贵州的苗民起义军于8月份攻打湖南沅州，袭击沅州和靖州辖下的五个县。
302
洪福瑱9月份仍在浙江境内逃生。湘军刘光明所部追逐护卫洪福瑱的谭体元所部，抵达昱岭。黄少春部从严州开到威坪，在蜀口打败这支太平军。谭体元率部奔向遂安。王开琳和王德榜率部从江西婺源向东南推进，进入浙江，扼守开化的华埠，刘明珍率部从开化以北的马金北上，到汾口拦截。
谭体元率部袭击开化城，刘明珍将太平军诱出开化击败，谭体元阵亡。
天国裕王李继达接替谭体元指挥，护卫洪福瑱进入徽州和歙县边界，取道建口，奔向绩溪，部众大部分投降。于是又返回浙江，从遂安奔向开化，袭击江山。这支太平军四处遇到湘军，无法喘息，只得奔向江西，洪福瑱随之西去。
浙江境内从此没有太平军，对左宗棠而言，本是一件好事。但是外省大帅们再次指责浙江放跑了大批太平军，令左宗棠颇为尴尬。左宗棠上疏报告从浙江逃跑的太平军只有几千名，江西巡抚则奏报进入本省的太平军精锐超过十万。
总督与巡抚奏报的依据，都是江西湘军将领们报来的数字。左宗棠以前根据报告，得知洪福瑱没有死，便以此来讥嘲曾国荃的江南大军。如今洪福瑱从浙江逃出，各路湘军的将领都说是浙江的湘军放走了他，左宗棠便知道了曾氏兄弟也不容易。
江西的湘军将领们既不喜欢曾国荃，也不喜欢左宗棠。他们现在最为卖力，发誓要抓住洪福瑱，让曾国荃和左宗棠看看，洪秀全的这个接班人到底是不是被他们放跑了。
于是，江西湘军各部迅速出击，猛打狠追，太平军在江西无法生根，分别奔向广东和福建。
李继达的太平军进入江西后，攻打玉山，护卫洪福瑱西进。浙江湘军将领黄少春率先控制了广信，刘典出兵驻扎贵溪。李继达部奔向铅山，将沿着建昌和邵武之间的边界南下，与占据瑞金的丁太阳太平军会合。
湘军将领张岳霖，联合王德榜的部队，拦截李继达的队伍。李继达率部向泸溪急行军，斜插到山谷里，昼夜不停。
江西的湘军各部听说洪福瑱在这支队伍里，侦察到他们的走向，纷纷火速追踪。鲍超亲自出兵南丰，席宝田出兵泸溪，王开琳及刘明珍、魏喻义等人，都率部追赶李继达。
李继达的队伍从泸溪进入云际关，奔向福建光泽，魏喻义率部将他们击败。李继达所部奔向石城。
汪海洋和李世贤的部队出入江西和广东边界，所部确实还有不少兵力，号称十多万兵马。张运兰等人率部将瑞金的丁太阳部击走。丁太阳便率部向东北方推进，奔向石城一路，打算迎接洪福瑱。
其余的太平军部队奔向广东东北部的平远和镇平，袭击大埔，然后折向西北，攻占武平。 电子书 分享网站
1864年，同治三年（29）
四川人雷正绾和长沙人陶茂林的部队趁着秋雨暂停，于9月1日进攻木城，在9月3日攻克张家川，斩杀起义回民六千多人，俘虏二百三十一人。起义军残部奔向龙山镇，雷正绾和陶茂林率部追赶。起义军放弃龙山，进入张家川以西的莲花城。
陕西的回民起义军孙义宝所部四千人攻打甘肃固原，由赫明堂做内应，攻进城内。
雷正绾和陶茂林所部在9月14日攻克邵堡和马堡，又于9月17日进攻莲花城，遭到埋伏，被起义军击败。雷正绾被长矛刺伤，两部被歼一千多人。
在此之前，都兴阿的部队已经攻克宝丰，驻扎在灵州花马池，即今天宁夏的灵武一带。
河州的绅民投诉守将赵必达胆小畏怯，清廷令曹克忠到河州赴任。这里的河州，就是今天所说的临夏。
雷正绾在莲花城吃了败仗，便催促曹克忠迅速从陕西赶来。清廷也催促穆图善和曹克忠领兵前往甘肃，而命令驻扎在花马池的都兴阿所部与雷正绾和陶茂林的部队声势相连，同时任命杨岳斌为陕甘总督。
湘军水师向清廷呈献了长江地图。杨岳斌督率陆师奔赴陕西，黄翼升升任水师提督。清廷下诏，命令彭玉麟率部驻扎安庆。曾国藩上奏说，现在打算建立长江水师，应该对水师作战区域做出明确的区划。
清廷催促杨岳斌上任，江西的军事重任，落在巡抚一人肩上。刚好浙江又有大批太平军开入江西，沈葆桢急召席宝田率部堵截，于是杨岳斌的计划泡汤，事实证明席宝田的顾虑是正确的。王开琳先回师驻扎开化，王德榜和刘典返回婺源，江忠朝在南赣追击太平军。
顺天军余部从陕西进入甘肃后，于10月8日攻克阶州。这时雷正绾所受的矛伤已经痊愈，估计固原的回民起义军将会向东南方推进，袭击平凉和泾川，便从戍守平凉的部队中分出兵力，驻扎在泾川的合道街，令谭玉龙等人率部防守泾川。
不久，固原的回民起义军果然出兵攻击平凉，并分出兵力包围合道街，被刘正高和谭玉龙的部队击退，北撤镇原。
曹克忠很快就率部抵达莲花城外，湘军的兵势重新振作。
303
福建按察使张运兰于10月上旬从江西瑞金到福建赴任，进入汀州，率领五百人驻扎下坝，未与太平军接战。太平军向东南方运动，攻占永定，然后从永定西北方走小路抄到张运兰部后方。
张运兰正在吃饭，听说太平军杀到，连忙起身叫人牵马来，刚出营帐门，就被从营后杀入的太平军堵住。张运兰就擒，被押到永定城内，总兵贺国琛、王明高和副将雷照雄阵亡。
张运兰是王錱的老部下，独自统领部队十多年，为曾国藩所倚重。忽然吃了败仗，被太平军俘虏，江西的湘军也感到沮丧。
张运兰被太平军肢解处死。清廷赠给他巡抚职衔，赏骑都尉世职，在福建武平及湖南和广东修建专祠。
太平军趁胜向东北和东南推进，攻占龙岩与南靖。
10月上旬，席宝田在新城拦截李继达的部队，迟了一步。
二十一岁的东安人荣维善本年刚刚跟随席宝田出征，在战场上表现得异常活跃。他奉席宝田的命令，率领一百名亲兵打前锋。席宝田率领轻兵随后跟进，携带粮草，行军三个日夜，在广昌赶上了李继达所部。荣维善带领的先锋部队一路作战，斩杀几百名太平军。
李继达的部队约有三千人，凭借山岭殊死抵抗。席宝田的军士们踊跃冲锋，重创太平军。剩下的一千多名太平军护卫着洪福瑱向南奔去。
湘军军士们疲惫不堪，很想停下休整。席宝田说：“洪福瑱就在这里，今天把他放走了，他与从瑞金过来的太平军会合，就抓不到他了！”
席宝田想，太平军也是一天没有进食，必定会停下来吃饭，便命令军士一边前进，一边传餐进食。
10月11日黎明，湘军追到石城，见到炊烟。席宝田和边晓棠命令军士们绕过旁边的山，先设下埋伏，再发起攻击。
太平军见到湘军，果然逃入埋伏圈内，湘军杀死和俘虏太平军过半，生擒洪仁⒑槿收⒒莆挠⒑秃楦，櫟奈椿槠蓿楦，櫲刺幼吡恕２杏嗵骄坷Ｉⅲ婢薹ㄗ犯希μ锉阆铝钤�
10月14日，福建的太平军从南靖东进，攻占东南部的漳州。福建巡抚徐宗干从泉州和厦门调兵防守兴泉。左宗棠急令黄少春和刘明灯率领四千五百人从浙江衢州赶赴延平，即现在所说的南平，作为中路军。令刘典率领从湖南募集的八千名新军，从江西建昌南下福建汀州，王德榜率领二千五百人随后跟进，作为西路军。
1864年，同治三年（30）
左宗棠还征调李鸿章的湘淮军作战，又令高连升率领四千五百人，从宁波乘船走海路驶抵福州，登陆后出兵兴泉，作为东路军。
左宗棠上奏，请清廷任命王德榜代理福建按察使。
湘军虽然撒开了一张大网，但距离太平军所在还很遥远。
10月15日，鲍超带兵赶到瑞金，丁太阳的部队南逃福建武平。
10月23日，席宝田部将周家良听说被俘的牧马少年对伙伴说：“小天王经过这里了。”马上对他进行讯问。原来洪福瑱返回来，跟随几个少年向北走进了荒谷。湘军连忙追过去，将几名少年抓获。俘虏们都指着洪福瑱说：“就是他。”经过调查，这几名少年带着一个婴儿，是李秀成的儿子李其祥。
清廷接到报告后，下诏说洪福瑱只是小孩，不值得用囚车把他送到京城，于是在南昌裂肢处死。李其祥到法定年龄时，照例处死。
清廷论功行赏，左宗棠锡封一等伯爵，沈葆桢赏一等轻车都尉，鲍超锡封一等子爵，蒋益澧赏骑都尉，席宝田赏云骑尉，高连升任浙江提督。边晓棠以提督记名。对他们的部属，都给予不同程度的奖赏。
刚刚出道的荣维善擢升为从三品游击。
鲍超所部娄云庆、刘典与王德榜的部队全部开进福建后，留在江西的湘军也针对太平军在福建的活动区域相应地进行了调整。王文瑞先前已被任命为赣南道，现在到任，王开琳兼管他的部队，驻扎赣州。周宽世率部从信丰向东南角推进，进驻长宁。张岳龄率部从遂川向西南方进军，驻扎会昌，巩固江西东南部。韩进春部驻扎瑞金，新化人刘胜祥部驻扎广昌，与席宝田的石城守军共同防守抚州与建昌。
304
陈得才率部援救天京未及，只能在湖北游击，于9月份从麻城出兵东南方，攻击罗田。赖汶光则联合张宗禹的捻军攻击黄安。亳州的任柱、牛落红和李允等人的部队，又与张宗禹所部会合。
陈得才在罗田得手以后，东进英山。蒋凝学率部迎击，被陈得才所部围困七十多天。
陈得才与马融和的部队在10月份联合攻击蕲水，把副都统富森保的部队包围在关口。直隶人石清吉率部驰援，碰上大雾。起义军集结几万名骑兵和步兵迎战。石清吉所部进至药山，起义军渡河包抄后路，将石清吉的飞虎军重重包�