起义军首领陈林与冯均幅听说部队溃败，率部返回董志原。雷正绾和甘肃按察使张岳龄率部在半路拦截，再次挫败起义军。
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起义军返回董志原之后，左宗棠命令各路人马限期大举进攻，一定要攻破董志原，逐步深入甘肃。
回民起义军听说湘军要大举进攻，无心应战，商议放弃董志原，迁往金积堡，与马化龙的部队一起抵抗湘军。于是，起义军将十八营合编为四个营，用一半兵力护送家眷和辎重先行，崔伟与马正和率领一万名精锐殿后，派出游骑前往泰昌与正和，袭击泾川，牵制湘军的兵力。
左宗棠命令黄鼎所部从陕西彬县西进，与雷正绾、李耀南和马德顺所部在灵台会师，准备好够吃十天的干粮，一定要击败起义军。
回民起义军的老弱辎重于4月3日离开董志北上。雷正绾和黄鼎所部从陕西长武渡到泾河以北，马德顺与李耀南所部从灵台出发，随后赶到，在泰昌会师。
起义军的精锐部队埋伏在董志，派一千名骑兵凭沟阻击。
黄鼎侦察到董志西路空虚，分派雷正绾的部将陈义和马德顺的部将杨世俊率部攻取董志以南的萧金镇，然后向西北方的镇原推进。
黄鼎、雷正绾、马德顺和李耀南的部队四路并进，于4月4日抵达邱家寨。起义军的几百名游骑见湘军杀到，连忙撤退。湘军已逼近关卡，被濠沟阻挡，无法前进。
黄鼎命令步兵越过濠沟，登上平原，绕到关卡后面。起义军见湘军突然出现在身后，大为惊恐，四处逃散。起义军的伏兵杀出，被溃逃的起义军冲乱，一起狂奔。湘军掩杀过来，攻克董志原，一并攻破了焦村、石社和萧金镇的所有起义村堡。
黄鼎等四路兵马全部移驻董志原。
陈义和杨世俊的部队已经攻克了镇原。回民老弱和辎重部队行进极为缓慢，湘军与他们只差了一天路程。殿后的起义军精锐部队分为两支，一支奔向环县，另一支奔向三汊河，约定在黑城子会合，一起奔赴金积堡。
1869年，同治八年（6）
于是，雷正绾与李耀南两部从董志西进普河川，在镇原与陈义等部会合，向西北方推进，攻击三汊河。黄鼎和马德顺两部则从董志北进驿马关，然后进军环县。
黄鼎等部在路上遭遇崔伟与马正和的起义军，将起义军击败，于4月6日攻占庆阳，继续追赶，于4月7日在蔡家庙赶上起义军。
起义军越过环县，向北而去。第二天，黄鼎回师董志。
雷正绾等部追赶起义军，抵达三汊河，拦截辎重和老弱。起义军将负累抛弃过半。然后，雷正绾回师萧金镇。
起义军从固原分兵，奔向萧何、预旺和半角等城。湘军肃清了泾州与庆阳所辖各地。
这一仗，湘军歼灭两万多名起义军，获得数以万计的骡马，解散一万多名难民。甘肃的回民起义军无不心寒。
左宗棠见起义军已被湘军压迫到甘肃北部，便打算从乾州北上，移驻邠州，到更接近甘肃的地方坐镇指挥。他命令各部兴办屯田，徐图进取。
三十五岁的宁乡人高连升，在这段时间遇到了大麻烦。他率领建果营驻扎在陕西宜君的杨家店，哥老会在营内活动频繁。哥老会头目丁玉龙秘密串联各营的会众，并与回民起义军取得联系，准备在4月9日起义。
高连升听到风声，未作严密布置，便亲自前往弹压。丁玉龙见事情败露，便提前举事，于4月2日凌晨率领叛卒冲入高连升的营帐，将他杀死。被杀的还有高连升部将黄毓馥、贺茂林等十人。
叛军得手后，包围同官，击伤守将桂锡桢。金锁关守将杨铭濬率部前往增援，也被叛军击伤。
周绍濂听说高连升部叛变，率部在古泉拦截。刘倬云率部驰入叛军之中，斩杀叛军首领，重创叛军，斩杀三百多人，收降五百多人。刘倬云晋升知府。
刘典派丁贤发扼守耀州，接受四百多人投降。其余一百多名叛军奔赴长武，全部被雷正绾所部擒获，押解到大营处死。
左宗棠将高连升所部分到魏光焘、李辉武和丁贤发各部，交给他们统领。湘军用了五天时间，将这次兵变平息。
刘松山仍然率领四个营驻扎在陕西北部的镇靖，安插十多万名投降的董福祥部众。他的部队有十个营驻扎在绥德，军营里也发生了哥老会领导的叛变。叛军占据了州城。刘松山听到消息，飞马返奔绥德以南百里处的清涧，派曹义胜率部赶赴绥德侦察。
在绥德发生兵变之初，各营的将士不知大将何在，现在听说刘松山到了清涧，无不大喜。于是，军士们趁着会众熟睡之机，刺杀一百多人，被胁迫的官兵便一起投降，将叛军首领谢永青等五人押解到清涧，刘松山下令将他们处死。刘松山同时审判处死了四名哨官和一百二十七名叛卒。他平息这次兵变，只用了十天时间。
刘松山所部渡过黄河西进以来，在军用渡口设立了采买局，分兵驻扎绥德、周家崄和瓦窑堡，才能将粮饷转运到镇靖。在长达千里的路线上，他的部队分散驻守，只有章合才一人往返监护，所以哥老会能够趁机鼓动兵变。如果不是刘松山在部队中享有极高的威信，恐怕他就只能步雷正绾和陶茂林的后尘了。
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清廷在4月下旬催促左宗棠赶赴甘肃泾州接受总督官印，兼顾陕西和甘肃两省。左宗棠责成刘典负责陕西军事，责成金顺负责塞外的军事，命令张曜从古城移军西进，为金顺提供后援。
左宗棠正要离开陕西，听说李辉武的武字营被回民起义军包围，十分危急。吴士迈的宗岳营正在凤翔的陈村和罗局与起义军作战，无法赴援。朱德树担心川军武字营寡不敌众，李辉武性命堪忧，便没有请示吴士迈，擅自率骑兵前往救援。鏖战许久，为武字营解了围。
吴士迈对此事大为震怒，于5月3日把朱德树召到军营，责骂他违抗军令，下令立即推出斩首。然后上报左宗棠，说朱德树违令侵吞军饷，已经正法。
左宗棠得报，大为惊骇，但人已死去，无法挽回。湘军各部都为朱德树遭到冤杀而愤恨不平，李辉武也上诉，为朱德树鸣冤。主持关中书院的京兆王家璧也给左宗棠写信，洋洋几千字，要求将吴士迈按专权滥杀罪论处。
吴士迈虽然因战功得到了四品官衔，但人们对他的指责令他惴惴不安，不久在军中忧惧而死。终年五十八岁。书 包 网 txt小说上传分享
1869年，同治八年（7）
左宗棠当时忙于军务，此事不了了之。
5月17日，边塞外的回民起义军攻击花马池，即现在地图上所标的宁夏盐池。金顺的部将富勒珲将起义军击退。起义军从乌拉抢渡，奔向札萨旗。
金顺于6月2日亲自率部追出边塞，起义军已经撤走。金顺便率领各部取道札萨郡的王答拉旗，从包头向西，渡河而进。
董福祥和李双梁等部众都被安插在荒地上，垦荒耕种，从事农业。延安与绥德所辖各地的散兵游勇，都被郭宝昌所部消灭。改名匿迹的叛军，也被刘松山等部搜杀干净。北山逐步安静下来。
魏光焘所部攻克了延安西北方保安县的老岩窑，十五窑的起义军寨堡全被攻破。郭宝昌在延长和富县境内接连击败绿林游击部队，周瑞松率部在野猪洼击败绿林军，张维美和彭芝兰在纸坊与盘龙寨击败绿林军，斩杀杜占元等八名首领。
至此为止，陕西已无战事。左宗棠决定向甘肃进军。
左宗棠令刘松山率部北进定边，然后挺进西北方的花马池。令魏光焘、周绍濂和刘端冕所部进军合水、宁州和正宁，向环县和庆阳运动。令雷正绾和黄鼎率部从董志原与泾州进军镇原、崇信、华亭和固原。令李耀南和吴士迈所部从陇州和宝鸡向秦州推进。臬司张岳龄请假养病，左宗棠令李耀南兼管他的部队。
左宗棠本人率领亲兵，取道永寿、彬县和长武，赶赴泾州。令马德顺等部暂时驻扎灵台的上良和百里镇，策应南北。
左宗棠的部队进入甘肃以后，陕西和甘肃两省开仓赈恤难民，收容流浪人口，劝民耕种秋粮。庆阳大饥，活人吃死人肉充饥。刘倬云兴办屯政，设立赈局，流民稳定下来。
战火之后遗存的黎民百姓，开始有了生气。
随着福建和广东为西征军提供的军饷越来越少，杨昌濬在浙江一省给予的支援，成了楚军的命根子。左宗棠经常感叹，东南一带的故交，只有杨昌濬一人还念旧情，没有忘记他这个身处西北的大帅。
这一年，清廷打算将杨昌濬调离浙江，而杨昌濬则准备辞官不做，返回湖南。左宗棠身在几千里外，心急如焚。还好，左宗棠只是虚惊一场。不久后，清廷任命杨昌濬代理浙江巡抚。左宗棠听到这个消息，比杨昌濬本人还要高兴。他知道，这位湖南老乡在浙江有了更大的实权，他在陕甘的作战和建设，就有了经济保障。
果然，杨昌濬没有辜负左宗棠的厚望。升官之后，不但继续为楚军提供军饷，还向陕甘运送军火，左宗棠大喜，写信给杨昌濬说：“感佩公忠厚谊，无可言喻。”
甘肃河州的回民军向东南长驱直进，奔向甘肃东南部的成县，攻占两当。李辉武率部将回民军击退。回民军向西南方撤退几十里，奔向徽县，另一支回民军向西北挺进，奔向清水的唐藏。李辉武所部于7月1日再次挫败回民军。
7月5日，华亭的回民军向西南推进，打算返回秦州的陇城，李耀南和汤聘珍率部中途拦截，回民军改道向西，奔向定西的香泉。7月7日，吴士迈所部在陇城击败回民军，梅开泰所部在秦州以西伏羌的马家岘击败回民军。这样一来，兰州的运输道路已经打通。
董志原的回民军北上宁夏以后，宁夏的回民军为他们做向导，引领他们北进蒙古旗地，从鄂尔多斯进入乌拉特，黄河以东的七个旗全部受到影响。回民军接着取道磴口，转向西南，奔向阿拉善牙帐