石清吉所部进至药山，起义军渡河包抄后路，将石清吉的飞虎军重重包围，把四营兵力分隔为二。从上午7点鏖战到下午1点，石清吉身上九处负伤，死于阵中。副将江星南和谷明发，游击曾占彪和段会元，都在这场战斗中丧命。
捻军又在蕲水以北包围成大吉的部队。
清廷在湖北军情严重，官文出兵黄州，僧格林沁驻军麻城。清廷下诏，命令两江总督曾国藩率部增援湖北。
曾国藩上奏说，朝廷派出三名钦差大帅，率兵驻扎在四百里的范围内，恐怕会被起义军看轻。他说他可以派出部队到湖北，归官文指挥，而自己则移驻安庆。
当月，僧格林沁的部队在蕲州打败捻军，张宗禹的部队撤向安徽的太湖和宿松之间。陈大喜（三点水一个喜）所部逼近河南商城。
僧格林沁率部击败陈得才的太平军，为蒋凝学解围。几万名太平军投降，只有赖汶光跟随张宗禹撤向河南境内。
蒋凝学率部追击陈得才余部，转战湖北和安徽。他派人说降了太平军将领吴青汰、范立川和倪隆淮等人，迫使陈得才饮毒自尽。他将太平军降将的少数部众编入营伍，将余部遣散。
冬天，陕甘总督杨岳斌奏调蒋凝学部增援甘肃。部队行抵樊城，士兵索饷，不愿远征。蒋凝学率部返回湖南，遣散部队，以生病为由，请求辞官，清廷不准。
305
雷正绾和曹克忠的部队在11月4日攻克了莲花城。周达武等部进军甘肃东南角上的阶州，即现在所说的武都。
天国启王梁成富率部进入甘肃，骆秉章派萧庆高、刘厚基和黄鼎等部追击，抵达阶州。何胜必因患病留在广元。胡中和以四川提督的身份，从叙南的军营向广元开拔，率领何胜必的部队攻打阶州，令黄鼎自己招募一支部队来协助。
雷正绾见河州的回民起义军非常活跃，奏请清廷派陶茂林的骑兵和步兵共十七个营的兵力驻扎兰州。清廷允奏，同时考虑到莲花城毗连秦州和阶州，令曹克忠的部队驻守。雷正绾率部返回平凉。 txt小说上传分享
1864年，同治三年（31）
周达武部于12月份抵达阶州，环绕阶州城修筑壁垒。四川的援军也陆续赶到。顺天军屡次出城攻击，都被围攻部队击退。周达武等部扼守北山的各个隘口，以旧城的深沟为封锁线，将顺天军困在城内。萧庆高、黄鼎和周达武所部屡次攻城，交战双方伤亡大致相当，萧举臣和姜福元阵亡。
顺天军首领也在作战中负伤，拿出二万两银子向当地人买路，要求借道从南坪逃走。当地人将这件事报告了周达武，可是周达武不相信。当地人又向刘鹤龄报告。刘蓉还是信不过当地人，令各部都派一个营前往，而在阶州留下了重兵。
刘蓉谋划的这一仗，将在1865年打响。
浙江的战事平定以后，左宗棠于11月份上疏，请求任命蒋益澧为浙江巡抚，清廷允奏。左宗棠自己上任总督。
蒋益澧接手治理的浙江，不再是遍地银子的富省。由于久经战乱，社会秩序混乱不堪，经济凋敝，财政拮据。
蒋益澧采取的措施，第一是不许民众携带武器，第二是核减漕粮，减轻百姓负担，第三是兴修水利，以利农耕。这些措施，很快就使农业、工业和商业有所复苏。他还调拨经费支助教育，修复名胜古迹，兴办慈善事业。
蒋益澧有个心病，就是因为少年失学，总是觉得自己读书太少。于是他在杭州拜两名拔贡为师，虚心向他们讨教。
蒋益澧从此脱离了战场，在文官的仕途上走下去。
12月1日，福建提督林文察率部攻打漳州，失败阵亡。曾玉明的水师在此战中也是伤亡惨重。高连升的部队已从福州登陆，开到泉州，刘典、黄少春和王德榜的部队先后进入福建。
太平军从江西进入福建以后，张运兰和林文察两员名将接连战败身亡，无法享受战胜者的荣耀。
12月25日，左宗棠亲自来到延平坐镇指挥。他的部队全军开进福建，要将太平军赶到广东，集浙江和福建两省的战功于一身。
周开锡随左宗棠来到福建，调任延建邵道员。尚未上任，又奉命代理福建布政使。
僧格林沁于12月份率部西进襄阳，还未交战，捻军先假装投降，然后发起攻击，大败僧格林沁所部，迫使这支清军北撤河南邓州。
僧格林沁这个号称无往不胜的亲王，顿时威风扫地，名望丧尽。他以前率部转战，追逐捻军，不曾与太平军作战，总以为捻军怕他，殊不知这时捻军的势力此时已不可同日而语。湘军将领刘连捷和淮军将领刘铭传，都是名将，清廷征调他们的部队对付捻军。僧格林沁以为他们都没有战斗力，上奏请求制止，又说皖军最有战斗力，豫军差一些，湘军最差。他所谓的皖军，就是临淮的各路部队。
毛昶熙听了僧格林沁的夸奖，心中大喜。
捻军从南阳北上鲁山，斩杀清军将领恒龄。僧格林沁率部追赶，将捻军击败。捻军向东北方推进，然后南下鄢陵。
1865年，同治四年（1）
306
在上一年随同曾国藩迁往金陵的安庆内军械所，进入新年之后，与苏州制炮局合并，组建为金陵机器制造局。
湖南巡抚在新年第一个月，征调大批军队驻扎在沅州和晃州。恽世临这时发现湖南的军队不中用了，有意于整顿军队，并已请求清廷起用赵焕联。
湘军再次攻克贵州玉屏，但是，湘军将领们对这位巡抚已经不满。这个不重视军务的封疆大吏，注定在湖南呆不了多长的时间。
在陕西任巡抚的湖南人刘蓉上年底在甘肃阶州城外部署了一场战斗。1月8日，萧庆高的部队衔枚出发。城内的起义军扑向湘军的南山军营。周达武和江忠淑率部两面夹攻。萧庆高又令各部攻击城外的各个壁垒，鏖战良久，无法攻克，各部返回军营。
曹克忠部驻扎在莲花城，出兵攻克高家堡，又在杨家山击败起义军。起义军分为两支，都向东北方推进，一支奔向华亭，另一支奔向平凉。
雷正绾正率部从瓦亭北上，攻打开城，听说起义军又到平凉，便火速回师，一昼夜行军三百里，在平凉的花所镇追上起义军。曹克忠部也追到了华亭。起义军掉转头来攻打追赶的敌军，两支部队又合而为一，向东挺进，假扮清军，闯入与陕西毗邻的灵台，杀死知县祝宾旸。
雷正绾部追踪赶到灵台，起义军夺门而出，北上泾州。雷正绾部又发起攻击，起义军便越过荔家堡向西而去，在党原遭到余万明所部截击，起义军几乎全部牺牲或被俘。雷正绾率部返回开城。
张集馨卸任陕西巡抚以后，清廷命令他赶赴兰州协助恩麟。张集馨率领三营兵力，抵达隆静，因军粮匮乏而无法前进。雷正绾奏请将这支部队留在行营。
清廷在甘肃的将领深感回民起义军的骑兵作战剽悍迅疾，而自己的部队缺乏战马，难以取胜。正好陈得才等部在湖北与河南投降，而东南一带的战事已经缓和，清廷便调副都统苏伦保、常兴阿、温德勒克西和富森保的四支骑兵部队，从湖北驰赴甘肃。这些部队都是多隆阿的旧部。
已经抵达福建的湘军增援部队在年初向太平军发起了攻击。康国器率部攻击龙岩。丁太阳的太平军从永定北进，抵达漳平的永福里，扑向县城，击溃陈允彩的部队，包围漳平。刘典从连城向东南进军，增援漳平。
刘典对他的新军过于自信，轻率进攻，被太平军重创，副将卢华胜等人战死。部队放弃军营，返回连城，防御城池。
王德榜和王开琳的部队连忙从汀州赴援。王德榜所部攻打连城以南的莒溪，刘典所部攻打朋口，攻下了这两座毗连的城镇。
新任浙江巡抚蒋益澧派刘清亮率领三千人驻扎在福建北部的浦城，听左宗棠调遣。
太平军全部在福建集结，李世贤部驻扎漳州，天国来王和秦王所部占据龙岩、永定、南靖和云霄，汪海洋部占据长汀、连城和上杭交界处的南阳乡，丁太阳和林正扬所部则出没在漳平与龙岩，总兵力号称二十万人。
广东东部的潮州一带，福建南部的泉州、漳州、汀州、龙岩和永春一带，从来是会党林立，不断有人趁机起事。
左宗棠手下的兵力，总计才有三万人，与众多的太平军相持，不由得左宗棠不为兵单饷馈而发愁。他上疏说，漳州城外几十里地，地势平坦，是一望无际的甘蔗田，难以进攻。自从林文察败亡以后，附近的村庄多数处在太平军控制之下，必须先将村庄安抚平定，才能免除内患。现在命令高连升和黄少春不要轻易攻城，等候时机，再行进攻。如果能将敌人引诱出来攻击自己的壁垒，反客为主，给敌人几次沉重的打击，才会有机可乘。
左宗棠说，攻击流动的太平军，贵在从远处取势，把分散在各处的太平军驱赶到一起，然后集中力量围困，才能保全没有遭到攻击的地区，而兵力也才分布得过来。所以他不敢急功近利，贻误大局。
1月16日，太平军攻占漳州东北方不远处的长泰，黄少春和高连升两部联合作战，将长泰夺回。1月21日，他们又率部在浦南击败太平军。
1月22日，刘典和王德榜所部在龙岩西北方的古田击败太平军，攻克两道关卡。第二天，王开琳和张恒祥所部在上杭以北的涂坊击败太平军。
1865年，同治四年（2）
两广总督毛鸿宾派部队进入福建边界助战。何云章率部攻打云霄，杨清臣所部攻克平和，方耀所部攻打永定。1月26日，方耀会同知县张元楷所部攻克永定。
2月16日，太平军李世贤部攻克漳浦。
2月19日，康国器的部队攻克龙岩。太平军奔向永定，分踞苦竹和奎洋，势力仍然强盛。
2月20日，王德榜部攻破古田的太平军壁垒。
2月22日，刘典和王德榜进攻南阳乡，汪海洋率部在马洋洞迎战。湘军稍微退却，防守水边小