1260年，前金朝官员（1234年金灭亡前）并在50年代加入忽必烈幕府的文官王鹗建议忽必烈设立史局，纂修以前各帝的实录，指出若不乘时记录，恐怕久而遗亡。根据这个建议，在1262年正式下令，命王鹗集廷臣商榷史事并收集先朝的文字记录和口头传说，尽管蒙古统治者曾完全禁止汉人臣民接触他们的历史记录和口头传说。①结果是不久后即完成了《（皇元）圣武亲征录》。②曾有该书出自王鹗之手的说法，但是现在一般不再接受这种说法。此书比随后写成的《秘史》资料广泛，记事也准确得多，尤其是在记述政治事件方面。③《元史》太祖至宪宗的本纪（卷1—3，来自实录）与本书用语的一致，说明这部书在编撰成吉思汗（庙号太祖）、窝阔台汗（太宗）、贵由汗（定宗）和蒙哥汗（宪宗）实录时是作为基本史料使用的。这些在忽必烈之前的本纪，用中国记述帝王的方式记录了前四汗的功绩，虽然他们四人从未宣称自己是中国的皇帝，在他们在位时也从未认为自己是中国的皇帝。《元史》这几卷的记事零散，恰恰表明了编修前四汗实录时收集必需的历史资料的努力没有完全成功。
关于13世纪60年代或其后直到元朝结束还有哪些史家能够接触蒙古口述或文字记录的史料，已经无从知道。但是，从60年代往后，从忽必烈到宁宗九朝的实录在每一个皇帝去世后都着手修撰，尽管没有证据表明元廷有固定的制度根据逐日记录的统治者言行编写起居注并按照以前的中国官修史学模式由在位统治者编撰前朝皇帝的实录。不管怎么说，《元史》中从忽必烈（世祖）往下的本纪，无论是怎么编排的，都非常详细和繁琐，同样很少加工。
《元史》中的53卷志，大多数出自《经世大典》，①这是一部880卷（另有记载说800卷）的大型文献，由奎章阁的学者编辑。奎章阁是文宗图帖睦尔（1328—1332年在位）建立的国家图书馆和艺术品收藏地，亦是全国的最高学术机构。②《经世大典》主要是在元末著名文臣虞集（1272—1348年）③的监督下编修的。这部大部头的作品从未刊刻，所有的抄件似乎在明朝灭亡之前都已经散失，只有不到5％的部分保存到今天，因为在15世纪的第一个10年里被分目抄入《永乐大典》，而《永乐大典》本身亦只剩下了很小的一部分。正因为《经世大典》被抄入了《永乐大典》，所以早就有人认为《元史》的修撰者在修志时把《经世大典》直接照搬了过来。我们已经发现了一个间接的证据，如在卷58—63《地理志》④中包括了至1331年的行政地理变化，但是没有该年以后的内容。学者们早已同意顾炎武（1613—1682年）在研究了《地理志》中的专用术语和特定资料后得出的观点：《地理志》的正文像是政府官员的公务资料，而不像一部史书。⑤《元史》中没有《艺文志》，是一个严重的不足。钱大昕（1728—1804年）为此特别编撰了《补元史艺文志》。⑥他对元史的其他深入研究（包括他的著名的《元史氏族表》），⑦可以扩展成一部新《元史》，但是没有完成。
占了《元史》8卷的6个表，是后妃表、宗室世系表、诸王表、诸公主表、三公表和宰相年表。有的表并不完整，表中列举的许多高官的名字在《元史》列传中没有专传，这显然严重违反了中国的史学标准。
占了97卷的列传，是《元史》中遭受批评最多的部分。例如，至少有9例一人（非汉族人氏）两传的情况，由于名字的写法不同，被编者视为两个人分别立传。一个人的名字在不同的传里写法不同，更是常见的现象。列传中许多其他的错误亦早已被指出，特别是在清代几次尝试增补或重修《元史》时。由于有关1260年前的蒙古史资料不足，所以人们对这段历史给以特别的关注。这种关注延续下来，直到本世纪甚至现在还吸引着日本和西方历史学家。中国学者对元代的研究在18世纪后期和19世纪达到高潮，①但是可能所有明代和清代的汉人史学家都从未获得过准确的关于蒙古的知识。他们的重点主要是研究外族统治中国时期，而不是蒙古本身。
《秘史》
蒙古人关于自己早期历史的最重要的文献是所谓的《蒙古秘史》，在汉文中通常称为《元朝秘史》。该书的蒙文名称被汉文音译为《忙豁仑·纽察·脱卜察安》，它更精确的汉文译法是《蒙古秘史》，与英文题目Secret history of the Mongols意思相同。两种汉文名称现在都在使用。用汉字标音（极不准确）的汉文译本是仅存的版本，它是所有现代蒙文还原本和汉文、日文及西方文字译本的基础。①学者们在《秘史》写作的时间、用蒙古文（畏兀儿字）录写下来的时间、第一次翻译成汉文的时间或第一次刊刻的时间等方面有不同看法。柯立夫在他的英译本的导言中考证了《秘史》先是口述历史、然后用蒙古文写下来、再后用汉字音译和汉文翻译的复杂沿承关系。柯立夫论证用蒙文录写该书正文的时间是在1228年至1264年之间，虽然有的学者认定是在1340年之后。他认为汉字音译和汉文翻译的时间极可能在1368—1370年，并同意没有证据表明《元史》的修撰者曾使用过《秘史》。现在亦不清楚汉字音译和汉文翻译本是否在明廷1382年下令编修蒙汉文对照的辞典《华夷译语》后与其一同刊印（1387年？），或者是它的一个手抄本仅由它的两位畏兀儿编辑者保存。现存有《华夷译语》的洪武残刻本，但是是否存有同时刊刻的《秘史》残本，还是学者争论的问题。
不管《秘史》的成书有多少问题，学者们都一致认为该书是研究元史和蒙古文明的一流重要著作。它用说书人的风格首先陈述了蒙古部落起源的传说，然后详述历史事件，始于成吉思汗的早年生活，终于他的儿子和继承者窝阔台汗在位时，大致终于1240年。
当代学者姚从吾是这样评价《秘史》的：“超出中国的正史和汉文历史资料的范围，它是仅有的用蒙古文并用蒙古人的观点写成的大型历史著作，直接叙述了长城之外的中国边疆地区人民的生活情况。”他认为中国史书忽视了《秘史》准确叙述史实的价值。①《秘史》的形式更像一部文学作品而不是历史著作，引起一些人对它的明显错误和神奇的叙述方法的批评，但其他人则为它丰富的社会历史内容而赞不绝口。在明代和清代的绝大多数时间里没有中国学者注意《秘史》，该书的重新发现在19世纪。首先是中国学者顾广圻（1776—1835年）发现了一个抄本，他校勘了该本并在1805年告知其他学者；其后一个名为巴拉第的俄国神甫在北京停留，在1877年根据汉文旁译（没有还原成蒙古原文）将其翻译成俄文，用的是从《永乐大典》抄出的版本。这个译本虽然不完整，但是使该书名扬西方，从而引发了中国之外的对此书的一个世纪的研究。它现在已经成为元史研究的一个特殊领域。
中国对域外蒙古史的了解
从汉文文献反映出，生活在元代的汉人学者了解一些蒙古口头传说，当时还有数量颇多的蒙古文文献，这两点对两个史局都很有利。但是在明朝初年，一般中国人对有关蒙古和元朝的事物采取极为冷淡的态度，汉人学者亦有意规避这些传说和文献。②这是很不幸的。《元史》不应该仅仅是中国人作为自己历史的忽必烈即位的1260年以后元朝在中国的历史（更准确地说，是在忽必烈1272年采用元的国号并宣布王朝的建立之后），也是13和14世纪全体蒙古民族历史的基本记录。
不同寻常的是，中国人还没有去寻求历史详情，就为以蒙古人武力建立的帝国的大规模扩张而骄傲，并把帝国看成是中国的胜利（原因是它的外族统治者已经被视为中国的正统皇帝），而不是把它看成蒙古人的世界性帝国而中国人只是它的臣民。《元史》实际上根本没提中国和东亚之外的蒙古帝国，使得中国的历史学家有一个很严重的知识缺陷（但是除了少数例外，没有人认识到这一点）。
这个知识缺陷直到19世纪后期才得以弥补。特别是外交官洪钧（1840—1893年）在柏林和圣彼得堡停留时，发现了欧洲和西亚的史料和已有的研究成果，他由此知道了有令人吃惊的新资料能够大大补充蒙古和中国的历史。①洪钧翻译的新资料，大多被柯绍忞（1850—1933年）收入《新元史》中，于1922年出版。②一般说来，中国学者知道了蒙古人是与中国历史中描述的完全不同的世界历史舞台上的大角色，或者换一种说法，蒙古人的历史不等于中国的历史；中国学者甚至赞同必须等到能够把眼界拓宽到从世界范围看20世纪时，蒙古史和蒙古文明才能作为合适的研究课题。中国的学者，包括汉人和蒙古、满族及其他中亚学者，在过去的100年里为拓宽中国人的眼界作出了重要的贡献。他们亦按照史学传统，在几个世纪中校订、增补或者重修了《元史》。
明、清对《元史》的研究
《元史》中的错误需要改正，这在该书于1370年首次刊刻后就知道了。解缙（1369—1415年）曾在洪武年间（1368—1398年）后期受皇帝之命修改《元史》的错误，但是他什么也没有做。①随后在明代有一些对元史的研究②此外最重要的是《元史纪事本末》，③27卷，1606年成书，陈邦瞻（1636年去世）撰。该书真实地再述了元史，同一作者亦完成再述宋史的相同著作。这部书在中国传统史学中的评价很高。
由于一些原因，清代与明代相反，是对元代研究兴趣高涨的时期。当时产生了一系列补充和修订《元史》的重要著作，但是没有重修《元史》。最重要的著作有以下几种：④1。邵远平（始于1664年），《元史类编》，⑤42卷，1693年成书。一个不能令人满意的替代《元史》的尝试，按照郑樵（1102—1160年）编撰的宋代制度史