这桩冤案平反以后，左宗棠对杨昌濬没有过多指责，只是直率地要求他“引咎自责”。不过，左宗棠“恭读圣谕”之后，发现清廷除了平反冤案，对杨昌濬并“无诘责之词”，很是欣慰。而且，左宗棠对于这件案子的审结，仍然有所保留。他说，他翻遍了《洗冤录》，并未发现中毒而死的人，可以从骨头的颜色来分辨查验。那么这次验尸官的尸检报告，以及刑讯官员定案的依据，存在可疑之处。
当然，左宗棠没有打算在这件事上纠缠。他劝杨昌濬趁机辞官返乡，不要到条件艰苦的陕甘来受罪，可见他对杨昌濬仍然是非常包容和爱护的。
杨昌濬终于卸任归家了。左宗棠从朋友的来信中得知，杨昌濬仍然非常平和，不喜不怒，左宗棠赞赏地说，从这件事，足以看出杨昌濬的“学者襟抱”。
左宗棠还听到一种传言，说杨乃武一案重审时，死者的尸体被人调换了。他说，如果这个传言属实，那么舞弊比“舞文”更为恶劣，由此而感叹当局者为何如此昏聩。
新疆的冰冻在4月份消解。刘锦棠率部从乌鲁木齐翻过山岭，攻击达坂。张曜率部从哈密西进，先派提督孙金彪所部与徐占彪所部在盐池会师，然后奔赴吐鲁番。
刘锦棠所部在4月16日抵达柴窝，留下部队驻守。
柴窝距离达坂只有二十里。当夜初鼓时分，刘锦棠令部队衔枚疾走，要求在五鼓时分集结于达坂城下。
帕夏的大通哈刚刚引来湖水屏卫达坂城，道路泥深，战马腿陷泥中，直到马腹。余虎恩、陶生林和夏辛酉等部骑兵掠过深淖，在城左山冈列队。谭上达、谭和义和戴宏胜等人率步兵在城后山阿摆开阵势。降将崔伟等部骑兵弥补缝隙。
帕夏的部队还在睡觉，没有发觉湘军到来。天明雾散，城内守军看见了湘军，方始大惊，向城下发射西洋枪炮，从7点到11点，连续射击。湘军小有伤亡，但屹立不动。
刘锦棠策马绕城，观察城濠，坐骑中枪，换马再巡，命令各营修筑壁垒，挖掘濠沟，围困守军。
4月18日，湘军傍靠城东修筑炮台。帕夏次子海古拉派骑兵轮番进攻增援。陶生林等部在隘口拦截，分左右包抄，海古拉的骑兵全部撤走。
城内守军盼不来援军，商议突围逃跑。刘锦棠叮嘱各部严阵戒备。
4月19日，侯名贵所部抬来三尊开花炮，安置炮台，连环轰击，炸塌大部分墙身。不久，炮火击中守军的火药库，屋瓦砖石齐飞。大风骤起，火势蔓延，引烧开花子弹，城中发生大爆炸，炸得人马碎裂。
守军乱成一团，夺门逃走，被湘军堵住，无法出城。刘锦棠令人呼喊：“捆绑穿异装者有赏！”部队奋力擒拿守军将领，将大小头目全部绑到刘锦棠麾下，无一逃脱。
湘军攻克了达坂城，俘虏了守军首领爱伊德尔呼里，也就是安集延人所说的大通哈。还抓获六名胖色提和六名玉子巴什。胖色提翻译成汉语，是营官的意思。玉子巴什则是哨官。还有其他许多军官，其称呼相当于汉语的管理、执事和什长之类。txt电子书分享平台
1877年，光绪三年（2）
大通哈和几个胖色提被捕后，都代帕夏请求投降，愿意绑缚白彦虎献给湘军，并献出南八城赎罪。刘锦棠让他们写信召帕夏来达坂，释放几千名安集延人以及南八城缠头、回民和土尔扈特人，不予处死。全部发给粮食和衣服，放他们返回原部。这些俘虏无不欢欣。
4月25日，刘锦棠率部进驻达坂东南方几十里的白杨河，听说嵩武军孙金彪部和徐占彪部已经攻下七克台，进攻辟展，以及鲁克沁、连木沁台和胜金台等地，将城垒全部攻破。两军在哈拉和卓会师，距离湘军所在只有两日路程。
徐占彪和孙金彪于4月26日领军抵达吐鲁番，得知白彦虎在前一天已率部逃到城东。他们见守军殊死抵抗，便指挥骑兵从两旁抄袭，打乱守军阵势，追赶到城边。城内守军全部出战，与攻城部队杀成一团。
激战正酣时，罗长祜率领湘军杀到，合力攻击，将守军杀得向西奔逃。马人得率部参见嵩武军投降，一万多名缠头和回民跪地求饶。孙金彪下令将他们全部释放，不得诛杀。于是三支部队攻克吐鲁番满汉两城，分兵驻守。
同一天，刘锦棠率部向南急驰一百多里，抵达托克逊，得知海古拉也已闻风逃走。守军在城外与湘军交战，溃败时点火焚烧粮药，弃城逃走。
刘锦棠派部队进城灭火，二万多名缠头和回民跪在马前投降。刘锦棠令他们交出马匹和武器，听候安插。于是湘军攻克托克逊三城。
黄万鹏所部开抵小草湖，遇到白彦虎所部埋伏，被重重包围。两军正在激战，刘锦棠率大部队来到，于是湘军内外夹击，大败白彦虎部。黄万鹏得赏云骑尉世职。
自从清军攻克吐鲁番以后，新疆南八城门户洞开，帕夏日夜忧惶哭泣，茫然不知所措。白彦虎趁机令部属抢掠人畜，焚烧村堡，胁迫缠头和回民一同奔走，引起怨愤。
一方面，白彦虎引起民怨，而帕夏素来虐待缠头和回民，深为大家痛恨；另一方面，湘军和嵩武军对于达坂、托克逊和吐鲁番投降的帕夏部众，全部释放，不予追究，安集延人和回民不再疑惧，互相转告。于是，南八城百姓都引颈盼望湘军将他们救出水火，惩处帕夏和白彦虎。
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在湘军的打击下，帕夏已经绝望，于5月份在喀喇沙尔服毒自杀。他的次子海古拉将他的尸体在水里浸泡三天，然后取出，裹上香牛皮，抬着西行。
海古拉一行走了五六百里，快到库车时，他哥哥伯克胡里派使者在途中拦截，杀死海古拉这个安集延人的小帕夏。
帕夏名叫阿古柏，自称毕调勒特汗，有六个儿子。长子哎哥，就是伯克胡里。阿古柏不喜欢他。次子海古拉。三子引上胡里。四子迈底胡里。其他两个儿子无名。
伯克胡里杀死海古拉以后，保守新疆南境，自封为王。安集延人和回民推举白彦虎率部防守喀喇沙尔西南部的库尔勒，白彦虎不听他们的安排，自己率部驻扎在开都河西岸，打算进入俄罗斯。
兵部右侍郎、钦差大臣郭嵩焘已于2月份抵达英国，觐见了维多利亚女王，并递交了国书。他受命在道歉之后，不用回国，就此出任驻英国公使。英国驻中国公使威妥玛趁机向清廷为安集延人说情，清廷将此事交给左宗棠办理。
左宗棠上奏说，立国就要有疆界，这是古今通义。必须根据时间与地点来统筹，才能权衡其中的轻重，建置也才会妥当。自古以来，中国边境遭到的侵扰，总是西北甚于东南。因为东南是以大海为界，有自然屏障，容易防守，西北则是一片无垠的广漠，能否防守，全看兵力强弱。兵少了，容易受到侵犯；兵多了，又耗费国家的财富。论防守，没有天险阻挡战马的铁蹄；论进攻，没有舟楫用来节省转运的费用。不像东南有天险可以凭借，办理军事比较容易。
左宗棠说，清朝定都北京，有蒙部环卫北方，一百几十年没有烽火报警。不但前代所说的九边都成了腹地，就连科布多、乌里雅苏台以至张家口，也分别驻扎了部队戍守，了望堡遥遥相通，国都一带十分平安。这是因为祖宗朝削平了准部，连带平定了回部，开辟新疆，设立军府的结果。因此，注重新疆，是为了保卫蒙古，保卫蒙古，是为了保卫京师。如果新疆不能稳固，蒙古就会不安，不但陕西、甘肃和山西各省边界会时常遭到侵犯，防不胜防，就连直隶北部的关山，也将没有安宁之日。txt电子书分享平台
1877年，光绪三年（3）
何况现在与过去，形势已大不相同。俄国人不断拓展国境，从西向东达一万多里，与我国北方边境相连，惟中段有蒙部遮隔。徙薪宜远，曲突宜先，不可不预为绸缪。
如今新疆北路，已收复乌鲁木齐全境，只有伊犁尚未收回。南路已收复吐鲁番全境，只有白彦虎率领余党隐伏在开都河，喀什噶尔还有叛变的军官和逃跑的部队，还是需要兵力去对付。其余各城，犹如刚脱虎口，投入慈母的怀抱，自然不会抗拒官军。
秋天一到，采运足以补充供给，田地里还有余粮，部队大举西进，宣布朝廷威德，一边作战，一边安抚，不难收回旧有的疆土，恢复朝廷的管辖。此外，如安集延和布鲁特等部，则可将他们堵在邱索之外，听任他们翱翔游泳。
英国人为安集延人说话，是担心俄国人蚕食他们的地盘，对英国有所不利。俄国正在争夺土耳其，与英国人相持。我国收复旧疆，出兵符合大义，他们凭什么责难？即便发生意外的争辩，节外生枝，我国仗义执言，也决不会有所屈服。
新疆南路以吐鲁番最为丰饶。其中的八城，以喀喇沙尔的辖地较多坚硬贫瘠的土地，其余地方虽然不如北路广袤，但有的地方还更加饶沃。全境收复之后，只要有得力的人才来筹划经营，军队的粮食可以就地采运，军饷可以就近获得，不至于像以前那样拮据忧烦、张皇失措了。
左宗棠说，他之所以坚持一片赤心，实在是因为新疆一地不可放弃，军事不可停止，而现在军饷匮乏断绝，必须迅速收复丰饶地区，否则无从着手。这是局势所迫，而非他贪恋将相官位。若要省费节劳，为了新疆长治久安着想，就必须设立行省，改立郡县。
左宗棠又说，自从浩罕国被俄国人吞并，安集延人讨好依附英国，英国人也就暗中予以庇护。现在又以护持安集延为借口，以保护立国为理由，其实他们是担心安集延为俄国人所有。然而，安集延人并非没有立足之地，何待英国人为他们另立一国？即使打算另立一国，那就把英国的地方割让给他们，也可以把印度割让给他们，为什么要向我国索要丰腴的国土，来向安集延人卖人情呢？何况喀什噶尔为古疏勒国，汉代已经隶属中国，