棠差委，当浙江军事危险时，他因自己心情郁闷，如此不顾大局。这是可以成立的第二个罪名。
不过，左宗棠在奏折的末尾，再次指责曾国藩初次参劾李元度有负于曾国藩和王有龄，是出于“臣僚情义之私”，而不是出于“国家刑赏之公”，所以他不敢附和曾国藩的意见，请皇上将此案发到部里按律定罪处罚。
清廷将李元度发往军台效力。后来经过左宗棠、沈葆桢和李鸿章等人联名保奏，他才免了当一名小卒的命运，回到家乡休养。
清廷命令庆端改任将军，耆龄出任闽浙总督，史致谔代张景渠出任宁绍台道。
太平军加大对浙江东北部的攻势，攻占余姚以北的慈溪和以南的奉化。江苏吴淞的太平军向淮扬水师发起攻击，黄翼升率部击退太平军，扫平七座壁垒。9月19日，淮扬水师华元龙部在澱山湖北岸的太平军石垒，将太平军赶走，夺得二十艘战船。
徽州和宁州的太平军乘船越过东坝，企图争夺金柱关，战船聚集在固城以南的漪湖。彭玉麟亲自率部入湖抵抗。太平军采用火攻，来到花津，杨岳斌率部前往阻截。
9月20日，洋枪队攻克慈溪，美国纽约人华尔中炮身亡。李鸿章令白齐文统领洋枪队。华尔是1860年由吴煦招募的外国将领，因屡立战功而被清廷提拔为副将，曾经率领五百人在松江的迎喜滨和天马山击败十多万太平军。他死后，人们根据他的遗愿，按照中国的礼俗将他葬在松江。
蒋益澧的新军于9月下旬到达衢州。他的部队是从广东开来的。他故意取道广东，是为了向总督劳崇光请求供给军饷。劳崇光念他过去劳苦功高，给了他几十万两银子。于是，他的部队度岭而来，军容十分齐整。 。 想看书来
1862年，同治元年（23）
蒋益澧过去在罗泽南手下任裨将时，起初并不为曾国藩和胡林翼所知。他率领一支部队进入广西，连续立下战功，便有了名气。
广西官绅尤其感激蒋益澧立下的首功，他所到之处，官绅们都修了祠堂祭祀他，山谷间往往可以见到。湘军在广西的功劳，多亏有蒋益澧自告奋勇打前锋。他被罢官之后，隐忍不拔，终于熬到出头。
蒋益澧从到达浙江开始，就成为左宗棠最倚重的大将。他总结了以前的教训，力戒鲁莽，折节下士，获得了好评。
左宗棠正需要兵力向北追击太平军，便于9月29日命令蒋益澧部攻打寿昌。蒋益澧的部将高连升和熊建益分别被任命为左军将领和右军将领，各自统领三千人。高连升出兵上方岭，熊建益出兵梅岭，蒋益澧自己率领一军攻打中路。
太平军开城迎战，蒋益澧挥军驱赶，喊杀声震撼山谷，太平军大为吃惊，赶紧撤退。湘军追到城边，城内的太平军夺门而逃，湘军进占寿昌。
高连升率部南下，会同熊建益的部队攻打汤溪。
上海的湘淮军已经出兵浙江，蒋益澧又率劲旅赶到，江苏和浙江的湘军气势大振。
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唐训方代理安徽巡抚以后，率部驻扎在临淮。如何处理与李世忠的关系，是他必须考虑的问题。
清廷认为李世忠虽然骄悍，但袁甲三安抚了几年，他还能尽力为朝廷办事，命令曾国藩仍旧按照袁甲三的办法对待他。
曾国藩上奏说，李世忠刚投降时，胜保让他保留了一万八千人，实数将近三万，近来又招收到五六万之多，占据了城池，自成一种风气。
李世忠在长淮五河及长江新河口设了许多税卡，征收的税款颇为丰厚。又运盐自售，对上面而言，侵吞了公家的利益，对下面而言，为害商人百姓，非常令人忧虑。但是，这种情况沿袭已久，如果要将他绳之以法，恐怕很难办到。
而且，李世忠的部队近来攻克了天长、六合、浦口和江浦，击退了陈坤书的部队，对于大局来说，不无功劳，不能埋没他的劳苦而马上惩治他的罪过。不如让他维持原状，对他收税卖盐的行为不加禁止，对他的请求也不加拒绝。但是，不要给他大力的支持，也不要轻易调用他的兵力。如果打算收回国家的权利，则必须另筹月饷，足以供养他的部队，才能实行这套办法。
于是，曾国藩催促广东提供税金，清廷同意他的办法。
比起对于李世忠的政策来说，曾国藩还有更头痛的问题。9月份江南传染病大流行，徽州和宁国疫情最为严重，鲍超等人患病，无法指挥部队。张运兰告病回乡，所部老湘营由二十九岁的湘乡人刘松山和易开俊分别统领。刘松山从此成为独当一面的将领，据守宁国。他的部将易德麟坚守宁国至泾县一带。
围攻天京雨花台的湘军部队，也有很多人染上了疾病。曾国藩忧惶不安，非常沮丧。
自然灾害也影响到贵州湘军的作战。这时秋瘴已起，湘军为了避免疾疫侵害，必须尽快结束战斗。
9月9日，湘军在贵州东部集中主力攻打汉寨场。这里是二十九岁的侗族好汉姜应芳经营了十多年的地方，清军一直无法进入。现在湘军乘胜招抚了旁边的村寨，所以深入无阻。湘军逼近汉寨以后，掷火烧寨。起义军由于叛徒将抬炮灌水，没有了火器，只能用刀和石块抵抗。大火燃起以后，起义军都翻越寨墙逃走，退入清江防守。
湘军增援部队害怕瘴毒，都返回晃州，派出小部队增援铜仁。
胜保的部队到达陕西以后，于9月份转战西安以东，在邻近西安的临潼和黄河之畔的朝邑连续击败起义军，然后挺进西安。西安周边灞桥一带回民村堡的起义军闻风撤走，西安的清廷官府松了一口气。清廷命令胜保专门指挥陕西军事，雷正绾的部队进驻西安。
胜保率部攻破省城附近的回民村堡，向西北方推进几十里，攻击咸阳的马家堡和苏家沟，指望牵制泾阳和凤翔起义军的兵力。成名的京兵在同州被起义军击败，转移到朝邑扎营。起义军又集中兵力攻打朝邑，成名向清廷苦苦求援。清廷命令胜保和雷正绾领兵夹击。这时太平军袭击商南，捻军攻击洛南，陕西东南部军情紧张。
10月初，多隆阿的部队在武关外打败太平军，洛南的捻军也东撤河南卢氏。10月7日，胜保亲自赶到咸阳，于10月11日在咸阳城北攻击回民起义军，攻克四座壁垒，获得大胜。10月12日，起义军集结兵力反击，雷正绾率领骑兵将起义军击退，追逐三十里。
1862年，同治元年（24）
10月下旬，郭刀刀的起义军袭击陕南宁陕的的火地岭，胜保为了防止这支起义军继续北上，派王佐臣领兵到西安以西的周至和眉县境内阻击，连连击败起义军。郭刀刀率部奔到宝鸡的山中。
咸阳的回民起义军侦察到胜保的部队分兵南下作战，趁机集结三四万兵力，四面出击，雷正绾连连抵挡，无法抑制起义军的势头。
石达开于10月份率部从四川綦江南下贵州，部队分为三支，每支三万多人。一支奔向贵州西部，一支南下遵义，另一支到达遵义以北的桐梓就停下了。湘军派沈宏富、李有恒和全祖凯等部反击，挫败了石达开的部队。石达开分兵袭击遵义西北方的仁怀和东北方的绥阳，以及贵州西部的毕节和郎岱。贵州清军分兵追踪，太平军便从西南部的普安进入云南。不久又从云南进入四川，攻占筠连，北上宜宾。胡中和与刘厚基等部驻扎横江，准备拦截。
川东顺天军在10月份遭到湘军重创，湘军在大竹以东俘虏了起义军首领周绍涌。先前驻扎在鹤游坪的顺天军，现已无人留在四川境内，只剩下先后进入陕西的二部了。
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华东江南的疫情到10月份还在蔓延，军士们相互传染，死者的尸体堆积如山。曾国藩后来在《金陵湘军陆师昭忠祠记》一文中，描写了当时的情状。
他说，湘军进入雨花台以后不久，就碰上了传染病的大流行。哥哥生病，弟弟传染，早晨还在笑，夜晚身子就僵硬了。十座营帐，有五座不常开火做饭。一人暴毙，数人送葬，返回时又有一半人死于路途。附近县城的药都用完了，便派大型战船，一艘接一艘地驶入安徽和湖北各省，征集药材。
湘军军士病倒如此之多，惟独曾国荃没有病倒，算得上一个奇迹。
曾国藩忧心忡忡，上奏说，战事刚刚顺手，却又流行天灾。如果太平军趁此危急之时来进攻，湘军不但不能战守，而且不能预先逃走，以图再振。几年来经过百战所占领的地方，由尺寸而扩大到几百里，有可能前功尽弃。
他说自己德行单薄，不能挽救厄运，请清廷派亲信大臣奔赴江南，分清责任的轻重，在艰难的时局里挽回气数。
清廷下诏说，近日已进入深秋，疫病仍未止息，宁国、金陵、徽州、衢州、上海和芜湖的各路军队，都因疾病而不断有人死亡。鲍超、张运兰和杨岳斌等人都各自抱病在军中，军营甚至很少看到炊烟。这种时候，无论是进攻还是防守，都没有把握。
朝廷信用湘军，由于曾国藩的忠勇是发自于至诚，因此推心置腹，希望他能挽救东南全局。自从各路军队逼近金陵，太平军的老巢已成陷阱。只是因为遇到艰难的时局，很难攻占，所以朝廷屡次下旨告诫，不要徒然地只求旦夕功效，而应该立足于不败之地，以等待可乘之机。
现在将士们正在患病之余，朝廷怎么会忍心重加督责？应该让他们都知道朝廷的旨意，加以慰问。这是无可奈何的事情，不是曾国藩一个人的过错。朝政有很多不周到的地方，足以上干天和，君臣应当痛加自责，努力寻求禳救的方略，为民请命，指望天心转移。
至于天灾流行，太平军中也会有人传染。眼下京城本无大臣可以委派，就算有，环顾朝野，才力器量如曾国藩者，一时也难以选拔。曾国藩素尝学问，更应当坚毅不拔，倍加小心，不要有一刻松懈。
清廷认为太平军也会受到瘟疫的打击，但是太平军偏偏还有强大的作战能