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郭嵩焘听说后，心里更不高兴，两人心里结下疙瘩。
古有“二桃杀三士”的典故。勇士公孙接、田开疆、古冶子论功争桃，三人彼此不服气。为了区区两个桃子，三位猛将竞攀排名，最终都倒在血泊中。读书人左宗棠、郭嵩焘因“灵芝交恶”，没有走出前人窠臼，实在是都有点孩子气。古人读书做官讲究光宗耀祖，难免闹出这类争论，今天看来像个玩笑，放进历史可以理解。
左宗棠与郭嵩焘真正弄得关系破裂，友情覆水难收，是因为官场共事。
1865年4月，左宗棠正在闽浙总督任上，兼督办广东军务的职责，负责消灭太平军残部，而郭嵩焘正在广东当巡抚。
太平军进入广东，郭嵩焘十分紧张，他不擅长打仗，疲于应付，天天盼救星一样盼左宗棠率军来。刚好楚军旗下郭松林、杨鼎勋追李世贤、汪海洋追到了福建，跨一脚就可以进广东。节骨眼上，左宗棠下达了“不准入粤”的命令。郭嵩焘又气又急，写信跟左宗棠论理。左宗棠很干脆地回答他：广东的军事安排像个银样蜡枪头，这样搞下去很危险。老郭你的能力跟不上你的思想，又没有找到合适的人辅助，所以你每次事故发生前都看得很清楚，却无力防范，也从来不去下大力气用行动解决，反而首先想到的是与领导划清责任界线，将分内的事情全部推脱到别人身上。等到事情基本上按你预计的那样失败了，你再拿出原来的责任文书向皇帝报告，以显得责任全在总督等人。总督要跟你翻脸了，你又站出来当和事佬、好好先生，做一些事后弥补关系的工作，说什么不要严重惩罚的话。
郭嵩焘心急火燎中没有等到左宗棠雪中送炭的救兵，反等来了一番直通通的批评，心里既怨又恨，他不怪左宗棠说得对，怪左宗棠以领导的姿态来教训自己。
1865年6月8日，左宗棠命令部下率兵进入广东，郭嵩焘负责筹军饷，这一下麻烦更大了。左宗棠根据他一贯“言必信，行必果”的原则，雷厉风行，不断写信指责郭嵩焘“办事不力，输饷迟缓”。郭嵩焘不去反思左宗棠一针见血指出自己的毛病，自己怎么克服，从此提高办事效率，反而又想着来跟左宗棠论理。
左宗棠已经身经百战，知道战斗早已打响，真枪实弹的前线，当兵的吃饱肚子打赢仗才是王道，敌人的刀枪子弹可是从来不听你解释的啊。郭嵩焘没带过兵，他不会这样想。
左宗棠急了，对郭嵩焘进行催逼。郭嵩焘这下崩溃了，他要有能力办好，早就办好了，不用你催。根据他“思想超强，行动乏力”的特点，反过来埋怨左宗棠“用心太酷”，老催要军饷是将自己往死里逼，而不看实际情况等等，不听解释。（“不察事理，不究情势。”）
左宗棠着眼办事，看重结果。他很反感别人猜他的心。郭嵩焘猜他“用心太酷”，他觉得转移了话题，以想当然的猜想作为事实。自己用心没有很酷，而是很善。
以理论与思想见长的郭嵩焘，做巡抚做得问题越来越多，时间越长麻烦越大。不久，他与总督瑞麟又严重不和，笔墨官司打到皇帝那里。皇帝当然没时间去调查，左宗棠恰好在做闽浙总督，兼以钦差大臣身份督办福建、浙江、广东三省军务，是郭嵩焘的上级，查办的任务，自然又落到左宗棠身上。
左宗棠也不看私情，只根据郭嵩焘的举报，逐一仔细核实，不但查清了瑞麟被举报的问题，还调查出瑞麟两条贻误广东军务的新证据，这些都定作“渎职罪”，要受到应有的处罚。郭嵩焘原本指望，左宗棠这次可以尽心帮自己一把了。没想到左宗棠没有任何偏袒，不但没有趁机在给同治皇帝的奏折里吹捧郭嵩焘，反而毫不隐讳地向皇帝全面客观地评价了郭嵩焘，然后建议给他换工作。
左宗棠在汇报材料里说：郭嵩焘为人勤恳，做事谨慎，为人廉洁。不但如此，他的谨慎已经到了过头的地步，因此既不敢办事，也办不好事，随机应变地处理事情的策略，也不是他所擅长的。
那怎么办呢？左宗棠建议，朝廷派自己的老部下蒋益澧取代郭嵩焘担任广东巡抚，而请求将郭嵩焘召回北京，另作任用。
左宗棠此时用心如何，不得而知。从坏的方面猜测，他在对郭嵩焘落井下石；从好的方面猜测，他在对郭嵩焘进行挽救。战争让文人走开。左宗棠亲眼看见过，浙江巡抚王有龄一家几百口怎么集体自杀于家屋中，弄得屋内血满如池塘。他心里最清楚，郭嵩焘当巡抚很吃力，也很勉强，他有在皇帝身边工作多年的经验，去北京更有利于施展才华。
但郭嵩焘不这样想，他一直想做巡抚。巡抚是封疆大吏，地方实权派，比在皇帝身边做秘书自由得多，也有成就感得多。左宗棠请求朝廷将他调回北京，郭嵩焘自然一肚子气，这进一步强化了他对左宗棠“用心太酷”的结论。那段时间里，他梦里都在盼左宗棠过来向自己道歉。
但左宗棠不但不认为自己错了，反而认为自己是真正对郭嵩焘负责。两人想法各异，郭嵩焘越想越郁闷，他无力强迫左宗棠道歉，只好写日记来发泄。有一天晚上，他梦见左宗棠来见自己，说非常后悔得罪了他，不停地打巴掌自我责备，郭嵩焘心理稍微宽舒了点。但醒来才发现是南柯一梦，郭嵩焘更加失落。
左宗棠这时靠战功在清廷已经树立了威信，他的建议举足轻重。最后结果是，蒋益澧成功取代郭嵩焘。朝廷工作是回不去了， 1866年，郭嵩焘负气罢官，回到湖南，在长沙城南书院教书、讲学。他崇拜思想家王船山，创办了思贤讲舍，以弘扬王船山学说为己任。
郭嵩焘在思贤讲舍隐居近十年。 1875年，军机大臣文祥想起郭嵩焘，举荐他进入总理衙门，随后得朝廷重用，作为中国历史上第一位外交官派出，担任驻英公使， 1878年兼任驻法公使。
但郭嵩焘还是摊上了大事，这次跟左宗棠毫无关联。 1879年，因为思想过于深刻超前，郭嵩焘指出中国落后根源在国家体制，中国应学习西方先进的民主政治制度。他写成日记出版了，这引起清廷上下恐慌，被紧急从法国召回，驻英法大使由曾纪泽取代。郭嵩焘从此被清廷荒废，蛰居乡野，郁郁终生。
郭嵩焘回到湘阴后总是认为， 20年来，左宗棠建议清廷给自己换工作，是下半生官运落魄的开始。郭嵩焘在失落中对左宗棠怨恨积压日深。而左宗棠1877年12月被拜相封侯，喜讯很快传回湘阴，郭嵩焘想起文庙灵芝一事，更加羡慕嫉妒恨，刺激巨大而深刻。
左郭关系由此彻底闹翻，隔断通信16年。
左宗棠这边，对郭嵩焘也有一事耿耿于怀。 1878年，左宗棠收复新疆进展大顺，英国政府找到中国驻法国公使郭嵩焘，对他说，阿古柏如果建立一个伊斯兰教的国家，对中国未尝不是一件好事。郭嵩焘认为有道理，就向总理衙门建议。左宗棠一听，怒不可遏。他当即答复总理衙门：阿古柏问题纯粹是中国内政问题，与英国或其他国家没有任何关系，所以这个问题不在总理衙门管辖范围，而在我的管理范围。如果英国真想在中亚建立一个伊斯兰教的国家，那么应该考虑到印度北部去搞，而不能老盯着中国的新疆打主意。
左宗棠觉得郭嵩焘这次在英国与阿古柏之间扮演了一个丑角。他既不背后议论，也不写日记，更不在梦里批评郭嵩焘。他在北京一个公共场合里找到机会，当着许多人的面告诉郭嵩焘，一个中国人，被英国人利用，而忘记了本民族利益，应该感到羞耻。
郭嵩焘对左宗棠旧恨未消，这次被责骂，又添加一道新伤。郭嵩焘十分生气，决定今生不再见左宗棠。
郭嵩焘被激怒后，他很难再客观理解左宗棠。他不知道，左宗棠表扬人也是这么干的，当着许多人的面，不加掩饰地说出来。
1882年1月，左宗棠从两江总督任上回长沙，专门登门拜访郭嵩焘。他们不但是儿时伙伴，现在也是儿女亲家。郭嵩焘还没有原谅左宗棠，所以拒绝见面。左宗棠急了，站在门口说：老郭，我们都是快要死的人了！难道还要将那些过节带到下辈子去吗？郭嵩焘这才从屋里走出来，但见面态度依然不冷不热。
与左宗棠豁达不同，郭嵩焘记仇。左宗棠死后，郭嵩焘心中依然疙瘩，他送的挽联，这种心迹表露无遗：“世需才，才亦需世；公负我，我不负公。”
“才亦需世”是暗示没有郭嵩焘在樊燮事件中营救，在咸丰皇帝面前举荐，左宗棠没有出头之日。“我不负公”是明确宣布，自己到死仍不原谅左宗棠。
隔阂如此之深，到底隐藏一段怎样的是非曲直？
简单地说，缘于价值观的冲突。左宗棠的价值原则是“公大于私，法大于情”。而郭嵩焘在某种程度上反过来了，至少他坚持认为，“私有时大于公，情有时大于法”。
郭嵩焘是中国第一任外交官，也是近代走出中国看世界第一人，飘逸高远的郭嵩焘，他的思想力、眼界，百年内没有几个中国人可以跟上。但他确实如左宗棠所说，不是做巡抚的料。这一点曾国藩也看出来了，他说郭嵩焘“乃著述之才，非繁剧之才”。郭嵩焘著书立说是天才，处理官场关系、搞军事、政治斗争，是庸才。左宗棠正是看死了这一点，活活将他从广东巡抚的位置上拖了下来，免得他卷身官场旋涡，身败名裂。
同是读书人，左宗棠是“军事家加政治家”型，而郭嵩焘则是“书生加思想家”型。形象地说，左宗棠是一只老鹰，郭嵩焘是一只鸽子。
郭嵩焘艺术家气质很浓。他情感十分细腻，对外界非常敏感，情绪起伏非常剧烈，整个人给人的感觉，如他的字“筠仙”，仙风道骨。他与“燕颔虎颈”的农夫一样的蛮牛左宗棠站到一起，差�