杭州在繁盛时期城内外居民人口八十一万，湘军进占杭州时，人口只剩下七八万。左宗棠和蒋益澧同心一致，希望杭州能够尽快恢复昔日的繁荣。
1864年，同治三年（9）
左宗棠同时派亲兵出动，由杨昌濬统领，从杭州北上，攻打德清以西的武康，又派高连升所部北上攻打德清，派蔡元吉率部攻打德清东北方的石门。
曾国藩采纳了谋士们的提议，已经把鲍超的部队派到天京以东作战。鲍超于4月7日率领所部攻克句容。
4月9日，鲍超所部进攻金坛，冯子材飞马传书，请求先攻丹阳。
同一天，杨昌濬的部队逼近武康，守城的太平军投降。
4月10日，高连升的部队攻克德清。邓光明献出石门投降。其余太平军部队西奔孝丰，军心涣散。
邓光明是湖南人，县籍无从考察。他投降时大约三十四岁，改名为邓光荣，率领光字营，此后随湘军作战，坚决与太平军为敌。
陈炳文从杭州逃出后，提出防守湖州，佑王李远继则打算从安吉奔赴宁国，两人意见相持不下。
高连升派出的探子侦察到太平军内部的意见分歧，回来报告，高连升趁乱出兵攻击，在湖州境内打败太平军。
太平军乱了阵脚，折向西南方，绕过千秋关和太阳埠，向昌化撤退。
左宗棠见太平军向西进军，命令刘清亮率部防守严州。又担心太平军南下，令唐学发等部从水陆两路巡守桐庐一带。其余各路部队，都向湖州进军。
陈炳文和汪海洋见湘军逼近湖州，为了牵调湘军南下，兵分两路，向徽州进军，于是昱岭之内，又现太平军踪迹。
太平军的前锋已经从龙游取道婺源进入江西，后续部队络绎不绝。这些部队离开浙江以后，浙江全境除了黄文金、李远继和杨辅清继续坚守湖州，其余各地已无太平军。
蒋益澧率领各路湘军攻打湖州，高连升、王月亮和蔡元吉等部从德清进驻湖州西南，刘树元与何培章率部从石门进驻湖州东南，刘连升和罗启勇率领水师战船攻打湖州东南方的菱湖。
4月20日，鲍超撤掉对金坛的包围，在茅山设下埋伏，等待太平军出城追赶。太平军果然中计，追杀出来，中了埋伏，回身逃走。鲍超追逐五十里，太平军没有入城，城内的太平军反而逃了出来。
4月21日，鲍超的部队攻克金坛。唐仁廉以提督记名。
与此同时，李鸿章督率湘淮军围攻常州。这时城西的太平军军营仍然连接长达二十里，环列运河的左右两岸。李鸿章给各部分派任务，令刘铭传部攻破西北方的六座壁垒，令郭松林部和杨鼎勋部攻破陈渡桥的八座壁垒，令张树声部、周盛波部和郑国魁部攻破河干的二十多座壁垒。
各部得到命令后，奋力攻击，全部达到了预定作战目标。于是常州以西的通道，已完全被湘淮军控制。
4月27日，罗荣光的开花炮营发射炸炮，摧毁几十丈城墙，陈坤书派洋枪队堵住缺口射击，湘淮军发起冲锋，双方伤亡惨重，城防却没有崩溃。
这时，冯子材与富阿明率部从镇江攻击丹阳，太平军的壁垒多数投降。常州失去了西北方和西南方的两个屏障，更加孤立。
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李世忠在4月份实践了他的承诺，把所有的钱财以及剩余的盐和稻谷，全部发给他部下的三万多人，每人都分到了盐包，或者###缗钱，多的得到几十缗。将领则得到几十两白金，作为遣散费。
曾国藩令他留下三千人，号称“忠朴营”，由陈自明统领。
官府还欠他的饷盐五十万包，他不求补给。修筑涡阳新城，他捐钱十万缗；修建滁州学堂，他捐钱五万缗；滁州屯田购买牛种的费用，他也出了七万两银子；还给总督提供二十五万九千两银子做军饷。五河的厘卡，由巡抚委任官员收税。然后，他呈请回籍埋葬已逝的亲人。清廷下诏褒奖。江北全部平定。
曾国藩上奏说，李世忠在江淮大定之后，洁身引退，深明大义。该提督对朝廷未生二心，这是他早已向朝廷说明过的。至于李世忠不保留巨额的财富，而竭力保住名声，从一个诡谲贪利的人，忽然做出慷慨忘私的举动，倒是他始料未及的。这表明国家优待投降将领，张国梁和程学启都十分爱惜荣誉，而李世忠也始终保全了名节，足以体现皇帝的仁政，而招抚与朝廷背离的人。
清廷下诏，表示赞许。
李世忠解散部队以后，安徽并没有从战争中完全解脱。江苏和浙江的太平军相继失去占领地，部队开向徽州，号称二十万人。徽州城防将领毛有铭和唐义训在杨村迎战，刚一交手便败下阵来。于是昱岭以内，四处都有太平军部队。 txt小说上传分享
1864年，同治三年（10）
太平军都从龙湾和婺源进入江西，道路上部队行军骆绎不绝。前队已经深入江西腹地宜黄和崇仁，南昌急忙备战。曾国藩令鲍超回师援救江西。
清廷下旨，催促曾国藩赶赴金陵指挥作战。曾国藩见徽州战事紧急，长江上游危险，仍然留在安庆策应全局。
边晓棠率部在南丰县附近与天国沛王谭星所部激战，被炮击伤，全军溃败。
曾国藩把江西的军事交给沈葆桢处置，而沈葆桢确实供养了一支军队，现在正好有了用武之地。于是这位巡抚上奏，请求将茶税和牙厘留下，专门供给本省的军队。清廷部议批准。
沈葆桢的这个措施，直接影响了曾国藩所部湘军的军饷。他的部队每月需要军饷五十万两银子，由于亏欠，每年发下去的只有六成。现在围攻天京的兵力大增，军饷的收入却减少了，每年只能发到四成，拖欠军饷长达十六七个月，军士们自然会有牢骚。
五十二岁的曾国藩，尽管已有常人不及的涵养和息事宁人的心态，现在也不由得大动肝火了。他极力举荐的这位江西巡抚，不讲情面地扣留军饷，给湘军在全国最关键的一场战役带来消极的影响，而且事前也不跟他这个总督商量，实在超出了他的忍耐限度。于是，他上了一份措辞激烈的奏章，反对部议的决定，罕见地宣泄心中的怨愤。
曾国藩说，他刚刚出任两江总督并兼办皖南军务的时候，江南六府一片混乱，朝廷在安徽南部只剩下祁门一县。于是他上奏请求在江西收取厘金，补充东征湘军的军饷。每月从漕折中调拨五万两银子，再加三万两洋税，获得了朝廷的批准。
沈葆桢到任之后，多次停止调拨漕折和洋税，他都没有上疏抗辩。现在他的部队只能发四成军饷，江西的部队却能发八成以上军饷，他的部队欠了十六七个月的军饷，江西部队所欠的军饷还不到五个月。
要论百姓的困难，安徽南部和宁国的辖地，人们卖人肉果腹，有些地方几十里田地无人耕种，村庄没有炊烟，江西的情况还不至于如此艰难。
曾国藩说，安徽、江苏和江西都是他管辖的地区，他不敢只照顾安徽与江苏的利益，而惟独对江西刻薄。无论什么人，处在他的位置上，都不得不采用他的办法。
现在，江苏和浙江的省会都已攻克，对金陵的长围已经形成，谋士们动不动就说大功即将告成，元凶当可击毙。但是在他看来，洪秀全与李秀成异常顽强勇悍，攻克金陵的日子是迟是早，还难以预料。
从以往来看，咸丰十年春天，和春与张国梁功败垂成，那时围攻金陵的兵力比现在多了两万人，存在军营里的饷银还有几十万两。现在围攻金陵的湘军军饷奇缺，朝不保夕，怎能不争取江西的厘金，以抚慰军士的心情？
曾国藩在这份奏疏中，甚至谈到了官阶尊卑和权限制约。他说，他仔细研究了总督和巡抚会同理政的案例，一般对于官员的管理，应该由巡抚主持，而军事则应该由总督主持。就江西的军饷而论，丁粮和漕粮应该归沈葆桢主持，因为这与对官员的管理有着密切的关系。而厘金则应该由他这个总督来主持，因为这与军事密切相关。
厘金起始于咸丰三年，是雷以赵谘镏莩斓模鸪醪⒎枪以に隳诘目钕睢６橇浇芏剑治沼斜杂诮髡馄恋厣纤械牟聘唬ǘ×浮盍负脱笏埃刻崛∈褂茫膊晃：慰隼褰鹗撬丫献嗟玫匠⑴几褂玫目钕睿绕涫撬菽谟Ω贸锶〉木茫挥Ω每醋鹘餍木茫膊挥Ω媒凶鑫馐〈本谩Ｈ缃窠靼阉背闪舜钡目腿耍敲辞胛誓母鍪〔攀撬镡玫牡胤剑�
如果说他应该在安徽筹饷，那么乔松年也可以拿本省外省这套说法来加以拒绝。如果说江南的苏州和松江地区是他筹饷的地方，那么李鸿章手下的兵力比他的部队少不了多少，除了每月解送四万两银子以外，没有更多的银子可供提用。如果说江北的淮安和扬州地区是他应该筹饷的地方，那么他和吴棠、富阿明、冯子材四人，就得在里下河这个富庶的区域竞相剥取，又怎能得到必要的供给？
曾国藩在奏疏中还从人情的角度表达了愤慨。他说，同僚之间的交往，一看分，二看情。巡抚应该接受总督的领导，这是制度，在朝廷的各种文件中是有规定的，沈葆桢不得违反本分。军事危急之际，同僚之间共患难，相体恤，互通有无，彼此接济，这就是情。沈葆桢前年向朝廷请求漕折，去年向朝廷请求洋税，今年向朝廷请求厘金，这三件事当中，难道没有一件是可以先跟总督商量以后再上奏朝廷的？txt电子书分享平台
1864年，同治三年（11）
曾国藩说，人总是苦于没有自知之明，有人会说他只会指责沈葆桢，而不懂得自责。如果他按照惯例节制江西，别人会说他把持权力。他曾多次向朝廷保举沈葆桢，别人也可以说他是笼络人心。只要稍微有所不慎，就会酿成仇隙。
不过，曾国藩说自己阅世已深，素来以把持权柄和笼络人心为羞耻，还能够虚心地反省自己，检点行为。就拿漕