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左宗棠料想马化龙父子的话不能全信，命令刘锦棠等人将金积堡的居民迁徙到别处，搜查他们藏匿的枪炮。当时天寒地冻，回民挖掘的进度太慢，刘锦棠便派勇丁协助，果然从堡内挖出一千三百多枝洋枪。
刘锦棠见回民渐渐打消了疑虑，便将王洪堡的回民迁移到灵州周边安插，将马家滩的回民迁移到张家园安插。
湘军于2月25日将马化龙父子及其家属迁移到废堡中。刘锦棠于2月28日提审马化龙，要他交待北口贸易和勾结洋人等事。马化龙将这些事情全部推诿给儿子马耀邦，说他自己一概不知。马耀邦忍受刑讯，不肯交待。结果父子都被凌迟处死。马化龙享年六十一岁。
1871年，同治十年（3）
黄鼎和雷正绾等人提审马化龙弟侄马成龙和马中邦等十三人，将他们处以极刑。又将八十多名回民军官员处死。对于三千多名外来居民及被胁迫的甘肃回民，都解送到平凉安插。金积堡的一万二千多名男女，都解送到固原安插。
湘军捣毁马化龙的王城东府和西府，搜出各种清廷视为违制的物品，全部烧毁。
马化龙的父亲马二与穆三的祖父穆大阿訇关系友善。穆大阿訇传习新教，临死前将自己穿戴的红衣与白帽授予马化龙，嘱咐教徒们都听从他的管束。穆三与弟弟穆四和穆五都是新教的阿訇。从北京、天津直到黑龙江和吉林的宽城子，以及山西的包头和湖北的汉口，都有新教的教徒。
马化龙自托神灵，预言祸福，回民纷纷信奉。在他被俘后，部属见了他仍然长跪不起，得到他的允许才会起身。
湘军将马化龙处死后，回民军的势力迅速瓦解。
清廷下诏，给左宗棠加一骑都尉世职，给刘锦棠云骑都尉世职，并和黄鼎、雷正绾一起，赏穿黄马褂。给刘松山赐祭一坛。其他将领都得到不同程度的奖赏。
范铭部属的黑头勇年初在巩昌哗变，南下占据岷州。周开锡急令杨世俊等人率部前往征讨。这场战斗持续到2月份，周开锡下令擒斩叛军首领尤政芝等人，将他的五千多名部众收编或遣散，事情才平息下来。但是，周开锡的精力已经耗尽，生命之火即将熄灭。
舆论更是雪上加霜。有些官员将尤政芝的叛变归咎于周开锡，说是他逼出来的。清廷下诏诘责。左宗棠连忙上疏解释，周开锡才躲过一劫，从此一病不起。但他照常工作，筹兵、筹粮、筹饷、筹运、造车船、通道路，“营度庶务一如平昔”。
周开锡的疾病在操劳中加重。6月27日，他因事赶赴秦州，行路四十里，途中气绝。后来略有起色，随从将他抬回巩昌，五天后，于7月2日在巩昌病逝，终年四十六岁。
周开锡死后，官场中那些饶舌的小人仍在说他的坏话。但在三年之后，由于他的仁政显著，百姓缅怀，清廷中对他的谤议澄清，秦州人士追念遗德，为他修建祠堂祭祀。这个辛苦一生的益阳人，终于成为好官的样榜而名垂后世。这是后话。
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湘军解决了金积堡的战斗，金顺和张曜又率部攻克了王家疃。宁夏府城周边通贵与同昌的各路回民军都向黄鼎投降。
崔三和禹得彦等人听说金积堡已经投降，便从凉州和西宁南返河州。河州回民军首领马占鳌等人也约李德昌赶赴河州商议安抚。
左宗棠刚刚把陈林等人的部属安置在化平川，增设化平通判都司治理。于是平凉以北和宁夏以南，回民军和绿林军的余部都被搜捕干净。
河州的回民军于3月份东进通渭，分兵东击秦安和清水。张仲春率部在廖家庄拦截，将回民军击败。杨世俊在任当川击败回民军。另一支回民军南下阶州，即今武都，代理知州洪惟善派部队跟踪追击，这支回民军大半逸散。
左宗棠于4月份命令刘明灯率部进入通渭以西的马营，向西照顾安定。又令徐文秀率部进驻安定东北面一百多里处的会宁，修治兰州道，以利于转运物资，并在会宁以东的静宁储备军火，徐图进取。
盐茶和固原的山内，仍然藏龙卧虎。左宗棠令魏光焘和周绍濂派兵前往搜捕，斩杀和捕获不少造反者。
李辉武所部再次在东南部的两当击败回民军。杨世俊和张仲春所部在两当以西的礼县击败回民军。李华所部在通渭和会宁之间击败回民军。回民军余部已不成军。
清廷下旨，催促左宗棠进军河州。左宗棠认为，洮河如同黄河一般水流湍急，如果从狄道、陇西和安定进兵，都必须造船架桥，很难立即办到。而且距离庄稼收获期尚远，前面没有可以供应的粮食，现在进军，不是稳妥的办法。
这时金顺和张曜所部攻克了纳家寨，歼灭了黄河以西的回民军精锐。投降的回民都被安置在灵州，宁夏已无战事。
清廷下诏，任命金顺为乌里雅苏台将军，命令张曜所部分别扼守平罗以北的磴口，以及宁夏府城以东三十多里处的横城，阻击并攻击已经进入阿拉善的绿林军。
洪惟善于5月份在阶州打败了绺军，周开锡于6月份病逝。左宗棠命令陈湜率部先赶到静宁督运粮食。这时浮桥渡船已经造成，新粮粗备，左宗棠便命令各部进兵河州。 电子书 分享网站
1871年，同治十年（4）
刘锦棠护卫着叔叔刘松山的棺柩南归，由萧章开暂时统领他的部队。
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云南的清军在上年节节取胜，新年到来后继续向清廷告捷。
王祖佑和李凤呈所部于1月底攻克大理西北方两百里处的云龙，李家福的湘军于2月下旬在云南东北部的昭通大破四川的绿林军。岑毓英率部于3月21日攻克昆明附近的澄江。
澄江三面环山，南面是抚仙湖，也叫罗伽湖。白旗军先将城边的树木砍伐一净，使清军得不到木材。清军修建木栅，都要从百里之外砍伐运来。清军围攻一年，城破之日，将士们变得疯狂，挑出精壮的回民，全部屠杀。
杨玉科部于4月25日攻克大理东北方的宾居。这时清军已从起义军手中夺得三十二座城镇，白旗军仍然占领的城市，只有大理、永昌和顺宁三座郡城，蒙化和腾越两座厅城，以及云州、赵州、永平州和云南州四座州城了。这里的云南州，就是现在祥云县的云南驿。
杨玉科部又于9月7日攻克大理西南方的永昌，即今保山。岑毓英所部于10月上旬开到曲江驻扎，北距昆明约两百里。两个月后，岑毓英下令攻打曲江馆驿城外的碉垒，全部攻克，占领五山村寨。
中国西部的新疆，发生了一件大事，进一步续写了湘军的战史。
沙皇俄国于7月份武装强占伊犁。按照康熙中期中国与俄国划定的国界，中国常住卡伦以外，还有哈萨克、布鲁特与乌梁海诸部游牧，都受中国管辖。在此之外还有中间地带，远则千里，近则几百里，既不属于俄国，也不属于中国，也就是所谓的闲田。
咸丰十年，大清与俄国重订条约，才以常住卡伦为界。中国正在进行内战，由于新疆遥远荒僻，清廷无暇顾及。而延伸五千里的中间地带，以及哈萨克与布鲁特各部，都被俄国侵占，伊犁与塔尔巴哈台便与俄国人毗邻。自从当地回民和缠头回民攻占伊犁，各部时常互相争杀，索焕章曾派几千人前往攻打，失败而还。此时俄国人派出六百兵力占据伊犁，而且声言要进攻乌鲁木齐。
在此之前，新疆各地还建立了形形色色的政权。1864年6月，新疆库车爆发农民起义，建立热西丁政权。当年7月，和阗建立妥明为主、索焕章为元帅的帕夏政权。当年10月，伊犁建立苏丹政权。1865年1月，位于今乌兹别克斯坦浩罕市一带的浩罕国，有个名叫阿古柏的军官率部入侵新疆。当年3月，在乌鲁木齐建立清真王政权。对于这些与清廷分庭抗礼的政权，清廷一直无暇###。
清廷接到俄军进占伊犁的报告后，诏令代理伊犁将军荣全率部赶赴伊犁，收复城池。令直隶提督刘铭传率部取道肃州出关，平定和收复新疆各地。令景廉和成禄率部收复乌鲁木齐。令左宗棠和穆图善拨兵到关外作战。
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左宗棠接到清廷要他派兵出关作战的命令后，上了一道奏疏，谈了他对俄国人强占伊犁一事的看法。
左宗棠说，俄罗斯与我国素来没有衅端，他们派兵进占伊犁，名为收复，用词比较温和，但心思则很狡猾。关外的回部素来比较软弱，但比内地的回民富裕，俄国人所谓收复伊犁，符合弱肉强食的规律，也是趁火打劫的勾当，不足为怪。可是他们还声言要收复乌鲁木齐，那就是得寸进尺，向内部侵蚀，在道理上说不过去，在形势上也决不能允许。
左宗棠说，他的部队正平定河湟一带，还不能兴师远征，然而面对着强大邻国的觊觎，他也不敢坐视。他已传书与刘铭传商议进军路线，并派人飞马传令，让徐占彪驰赴肃州，以便成禄的部队拔营出关。
这时刘铭传请病假返回安徽，左宗棠令曹克忠接手统领他的部队。不久，曹克忠又请病假，左宗棠又命臬司刘盛藻统领部队，仍然驻扎乾州。成禄的部队也未成行。
恰在这时，肃州的回民军出兵袭击安西、玉门和敦煌，向新疆运动。哈密大臣文麟和乌鲁木齐都统景廉上报清廷，有诏令徐占彪率部火速赶赴肃州，接手防务，腾出成禄的部队出关。
左宗棠于8月27日移驻安定，此地现在叫做定西。
在此之前，河州回民军首领马占鳌和马尕大约李德昌到河州商议安抚。李德昌走到洮河以东，马占鳌听说清军在黄河以西动武，颇为疑惧。李德昌也怀疑马占鳌是否真有诚意，安抚一事便就此作罢。
1871年，同治十年（5）
左宗棠认定洮河以西的三甲集与洮河以东的康家崖是兵家要地，便派徐文