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后来由于美金的黑市价格与国民党的官价差距愈来愈远，中美之间因此也发生了矛盾。华盛顿认为如照牌计算，吃亏太大，提出异议。居里来重庆交换战后如何恢复中国的经济和美军反攻阶段在华军事供应等问题时，曾向孔提出了这个问题。这个问题到了在美国召开货币会议的时候才得解决。孔独揽财政大权，尤其对外汇抓紧不放。在重庆时，国民党政府对外汇的申请与批审，表面上公布过一套办法，但是事实上除了蒋介石的支付命令以外，每笔外汇的支付，几乎都要经过孔的批准。他批外汇不讲原则，准驳之间全凭他个人的关系和好恶。有一次，一个留法学生刘羲光，为了印毕业论文，需要几百美金，因为他是燕京大学毕业生，孔是该校的董事长，刘钻这个空子写信向孔直接申请，署名门生刘羲光。可能孔对“门生”两字发生了好感，孔就批了个“照准”，签了个孔庸之的“之”字。
孔在同僚中通常不开罪于人，他名字的英语缩写是H·H，所以有人称他“哈哈先生”。可是碰到外汇问题，他会一变常态，判若两人。国民党政府资源委员会在抗战时期，以战略物资钨砂等出口，博取外汇，该会向行政院要求将所得外汇留下自行支配。谁知孔一见这件公文，声色俱厉，将公文扔在地，把手中笔往桌上一摔，故意放大了嗓门使四座听到，说：“外汇必须集中在中央银行，资委会如有需要，可以再向我要好了，没有留用的必要。”孔祥熙的一个主要手段，是滥发通货。有一次，为了办理公债，行政院审查各种条例中，有几个问题要请示孔，他对秘书说：“发行公债真麻烦，付息，抽签还本，又弄不到几个钱，不如印发钞票，简单得多。”这虽寥寥数语，可以概括他的“理财”思想。抗战八年，人民弄得民穷财尽。而四大家族却发了巨大的国难财。在孔下台前几个月，有一次他的女儿说：“打了八年仗，爸爸为他（指蒋介石）积了十多亿美金，不能说没有功劳。”这句话是孔氏家人对蒋的牢骚不满，也反映了孔是蒋介石的一个忠实的聚敛之臣。
孔祥熙一面为四大家族搜刮，一面又想尽办法，贪污自肥。这里所举的一个事例是他侵吞美金公债的贪污案，其数额之大，手法的猖狂恶劣，实为历史上所罕见。
太平洋战争发生之后，蒋介石通过宋子文乘机向美国借到一笔5亿美金的巨款，要孔计划如何运用。孔找了财政部、中央银行和四联总处的一些负责人共同拟订运用的方案。决定以3亿元向美国购买黄金存在美国，1亿元作为发行美金储蓄券的准备，1亿元作为发行美金公债的准备。
美金公债在1942年春季由财政部准备就绪，交给中央银行国库局转业务局组织推销，规定照官价汇率交付法币，到期由中央银行兑付美金。这时官价汇率是法币20元合美金1元。开始发行时，社会上不知这笔公债确有准备，买者寥寥，以后宋子文借到美金的消息陆续传开，而且黑市汇率已达到法币100元合美金1元，公债的销路一天天增加，到1943年春天，销售数量将达到5000万美金之巨。某一天，孔祥熙忽把中央银行业务局长郭景昆找去，关照他从明天起，美金公债停止出售，并通知各地中央银行照办，并且具体指示郭，如果有人询问，可以“业已售完”为理由应付。郭当然遵照办理。财政部次长俞鸿钧、顾翊群及国库局长吕咸等都没有接头，事前毫无所知，纷纷向郭质问，后知是孔的面谕，也无话可说。
过了一个时期，社会上流传中央银行职员利用美金公债停售的机会，朋分剩余美金公债的消息，舆论哗然。这时又碰上重庆国民参政会开会，由参政员黄炎培、傅斯年等联名提出质问案。当时孔祥熙本人正代表中国到美国布雷顿森林开国际货币金融会议，不在重庆。参政会的质问反映到蒋介石那里，蒋马上找傅斯年等去谈话，并向傅表示，他本人一定尊重参政会的意见，将案子弄个水落石出，不过需要一定时间，要参政会方面多加调查研究，不要操之过急。经过这次谈话之后，傅的语调变了，虽然仍旧说此案非求得彻底解决不可，但在参政员间一再强调要仔细调查，不能草率从事。
蒋介石在找傅斯年谈话的同时，即密令财政部代理部长俞鸿钧密查本案内情，俞奉命后找公债司司长陈炳章研究，决定派一得力可靠的稽核往中央银行查帐。稽核回来首先向陈炳章汇报检查结果：发现美金公债自停止出售以后，所剩约5000万左右美金金额也几乎售完；买主用的都是一些堂名、别名，地址含糊不清，有的甚至是南京、上海等沦陷区的地址；孔祥熙的山西铭贤中学也是一个买主，但为数不大，只二三万元美金；所传中央银行职员朋分一点，确有其事，但到手的都是副局长、副处长级以上的人；另有专分给国库局职员一笔，据业务局长郭景昆和国库局长吕咸说，是为了犒赏行里推销有功人员，一切都是经过孔本人同意办理的。但这些停售、朋分、犒赏等等都是孔的面谕，档案中遍查并无孔的片纸只字。陈将这情况一一报告俞鸿钧，俞即关照那个稽核写份书面报告，直接送俞，并说以后此事由他直接处理，之后陈即未再过问。在俞鸿钧向蒋介石复命的同时，忽然，监察院根据“参政会”的质问案，派人到中央银行检查。监察院公布的检查结果是在中央银行职员朋分公债问题上大做文章，而且冠冕堂皇地对郭景昆提出弹劾，将郭景昆移送法院扣押法办。至于对利用堂名套购数千万巨额美金的问题，则根本没有触及，而这时孔本人已经大摇大摆地从美国回到重庆了。在当时的情势下，有人很为孔担心，可是他却若无其事。郭景昆被法院逮捕时，请了端木恺律师辩护。孔竟以爱护部下的姿态，经常与端木恺过从，研究怎样为郭开脱。同时国库局长吕咸看到郭被捕，坐立不安，因为发给国库局职员这笔美金公债，孔只是口头同意，没有证据，等孔一回国，吕咸写了个倒填年月的签呈，恳求孔补批，孔居然也照补。至于在押的郭景昆，经过端木恺的奔走，名义上是郭的辩护律师，实际上是孔委托的代理人，过了几个月就被宣判无罪释放。孔还在范庄设宴，为郭压惊，拉郭坐在上席，频频说：“K·K（郭景昆英文名字的缩写）辛苦了。”一场天大的风波就此平息，主角和爪牙就这样全都逍遥法外。端木皑后来向好友透露说，孔这人很够交情，在他承办这件案子的过程中，曾陆续送他不少；抗战胜利后，由重庆来上海，还送他一笔为数不少的安家费。端木恺过去一无所有，到上海后，执行律师业务，排场阔绰，俨然一家富翁。
孔贪污盗窃巨款，何以敢从容不迫到如此程度？他背后势必有一个更有力的靠山在支持他。在重庆时，孔的秘书夏晋熊就有个疑问：为什么以郭景昆的地位，不仅能做宋霭龄的座上客，而且有时也受到宋美龄的单独邀请。当蒋介石要把吕咸撤职，孔祥熙还通过来美龄向蒋介石求情，让他自动离职，以保留面子。把这些事实联系起来看谁是此案的共同策划人，也就不无脉络可寻了。
孔祥熙表面上像个宽宏大度的好好先生，可是骨子里却拼命抓权，而且时常随心所欲，滥用权力，把国家大事搞成一团糟。他往往埋怨中央银行两个副总裁不管事（一个指挂名不到行的张嘉璈，一个指吃粮不管事的陈行），把工作压在他头上。可是事实上中央银行和财政部任免一个小职员都要经过他过目、亲批。他把人事大权抓在手里，不是为了别的，而是更便于结党营私。财政部人事司长是他的铭贤中学门生、山西太谷小同乡高晓楼；中央银行人事处处长潘益民是他的多年部下，以精于“相术”博得孔的宠幸。潘在早年时期即说孔是大富大贵相。在中央银行里塞满了孔的山西同乡，其中以大谷铭贤中学学生最吃得开。例如官邸秘书处原有高晓楼，后来孔的另一秘书陈延礼，倚仗孔二小姐之势爬上来，收集了高的贪污材料，向孔告发。因为证据确实，孔把高撤职，但撤职后，高成天仍在范庄闲荡，哪知过了不久，一跃而做了财政部的人事司司长，大出众人所料。为什么犯了错误，反而升官？道理很简单，高是铭贤学生又是孔的太谷小同乡关系罢了。孔还利用公家的钱，来拉拢部属。每到年底暗中分别送钱，用的是山西裕华银行的本票，以装成是他自己掏的腰包。当时国民政府对各机关、企业的经费，表面上也有个预算制度。每次核定各省市预算时，行政院会计处和财政部要举行一系列的预算会议，制定后，各省市预算的追加和移用，必须呈请行政院核准。但是只要走通孔的门路，各省主席和各省财政厅长直接上个折呈（当时在范往盛行这种封建时代用的折呈风气），经孔一批，预算可以任意追加，经费也可任意移用。有次甘肃省要追加一笔巨额预算，屡次向行政院请求，未得结果。那时该省的财政厅长是由官邸秘书处外放的陈立廷担任，省主席朱绍良又跟蒋介石有多年关系，陈抄近路直接签呈给孔，立即批准。事后，连行政院政务处长蒋廷黻都发牢骚说，还要我们这些人何用？
到了抗战后期，孔祥熙政声狼藉，由内到外，愈来愈臭。美国政府的