攻击开始后，鏖战两个时辰，湘军已将花桩和木城全部拔除，攻克十四座壁垒。这时风雨大作，湘淮军发射洋炮，民团大声呼喊助威，杀声响遍山谷。
东风劲吹，越刮越烈，各座壁垒都是火焰腾腾。高连升部趁势夺门而入。李世贤率部巷战，坚持了一个多时辰，终于不支，打开西门逃走。湘军进占漳州。
曹仁美的部队刚刚开到漳州城外，就与从漳州撤出的太平军主力遭遇。他命令各部就地不动，独自率领三百人迎战。太平军怀疑湘军设了埋伏，不敢前进。
曹仁美趁着太平军犹豫不决，突然下令攻击，太平军败走南靖。
第二天，刘典和曹仁美所部攻克南靖。
此战以后，曹仁美由总兵升任提督。
湘军攻克漳州，李世贤败逃，左宗棠大大松了一口气，觉得战局豁然开朗。他已不如两个月前那么悲观，觉得福建的战事或许不会像他以前上疏说的那么漫长。
于是，他又上一道奏疏，分析眼下的局势。他说，自从太平军从江西和广东进入福建，接连攻占龙岩和漳州各城，而漳州尤其属于腹地，又是菁华聚集的地区，一经被太平军占据，福建全局为之震动。高连升和黄少春等部驰抵漳州东北，刘典等部又返回汀州和连州，节节扫荡，局势渐臻稳固。
左宗棠说，李世贤在漳州城破的前十天，曾致书汪海洋，还打算合力突围，奔赴龙岩和漳平，以寻觅生路。李世贤责怪汪海洋没有火速增援，不知汪海洋已被西路的湘军击败，自身难保，早已向大埔一带奔逃。漳州城只有孤军一支，但仍然有南靖、乌头门、楼内寨与东关的壁垒，勉强互相支撑。后来湘军将壁垒一一扫除，才将漳州城攻下。
左宗棠高度评价各路将士的作战，说他们劳苦壮烈，无可挑剔。他说，他在坐镇延平时，还深为省内和省外来的各路部队忧虑，担心统兵的将领这么多，指挥权无法统一。这次各位将领和衷共济，每有战事，谋定而战，有条不紊。西路的各支部队，虽然是遥为呼应，但在关键时刻，都能如期而至。战事进行得如此顺利，避免了旷日持久的拖延，实在是他始料未及的。
现在，湘淮军从漳州南攻漳浦，可以从这里南下云霄与诏安，与广东东部黄冈的守军连成一气，还可以杜绝太平军入海的企图。湘军分别从南靖和漳州追赶太平军，向平和推进，可与广东东部饶州的守军连成一气。紧靠广东大埔一带的地区，则有总兵王开琳、延建邵道康国器和都司关镇邦的部队，扼守永定的抚溪和云霄、上杭一带，拦截太平军。从汀州到潮州，有一条水路可通，但溪流湍急，广东的清军若能凭河阻截，那么李世贤和汪海洋部就很难再逃脱了。
309
曹克忠的部队于3月14日在马家嘴击败回民起义军，又于3月15日在将台堡再次将这支起义军击败，然后攻克德隆堡。
萧何城的起义军首领参见张集馨，向他投降。张集馨率领所部从静宁向兰州进发，攻克青家驿，取道威戎镇，抵达洛门，一路作战前进，会宁、通渭、宁远和陇西都无起义军。。 最好的txt下载网
1865年，同治四年（5）
不几日，起义军攻占陇西的巩昌。雷正绾把陶茂林部调往安定与会宁之间。这里的安定，就是现在所说的定西。张集馨的部队返回固原驻扎。
清廷调往甘肃的各路部队都打了胜仗，但是军饷供应不上，雷正绾请求清廷派林寿图督运粮草。清廷准奏。
雷正绾和张集馨部于4月7日联合攻打黑城镇，降将张保隆与马永和的部队协助攻击。围攻三天以后，起义军请求投降。张集馨不听，加大攻击力度，于4月10日攻克黑城镇。
第二天，曹克忠所部攻克黑城镇西北方的盐茶厅城，即现在所说的海原。起义军余部全部进入李旺堡及其以北的同心城。
黑城镇和盐茶厅城都是回民起义军坚固的根据地，现在落到了清军手中。清廷接到捷报，大加褒奖。
然而，甘肃多处又起战火。关外猎户袭掠焚烧肃州，一些回民乘机起义。西宁的回民起义军攻占大通，包围郡城。宁夏的回民起义军袭击盐场和花马池。
清廷担心都兴阿兵力单薄，命令雷正绾抽调部队前往陕西西北部的定边，照顾后路。又催促杨岳斌日夜兼程奔赴甘肃，命令道员蒋凝学率部先赴西宁，斥责办事大臣玉通隐匿军情不报。
自从甘肃爆发战争以后，该省人口减少，荒废了不少耕地，粮食供不应求。清廷的部队，时常不得不忍饥挨饿，拼死血战，士卒们都有朝不保夕的危机感。将帅征调不来军饷，就说空话安慰部队，军士们心怀怨恨，无处发泄。
恰值陶茂林丁忧，请求回家办理丧事，所部七营全部哗变。叛军于5月5日袭击陇州的长宁驿站，声言要杀入陕西腹地。刘蓉急忙派兵在宝鸡拦截。杨岳斌刚好抵达西安，增派中军前往宝鸡招抚叛军。
叛军已进入周至和两当境内，刘蓉派出标兵拦截。陶茂林奉旨改为代理原职，攻击安定的起义军，被起义军击败，又有部卒溃散，十七营的兵力，只剩下五个营。
恩麟见情势危急，调曹克忠所部南下安定。曹克忠正在攻打同心城，雷正绾所部则在攻打同心城西南方的预旺城，都抽不出身来。清廷命令乌鲁木齐提督成禄增援安定。
周达武等部在6月6日攻克甘肃东南部的阶州，顺天军的余部全部被歼。刘厚基所部俘获太平天国启王梁成富，以提督简放。萧庆高等部返回潼关，抵抗捻军。
周达武进军四川松潘，镇压藏民起义。义军据险包抄袭击，周达武所部八千人惊惶失措，几乎溃散。
杨岳斌率领全军进入甘肃。雷正绾所部接连攻克预旺城及其以北的下马关，长驱北上，进攻灵州。雷正绾上奏诉苦，关键还是军饷匮乏。曹克忠由于部队吃不上饭，干脆请求撤军。
清廷非常焦急，斥责都兴阿和穆图善，说围攻灵州和宁夏的部队久无战绩。又令骆秉章助兵协饷，用陶茂林溃部的军饷接济曹克忠。
甘肃臬司杨能格驻扎在庆阳督运粮食，曹克忠便派人飞马传令催促。雷正绾的部队一直靠泾州供粮，曹克忠部则靠巩昌和秦安供粮，还需要回民提供粮食。现在转运不到，回民的粮食也用完了，只有攻下起义军的根据地，才可以得到补给。
曹克忠所部已经攻下同心城，进驻宁安堡，声言要渡河增援中卫，却长驱北上，直奔金积堡，驻扎在强家沙窝。雷正绾从灵州进兵，与曹克忠部连成一线。
310
湖南巡抚恽世临在3月份被清廷罢官。
恽世临为政颇为任性，令人无所适从。他做事认死理，自以为熟悉各朝惯例，懂得用人的资格权衡，在补官的问题上屡次为难吏部。
恽世临一直与毛鸿宾不和，到了参劾总督的程度。他上奏清廷，请求追究毛鸿宾专擅威福。清廷打算将这一督一抚一并罢免了。但为了照顾种种关系，便交给百官讨论。毛鸿宾和恽世临都以为能过关的是自己。百官上奏的结果，竟然是降调恽世临，出其不意。
在百官的意见中，湘军将领的不满起了很大作用。恽世临疏于治军，使湖南的军备废弛，恐怕是他无法继续担任巡抚的主要原因。
继任湖南巡抚的李瀚章，本是湖南州县的官员，长期跟随曾国藩湘军，对军政事务都很熟悉。他的性情镇定宁静，锐气内敛，采取了一些非常的举措，使湖南的政务有了起色。
清廷认为太平军已被扫平，应该集中四川和湖南的财力，进军云南和贵州。由于太平军余部仍在福建南部活动，清廷非常关注湖南东南部边界的卫戍。
1865年，同治四年（6）
清廷下诏，让曾国藩和李鸿章筹论全局。
曾国藩在4月份上奏说，云南是最偏远的省份，贵州则是最贫穷的省份。在全国局势如此糜烂的时期，朝廷实在是鞭长莫及。但是，皇帝继承大统，就连万里之外的新疆，也是尺土必争，一民必救。何况云南和贵州还是属于内地，怎能不力图远略，恢复原来的局面呢？
他说，自古以来，行军的道路没有一定，但进兵必须有根据地，筹饷必须有专人负责。所以谋取江南必须以上游为根据地，谋取西域就必须以关内为根据地。这是古今不变的道理。他认为，要平定云南的战乱，应当以四川为根据地，责成四川总督筹饷。要平定贵州的战乱，则应当以湖南为根据地，责成湖南巡抚筹饷。四川的南部大部与云南相邻，湖南的西部大部与贵州相邻，进攻也就是自防。这是势不得已、义不容辞的事情。不过，既然责成四川和湖南专顾一方，就不能让它们兼顾其他省份了。
曾国藩先分析了湖南的状况。他说，近年来湖南派兵西攻贵州，东防江西，本省的兵力为数不少，但还有东征局，要用巨款接济安徽与江苏。此外还有滇捐局、黔捐局、江西捐局和浙江捐局。各处筹饷越来越多，则本省的进款越来越少，是决不可能大有作为的。
上一年恽世临派周洪印和戈鉴等人进攻贵州，接连攻克古州、都江、上江和天柱四城，贵州百姓已有复苏的希望。如果当时乘胜进取，北攻镇远，南攻都匀，就可以与省城贵阳沟通，劳崇光也就不至于坐困贵阳了。
由于湖南饷银匮乏，恽世临不敢招募勇丁，增加部队，因而无法大举深入，以至于辜负了贵州人的重望。
曾国藩说，新任湖南巡抚李瀚章，在他的大营里呆了六年之久，又是李鸿章的胞兄，认识许多从金陵返回湖南的将领，以及湘淮军中得力的官员，而且彼此信任。如果朝廷令他选将练兵，专门谋划贵州的军事，必定可以逐步取得功效。但是东征局已经裁撤，只能酌情增加本省的厘税，以接济在贵州作战的军饷，不能多为甘肃提供补给，更不能分出银子来接济云南。专门负责一处，则心思专一，如果四处分