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李鸿章受任之初，上海的形势极为严峻。
上海是全国最大的通商口岸，华洋杂处，是江南财富集中之地。淮军抵达时，正值李秀成所部第二次大举进攻，能否守住上海并徐图发展，是李鸿章面临的严峻考验。
李鸿章牢记恩师教诲，首先练兵学战，保住性命，吏治和洋务，放到以后再说。
淮军刚刚兴起时，部属一半是湘勇，秉承湘军传统，修垒必高，掘濠必深，早晚操练，令江苏人大开眼界。
但是，江苏人并没有因此而认识到湘淮军非同一般的战斗力，反而因他们的外表而有所轻视。上海一带的兵勇风气奢靡，而湘淮军衣服朴素，旗帜简陋，外国人见了，不免讥笑，令湘淮军将士感到羞惭。
李鸿章对大家说：“军队贵在能征善战，等到我们打败了贼寇，他们就会刮目相看了。”
这时扬州告急，清廷下旨，催促李鸿章部署好上海的防御，立即率部前往镇江，与都兴阿的部队会师。李鸿章回奏，说他兵力单薄，不能分兵增援各路，请求清廷假以时日，让他训练部队。
华尔和李恒嵩率部，联合英法两国的部队，攻克嘉定和青浦，留下外国兵与洋枪队防守。英国提督何伯请李鸿章的部队联合攻打浦东厅县，李鸿章派程学启、刘铭传、潘鼎新和郭松林率领湘淮军攻打南汇，称为北路军。而英法部队从松江进军金山卫，称为南路军。
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李续宜派出增援颍州的部队，由成大吉和蒋凝学率领，于4月下旬到达颍州。太平军见湘军开到，撤了颍州之围而南下。苗沛霖其实并没有派兵协助湘军，只是做了一点表面功夫，命令部属剃发，并向袁甲三发誓要与太平军作对。
与此同时，湖南派出席宝田和江忠义的部队前往江西，援助安徽。
5月13日，多隆阿派雷正绾的部队攻打庐州城的东南门，派石清吉的部队攻打西门，另约安徽清军张德胜的部队在北门设下埋伏，引诱太平军。。 最好的txt下载网
1862年，同治元年（10）
自从湘军攻占安庆之后，陈玉成率部向西撤退，打算到湖北的德安召集部队，但部属都不愿去，他只好趁夜从六安北上庐州。部众渐渐离心。洪天王严厉地责备他，陈玉成心生畏惧，领兵驻扎在庐州城东，不敢离去。
湘军向陈玉成的旁侧壁垒发起攻击时，陈玉成决心拼死一搏，便带领三千军士，包抄到湘军后方。雷正绾率部迎击，将陈玉成部击退。陈玉成率部据守城北的浮桥。城内的太平军打开北门，大举出兵，打算与陈玉成合击雷正绾部。
可是，城内的太平军刚刚出城，就见陈玉成率部撤退，大为吃惊，以为陈玉成已经大败，便跟着向北逃跑。陈玉成立刻毁掉浮桥，阻止城内出来的太平军，使他们不得不背水一战。
刚出城的太平军更加惊慌，互相踩踏，绕城逃散。石清吉和朱希广等部在西南城墙搭梯子登城，城内外的太平军争相逃命，湘军包围合击，斩杀太平军战士几千名，俘虏八百四十七名，释放男女民众七千多人，进占庐州。
朱希广自从三河战役在桐城逃跑后，被清廷褫夺了所有官职。后来转战安徽，一步步重新爬上来。至此，清廷将他提拔为总兵。
陈玉成逃到寿州，想到苗沛霖已经暗中接受太平天国封王，便向他求援。苗沛霖听说陈玉成失败，担心他来抢走自己的兵马，又慑于湘军的军威，担心多隆阿趁机攻打自己，便想到一计，决定把陈玉成抓起来，向清廷邀功。
陈玉成手下还有两千军士，驻扎在淝水以南。苗沛霖定计以后，谎称有病，派苗景开到中津渡迎接英王大驾。陈玉成率部进入寿州。苗沛霖杀牛备羊，准备了三千人的饮食，摆出犒劳太平军的架势。
陈玉成被领到下榻的馆舍，苗沛霖的人把门关上，不许他的随从进入。而他的部众已经陆续出城。
陈玉成起初没有起疑心，到了堂上，见案几上摆着枷锁，便怒骂道：“姓苗的，你是个反复小人！我死了，就轮到你，你最好快一点自杀吧！”
苗沛霖将陈玉成及其二十名随从捆绑起来，装在囚笼里，打算献到颍州胜保的军营。捻军首领张洛行探知这一动向，在江口集结部队，企图将陈玉成劫救出来。苗沛霖出兵，将捻军击退。
陈玉成所部太平军，有的投降，有的散去。
苗沛霖将陈玉成送到颍州以后，胜保用囚车将他押往北京。到达延津时，接到清廷旨意，将这个二十六岁的天国王爷凌迟处死，并将首级传阅安徽和河南两省。
陈玉成的勇猛，稍逊于杨秀清，但在谋略上略胜一筹，在军中有个外号，叫做“四眼狗”。韦昌辉和杨秀清内讧之后，石达开离去，洪秀全所能依靠的人，就是苏州的李秀成和安庆的陈玉成。陈玉成被清廷杀害以后，湖北和安徽交界处稍稍平静。
胜保既妒忌湘军的功劳，又想养着苗沛霖来巩固自己的兵权，便在暗中袒护苗沛霖，又率部攻克颍上城，作为自己的功劳。李续宜早就讨厌贾臻，胜保却上奏贾臻的功劳，说了袁甲三的坏话。
李续宜提出大家要和衷共济，把颍州置之度外，袁甲三也请了病假。清廷下诏，密询“剿抚机宜”，李续宜复疏，主张剿灭苗沛霖。清廷同意他的看法。
捻军于6月份攻占河南西北部的宜阳，杀死知县谢仁溥，西攻永宁。另派部队去与陈得才与马融和的太平军部队会师。
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四川东部的顺天军从4月下旬起开始频繁活动。天洋的顺天军向西进兵，在八角寨会合。鹤游坪的顺天军分兵北上，袭击梁山、垫江、大竹和邻水，
云阳的顺天军直向西北进兵，于4月24日攻占太平，即现在所说的万源。然后向北挺进，奔向陕西的定远。易佩绅率部尾随，一起进入陕西。
1862年的陕西，成为各路起义军群英荟萃的地方。
广西藤县人陈得才，是陈玉成的表叔，本人是太平天国的扶王。他于1862年初奉命带领遵王赖文光、启王梁成富和祜王蓝成春等将领，西征河南与陕西。这支大军联合河南的捻军部队，于3月份从河南西南部的内乡，开进陕西东南边界的武关，从孝义出山，进入商州，于4月份攻占镇安和孝义。陕西提督孔广顺率部抵抗。蓝田的太平军和捻军联合向省城西安运动，攻克西安东北边的渭南，杀死知县曹士鹤，西安戒严。 。。
1862年，同治元年（11）
陕西巡抚瑛棨和将军托明阿飞马送信求援，清廷命令官文和曾国藩在多隆阿和舒保两人中挑选一人带兵增援陕西。瑛棨知道远水救不了近火，每天跟团练大臣张芾一起劝导绅民招募团勇自守。在籍知府梅锦堂率领十八廒的团勇防守子午谷，训导赵权中率领沙苑的团勇防守箭谷。
4月29日，渭南的回民首领马世贤和马四元率领五百名回勇参见赵权中，说他们奉了团练大臣的命令，招募勇丁，来协助防守。赵权中收下了这支部队。
不久，民团首领陈茂经、张龙骧和张新绪相继阵亡，赵权中害怕了，命令马世贤等人率部退守渭河渡口。回民勇丁听到警报，全部解散回家，十个一队，五个一群，经过华州的小张村，砍伐民家的竹子做长矛。主人发现了，率领众人呼喊驱逐，打死了两名回民。其余回民逃到秦家村，隐藏起来。
秦家村是华州回民聚居的村落，村民们听说有同族人被杀害，便打算联合其他村落的人去复仇。
小张村的人听到消息，担心遭受攻击，便联合滨河村堡的一万名汉民，打算先发制人。华州的回民们大为惊恐，全部扶老携幼，渡到渭河以北，寄居在大荔、渭州和沙苑之间，传言三地的汉民正在用传单相约，要在三天内把回民杀光。当地的回民们将信将疑，埋伏在要道等待。
华州的回民绑着一个汉民到来，搜查他身上，果然发现了所说的传单。其实传单是用心不良的人伪造的，为了让所有的回民信以为真。于是谣言四处传播，人心惶惶，一日数惊。
回民聚居的村镇堡店中，规模最大的，在大荔有王阁村、羌白镇和桥店，在渭南有禹家庄、仓头渡和邸家庄，在华州、大荔和渭南交界处，则有乜家滩。在这些大村堡周边，还有几百座小的村堡。
回民首领中，以勇猛和智谋著称的人，有赫明堂、任五。马世贤、洪兴、马龙、马四元、乜代荥、乜代恩、邸元魁、大瓜蛋与哈哈娃。其中赫明堂和任五两人率先发难。
王阁村和羌白镇与大荔的八女井相邻。井民素来强悍，侦察到回民将要起义，集结一万人，打算向回民开战。富绅李树德劝井民不要动武，并与回民讲和。回民答应下来，井民便解散了队伍。
陕西的回民起义正在酝酿之中，四川的各路起义军则转战各地。石达开的一支部队袭击南川，然后杀出四川境外，南下贵州桐梓。石达开本人率领几万兵力包围綦江，挖掘地道，炸裂南边的城墙，知县杨铭下令开凿内濠堵截。
唐炯接到警报，率部驰援，烧毁太平军营垒。杨铭率团勇出城夹击，石达开命令部队撤走。
唐炯有个绰号叫“唐拼命”，命令部队有进无退，但他并不懂军事，只是硬拼而已。
刘岳昭率部驻扎在江津先市场，曾传理率部驻扎在合江，屏蔽泸州。唐友耕率部从重庆赶来，与唐炯的部队会师。石达开率部南下贵州仁怀，然后在山路上穿绕，向西北方推进，再度进入四川，到达叙永废城。然后再向西北推进，奔向兴文。
顺天军这时已包围兴文以北约一百里处的江安，曾传理领兵向江安追击。顺天军与石达开的部队会合，攻占长宁。长宁知县周于堃战死。
刘岳昭部和唐炯部赶到长宁，联合攻击，将两支起义军击�