九月戊戌；年仅二十三岁的司马岳病逝。第二天；司马穆即皇帝位；是为晋穆帝。
二十刚出头的褚蒜子抱着年仅两岁的幼子司马穆；成了晋王朝的又一对孤儿寡母。
早在丈夫康帝司马岳在世的时候；褚蒜子就已经屡次参与朝政的决断；她的见识判断令朝臣都很佩服；因此；当她成为皇太后以后；以司徒蔡谟为首的群臣联名上奏；请求她临朝听政；代婴儿皇帝掌管国家。表文如下：
〃嗣皇诞哲岐嶷；继承天统；率土宅心；兆庶蒙赖。陛（禁止）兹坤道；训隆文母。昔涂山光夏；简狄熙殷；实由宣哲；以隆休祚。伏惟陛下德侔二妫；淑美《关雎》；临朝摄政；以宁天下。今社稷危急；兆庶悬命；臣等章惶；一日万机；事运之期；天禄所钟；非复冲虚高让之日。汉和熹、顺烈；并亦临朝；近明穆故事；以为先制。臣等不胜悲怖；谨伏地上请。乞陛下上顺祖宗；下念臣吏；推公弘道；以协天人；则万邦承庆；群黎更生。〃
面对这样的奏章；褚蒜子的答复非常肯定而巧妙：〃帝幼冲；当赖群公卿土将顺匡救；以酬先帝礼贤之意；且是旧德世济之美；则莫重之命不坠；祖宗之基有奉；是其所以欲正位于内而已。所奏恳到；形于翰墨；执省未究；以悲以惧。先后允恭谦抑；思顺坤道；所以不距群情；固为国计。岂敢执守冲暗；以违先旨。辄敬从所奏。〃
在晋王朝的历史上；收到这样临朝听政表章的太后并不仅有褚蒜子一人。先前晋明帝的妻子庾文君；在丈夫司马绍二十七岁早逝之后；也曾经被朝臣要求垂帘听政。但是庾太后本人并不具有政治天份；因此朝政全部倚靠她的哥哥庾亮决策。但是庾亮虽然有北伐复国的愿望；但也缺乏一定的政治手腕；结果反而扰乱国家；逼反历阳镇将苏峻；苏峻造反攻入建康城；庾太后因此忧愤而死；年仅三十二岁。
庾太后兄妹掌管朝政虽然出过意外；但是朝臣仍然按惯例办事；在褚太后应允垂帘听政之后；由何充出面再次上表；要求褚太后的父亲褚裒入京总揽朝政。更有甚者；还要求不但给太后的父亲掌政之权；还要给他加以不臣之礼；让文武百官都来参拜他。——二十九年前郭璞的那一卦终于验证了。
然而何充这个马屁拍错了对象。褚裒一向不愿意卷进朝庭内部无谓的政治纷争；宁愿做些实在的事情（早在褚蒜子当王妃的时候；他就早早地离开了京城；去当豫章太守。在当太守期间；褚裒官声清廉；就连自家厨中所用的木柴；都让自家的仆人去山上采斫。到女儿当皇后的时候；他更拒绝了皇帝女婿给予自己的侍中、尚书官衔；千方百计地离开了京城；以建威将军、江州刺史的职位出镇半洲。）如今面对女儿成为太后、自己以姻亲身价暴涨的形势；褚裒冷汗直冒；他不愿意成为众矢之的；于是再一次选择了避嫌；坚决要求只做地方官；无论如何不入朝。
——他的坚持起了作用；最后褚蒜子给了父亲这样的任命：都督徐州兖州青州及扬州二郡军事；兼徐州兖州二州刺史；卫将军；出镇京口（今江苏镇江）。
褚裒拒绝当政；褚蒜子便决定仍然请庾冰入朝。
然而庾冰禄命已尽。就在褚蒜子做出决定的同时；十一月庚辰日；他病逝在江州刺史任上。庾冰死了；能够遏制各方大员的人又少了一个。而身在朝廷的重臣何充私心重能力限；于是各方大员勾心斗角；以至互相火并。
就在庾冰死后两个月；晋穆帝永和元年（公元345）正月甲戌朔；二十二岁的皇太后褚蒜子设白纱帷于太极殿；抱着两岁的儿子临朝听政。
褚裒虽然身在地方；但是其意只在避嫌；实际上对于女儿所执掌的朝政情况无时无刻不关心。面对这种情况；他向褚蒜子推荐会稽王司马昱为扬州刺史；随后再晋级为抚军大将军、录尚六条书事。司马昱是晋元帝的儿子；这时才二十五六岁年纪；正是年青气盛的时候。他的入朝辅政；使得何充渐渐失势。司马昱入朝之后；褚裒再举荐名士殷浩为扬州刺史、建武将军。
在褚裒与褚蒜子父女的一连串动作之后；东晋形成了一个全新的局面：司马昱在朝；而顺着长江天险；分别驻扎着上游桓温、下游殷浩；褚裒本人则坐镇江北。几大重臣互相制衡；东晋朝局相对稳定了下来；也给此后一段时间东晋的军事渐兴制造了机会。
永和五年十二月己酉；褚裒去世了。从此；二十七岁的褚蒜子将独力应对东晋王朝的诸悍将权臣。
在褚蒜子数度执掌东晋朝政的过程中；她最大的对手莫过于桓温。
桓温字元子；谯国龙亢（安徽怀远县西北龙亢集）人；是东晋的名将、权臣。桓温出身世族；但是并非最高门第；而且自幼豪爽好赌且能杀。后来尚南康长公主为妻；成了晋明帝的大女婿。然而由于他是武将；颇被把持朝政的文官讥诮捉弄。
桓温畏妻如虎；桓家侍女尽是南康长公主精心挑选的丑泼悍妇。征蜀之时；桓温大败李势；在掠虏之时；他看见了李势的妹妹。这位李美人长发披地；风姿绝世。桓温多年来饱受折磨的眼球终于开了眼界；差点没把眼珠子掉出来。顿时忘了公主之威；将李氏纳为妾并藏在外宅中。
南康长公主闻讯大怒；手执利刃；带着几十名手执刀棒的壮妇打上门去。当她们冲进李氏的居所时；她正在窗边梳头；而且一点也未被这阵势吓住；从容不迫地梳好长头之后；向南康长公主施礼道：〃国破家亡；无心至此；今日若能见杀；乃是本怀！〃——长公主竟能眼看着她慢慢地梳头；而不是不容分说地动刀子；长公主其实也被李氏的美丽给惊呆了。听了这席话；她干脆把手里的刀子丢在一边；将李氏扶了起来；说：〃我见犹怜；何况老奴！〃
（妻妾同心之后；桓温的日子看来不会比当初好过多少。）
然而桓温并不仅仅是惧内的丈夫；他征蜀之战足以展现他的军事才干。对于萎缩一隅已久的东晋王朝来说；这无异于是强心针。
桓温征蜀大胜的时间；在褚蒜子听政的第三年春天。由于这场来之不易的大胜；桓温于次年被封为征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公。
桓温的权力和声望涨得太快；成了褚太后的心病。当后来长江以北五胡王国一片混乱、北伐好机会来到的时候；为了遏制桓温；她根据众人的朝议和推荐；起用号称〃管仲再世〃的殷浩北伐。
然而这是一项失败的决策。殷浩的〃才具〃；其实是东晋士族〃清谈〃风范、沽名钓誉催生出的怪胎；完全是虚夸浮表。他的北伐结果是全盘失败；不但丧失了一个可遇不可求的大好战机；还甚至于逼反降将；非但没有收回故土；反而倒找给了敌人许多原本在东晋控制中的土地。
殷浩狼狈回朝后；褚蒜子将这个丢人的家伙撤职为民；于永和十年（公元354）二月；再次起用桓温；让其率兵四万北伐。
桓温果然旗开得胜；一路北上；直打到长安灞上；并且开始管理地方事务；令西晋故土上的百姓们欢天喜地。
然而就在桓温犹豫是否进军长安之时；前秦国主符健却施了一个〃绝后计〃；暗中派人将各地尚且成熟的粮食都全部毁掉；使得东晋驻军无粮可食。六月；军粮缺乏的晋军被前秦大败于白鹿原；断了粮的桓温只得败返襄阳。
虽然如此；桓温仍然得到东晋朝廷的褒赏；升为征讨大都督。直到此时；桓温还是比较服从东晋朝廷的指挥的。真正发展到位极人臣、目中无人而难以压制；是在褚蒜子归政之后发生的事情。
永和十一年的年底；褚蒜子的生母寻阳乡君谢夫人病逝。对于外祖母的去世；晋穆帝采用了与外祖父之丧一样的高规格：〃悬而不乐〃。
褚蒜子律己甚严；她的父亲褚裒先后娶过三位妻子；除了她的母亲谢夫人；还有早逝的荀夫人、卞夫人。在封谢夫人为寻阳乡君时；朝臣上表要求将荀氏卞氏也一起追封；被褚蒜子拒绝了。褚裒上朝之时；对女儿行君臣大礼；而退朝或归宁娘家的时候；褚蒜子则一律向父亲行家礼。
随着寻阳乡君的去世；时间也推进到了永和十二年。这时；褚蒜子的儿子晋穆帝司马聃；也快十五岁了。
第二年；晋升平元年（公元357）春正月壬戌朔；褚蒜子为十五岁的司马聃举行了冠礼；然后主动归政皇帝；退居崇德宫。
为了表示自己的心意；对群臣请求自己继续垂帘听政的情况表明归隐的态度；褚蒜子先后下了两道诏书。
归政之诏：〃昔遭不造；帝在幼冲；皇绪之微；眇若赘旒。百辟卿士率遵前朝；劝喻摄政。以社稷之重；先代成义；僶俛敬从；弗遑固守。仰凭七庙之灵；俯仗群后之力；帝加元服；礼成德备；当阳亲览；临御万国。今归事反政；一依旧典。〃
退隐崇德宫后；再次手诏群臣拒绝垂帘听政：〃昔以皇帝幼冲；从群后之议；既以暗弱；又频丁极艰；衔恤历祀；沈忧在疚。司徒亲尊德重；训救其弊；王室之不坏；实公是恁。帝既备兹冠礼；而四海未一；五胡叛逆；豺狼当路；费役日兴；百姓困苦。愿诸君子思量远算；戮力一心；辅翼幼主；匡救不逮。未亡人永归别宫；以终余齿。仰惟家国；故以一言托怀。〃
然而；褚蒜子归隐之后；朝中以司马昱为首的重臣们虽然身为男子；却没有褚蒜子的权谋之术；在他们的手里；桓温一步步地放纵起来。
首先是司马昱。很早之前；刘惔就曾经向他进言；说桓温〃不可使居形胜之地；其位号常宜抑之。〃；然而司马昱是只绣花枕头；虽然长了副俊美的好皮囊；实际上是集东晋士族腐气大成于一身；是个只会〃清谈〃的军政弱智；他想学褚裒的〃皮里春秋〃；却学了个四不象的表面文章；褚裒的不表态只是权宜之计；司马昱却是真正的不表态、不策谋、不出主意；辅政的方法只是得过且过；拱手点头而已。——对于刘惔的提醒和正确主张；他不作任何反应；任凭桓温声势日益高涨。
桓温是一代英雄；有雄心也有奇才；如果控制得宜；他也许真能成就大功业；然而问题在于司马昱等人是一干庸物；根本不懂、也无力驾驭；这就造成了后来桓温对东晋朝廷的蔑视以及桓温桓玄父子的〃逆乱〃。
在褚蒜子首次听政的最后一年里；桓温再次北伐。这一次北伐的成果更大；他光复了洛阳；还修整了在战乱中毁坏的历代汉晋帝王陵墓。晋穆帝正式执政后；高唱凯歌南返的桓温被厚加褒赏；自己被加封郡公不算；就连次子桓济都被封为〃临贺县公〃（长子桓玄是要继承父爵的）。�