早晨7时28分，山本的侦察机发来电报：“发现10艘敌舰！”这封电报猛然将沉浸在美好梦境中的山本惊醒。
“大和”号旗舰舰桥上的人闻讯后都显得十分紧张，山本更是紧绷脸皮，一言不发。
这种紧张的气氛没过多久，又接连收到两封电报，告知美军舰队由5艘巡洋舰和5艘驱逐舰组成，继而又报告说后边好像只有一艘航空母舰。
“大和”号战列舰上的气氛顿时放松下来，一些人甚至莫明其妙地高兴起来，还有人说：“这倒是一大块肥肉！”
此时，山本和他的幕僚们有一种很奇怪的乐观情绪。他们认为美军航空母舰肯定会被南云的舰载飞机干掉，过不了多久就可以听到南云报来的佳音。
但是，10时50分，通信参谋和田雄四郎海军中校满脸沉痛，一言不发地把一份急电递给了山本。这是阿部海军少将从“利根”号上发来的。
电文说：“遭敌舰载机和陆上飞机的攻击。‘赤城’号、‘加贺’号和‘苍龙’号起火。拟以‘飞龙’号与敌航空母舰交战，我们暂时北撤，重新集结兵力。”
噩耗传来，犹如晴天霹雳，山本和他的幕僚个个目瞪口呆。
山本本人和他的参谋们并没有指望在这场大规模海战中他们的舰队会完好无损。如果损失一艘航空母舰，他们完全可以泰然处之；损失两艘，虽说是严重的挫折，也还可以忍受；然而，现在却是损失3艘！损失如此惨重，完全出乎他们的意料。
所以，此时此刻，联合舰队司令部内人人脑瓜发木，手脚冰凉。司令部再也不是早先那样镇定自若、工作有条不紊的集体了。首席参谋黑岛龟人海军上校先是暴跳如雷，急得拍桌子，继而又痛哭流涕，活像一个意大利歌剧的演员。
然而，直到这时山本依然认为，美军的海上编队中只有1艘航空母舰，日本的“飞龙”号航母还完好无损，仍可打败美军舰队，并在中途岛登陆。因此，山本于12时20分向部队发出了大致如下内容的电令：
各部队按下列要点行动，以期攻击中途岛以北之敌：
1． 主力部队12时的位置是北纬34度35分、东经171度05分，航向120度，航速20节；
2． 登陆部队的近藤本队以部分兵力掩护登陆输送队暂时向西北方向退避；
3． 北方部队的角田航空战队速与南云机动部队会合；
4． 第3、第5潜艇战队进入丙警戒线展开。
发出这道命令后，山本和他的幕僚最关心的，是中途岛美军还有多少航空兵力，因为这是制定下一步作战计划的主要依据。虽然日本的3艘航空母舰都失去了战斗力，但“飞龙”号还完好无损，可以用它来攻击美军的航空母舰。此外，还可进行海上夜战，或者采取别的攻击手段。但攻击美军岸基航空兵力只能依靠机动部队。从友永机队要求对中途岛实施第二次空袭看，第一次攻击不会很成功。山本因此担心，如果不立即摧毁中途岛的航空基地，美国人可能从夏威夷调去更多的飞机，这样的话，占领中途岛就更难了。
此时，黑岛海军上校建议，派一支水面部队夜里去炮轰中途岛。山本海军上将立即采纳了这个建议，命令离中途岛最近并拥有高速舰的近藤海军中将的攻略部队主力去执行这一任务。山本还决定，把原定的中途岛和阿留申群岛的登陆作战推迟到歼灭美军航空母舰部队以后。按照这些决定，山本海军上将于13点10分发出了如下命令：
1．使用C号方案进攻敌舰队；
2．登陆部队派出部分兵力于今夜炮击并摧毁中途岛上的陆上航空基地；
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最后一幕（2）
3．中途岛和阿留申群岛的登陆行动暂缓实施。
山本在这里所讲的“使用C号方案进攻敌舰队”，就是要把中途岛和阿留申两地的海上部队全部集中起来，去同敌人舰队决战。
按照山本的命令，近藤中将派其第7战队（栗田所部）前去炮击中途岛机场，各登陆输送队掉过头来向西航进。
这时，山本急切希望角田率领“龙骧”号、“隼鹰”号两艘航空母舰尽快到来。可是，“大和”号于15时30分收到角田发来的电报却是：
我部收回袭击荷兰港的攻击机队之后，尽速南下。
6日晨，将在北纬44度40分、西经176度20分进行补给，尔后去与南云部队会合。我队4日15时的位置，在荷兰港西南120海里处。
通过战术计算，山本知道角田部队在8日下午之前根本赶不到中途岛指定战位，他的这一打算只好作罢。
这时候，“大和”号陆续收到一些侦察机的报告。综合这些报告，联合舰队司令部对当面敌情作出了基本判断：在美舰队中至少有大型航空母舰3艘、重巡洋舰5艘、驱逐舰15艘，这是一支很难对付的强大兵力。
17时55分，山本又收到一份更为不利的电报：“飞龙”号中弹起火。
看来，这艘航空母舰也指望不上了。但山本还是不肯就此罢手，他认为南云部队、近藤部队都离敌人舰队不算很远，实施夜间决战的可能性仍然存在，夜战不仅是日本海军的传世法宝，而且在夜间美军的舰载机发挥不了作用，日本完全有战胜对手的把握。于是，山本于19时15分再下电令：
1． 敌特混编队正在向东退却，其航空母舰已基本被歼；
2． 中途岛海域的联合舰队各部务须火速前去追歼残敌，并攻占中途岛；
3． 主力部队将于6日3时到达北纬32度10分、东经175度43分水域，航向90度，航速20节；
4． 机动部队、登陆部队和先遣部队皆须迅速捕捉并攻击敌人。
山本海军上将及其手下的幕僚们真像输红了眼的赌棍，不顾一切地要在这天夜里捕捉对方舰队，并实施夜战。然而，日军的这一企图是不可能实现的，因为美国的航母编队已开始向东航进，日军根本追赶不上。
斯普鲁恩斯将军对空袭敌人后率部掉头东进的行动作出了这样的说明：“一方面，我认为不应冒险与可能居于优势的日军部队进行夜战；另一方面，我希望第二天早晨别离中途岛太远。我部队所在的位置应该是，既便于追击退却之敌，又能粉碎日军对中途岛的登陆。另外，附近海面也许还有日本航空母舰与其登陆编队一起行动，而在西北海面也有出现第5艘航空母舰的可能性。”
后来，当山本知道美军舰队已经向东疾进，在拂晓前与其接触的可能性几乎不存在时，实施夜间舰队决战的最后一线希望的火焰也慢慢熄灭了。
放弃了夜战的想法之后，山本及其幕僚中的每一个人都清楚地意识到这一仗已经打败了，但没有一个参谋人员建议中止作战。相反地，他们都拼命想方设法要从失败中捞回一些东西，就像溺水者临死前想抓住稻草一样。
于是，各种各样的补救方法都提出来了。一位航空参谋建议，用“瑞凤”号（山本部队）和“凤翔”号（近藤部队）轻型航空母舰上的那些数量不多的飞机，加上战列舰、巡洋舰上的全部水上飞机凑成一支航空队，再去攻击美军舰队。枪炮参谋主张，按照原定计划，加强由近藤部队里的重巡洋舰对中途岛航空基地的夜间炮击。他认为，如能使用足够数量的装备有大口径火炮的军舰，就可对中途岛上的敌空军施加强大的打击，使之至少在一天之内不能活动。渡边参谋提出了一个方案，这个方案简直是荒唐的。该方案要求所有战列舰，包括“大和”号在内，在6月5日大白天逼近中途岛，用它们的主炮轰击中途岛的航空基地。首席参谋黑岛十分赞同这个方案，立即将它整理成文提交山本和宇垣。
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最后一幕（3）
黑岛龟人是山本的爱将。因其经常有“异想天开的奇想”而深得“赌徒”山本的赏识。就在前不久的4月13日，海军省人事局长中原义正少将到柱岛泊地的“大和”号拜访山本上将时，还特意提出黑岛因任首席参谋已到两年而应该调动，遭到山本一口拒绝。山本对中原义正少将说：“我的手下优秀的参谋很多，但是他们的思维模式都一般。敢于反对我说的话并提出奇想的，惟有黑岛一人。所以，我不会放走黑岛的。”偷袭珍珠港和此次的中途岛作战的具体实施计划，都是出自黑岛之手。
看了方案后，山本又平心静气、一声不吭地听黑岛作异想天开的解释。然后，他和颜悦色地说 ：“你肯定在海军参谋学院学习过。综观海军历史，是不该用海军舰艇攻击地面部队的。”
黑岛尴尬地答道：“是的，我知道。”
山本接着说：“你的建议违反了海军最基本的原则。现在进行这样的作战为时已晚，此次作战已接近尾声。在下棋时，不顾死活，一味地拼杀，会造成满盘皆输，会输得精光。”
宇垣就没有那么克制了，他大声地训斥说：“你该明白，靠舰队的火炮来进攻陆地的堡垒是多么荒唐。眼下敌人不仅仍有很强的舰载机实力，还有相当强大的陆基航空兵力，使用着岛上完好无损的机场。即便是威力强大的战列舰，也可能在它发动有效炮击之前就被敌人的航空兵和潜艇部队所击败。如果攻岛部队能再等等，我们最好还是等第2航空舰队赶到之后再说。”
宇垣接着又说：“还有，虽然我们此次战斗损失了4艘航空母舰，但是，包括即将完工交付使用的几艘在内，我们还有8艘航空母舰。所以在今后战斗中，我们还是有希望的。”
他接着又尖刻地说：“一盘棋，败局已定，还要一再逞强硬拼，只有没头脑的笨蛋才会干这样的事情。”
黑岛和渡边被训斥得哑口无言，回到作战室去进行反省了。
参谋们已经明显地看出，山本早就认为局势已无可挽回。现在除了退却，向西逃窜外，别无他事可做。因此，他们根据山本的意图起草了一份关于中止战斗，安排会合地点的电文。