负责防守。特别强调张秋的原因，在于张秋是黄河要津，但山东素来都不设防，所以现在交给山东负责。
他们还决定在运河岸边筑墙挖濠，阻挡捻军。山东梁山以北的安山与戴庙，沈家口是起点，南边直达江苏的窑湾、宿迁与成子河，分段防守，这就是所谓守河防运的开端。
这时刘松山的部队在徐州的湖团击败了张宗禹和牛落红的捻军，追赶到山东曹县，联合李昭庆部将捻军击退。捻军从江苏的丰县和沛县攻击徐州，被董凤高和李祥和部击退。
6月下旬，刘松山所部追赶捻军，抵达徐州以西，屡次获胜。张宗禹率部西奔河南虞城和雎州，包围陈州，南下攻击周口的北寨。牛落红所部也从周口东南方的苑寨渡到沙河以北，与张宗禹所部会师。
刘松山、张诗日和潘鼎新不得不尾随捻军，追奔几百里。张树珊派出多支部队分头攻击。捻军渡到沙河以南，
任柱和赖汶光所部已抵达安徽怀远，从这里渡到涡河以南，向西南方挺进一百多里，占据下蔡。王永胜和刘秉璋所部追赶过去。捻军西进，从颍州的留陵口偷渡颍河，与周盛波所部遭遇，折向西北。
曾国藩见运河防线已经巩固，便提议扼守沙河与颍河。从周口到槐店的河南一段为沙河，从槐店到正阳的安徽一段为颍河，都在河岸设防。沙河与颍河的防御由曾国藩和乔松年负责。从周口北上朱仙镇，建立贾鲁河防线，由曾国藩负责。从朱仙镇向北四十里，直到汴梁，再向北三十里直达黄河，没有水路屏障，由李鹤年挖濠防守。正阳以东是淮河之滨，由水师与安徽清军防守。
于是，刘铭传、潘鼎新和张树珊督促部队在河岸修筑长墙，安徽和江苏的官民协办工程。河墙防线蜿蜒七百里，与运河防线相连，屹然如一道弯如U字形的长城，底部宽，两翼稍短。
这样一来，捻军被这道沿河防线所阻挡，无法北上。刘松山和朱式云等部在这道防线的外围作战，在河南的西平和上蔡攻击捻军，连续获胜。
清廷军机大臣于7月中旬联名上奏，请求依照曾国藩和彭玉麟的奏本执行水师营制，编辑《章程》六卷，纳入《方略》，垂示后世，颁布天下。长江水师宣告成立。
捻军于8月中旬西进，围攻南阳的尹寨，刘松山部会同宋庆所部夹击。张宗禹和牛落红率部向东北方长驱推进，攻打郏县和禹州。任柱与赖汶光部则占据叶县和舞阳，向南运动，军锋指向湖北。
曾国荃接到探报，连忙从省城出发，向西北方推移，驻扎德安。他令鲍超所部从枣阳向西北方推进，奔赴河南的淅川和内乡，防守西路。又令郭松林所部从桐柏和唐县横向拦截，防守东路。令刘维桢出兵新野，为鲍超的霆字军声援。txt电子书分享平台
1866年，同治五年（9）
捻军侦察到南路戒备森严，便掉头北上。
曾国藩已从济宁取道运河与微山湖到达江苏的洪泽，然后乘船从淮河西进安徽的临淮，在这里病倒了。他得知从雉河集到亳州一带都是捻军的根据地，便改走涡河水道。他命令章合才率领五百名亲兵打前锋，自己乘坐轻舟，向涡河上游行驶，到亳州登陆。
曾国藩视察淮河南北的民圩，告诉百姓什么是顺民，什么是造反。他说，对于关闭寨门拒绝捻军的人，他都会上奏朝廷给予不同的奖赏。他还建议，从河南汴梁到安徽颍州，依傍汴渠和氵隐水挖濠，设立防线。河南巡抚没把他的提议放在心上，拖延未办。
324
谭玉龙率领招抚的几营兵力，于7月14日抵达甘肃的赤延镇。这个地方屏障着华亭的上下两关。
谭玉龙部于7月15日发起攻击，在白杨林大败起义军，攻克两关。
谭玉龙部继续推进，于7月30日在暖庄川击败起义军。雷正绾部和蒋凝学部于8月3日攻击张家原的起义军，被起义军击败。第二天，萧德扬部与洪殿元部却在暖庄川取得大胜，几乎将起义军的根据地全部摧毁。黄鼎率部进攻杜家岭，迫使起义军撤退。黄鼎所部追赶到磨坪川，接连挫败起义军。
甘肃的另一支回民起义军于8月下旬向陕西陇州和汧阳开进，兵力延伸到崇信与华亭一带。刘蓉调派三支部队夹攻，一路为杨得胜所部，一路为鄢太愚所部，另一路是西蒙克西克的骑兵。这些部队在神峪河攻破起义军的四座军营。
杨岳斌见甘肃东南部军情急迫，亲率彭楚汉与李助发的部队奔赴清水和张家川。他们于8月29日抵达通渭，得知傅先宗和王得胜等部已经在阳坪击败起义军，并已移驻邵家湾。杨岳斌率部驻扎李家堡，距张家川三十里。
起义军于9月11日在夜色掩护下携带家眷撤退，奔向焦韩店，又于第二天奔赴张麻镇。9月15日，起义军又兵分两支，一支并归华亭，另一支走向西北方，奔赴静宁和隆德一带。
杨岳斌令傅先宗率部赶赴通渭拦截，令其余各部环绕华亭修筑壁垒。陕西湘军驻扎东面，甘肃湘军雷正绾、张在山和蒋凝学部驻扎北面，彭楚汉与李助发所部驻扎南面，王得胜部驻扎西面，陈德隆所部驻扎西南面。
杨岳斌的各路部队于9月28日攻克华亭，于9月29日将起义军追到马峡口。起义军发起反击，将追兵击败，斩杀总兵杜连升与张德胜。
雷正绾率部赶到，起义军撤退。接着，萧德扬与黄鼎的部队攻下了尖首山，刘厚基与谭玉龙所部在下关击败起义军，雷正绾所部攻克隆德。陕西的汧阳和陇州，以及甘肃的华亭，战事平定下来。
东边战火刚熄，西边战火又起。狄道州与河州的起义军攻占了巩昌，杨岳斌令傅先宗从通渭出兵，陈德隆从宁远出兵，前往巩昌增援。
傅先宗部衔枚疾进，于10月4日夜间抵达巩昌，适逢风雨交加，城内的起义军听不见城外的一片马蹄声。傅先宗派一些军士悄悄登城，潜入城内。
天色将明，喻正祥劈开南门，迎接大部队进城。傅先宗挥军冲入城内，攻克巩昌。这一仗斩杀和俘虏起义军三千多人，缴获骡马二千八百匹。
这时，华亭的起义军分别进军庆阳和固原。
杨岳斌于10月27日从通渭返回兰州。清廷下诏，派总兵鹤龄前往肃州，派提督成禄出关，奔赴奇台，会同李云麟办理新疆军务。
回民起义军又在各处发起一轮新的攻势。沈大兴在洪河川发起反击，被起义军击败。谭玉龙部抵达政平，粮食断绝，遭到起义军攻击，几乎全军覆没。当时一石小麦卖到一百六七十两银子，其他粮食大致也是如此。甘肃贫瘠穷困，不得不靠陕西提供给养。刘蓉因事罢官，乔松年任陕西巡抚。清廷留下刘蓉协助军务。捻军逼近潼关和华阴，陕西东部军情紧急。
洪河的起义军于11月27日攻占平凉。雷正绾率部驰援，又将平凉攻占。
325
曾国藩于9月中旬抵达陈州与周口，住在军营，上疏向清廷请假。
捻军的四支部队集结起来，北上###，侦察到沙河与贾鲁河的河墙已经建成，只有靠近汴梁的河段还未竣工，便趁着夜色东进，击溃河南巡抚的三营标兵。
捻军从缺口冲破防线，急进山东。刘铭传派骑兵追赶到杞县，拦截捻军后部。曾国藩急令刘铭传和潘鼎新率部奔赴虞城和山东单县，派刘秉璋和杨鼎勋率部从徐州韩庄东援，令张树珊率部护卫孔林。
1866年，同治五年（10）
沿河长墙一千几百里，功亏一篑，舆论指责李鹤年。于是清廷的运河防线与黄河防线同时告警。曾国藩制定的战略一时收效不大，他多次被言官弹劾。
曾国藩焦虑愤懑，疾病加重，便向清廷陈述身体衰弱，请求派李鸿章驻扎徐州，与山东巡抚会办东路军事；派曾国荃驻扎襄阳，与河南巡抚会办西路军事；他自己驻扎周口，扼守其中，策应安徽与河南，并请令直隶和山东的炮船巡防黄河，屏蔽畿辅。
曾国藩认为自己不可久居高位，否则会不堪谗讥，于是又请假几个月，接着请求开缺，以散员身份在军中效力，还自请削去爵位。
对于这些要求，清廷都不予批准。
捻军集结兵力攻击巨野，山东清军王成谦和王正起所部将捻军击退。捻军开始猛攻运河墙，打了三天三夜，未能突破，便撤退而去。
刘铭传和潘鼎新所部于10月中旬在山东梁山拦截捻军，获得大胜。接着追赶到菏泽、曹县和东明，连战连捷。潘鼎新部到达杞县，刘铭传部到达雎州。捻军全部在河南集结，又分为两支，从此成为东捻军和西捻军。
任柱和赖汶光的东捻军徘徊在黑冈一带，把荥泽坝掘开二十多丈，打算引黄河水灌淹汴梁。河南的清军炮船会同宋庆的陆师将捻军击退。于是，东捻军从###出发，一昼夜行军三百里，抵达山东曹县，在夜色掩护下，扑到袁口东南，企图突破开河的圩墙，都被山东清军阻截，无法通过。东捻军便从安山和戴庙袭击长沟。
张宗禹的西捻军奔向许州，牛落红去世，由他的儿子牛喜统领部众。部队向西南方推进，到达襄城。鲍超从裕州出兵迎击，捻军已向西北方推进，奔赴郏县和汝州。
鲍超领兵抵达鲁山，捻军从宜阳和永宁出发，趁夜向西狂奔。鲍超的部队从汝州追到洛阳，又从洛阳跟踪追击。
西捻军取道阌乡和太峪口，绕过潼关，进入陕西，南下商州。于是，曾国藩命令刘铭传、潘鼎新和张树珊的部队专门对付东捻军，命令鲍超、刘松山、刘秉璋和杨鼎勋的部队专门对付西捻军。从此以后，两支捻军再也未能会合。
西捻军于11月份从华阴渡过渭河，北上朝邑，并企图东渡黄河，被陈湜的水师击退。适逢泾州勇丁哗溃，甘肃回民起义军攻打宁州，很可能进入陕西。刘蓉派飞马送信，向曾国藩求援。曾国藩派鲍超和刘松山西援。鲍超率部奔驰千里，也没看见捻军的影子，到达鲁山又折返南阳。
刘秉璋和杨鼎勋