这时，在同心的东南方，马正和的回民军包围了预旺城，周绍濂率部从同心驰来，将回民军击退。马正和部向西南方推进，包围李旺堡，被李光宾的守军击退。马正和部又南下黑城镇，李良程率部跟踪追击，斩杀马正和。
马正和余部长驱北上下马关，又遭到徐占彪所部拦截，便北上韦州。
陕西省内已无起义军，五十七岁的江西人蒋志章出任陕西巡抚。
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左宗棠移驻平凉以后，春天巡城时，看到一尊洋炮，上面镌刻着明朝天启的年号，虽然其他字迹已经磨灭，但“总制胡”等字样还能辨识。他认为，这说明这种开花炮弹，在两百多年以前，外国就有，而中国也有，并不是近来才有的。西洋火器，早已流传到中国来了。但是，自从明代科学家徐光启以后，就无人探讨这方面的学问了。所以，那些海岛强国，得以以其所长，傲视我国。
后来，他给沈葆桢写信说，西方列强船坚炮利，横行海上，在宋朝和元朝，就已驶抵我国海南。明朝末年，已有很多大炮和开花炮弹流入中国。去年他登上陕西凤翔的城楼，见到一些陈旧的开花炮弹，大小几十颗，与现在制造的炮弹并无不同。他昨天陪同法国人德克碑登城省视，德克碑也辨认出那尊洋炮是两百年前的东西，经过他的鉴定，是大吕宋的产品。这里所说的大吕宋，就是我们现在所说的西班牙。
左宗棠接着感叹道：现在福州船政局的艺堂做出了显著的成绩，“以中国聪明才力”，兼收洋人所长，“不越十年，海上气象一新，鸦片之患可除，国耻足以振矣。”这段话表明，二十年过去了，他对林则徐在湘江夜话时的嘱托，仍然铭记于心。而且，他对中国的振兴，充满了希望和信心。
再说马化龙，他见所有的计谋都无法阻挡湘军对金积堡的围攻，决定联络崔三率部北上增援。刘锦棠等将领为了巩固工事，下令在壁垒旁边筑堤，北抵黄河与秦渠汉渠，南接距金积堡一里之处，堤高一丈有余，宽达三丈，还挖掘了深沟，用于蓄水和排水。
湘军采取的这些措施，令回民军大为困迫。
为了摆脱困境，马化龙下令傍靠水沟修筑三座壁垒，刘锦棠立刻派兵攻破。马化龙又分兵攻打灵州，刘锦棠所部在王银栅袭击，大败回民军。
这样一来，马化龙面临着粮食危机。春耕迫在眉睫，不能耽误时令。于是，他率领儿子马耀邦到湘军营中请求安抚。刘锦棠允许回民军耕垦，但仍然要求交出马匹武器，才肯退兵。 。。
1870年，同治九年（6）
马化龙正在考虑是否缴械，兰州以东又发生了战斗。杨世俊所部于3月22日在安定攻打回民军，被回民军击败。
崔三和禹得彦的部队没有北上增援金积堡，却于4月份向东推进，攻打清水，然后进入陕西的陇州和千阳，还分兵南下，袭击宝鸡和凤县，被李辉武和吴士迈部接连击败。张福齐所部则在扶风与礼泉之间击败这支回民军。
禹得彦率部东进渭南，遭到清军水师阻击。禹得彦又率部北上蒲城，再北进白水，然后向东北推进到宜君和中部境内，在鱼鳞川遭到刘端冕所部阻击，便扭头西进，打算返回甘肃，北上灵州，但是在彬县的拜家河遭到魏光焘部阻截，只得绕道奔向镇原和固原，又接连为黄鼎和徐占彪所部挫败。
禹得彦率部向西北推进，抵达盐茶。崔三也率部回到了甘肃，从秦安向北推进到庄浪和隆德之间。这两支回民军都未能牵制湘军的兵力，更加令马化龙失望。
刘锦棠和金运昌却加大了对金积堡的攻击力度，使马化龙的部队屡遭重创，只能在白天潜伏，到晚间才出堡修葺濠沟。湘军也挖掘了更多的沟道，防止回民军的反攻。
马化龙于5月1日下令开决秦渠和马连渠，渠水冲出之后，借着一阵紧似一阵的西北风，滚滚前涌，平地水涨几尺。
刘锦棠命令各营密排木桩，用茅草包土，塞进布袋，抵挡洪水。过了两天，风停水退，马化龙的计谋又落空了。
马化龙十分焦急，派出几百名精锐，渡过黄河，抢夺广武和中卫之间的粮运。这里的广武，就是现在所说的青铜峡市。
湘军得到情报，黄万友率部设伏等待。将马化龙的几百名精锐几乎全部斩杀。
马化龙又派陈林领兵东攻花马池，夺得大量物资，西返金积堡。刘锦棠派兵埋伏在灵州，从陈林所部夺得粮食和牲畜，斩杀回民军首领杨兴隆。
马化龙所部的处境更加困难，而其他回民部队无法对他增援。
6月份，傅先宗所部攻克渭源，甘大有所部在甘肃东部的合水击败回民军，魏光焘所部则在合水以南的灵台打了胜仗。回民军西进崇信，遭到彭清和所部拦截，半途多半散离。这些地方的战斗，使甘肃南部的回民军无法北援。
马化龙雪上添霜，陈林受了枪伤，余彦禄的部队逐日减员。马化龙再次向湘军哀辞请求安抚，交出七百匹骡马和五千多件枪械。刘锦棠仍未同意。
这些日子里，周开锡派部队从秦州西进，攻占狄道和渭源两城，然后进军洮州、岷州与河州，企图扫清兰州以东的地盘。经过半年努力，周开锡已经把巩昌和秦州治理得井井有条，但是他在这里又遭到官员诋毁，处境比在福建官场更为艰难，因此身心憔悴。
刘锦棠于6月30日下令进攻马家两寨，湘军一举攻克。这时正值新麦成熟，刘锦棠令部队收割麦子，和熟透的玉米一并割去。回民军出兵争夺，湘军便将他们击退。
然后，刘锦棠下令在蔡家桥修筑壁垒，决水反灌，攻破回民军的三座壁垒，毁掉李家桥的十一道关卡。从此，金积堡的胡家堡、王洪堡等各堡之间，声息不通，而河西的粮路也已断绝。湘军又在东面增加壁垒，马化龙的处境进一步恶化。
马化龙于7月份再次请求湘军让回民军耕作，灵州的回民军也请求放渠水浇田。刘锦棠嘴上答应，却在下桥和永宁洞设下伏兵，俘虏王洪等二百几十人，将他们全部处死。
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到了7月底，刘锦棠所部湘军已为最终攻克金积堡做好了大量的准备工作。
刘锦棠于8月2日率部攻打金积堡西南方六十里处的彰恩堡，斩杀回民军首领袁希义。金运昌部则攻占了秦渠北卡。
8月19日，雷正绾和黄鼎所部夺回峡口，攻破古灵州城。于是，秦渠、汉渠和马连渠的源头，都为湘军占据。
8月27日，雷正绾和黄鼎所部与回民军争夺古灵州城，重创回民军。8月29日，这两支部队又攻下丁家堡，环绕汉渠修筑壁垒，阻断金积堡的援路。8月30日，又攻破回民军的二十多座堡寨。
8月31日，金运昌率部攻克何家寨。刘锦棠和春寿督率部队在胡家堡割麦子，顺便到雷正绾和黄鼎的军营议事。
9月2日，湘乡人黄万友在军中去世。他死前的官职为提督。
刘锦棠约雷正绾和黄鼎各部攻打秦坝关，于9月8日攻克堡东的新壁垒。刘锦棠部又于9月13日与金运昌部攻破东关周边的堡寨，抢入东关，攻克二十三座寨卡，烧毁三四千间房舍。从此，环绕金积堡东南北三面的回民军寨堡，全部被湘军攻占。
1870年，同治九年（7）
刘锦棠修筑壁垒，压迫东关，俯瞰回民军的营寨，回民军更为紧张。洪乐堡中有马化龙的祖坟，民间传说这里风水特异。黄鼎和雷正绾所部从老马堡出兵，攻克了石屹塔和阗家桥。徐占彪的蜀军于9月28日攻克洪乐堡外的两座寨子，遭到回民军的顽强抵抗，部将何玉超等人战死，官兵伤亡不断。
马化龙派人到黄鼎的军营中参见，请求安抚，黄鼎不作答复，只是调动部队，逼到洪乐堡下修筑壁垒。
刘锦棠自从攻克东关以后，便提议挖濠筑墙，围困回民军，与金运昌所部分段施工，三天竣工，分兵把守。
10月1日，雷正绾所部攻克丁家三堡。10月3日，黄鼎所部攻克谭家堡，接着又攻克马家堡。
徐文秀和徐占彪于10月5日下令拔营，部队开往金积堡西门驻扎，于10月7日攻克秦坝关及下寨。
回民军奔向汉伯堡，遭到刘锦棠部阻截，回民军猛将余彦禄中枪身亡。他的余部南下同心、李旺与黑城各城堡，被周绍濂和魏光焘所部全部歼灭。
黄鼎所部攻克汉伯堡及其旁边的两座寨堡，清军已对金积堡形成合围。刘锦棠从外面观察，这座堡城周长约九里多，城墙高四丈，厚三丈。东起吴忠，北至灵州，共有四百五十多座堡寨，现在仅存王洪与杨明两堡。西起洪乐，南至峡口，共有一百二十多座堡寨，现在仅存马家滩四堡。马家滩四面环水，无法接济金积堡，清军此前把它搁置一边，没有攻打。
10月10日，刘锦棠等部攻下杨明堡，又于第二天攻打王洪堡，未能攻克，返回军营。
马化龙见金积堡日益孤立，再次请求河州的友军赶来增援。
河州回民军于10月15日渡过洮河东进，在赤沙岘遭到杨世俊所部拦截，吃了败仗。崔三和禹得彦率部从河州北攻平番，即今永登，击毙清军提督张万英和彭清胜。穆图善亲自领兵攻击，回民军北上镇番，即今民勤。
左宗棠担心崔三等部向东北方挺进蒙古部的阿拉善，绕到宁夏府，增援金积堡，于是命令各部严密戒备。
刘锦棠的部队已经包围了马家滩，未能攻克，军士们仰攻城墙，伤亡惨重。左宗棠考虑到部队久战疲劳，令陕西的回民首领刘秉信赶赴金积堡，招抚老弱回民，于是有几百人投降。在回民中享有“普洱阿訇”之称的马清寿也率部投降。
这时，崔三等部再次出兵，渡过洮河东进，一路从通渭的大寨渡过渭河南下，另一路从洮州的站滩挺进好麦川北上。
北上的一路河州回民军，于11月6日在安定西北方的巉口遭到杨世俊和李耀南所部截击，于11月12日败走静宁，击败清军总兵萧贵谦的部队。台湾�