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上党战役中，阎锡山的所谓“精锐”部队被歼灭13个师共三万五千多人，占到其总兵力的三分之一。人民解放军的这一拳，确实打得他喘不上气来。阎锡山的如意算盘，遭到如此重击，气得他卧床不起，连62岁的生日也不过了。对共产党的仇恨又增几分，与共产党斗争到底的决心也更见其顽固。上党战役失败后的一段时间里，因为焦虑不安，阎锡山常常通宵失眠。为了逃避痛苦，他跑到聘用日本战犯培训军官的“省训团”去寻求安慰。他在省训团里传见各队队长，再三要求要听日本教官的话，要好好向日本教官学习。他甚至荒谬地提出：“在这里学习，和去日本留学是一样的，机会真正难得。”此时的阎锡山，已经满脑子只有反共一件事情了。
穷途末路 依靠特务维持
阎锡山对共产主义是下过一番研究功夫的，对共产主义的反对，有着自己的政治理念。他承认，“共产主义是世界上最具备‘一以贯之’的中心思想的思想体系”，“共产党是世界上最富国际精神、奋斗精神、群众精神的著名政党”，并承认人类社会“露有一个私有的大空隙”，让共产主义“至少可以煽动世界百分之七十以上的人民，向十分之三以下的人民进攻”。他的立场，天然地是站在十分之三以下的那一边，因此，对十分之七以上的人民群起而攻之充满着畏惧和仇恨。经历了抗战的酸甜苦辣，经历了“在三个鸡蛋上跳舞”的惊险和难堪，阎锡山就越来越认清了自己真正的目标。他说：“我竭尽全力反共，乃因为我指挥共产党的军队八年，又与之斗争五年，前后有十三年之久，深知共产党的做法。”联共抗战的经历，让他切身体会到了共产党在人民群众中的号召力，看到了共产党为贫苦百姓谋利益的决心和力量，也看到了在共产党的发动和组织下，穷苦人民站起来时爆发出的仇恨和怒火的可怕。不管他在理论上如何大谈“物产证券”、“按劳分配”的合理，也不管他提出过什么样的治理国家的良方，只要共产党存在，发展，他阎锡山就没有好日子过，更不用说继续当山西的太上皇。自当都督以来，他的财产天文数字般飞速上升。其父、岳、继母、妻、子、亲戚等，都先后挂上了董事长、经理、名誉董事之类的职衔，在名目众多的“公营”和私营企事业中大发其财。别的不论，仅在五台河边一带，阎家集地不下20万亩，已经是山西最大的地主了。政治理念与经济利益，都与共产党的主张和路线水火难容。一定条件下可以利用共产党为自己服务，但条件已变，就不能允许共产党在自己眼皮底下生存发展。
和平和复兴都等于消灭共产党，但消灭共产党又谈何容易。“共产党能笼络人心”，自己的作为又恰恰不得人心，为了维护和保持在山西的统治，除了军队之外，只有依靠特务组织。因此，返回太原后，他大力发展和强化特务机构，迅速组成了三大特务系统：特警处，政卫处和参训队。“特警处”全称是“特种警宪指挥处”，拥有大小70多个单位，1400多名专职特工人员，720名武装特务和900多名派出人员。其骨干分子是第二战区政治部阎的亲信梁化之手下的特工和共产党、八路军的一些败类。它规模庞大，权力无限，生杀予夺，为所欲为。可以随意扣捕山西境内任何军政人员和民众，任意审讯、残酷毒打并处死。在太原市的行政、军事、经济、教育各机关以及工厂、学校、商号、饭店、旅店等地方，都有秘密发展的“细胞”，随时监视着人们的一举一动。人们稍有不慎，言论中透露出对阎锡山的不满，就会被特警处抓捕、审讯、禁闭，以至杀死。日军投降后的山西大地，成为特务统治下的黑暗世界。“政卫处”仅次于特警处，是阎锡山掌握军队内部动向，搜集共产党、牺盟会和决死队情报的耳目。“参训队”全称是“太原绥靖公署谍报参谋训练队”，是训练军事谍报参谋和进行军事情报活动的特务机关。这些特务机关，与军队一起，成为阎锡山存在的支柱。依靠这些力量，阎锡山千方百计制造名堂，对军队和民众进行空前的残酷统治。
上党战役中，近三万官兵被俘，其他地区，也有许多当过八路军俘虏的兵士。八路军优待俘虏，采取宽大政策，对愿返回者，都发给路费，开给路条，予以释放。这些被放回来的官兵，特别是干部，成为阎锡山心中的一块病。一方面，他惧怕这些人受了共产党的教育，变成了他的敌人；另一方面，更怕他们回来宣传，瓦解和动摇军心。于是就成立了“晋绥军返部干部集训团”，简称“返干团”，他亲自担任团长，将被俘释放的干部都集中于内，实际上就是变相的集中营，以“警戒严密，追查彻底，宁枉勿漏，断绝归路”为原则，由“特警处”等特务组织进行残酷迫害。释放干部进团编队后，三个月内不准外出、不准窜队、不准和家属亲友见面，严密拘禁，强迫写自白书，并揭发别人。对所谓“有问题”者，分别开班斗争、队斗争、团斗争大会，采取车轮战、围攻、棒打等办法，反复予以肉体和精神的折磨。1947年6月之后，竟然仿照封建时代给囚犯刺字的做法，采用灭绝人性的“刺字刑”，给释放官兵臂部针刺上反共反人民的字样。他以为用这样卑劣的办法，就能够断绝向共产党向人民归顺的道路，迫使这些人永远受他的驱使，为他卖命终生。有一个上士班长，在额部明显位置刺了“誓死剿灭共匪”六字，受到阎锡山的特别嘉奖，奖给法币300万元，并赐予“忠贞先锋”称号；而在上党战役中被俘的一个中将炮兵司令，在大臂上刺了“雪耻”二字，受到严厉责难，迫不得已又在小臂上刺了“灭共”二字，才被释放出团。一个炮兵团长，被人密报在被俘期间说过“阎锡山已成瓮中之鳖”的话，立即被“特警处”拷打审讯后秘密活埋；还有的被刺刀刺死，被注射毒针毒死。阎锡山居然将这些罪行称作是“大慈大悲的教育，抹上红红擦红红的政治教育”。经过上述迫害和折磨后，这些释放官兵，还被组成所谓“奋斗雪耻团”，再次送到前线充当炮灰。阎锡山的做法，可谓丧心病狂而坏事做绝。
在对普通民众的控制和迫害方面，阎锡山也设计出了一套办法。他制定所谓《动员戡乱复兴工作纲领》，提出要建立“铁村”，完成“铁政”，展开了乱打乱杀的“三自传训”运动。“三自”包括“自清”、“自卫”、“自治”。所谓“自清”，就是让老百姓自己动手肃清“伪装分子”，即对阎锡山的统治不满，同情和倾向共产党的民众；“自卫”，就是让老百姓自己武装起来，反对共产党；“自治”，就是要达到处处、村村都加强他的反动统治的目的。晋绥军有一名团长名叫赵俊义，按照“三自”，制定了一套所谓“肃伪办法”。把驻区内的民众集中起来，先进行“自清”，让人们坦白或相互揭发是否共产党，是否给八路军办过事。“彻底坦白”的人算是“转生”，对“不自白”或“嫌疑大”的人，就分别进行斗争直到随意杀死。“自清”之后，将青壮年编成自卫队，经过训练，发给枪支，实行“自卫”；“自卫”之下，“秩序”和“治安”较好的村庄就实行“兵农合一”，让群众领取份地进行生产，就算是实现了“自治”。赵俊义按此方法，恣意迫害、残杀革命群众和无辜百姓，仅在寿阳一个十余万人口的小县，便杀了600余人。或乱棍打死，或刀砍、枪毙、草刀铡，或活埋、水淹，惨绝人寰，令人发指。而阎锡山却认为这是对付共产党的有效办法，并亲自命名为“俊义奋斗法”，将赵俊义擢升为副师长，以示表彰。“三自传训”的办法推广开后，强迫县、区、村的干部进行“自白转生”，“自白自己和共产党有什么关系”，自白之后，如被揭发为“不彻底”，就被大会斗争，当场乱棍打死。在阎锡山统治所及的地区，特别是太原附近的晋中地区，到处发生乱棍打死所谓“伪装分子”的惨剧。根据阎锡山的省政府1947年底的不完全统计，推行“三自传训”短短的两个多月时间里，在晋中各县遭受毒打和被杀害的民众，达到八、九万人之多。其中，被乱棍打死和杀害的就有三千余人。平遥县一夜打死700余人，介休县打死180余人，太谷县200余人，榆次县打死540余人，阳曲县300余人，清源县300余人，文水县200余人，晋源县打死100余人，祁县110余人，交城县86人，徐沟县68人，孝义县62人，汾阳县总共打死400余人，而一天之内，就乱棍打死180余人。太原城内一个澡塘里的青年工人李某，受不了被迫进行军训的劳苦，说了句“共产党进来怕什么”，便立即被捆起来用乱棍活活打死。在阎锡山直接指使下，阎军和特务机关犯下的这种骇人听闻、惨绝人寰的暴行，甚至比日本侵略者有过之而无不及。阎锡山同样将这些残害民众的办法赞美为“大慈大悲”，说什么：“处理人越是惨无人道，越残忍，就越能解救人。因大家看见害怕，便不敢再去接近共产党，那就是把更多的人救下来了。” 1947年1月12日，得到叛徒的告密，驻文水县的晋绥军和当地反动武装，包围了云周西村。年仅16岁的中国共产党党员刘胡兰和地下交通员石三槐等人，不幸被捕。阎军头目强迫他们“自白”，刘胡兰大义凛然，坚贞不屈，坦然躺在铡刀下，光荣牺牲。她的大无畏英雄气慨和为革命抛头颅、洒热血在所不辞的崇高气节，使一切反动派胆战心惊。毛泽东亲笔题词赞颂：“生的伟大，死的光荣”。
在政治上强化控制的同时，阎锡山还搞了不少名堂，从经济上加强控制和搜括，以满足他扩大军队的需要，巩固其政治统治的基础。一是强化“兵农合一”政策，强行组