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用常情判断，孙有一肚子委屈，现实环境使他无法施展，愤世嫉俗，以至挺而走险，那是可能的。然而，孙军人出身，难道他一点机警都没有，对台湾的严密特务监视，茫无所知，敢轻举妄动，引火烧身？所以，比较合理的假定，孙和部下的联系有之，那是基于长官部下，心心相惜的朋友师道之情，不一定就是同谋不轨。
观全案，郭廷亮成为孙案主角，孙受郭的牵连，于是成为“兵运”的来源。即使报告书说的全是事实，中共要吸收郭为地下工作人员，也不能儿戏到仅凭一面之缘，即下达任务！
以“匪嫌”入人于罪的，如后来的柏杨、李荆荪等，不一而足，早是台湾上下铲除异己分子的故伎。其妙处在于，无人可代为伸冤，无人敢于闻问，训练有素的特务人员，有“认真作假”的本领，使用各种技巧，会让你自己挖井，自己往下跳。
孙立人受贬后，彭孟缉上窜，由中将御升二级上将，以黄埔六期的小老弟，继病故的桂永清为“参谋总长”，充分显示着蒋经国的势力，更见抬头。情治系统出来的人物，掌握台湾的军事大权。
孙案爆发前后，“总政治部”发动“效忠总统运动”，且借重青红帮敌血为盟的办法，把个人崇拜推到新的高峰，可以解释为孙案的回响和补救，台湾统治上层的虚弱与恐慌暴露无遗。
幕后恩怨1988年，台湾报纸杂志掀起了一阵“为孙立人辨诬雪冤”的浪潮，一些幕后恩怨再一次被新闻界曝光。
三十三年来，孙立人一直被“限制”居住在台中市一栋日式洋房里，终日“诵经礼佛”，不问世事，生活受到有关单位的“照拂”，但没有个人自由，其心境之苦与际遇之惨，不言而喻。
孙立人家属透露，孙立人的“幽居生涯”过得十分恬淡。他晚年的心愿是希望他的长官能明白他的“处境”，宽有他“个性上”的缺失，相信他毫无“谋反”之意及“挟外力自据”的意图。然而，他的心愿未得到长官的谅解，相反的，他所得到的讯息，却是“清者自清，浊者自浊”的沦调。当局婉转告诉他，若其中真有冤屈，日后“历史”自会还他一个公道。至于在“政治”上能否还他“清白”，却需要从长计议，毕竟，这其中的是非曲直，当局也有难以处理的苦处，希望他能了解当局的“处境”，不必在这件事上引起更多的波澜。
随着时光的消逝，“从长计议”的结果，使“孙立人”三个字逐渐为人们淡忘，而孙立人已是90高龄的老人了。当时对他“行为”颇不谅解的老“总统”，已长眠于慈湖十多年了；一度视他为政敌的蒋经国，亦于1988年1月13日谢世。这两位蒋“总统”的去世，无疑的宣告孙立人所身受的“冤屈”能获“平反”的机会已经非常渺茫。
据一位元老将领表示，孙立人的愤慨，值得同情。事实上，孙立人到底冤不冤？或许仅有两位蒋“总统”知道，而孙立人却不一定知道这其中的缘由。如果两位蒋“总统”在生前没有为孙立人澄清冤屈，未来也没有人会重视此事。
一位台湾当局权威人士表示，当年“孙案”的处置经过，是两位蒋“总统”亲自处置，除非他们生前将处置文件全数保存下来，或许还能还给孙立人一个公道。否则，在原始文件悉数销毁下，光凭“9人小组”的调查报告与“监察院”“5人小组”的调查报告，仍不足以洗清孙立人的“冤屈”。1955年8月孙立人去职后，时任“参谋总长”的彭孟缉，曾接获当局的指示，悉数焚毁“第四军官训练班”的史料与孙立人个人资料，以免引起外界的疑惧。故而现存孙案的处置报告，外界仅知“9人小组”与“监察院”“5人小组”的调查报告，殊不知孙案的处置报告，一共有六份，依序为：参谋本部调查报告，这份报告由时任“陆军总政治部”主任高魁元、“总政治部”副主任蒋坚忍负责汇集，而由彭孟缉主持。该份调查报告做得十分详细，现存于参谋本部内，历任“参谋总长”未奉允准，不得私自阅览。
第二份报告，系“国防部”调查报告，由当时任“国防部”副部长马纪壮主其事，主要是提供给“监察院”“5人小组”参考之用，其机密程度不及参谋本部调查报告，现存于“国防部”。
第三份报告则是“9人小组”草拟的调查报告，也是引用最广的调查报告，毫无机密可言。
第四份报告，就是“监察院”“5人小组”的调查报告，尘封于“监察院”内，列为“极机密”文件。
第五份报告则是“军法局”审讯300多名军官的笔录，由当时任“军法局长”、现任“司法院”副院长汪道渊汇集而成。这份报告内容曾有部分外泄，后移存于“总统府”机要室内。
第六份报告，就是“立人专案”报告，由当时任“国安局长”的郑介民召集各情治单位主管成立“立人专案小组”的会议纪录。对孙立人于1947年10月来台训练新兵的过程，与人际之间及海内外之间的交往，都有详细的记载，唯该份文件存于何处，外人不得而知。
从上述六份报告的调查过程可知，“孙立人事件”并非是寻常的“政治”案件。其幕后所隐藏的是非恩怨，干事隔30多年后，令人无法理清其间的头绪。或许孙立人本人对于“兵变事件”都不知道为什么会发生？甚至“兵变”部队的军事领导，如高魁元、阮成章，张国英、王永树、石觉、罗恕人、蒋坚忍、王多年、郭永等人，于事件后相继出任要职。相反的，不负实际责任的“总统府参军长”孙立人，却身受“重处”，而被“长期拘禁”，有人认为，这是老“总统”或陈诚的“阴谋”，但当时任凤山地区最高军事长官的石觉，却否认这项传言。
石觉生前曾将这次“兵变”的过程告诉某位国民党将领说，这次兵变并非是事先排练，也绝不是孙立人一手安排。还记得6月6日南部地区部队大校阅前夕，老“总统”还派专人前来指示一切，而后在6月5日，“总统府”警卫营部队南下进驻西仔湾地区；直到6月6日上午，才知道部队可能“出事”。不料，兵变却在这个时候发生了。
对于石党的说法，当时任二军团政治部主任的易大德，与阅兵典礼指挥官罗恕人给予证实。而后易大德去职，二军团政治部主任一职则由孙立人一手提拔的将领郑果出任，以稳定军心。当然，许多将领认为，究竟有没有“兵变”之事，只有当时任第十军政治部主任的阮成章最清楚。因为举发兵变的人士就是阮成章。这也是孙立人于事隔30多年后，对阮成章仍“耿耿于怀”的关键所在。
据了解，“兵变案”发生后、当时任“陆军总部政治部”主任的高魁元，几乎长期驻节高雄，处理“内部”问题。而后高魁元唯恐“株连”过多，曾建议有关单位，尽速焚毁“第四军官训练”的资料，及“改叙”军校的期别与整编部队。
从这项事实可看出，高魁元的“政治智慧”非比寻常，这也是他未来能获重用的关键所在。
另有报道透露，对孙案发生后，除当时的美国总统艾森豪威尔和麦克阿瑟，曾驰电力劝蒋介石须慎重处理外，现隐居士林“梅庄官邸”的宋美龄也曾出力营救。黄杰在《行参戎重》一书中写到：1958年4月2日，“总统府”
第二局长傅亚夫，转呈“参谋总长”王叔铭签“前总统府参军长孙立人，自1955年10月交国防部察看，虽已无职，并未夺职，孙员生活情形颇为困难，拟请自1955年10月起，发补助费3000元以助孙员。”
该文呈请黄杰加签意见时，黄杰颇感困扰，唯恐蒋介石不同意，只好将此事禀明宋美龄。而后于4月5日，蒋介石批示下来：（1）不必补发，自本年（1958年）4月份开始发给可也；（2）以国防部名义发给之。
由此可知，孙立人的罹祸，关键在蒋介石的“不谅”。据了解，孙立人于“兵变”后，其上将位阶并未除役，其中是靠宋美龄为之转寰。而后，宋美龄又于1987年召见孙立人夫人张晶英，垂询孙立人健康状况，可知宋美龄仍然很关心孙立人。或许宋美龄知道孙立人的冤屈，唯恐涉及他人，而不便为孙说话。不但是宋美龄关切孙立人，甚至连孔祥熙、宋子文生前来台访问时，都曾提出要求会晤孙立人，遭到蒋介石的婉拒。孙立人与孔、宋家族的关系密切，是不是他罹祸的因素，不敢妄下断语。但孔、宋家族对孙立人的厚爱，也是政坛少见的异象。
孙案发生至今已30多年了，而当年涉及该案的“共犯”，如郭廷亮虽获假释，现郭已死亡；王善从是许世英的外孙，多年前已假释出狱，过着隐姓埋名的生活；江云锦则在龙潭附近，不知所终。他们的遭遇令人同情。不过，就孙案本身而言，真正知道真相而仍活于世间者，也只剩下彭孟缉、马纪壮、傅亚夫、蒋坚忍、高魁元、俞济时、俞大维、阮成章、黄少谷、艾瑗、汪道渊等人而已，若他们不肯说出真相。公布一切资料，相信也不足洗清孙立人的“冤屈”。
1989年9月24日台湾《中国时报》报道：当年因“孙立人事件”而遭非法逮捕入狱的35位受刑人23日上午推派12位代表至监察院陈情。这些请愿代表对于30余年前的“冤狱”记忆犹新，除了逐一陈述当年受害经过，并有人展露往者受刑求逼供的伤痕。他们希望，监院也能够秉公调查，使他们的沉冤得雪，并弹劾当年违法人员及纠正处置错误的机关。
陈情代表指出，他们这些受害人都是当局为制造孙立人事件的假象，而遭冤枉了数十年。他们也于去年8月22日上书李登辉总统，希望能平反当年的罪名，但迄今毫无音讯。因此，只好求助“监察院”，作最后的努