在此之前，贵州的苗民起义军攻占了贵州西南部的普安，距离曲靖只有两百多里，刘岳昭拨出一千兵力东援普安。湘军攻克寻甸后，刘岳昭又增派张松林等部解了普安之围，现在回师曲靖。
刘岳昭将投降的马添顺起义军五百人交给马如龙统领，又增调胡志祺等四营兵力协助昆明的防守，留下刘岳曙部驻防寻甸。
9月上旬，岑毓英和马如龙从昆明军中分出兵力，攻打安宁的各个隘口，扼守起义军西归的道路。起义军的处境更加窘迫，首领段成功和蔡廷栋等人率先献地投降。
马如龙于9月18日抱病出了昆明，与岑毓英和李家福率部严阵以待。段成功与蔡廷栋率领五千人伏地投降，清廷的部队接受南关外的六十多座碉楼炮台，派兵攻克西坝。
清军记名提督杨玉科的部队又攻克了昆明以西的广通和大姚，岑毓英所部攻克了江右馆，对起义军昼夜围攻，俘虏起义军的许多猛将。马如龙亲自进入起义军军营，勒令起义军首领互相斩杀，献出首级投降。从安宁逃出的起义军全部被何秀林部消灭。昆明解围，起义军余部全部进入土堆。
岑毓英和马如龙分兵攻打昆明周边的郡县，由滇军和湘军合攻土堆。马忠等部南攻澄江，李维述督率张士进等部西攻楚雄，李维镛等部攻打南安，王钟祥率部协助黄文学部西攻定远，杨谦等部助攻禄丰和杨林，###等部助攻昆阳。
攻击部队很快就有了战果。李维镛所部于10月10日攻克南安，张士进所部于10月2日攻克楚雄，黄文学所部于10月7日攻克定远。这时刘岳昭已入驻昆明，增兵包围土堆，张保和与岑毓琦率部猛攻昆阳，起义军首领到昆明请求安抚。
10月22日，马光明率部投降，他的首领杨振鹏担心投降后被杀，仍然负隅抵抗。马如龙亲自前往昆阳，派人进城招抚，没有结果。
马如龙所部于10月26日攻克昆阳，俘虏杨振鹏和马联魁等起义军首领，将他们处死。
昆阳在昆明西南方一百二十里处，中间隔着滇池，行船一夜可到。杨振鹏等部起义军，对昆明的清军构成极大的威胁。杨振鹏于1862年接受了清廷的安抚，后来升任副将，代理总兵，但仍然占据昆阳抗拒清军。这个既在清廷当官又打着起义旗号的人，还是被清军处死了。
李维述的滇军已经攻克禄丰，西进镇南，攻克沙桥、普朋和鹦鹉关。10月27日，王钟祥所部攻克弥渡厅。11月上旬，刘兴所部攻克红岩。王钟祥部向西南推进五十里，包围蒙化，即今巍山，攻破马街土城，距离杜文秀的根据地大理只有百里。杜文秀的处境日益艰难。
四川将军崇实和四川总督吴棠派来增援云南的四川提督唐友耕所部，在云南东北部的鲁甸攻克了回民起义军的村寨，起义军献出首领投降。刘岳昭令唐友耕率部返回四川。
1869年，同治八年（4）
唐友耕的这支部队，在云南险些酿成大祸。唐友耕本是云南大关人，他的部队奉命增援云南，于5月份抵达昭通。有人知道唐友耕是本地人，故意散布流言，说他的部队会把回民杀光，为他复仇。鲁甸和威宁两地的回民大为惊恐，都据险自保。刘岳昭派人飞马送信，令唐友耕率部前来昆明，以解除昭通一带回民的疑虑，而且派知府吴春然前往鲁甸调查情况，令代理昭通镇全祖凯保护汉民的村寨。
刘岳昭的信使未到时，唐友耕本想率部离开鲁甸，却有汉民要求他留下作战。刘岳昭的信使晚到了一步，唐友耕部已经在鲁甸与起义军交战了，汉民和回民各有伤亡。刘岳昭火速派人给四川的大帅送信，让他们制止唐友耕。
崇实和吴棠认为，四川与云南相距太远，难以遥控军队的行止，听凭刘岳昭拿主意。于是刘岳昭赶紧叫唐友耕率部离开云南，以免酿成更大的争端。这样一来，东川和昭通一带才安定下来。
这件事处理完以后，刘岳昭松了一口气。接着他又收到捷报，陈定邦所部于12月9日攻克了大理东北方的宾川。张润所部于12月22日攻克大理以北的丽江，南下进攻剑川。
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三十六岁的湘乡人刘松山于1月上旬率领手下的全部兵力，从河南三门峡的茅津渡口渡到黄河以北的山西平陆，然后率部北上平阳，即现在所说的临汾。
左宗棠命令他的部队驻扎在汾河以西，以巩固山西的防守。这时陕西的绿林军和回民起义军都聚集在北山，和湘军捉迷藏，湘军各部无法捕捉对手。
刘松山部刚到山西永宁，即现在所说的吕梁、离石，便马上购买粮食，西渡黄河，攻击起义军。
刘松山所部于1月18日抵达陕西绥德，留下三千人扼守军用渡口，防守黄河东岸。
刘松山根据情报，得知董福祥的根据地纵横二十里，散布在大理河与小理河之间，便令易德麟与章合才率部攻打大理川，自己督率萧章开部攻打小理川，攻破董福祥的几十个根据地。董福祥的骑兵，凡是无法翻山的，都被刘松山所部歼灭。
湘军攻克小理川之后，董福祥余部西进周家崄，刘松山率部跟踪追击。成定康从三皇峁出兵，攻破绿林军的十多座寨堡，易德麟等部已将大理川的二十多座寨堡全部攻下。
至此为止，刘松山的老湘营共计攻下了绿林军的上百座寨堡，俘虏和斩杀八千多人，缴获二千多头骡马，取得了老湘营西征的第一次大胜利。
刘松山和成定康的部队于1月22日夜间分两路行军。黎明时分，董福祥部看见刘军的旗帜，惊骇奔逃。刘松山部在南岔追上了绿林军。这里道路狭窄，沟壑很深，许多绿林军跌落身亡。
刘松山到晚上才让部队短暂休息，半夜又出发追赶。只见小里沟火光点点，络绎不绝，延伸几十里。刘松山叮嘱军士们沿沟鱼贯前行，萧章开的部队为先导。
第二天早晨，湘军逼近目标。董福祥派精锐部队殿后，殊死抵抗。萧章开部奋力冲击，鏖战许久，才击退绿林军精锐。绿林军前头部队有七八千人翻山向西逃走了。
刘松山部于1月25日急行军五十里，追上绿林军。成定康部拦截去路，绿林军惊乱，半数以上被湘军俘虏或斩杀。
刘松山知道，从榆林到靖边一带，到处是绿林寨堡，如果湘军大张旗鼓向西南推进，绿林军必定会将全部兵力调回援救，就无力东渡黄河了。但是湘军粮食供应不上，便在安定驻扎，杀骡马充饥。
湘军于1月26日抵达胡家山，与绿林军首领李双梁所部隔着一座山。刘松山令易德麟率部先行，刘松山率领其余各营随后跟进。不久，易德麟已与绿林军交战，李双梁所部听说刘松山的部队杀来，惊恐奔逃。
湘军追到小李庄，俘虏、斩杀上千人。
1月27日，湘军北攻隆腰镇。李双梁部向西北奔走，抵达黑牛川和邱家坪。刘松山率部追击，将李双梁所部挫败。
绿林军吃了败仗，全部奔到靖边以南二十里处的镇靖堡。这里是董福祥的老根据地，董福祥的眷属占领了靖边。
刘松山的部队于1月30日全部抵达镇靖。董福祥的父亲董世有跪地请降。刘松山令他造出名册，交出武器和马匹。扈彰手下还没有投降的余部，也到镇靖来参见刘松山，造出名册投降。刘松山令部队暂时驻扎镇靖。
1869年，同治八年（5）
与此同时，陕西的回民起义军在甘肃的庆阳集结，沟通北面的金积堡，向东则返回陕西境内，往来无阻。穆图善和玉通两人都坚持要用安抚的办法。起义军时而安服，时而造反，局面微妙，无法稳定。
陕西布政使林寿图在2月上旬请假休养，清廷命令翰林院侍读学士袁保恒专办粮台。
安徽凤阳人郭宝昌的部队在2月17日抵达山西东部的韩城，在韩城以西靠北的白马滩击败回民起义军，接着向西推进到石堡，于2月18日再次击败起义军。
起义军长驱北上，抵达延安以东的延长。延长本地的起义军刚刚从外面携带大批物资回来，刘端冕率部拦截，获得两千石粮食和五百匹骡马。
2月23日，隆回人魏光焘所部正要开往延安以南的甘泉，在将台遭遇回民起义军。湘军发起截击战，将起义军击败。
第二天，起义军首领胡麻子率部追踪赶到，魏光焘设下伏兵，发起突袭，将起义军击败，路上到处都是起义军丢弃的粮食和武器。
胡麻子其实叫做虎麻子，起义军称他为虎元帅，是回民起义军中十八猛将之一。
左宗棠于3月上旬渡到渭河以北，移驻西安西北方一百多里外的乾州，督促湘军各部向西推进，逼近甘肃。
这时，甘肃董志原的回民起义军更加饥饿疲惫。马化龙从金积堡派出一千多头橐驼运载粮食支援董志原，仍然不够。于是董志原的起义军集结十八营兵力，全部出动，向东进军，于3月18日占据正宁堡，向陕西运动。
黄鼎派部队前往伏牛堡，发起攻击，斩杀起义军首领虎麻子。
3月20早晨，大风劲吹，起义军出动一万人挑战，骑兵飙疾，锐不克当。黄鼎关闭垒门，坚守不出。
中午时分，黄鼎料定起义军已经疲乏，便打开垒门，令骑兵精锐冲压过去。刚一交战，起义军佯装失败，丢弃骡马，引诱湘军深入。
黄鼎看穿了起义军的意图，下令说：“不许妄取物件，违令者斩！”
黄鼎率部追赶到白吉原，起义军的增援部队已经赶到，将湘军重重包围。黄鼎知道孤军深入，只有拼死一搏了，令部队结成方阵，四面迎击。鏖战良久，骑兵稍退，黄鼎率领步兵短兵血战，将起义军逼到高里坊。
起义军遇到深沟，无法退却，只能猛烈地向湘军反扑，以求生路。湘军副将刘治将起义军首领余彦禄刺到马下。余彦禄也是起义军十八营中的勇将，他的落马，令起义军军心动摇，部队溃散。
起义军首领陈林与冯均幅听说部队溃败，率部返回董志原。雷正绾和甘肃按察使张岳