期望；他苟安胆小；而且贪生怕死。他即位的第二年；桓温向哀帝上书；请求迁都洛阳；让痛失故土的北方人都返回家园。然而哀帝和他的文臣们既怕战乱后的洛阳荒凉贫苦；又怕因此受制于将领；桓温的这项主张得到了哀帝和大臣们的如此回应：〃我们这些南迁的人已经在此生活了几代；早就习以为常；最初迁来的人们很多也埋藏在此。如果离开的话；如今在南方的田宅谁来照管？照管不来又卖给谁？北返的车马也很难齐备；北方虽收复一些地方；但是仍然不安定；不值得为此抛弃南方的安逸生活。〃
迁都与否；恐怕是哀帝当政时遇过的最大件政务了。除此之后；他年纪轻轻的不想着奋发；尽想着如何修道炼丹、长生不老。他对满桌美酒佳肴连看都不看；一天到晚尽是拿着各种配方的丹药当嘎嘣豆吃。一吃二吃地就吃出了问题；很快就一病不起。到他当皇帝的第三年三月；病得越发地重了；神智不清。倒也达到了超凡脱俗的目的：虽然身在尘世；却已不是尘世的人了；什么东西什么人都不认识；更遑论治理国家。
无可奈何的朝臣们只得再次上表；请求褚太后代皇帝治理国家。
褚蒜子再次垂帘不到一年；哀帝司马丕终于如愿以偿地〃登仙〃去了。兴宁三年（公元365）正月、二月；哀帝妻王皇后与哀帝先后病逝。哀帝时年仅二十五岁。
儿子与侄儿都这样早死；实在大出意料之外。哀帝崩逝的第二天；褚蒜子颁下了又一道册帝的太后诏书：〃帝遂不救厥疾；艰祸仍臻；遗绪泯然；哀恸切心。琅邪王奕；明德茂亲；属当储嗣；宜奉祖宗；纂承大统。便速正大礼；以宁人神。〃
被迎立的新皇帝是司马丕的同胞弟弟；名司马奕；字延龄；史书称其为〃海西公〃。
在这个时候；由于丞相司马昱无能；朝廷缺乏有力的牵制；桓温的势力已成尾大不掉之势。他是一个有雄心壮志的人；但随着几次北伐的不尽如意；这成就功业的心思便渐渐转向；开始有了篡位为帝的想法。也就在这个时期；桓温说出了令人瞠目结舌的名言：〃若不能流芳后世；就要遗臭万年！〃
从前桓温是以忠勇之士刘琨、温峤为榜样的；到这时也发生了变化；倒过来将温峤讨伐击溃的逆臣王敦当成了榜样。有一次他路过王敦墓；向着墓冢称慕不已；连连说：〃可人、可人！〃——既然王敦成了他心目中的〃可人〃；那他想干什么就很明显了。
咸安元年（公元371）；一个令人感到不可思议的流言在朝野广为流传；说的是年青的皇帝司马奕其实是个废人；早在做藩王的时候就丧失了亲近女人的能力；甚至于搞同性恋他也只能充当假女人的角色。如今他宫中田美人孟美人所生的三位皇子；实际上全是他的男宠相龙、计好、硃灵宝的〃成果〃。——如今三位皇子都已经到了给予太子、亲王之封的年龄；假如让这样的西贝货儿成为王朝储君；就要颠覆国家根本了。——这消息言之凿凿；绝大多数的官兵百姓一时都信服得很。虽然皇族高官们知道这是一派胡言；却架不住群情汹涌和军队的立场动摇。
这条令人恶心的谣言；就是桓温和他的参军郗超的得意之作了。
当谣言传得最热火的关头；在当年十一月丁未日；桓温恰到好处地进京朝见来了。他以此谣言为由；向朝廷提议废司马奕；改立丞相司马昱为帝。
这样的大事当然不是朝臣敢作决定的；于是桓温的奏章便一直送到了深宫褚太后的手里。
这道废帝表章送到的时候；褚蒜子正在佛堂烧香；内侍禀报道：〃外有急奏。〃褚蒜子接过奏章；靠在佛堂门边阅视；才看了几行她就明白了；叹道：〃流言初起的时候；我就已经开始疑心是这么回事了。〃然而如今已是骑虎难下；桓温手掌重兵；流言又使得皇帝失去了底层军民的支持；假如一定要较真的话；说不定晋王朝立即就要掀起内战；最终结果难以预料。因此；褚蒜子才看了一半就不愿再看下去；径自拿笔批复：〃未亡人罹此百忧；感念存没；心焉如割。〃默许了更换皇帝的请求。
说来好笑；在等待褚蒜子批复的时间里；等在宫外的桓温却是汗流满面、胆战心惊；见于颜色。他敢于统率千军万马；敢于诽谤皇帝、敢于蔑视群臣；却在与一个连面都没有露的中年妇人决定翻牌的时候吓得神魂不定。
当褚蒜子同意更换皇帝的诏书送出宫门的时候；桓温这才大喜；立即召集百官；颁布了这道太后令：〃王室艰难；穆、哀短祚；国嗣不育储宫靡立。琅邪王奕亲则母弟；故以入纂大位。不图德之不建；乃至于斯。昏浊溃乱；动违礼度。有此三孽；莫知谁子。人伦道丧；丑声遐布。既不可以奉守社稷；敬承宗庙；且昏孽并大；便欲建树储籓。诬罔祖宗；颂移皇基；是而可忍；孰不可怀！今废奕为东海王；以王还第；供卫之仪；皆如汉朝昌邑故事。但未亡人不幸；罹此百忧；感念存没；心焉如割。社稷大计；义不获已。临纸悲塞；如何可言。〃
三十岁的司马奕只穿着一件白色的单衣；在大臣们无奈的注视下凄惶地坐着牛车离开了皇宫；做了六年皇帝的他被废为东海王；丞相司马昱成为新帝即晋简文帝。
简文帝司马昱是晋明帝司马睿的小儿子；这时他年已五旬；论辈份更是褚蒜子的夫家伯父。不过他只是桓温精心选中的傀儡；他自己也很清楚这一点。在当皇帝之前他可能还敢在桓温面前吱一声儿；等到当上了皇帝；他就只有在桓温面前抹眼泪水儿这一项本事了。
林妹妹抹泪的结果是夭折；司马昱抹泪的结果来得更快；担惊受怕的哭包皇帝才当了八个月；就一命归西。
由于司马昱实在死得太快；以至于他死时桓温还身在外地；他逼帝禅让的大计更还没来得及着手办理。所以留在京城内的官员们如愿地劝谏成功；简文帝留下了立自己儿子司马曜为继承人——即孝武帝的遗诏；仅仅让桓温当〃诸葛亮、王导〃的角色。
得知消息的桓温大怒；然而木已成舟；他也已是花甲之年没有了年青时的冲劲；所以造反夺位的事情他始终没有付诸实施。七月；六十二岁的桓温白日见鬼；病入膏盲；不久便死在了安徽当涂驻地。他虽有六个儿子；但是临终时选定自己的弟弟桓冲继承自己的地位。
桓温的选择是很有道理的；他的长子次子是二世祖式的人物；本事才干没有多少；野心胆量却是不小；非把桓温几十年打下的基础闯砸了不可；而三子五子忠厚老实；也不是搞政治斗争的材料；四子更绝；是个五谷不分的白痴。最小的儿子桓冲生有异征；但是年纪还太小；因此传位弟弟是最好的选择。
眼看着正当壮年、跟着哥哥熟谙军政内幕的桓冲掌控了兵权；东晋朝臣们都忐忑不安；唯恐又重蹈覆辙。在这样的情况下；尚书谢安又想到了富于见地和胆识声望的褚蒜子。虽然褚蒜子只是孝武帝的堂嫂；但是非常时期；堂嫂也要垂帘听政了。
桓温死后的第二个月；谢安率百官上表；请求退隐崇德宫的褚蒜子再次临朝听政。表曰：〃王室多故；祸艰仍臻；国忧始周；复丧元辅；天下惘然；若无攸济。主上虽圣资奇茂；固天诞纵。而春秋尚富；如在谅闇；蒸蒸之思；未遑庶事。伏惟陛下德应坤厚；宣慈圣善；遭家多艰；临朝亲览。光大之美；化洽在昔；讴歌流咏；播溢无外。虽有莘熙殷；妊姒隆周；未足以喻；是以五谋克从；人鬼同心；仰望来苏；悬心日月。夫随时之义；《周易》所尚；宁固社稷；大人之任。伏愿陛下抚综万机；厘和政道；以慰祖宗；以安兆庶。不胜忧国喁喁至诚。〃
收到奏章之后；褚蒜子作了这样的批复：〃王室不幸；仍有艰屯。览省启事；感增悲叹。内外诸君并以主上春秋冲富；加蒸蒸之慕；未能亲览；号令宜有所由。苟可安社稷；利天下；亦岂有所执；辄敬从所启。但暗昧之阙；望尽弼谐之道。〃
八月壬子日；五十岁的褚蒜子再次垂帘；开始了她的第三次临朝听政。国中大事；均以〃皇太后诏令〃颁布施行。
这也是褚蒜子的最后一次临朝听政。三年后；桓冲履行了自己对兄长的承诺；将爵位给了守孝期满的桓温幼子桓玄。此时的桓玄年仅七岁；褚太后和谢安等众臣成功地将桓温六子的权力官职都予以了削减；局面已经平定。
宁康三年（公元374年）八月；褚蒜子为孝武帝举行了婚礼；太元元年（公元376）正月；褚太后又为他举行了冠礼。
在局势平定、少年皇帝已经长成的情况下；冠礼举行的同时；褚蒜子颁布了她的最后一道〃皇太后诏令〃：〃皇帝婚冠礼备；遐迩宅心；宜当阳亲览；缉熙惟始。今归政事；率由旧典。〃
从此；她深居内宫显阳殿；总算过上了平静的日子。
太元九年（公元384）六月癸丑朔；六十一岁的褚蒜子病逝；与晋康帝合葬崇平陵。作为一个人；褚蒜子是不幸的；然而作为后妃她却非常幸运；就连拥有她的晋王朝也是幸运的。可惜的是她身为女子；只能几度垂帘而不能连续地执政；以至于出现了几次