曾国藩指出，清军必须扼守要冲，驻军临淮关、周家口、济宁和徐州四镇。一处有急，三处往援。如果随流动的敌军而奔波，必定疲于奔命。所以只能“以有定之兵，制无定之寇”，“重迎剿，不重尾追”。
当时，李鸿章为了解救畿辅的燃眉之急，派遣潘鼎新率领五千名淮勇乘船从海上驶抵天津。潘鼎新部刚到，捻军已休整南下。
清廷下诏，任命曾国藩兼制直隶、山东与河南，旗兵、绿营和文武官员，全部听他指挥。曾国藩再三辞谢，清廷下诏勉慰。
曾国藩履任之初，清廷发下一件与僧格林沁之死有关的公案，交他查办。
这件事的原由是，山东巡抚阎敬铭听说黄家围的教民谋划起义，发兵镇压，屠杀男女二千多人，但事后核查，其实并无起义一事。他所指控的教民首领张某，就是代理陕西巡抚张集馨的弟弟。山东士民为此对阎敬铭久含冤愤。僧格林沁阵亡后，阎敬铭十分恐慌，放弃东昌，匆匆逃往济南，更惹来非议一片。朝中的官员纷纷上疏弹劾，都说僧格林沁的失败，是因为阎敬铭不供应口粮。而且就在僧格林沁阵亡的第二天，他还佯装不知，密奏清廷，请求增派帮办，以表示他有先见之明。他回到济南之后，悄悄让家眷扮成民妇逃往齐河躲避。此外还参劾他滥保亲戚得官。
1865年，同治四年（9）
曾国藩上奏说，阎敬铭请求增派帮办的奏疏，确实是在僧格林沁阵亡的第二天发出的。既然结果被他言中了，又怎能追究他的心术呢？何况僧格林沁已死，他上奏伪装自己有先见之明，这是绝顶愚蠢的小人也不会去做的事情，阎敬铭怎么会做这种傻事呢？他自负为官清正，所以轻视他人，致使僚属怨恨他的刻薄。至于他的亲戚李均，贪鄙妄为，和舆论相符，应请革职。
曾国藩的奏疏把道理说透了，清廷照例准奏。
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张宗禹在6月份率部奔赴安徽宿州和亳州，安徽清军在龙山迎击。张宗禹所部攻占高炉集，赖汶光、牛落红和任柱等人率部随后到来，合兵西进，包围雉河集。这个地方，就是现在所说的涡阳，是张宗禹的老根据地，现由清廷布政使英翰领兵防守。捻军各部并力死争，希望再度占据。
英翰率领二十多名骑兵奔向东南方五十里处的西阳集，留下史念祖死守待援。
曾国藩命令黄翼升和许鼎臣率领水师驶抵临淮，又令周盛波率部增援蒙城和亳州。令刘铭传率部从济宁赶赴徐州，向安徽北部进发。
这时山东已无战事，清廷侍卫克兴阿等人率领四百名骑兵，护卫僧格林沁的灵柩北上。
曾国藩于7月份进驻临淮关，三十二岁的湘乡人刘松山率领五千人随他同往，出任老湘营统领。他的同乡易德麟仍在他手下听命，很快升为老湘营马步前军统领。
曾国藩委派人员进入圩寨调查，造出良民册和莠民册，挑选良民发给执照，担任圩长。对于所谓奸猾不法之徒，全部审判处死。蒙城和亳州的百姓开始畏惧法律，驯良懦弱的人也有了出头之日。
周盛波的部队于8月份在涡河以北击败捻军，刘铭传则在龙山和石弓山打了胜仗。河南清军张曜和宋庆所部攻破陈家团，进军余楼，安徽清军张得胜部攻克高炉集。清廷的部队向雉河集四周逼近，捻军因为军粮告尽而撤向河南，雉河集解围。赖汶光和李允的部队奔向归德和陈州，张宗禹和任柱的部队奔向雎州。
张曜等部从鹿邑和柘城追赶张宗禹所部，将捻军击败。张宗禹率部西奔汝州和洛阳，刘长佑派炮船西巡河壖，黄河水师从此兴起。
张宗禹等部于9月份从汝州以南的鲁山和南召奔赴河南西部边界的荆紫关，向湖北运动。赖汶光等部西进河南中部的舞阳，打算与张宗禹部会师，一起南下。
汪海洋的部队进入广东以后，又获得一线生机。鲍超所部的叛军也从江西逃入广东，与汪海洋部会合，袭击江西边界，被席宝田的部队击败。江西的各路湘军一起防守南安。
由于刘坤一还未到任，曾国藩派遣江南湘军刘连捷等部驻扎临江和瑞金，兼任湖南边界的防卫。
汪海洋部于6月15日在镇平击败广东清军。
太平军残部进入广东，令广东巡抚郭嵩焘慌了手脚。郭嵩焘为此对左宗棠颇有怨言。其实左宗棠何尝愿意把皮球踢给别人，他没能把太平军全部拦截在福建境内，确实是情非得已，而且，他这个闽浙总督，也并没有因为太平军进了广东，他就撒手不管的意思。
但是，太平军进了广东，对郭嵩焘却是个天大的难题。他这个代理广东巡抚，到任两年，在自己的辖区内，混得并不好。
清末官场的人事极为复杂，而广东的官场，又比别的省份更加黑暗。时任两广总督的毛鸿宾很难相处。毛鸿宾曾是曾国藩的老师，碍于情面，郭嵩焘对他多少有些顾忌。而毛鸿宾对郭嵩焘很不客气，事事牵制，弄得他很被动。
与上面处不好，下面也必有问题。毛鸿宾的一个幕客，名叫徐灏，对郭嵩焘意见很大，常在总督面前说巡抚的坏话，而将军瑞麟又是个庸才，只会须溜拍马，迎合上司，郭嵩焘在广东陷入了四面楚歌的境地。为了维持督抚间的和睦，郭嵩焘只好步步退让，充当好好先生，不与他们争执。
这样一来，郭嵩焘在广东大展鸿图的梦想，成了一个泡影。特别是在军事方面，在筹饷方面，郭嵩焘成了一个摆设。他明明知道其余高官的做法不对，会造成严重的后果，也不据理力争，为了保持一团和气，也不向清廷奏告。宁愿憋着一肚子窝囊气，代人受过。
汪海洋的太平军进入广东之后，广东清军连吃败仗，将领们还虚报战功。左宗棠不得不把实情向清廷上奏，而这样，实际上等于告诉清廷：广东的郭巡抚是无能之辈。txt电子书分享平台
1865年，同治四年（10）
清廷可以原谅一方大员其他的过失，但对于和太平军作战吃了败仗的官员，却是最为恼火的。于是，左宗棠在这件事情上，客观上得罪了郭巡抚。
左宗棠知道广东清军不可指望，立刻奏调江西湘军鲍超所部的霆字军进入广东“会剿”。鲍超是一员猛将，斗大的字不识一筐，性格刚猛，不拘小节，对部队约束不严，霆字营素来军纪很坏。郭嵩焘担心他们进入广东，会影响治安，于是与总督会奏，声称太平军有进攻江西和湖南的动向，让霆字军严防本境，不必进入广东。清廷采纳了他们的意见。
这样一来，左宗棠当然非常生气。明明有太平军进入广东，你却睁眼说瞎话，说太平军要进攻江西和湖南，不作调查，妄加揣测，简直就是谎报军情！
郭嵩焘过去在湘军大营里当过高参，见识过湘军打太平军的厉害，以为天下军队都一样，广东境内的清军人数不少，而太平军已是强弩之末，吞掉汪海洋所部绰绰有余了。他没有充分估计到，广东的官员，“文官要钱，武官怕死”，与湘军的凶悍勇猛不可同日而语，根本不是汪海洋的对手。
在广东清军吃了败仗以后，郭嵩焘终于也醒悟了。但是，新任总督瑞麟不断向清廷谎报战功，郭嵩焘为了维持督抚间的和睦，也不揭穿他的谎言。
郭嵩焘在广东巡抚任上，可以说是处处忍让，毫无原则，左宗棠怒其不争，怜其无能。
广东清军在镇平吃了败仗，这个镇平，就是现在所说的蕉岭。瑞龄和郭嵩焘连忙派兵向镇平进攻，在五星桥击败汪海洋部。方耀所部则在平远击败太平军。
7月12日，汪海洋率部攻击嘉应州，也就是现在所说的梅州。因多次负伤跛脚而被称为“康拐子”的康国器，率部在瓦窑击败汪海洋部，太平军退入镇平。
鲍超所部的叛军奔向信丰东南，攻打兴宁，与太平军在龙川会合，不能相容，又分兵进入广东，增强了汪海洋的军势。
汪海洋侦察到湘军在江西与广东交界处边防严格，打算还是从福建边界进入江西，便从镇平越过分水坳，到达广福乡，在这里收割早稻补充军粮，被高连升等部击退。
李世贤所部在永定遭到重创后，前途茫然，不知往何处去。汪海洋把失败归咎于李世贤的忠实部属王宗李元茂。汪海洋为了重树威信，将李元茂处死。效果适得其反，大大动摇了军心。天国陪王谭富和朝将莫恩谒于8月份都率部向湘军投降。
汪海洋为了制止投降行为，增设关卡稽查，派亲信守卡，而令霆字营的叛军分别据守镇平西面和南面，挖掘深沟，修筑高垒，在势力孤单的情况下，但求自保。
李世贤无处可走，不得不去投靠汪海洋。他凫水夜渡永定河，随从大部分淹死。李世贤割掉须发，藏在山中，昼伏夜行，于9月上旬抵达镇平，派人向汪海洋通报。
汪海洋出城迎接。到了城内，李世贤旧部向他哭诉汪海洋猜忌狠辣的种种情状。李世贤为李元茂的死大抱不平。汪海洋听说李世贤怨恨自己，无法安心，派人在李世贤熟睡时将他刺杀，同时杀害他的五名将领。
但是汪海洋的处境还是继续恶化。霆字营的叛军与汪海洋的部队争夺粮食，动起手来，被汪海洋部杀退。叛军仍有七千人，向方耀的部队投降。
康国器率部驻扎在镇平东南的高思塘，分兵扼守程官埠。太平军屡次攻击，都被康国器部击退。汪海洋派兵佯攻高思塘，康国器知道这是虚招，汪海洋的真正目标是程官埠，便告诫程官埠的部队不要妄动，在两山之间设下埋伏。
汪海洋果然率领精锐扑向程官埠，康国器诱敌深入，伏兵突起，枪杀太平军将领汪大力和黄十四，汪海洋手腕负伤。大批太平军阵亡，或坠入岩涧而死。
9月29日，康国器所部攻克镇平。汪海洋率部西奔平远。江西湘军席宝田部在东石拦截，黄少春率部追踪到东桃乡。太平军折回大柘，西奔兴宁的黄陂圩和罗浮司，又向�