基、桥梁、编组站和有关设施都遭到严重破坏。重要的井陉煤矿设备被破坏，停产近一年。大约持续了三个星期的战役的这个第一阶段让位给第二阶段，在第二阶段中主要目标是碉堡和日军推进到争夺区的其他据点。这种转移相当于更换易受攻击的弱点：当日军积极利用据点体系时，运输网的防守较欠安全；相反，当派出的小分队撤回来阻挡对铁路和公路的袭击时，碉堡成为更具诱惑力的目标。实际上，这次战役的目的是迫使日军放弃囚笼和蚕食战略，退回防守巩固的驻地，再次把农村让给共产党人。在战役的第二阶段，更多部队参加了战斗，总数达到104个团。几年后，百团大战直接指挥者彭德怀隐晦地说，他们是“自发”参战的，没有得到八路军总部的命令。①到10月初，第二阶段接近尾声，而第三阶段正在开始，这时得到增援的日军纵队寻求与八路军交战以消灭他们。几次激烈的反攻断断续续地进行了两个月，此后百团大战被认为是结束了。
百团大战的背景——谁批准并计划的，原因何在——至今仍不清楚。日本人对这次战役的反应是如此残酷，以致回顾时它像是一个错误，而有些领导人，尤其是毛泽东，可能曾经希望否定这次战役。在以后的岁月里，毛在他的著作中间接暗示他对这次战役持批评观点，而且他可能一直感到不安。这不是他的那种军事战略。20多年以后，在文化大革命中，红卫兵指责说毛甚至事先并不知道这个计划，因为彭蓄意欺骗，这时彭正在被批斗。虽然这似乎不可信，但这或许有一点实质性的东西。彭在反对这种指控的辩护材料中写道，在位于晋察冀而不是在延安的八路军总部拟定作战计划后，总部向每个地区指挥部下达了动员令，并通报毛领导的中央军事委员会。按原计划，这次行动应于9月初开始。但彭写道：为防止敌人发觉，保障各地同时突然袭击，以便给敌伪更大震动，大概比预定时间提早了十天，即在八月下旬开始的。故未等到军委批准（这是不对的），就提早发起了战斗。①此外还有个问题，那就是多个团自发行动，未经八路军总部批准，更不说延安了。
如果彭德怀的叙述——写于1970年他死前不久——是实情，那么毛和党中央确实未参与百团大战的构思或计划，而进行这场大战的“主要战略”动机，除彭和他的同事们可能已经考虑到的以外，也就不存在了。所提到的这些动机之一是反击蒋介石和重庆政府方面的投降倾向：如果战争升级，中共投身斗争之中，那么蒋和日本人之间的任何和解都像是怯懦的投降。与这一解释有关的是，外界指责共产党避开日军而把大多数真正的战斗留给国民党军队，他们只是利用战争扩大自己的势力，共产党领导人对这种指责很敏感。国民党人大肆宣传说，中共深思熟虑的和玩世不恭的政策是把70％的力量用于扩张，20％用来对付国民党，只有10％用于抗日。①所提到的第三个动机是把注意力从华中新四军进攻国民党军这件事上引开，几乎恰在此时这些进攻达到高峰。
彭德怀承认这次战役“拖得太久”，但他为其重要性辩护说，百团大战在紧随反磨擦冲突后维护了中共抗日形象，证实了囚笼政策和蚕食政策的失败，恢复了根据地对不少于26座县城的控制，并使“动摇分子”就范。即使这些理由与进行这次战役时地区和战术上的考虑相比并不那么重要，但并不妨碍利用这些理由在事后进行宣传。无论毛和党中央可能担心过什么，他们却什么也没有说。毛致电彭德怀，祝贺他取得巨大胜利，而在公开的叙述中百团大战成了传奇材料。
百团大战后的扫荡战（1941—1943年）
如果百团大战旨在挫败日本的清剿活动，那么它是极不成功的。华北方面军被八路军的行动所震撼和刺痛，加倍努力把华北置于控制之下。在多田将军及其继任者冈村宁次将军（1941年7月—1944年11月）任内，日军对所有华北根据地施加野蛮而持久的暴行。在1941年至1944年间，约有150000名日军在大约100000名七拼八凑的伪军协助下，专门执行清剿任务。余下的华北方面军（150000到200000人）负责执行其他任务，如守备主要城市和箝制国民党军队。估计共产党在各根据地的正规部队约为250000人，在陕甘宁有40000人。
日军及其中国仆从们在建造壕沟、栅栏和碉堡方面的投资甚至比过去更多。日方的资料表明，到1942年，他们已建成封锁线11860公里和据点7700个，大部分在河北平原和太行山麓的丘陵地带。沿平汉铁路线西侧一条大壕绵延500公里，每边有一条无人带，经常有人巡逻。1940年12月，在冀南建立的250个日军哨所到1942年年中翻了两番以上。这些是对平原地区控制的主要措施，到1941年底，这一地域的共产党根据地全部降至游击状态。许多主力部队（如吕正操和杨秀峰的部队）被迫西移，进入山区以保存实力。
表24 日本对晋察冀边区的封锁和扫荡
来源：凯思林·哈特福德：《镇压与共产党的成功》，第345、347页。
与早期的战术不同，新的多田冈村战术是把规模大得多和时间长得多的清剿工作团派进山区根据地的中心地区，并用不加区别的、普遍的暴力代替百团大战前采用的有选择的镇压。这就是声名狼藉的“三光”扫荡战：杀光、烧光、抢光。由于仍然未能将普通农民与共产党员区别开而感到沮丧，日本人把战争推向各个方面。在勉力封锁根据地的重要的巩固区后，日军派进很大的分遣队，寻找共产党军队、政府干部和积极分子。但是，他们另外还要破坏根据地的设施和战争物资储备，烧毁庄稼或干扰播种及收获以破坏农业，并运走存粮。整座村庄被夷为平地，在那里发现的一切有生命的东西全被杀死。“三光”扫荡战不像以前的扫荡那样清扫一个地区然后撤离，而是让军队在目标区留相当长的时间来回“梳篦”，并在多山的根据地内比较容易到达的地区建立至少是临时的据点。表24中的资料表明这些行动在晋察冀是多么广泛；类似的战役在华北根据地全面发动。
这些三光战役发生之处，农村人口损失惨重。毫无疑问，这种严酷的战术以及与之俱来的如此频繁的暴行，确实使许多农民，不论贫富，对日本人刻骨仇恨，并更彻底地倒向共产党。但党内资料也描述了许多事例，说明这种镇压比以前的做法——在党与农民之间打进楔子——甚至更有效：如果我们只强调隐蔽……我们必然脱离群众。群众的信心也不能长久维持。另一方面，如果我们只图在草率的战斗中求一时痛快，我们还可能招来敌人更残酷的镇压。那也会脱离群众。①共产党发言人承认，在华北根据地，党控制下的人口从4400万下降到2500万，八路军从40万减至30万。②地方资料所描绘的景象甚至更为冷酷。到1942年，90％的平原根据地降为游击状态，或完全为敌人控制。在晋冀鲁豫根据地的太岳山区，一个干部承认，“没有一个县能保持完整，全部12个县的政府机构在清远流亡”。①随百团大战占领的26座县城全部丢失。
尽管日军清剿的目标主要是八路军，但并非总是这样。日本人未能与之达成“谅解”的国民党军队也遭到攻击，部分地是为了腾出更多兵力用于反共行动，部分地是为了保持对蒋介石的压力，部分地也是为了有更多的战果可资上报。其中最有影响的行动于1941年春季在晋南发生（中条山战斗，或中原战役），②当时卫立煌将军的20多个师被赶到黄河以南。几乎同样重要的是后来在山东对于学忠和沈鸿烈的行动。一旦日伪部队撤出，这些行动开拓了更多的地区供共产党渗入；在战争的最后阶段，当日本人向共产党人施加的压力趋于缓和时，这种后果十分明显。
日军在华中的强化治安
中国派遣军遵循了一种与华北方面军不同的模式。虽然提供给派遣军的总兵力比华北方面军多（约30万在华中，另外16。5万在华南），但只有较少一部分用于清剿，大约5万到7。5万。其余大部分部署在湖北、湖南和江苏，用来对付国民党军队。另一方面，较大的和可能较强的伪军能被用于长江下游地区，因为那里靠近汪精卫的南京政权。
日军和伪军集中在战略上对他们最重要的地区：南京上海杭州三角区，以及恰在长江以北和大运河以东的地区。更西的武汉地区也经过严厉的清剿。这些措施加上湖北有强大的国民党力量，使李先念和新四军第五师直到战争末期仍无法在大别山建立完全巩固的根据地。但江苏、安徽和河南的其他地区，不论从军事或经济的观点上看，都被认为不那么重要。日军保持对华东华中主要交通线和主要城市的控制。偶尔也派出清乡队通过较远的地区。这对新四军来说很容易躲避，但给依附于重庆的军队造成严重的损失。①直到1941年下半年，随着畑俊六大将采纳建立“模范和平区”的计划，日军开始对长江三角洲进行认真的清剿。这是一个分阶段的计划，这个计划将仔细划分的地区置于更为严密的军事、政治和经济保护之下。当一个地区已达到某种发展水平时，邻近地区将被加入。第一步是加强扫荡，以驱除所有抵抗者并重新开始。然后利用稠密的竹栅栏或其他防卫工事，实行严密的边界控制。在地区内，地方警察进行严格的居民登记，行政人员被指派执行广泛的“自治、自卫和自富”的计划。在最发达的模范和平区，日军的密度达到每平方公里1。3人，是华北的三倍半。必要时采取严厉的高压手段。结果是长江三角洲北部的模范和平区内的治安变得相当出色。南京政权代理人征得的税款急剧增长，强制劳务也是如此。日本兵和当地著名的汉奸宽慰地说，他们来去不必担心遭到伏击了。
然而，甚至在最成功时，这些措施对中国的�