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四月廿二清晨，恼怒的秀吉亲领大军追至府中城下。秀吉决定亲自入城劝利家归降，众将连忙劝阻，秀吉笑道：“寡人与利家乃儿时好友，前日贱岳一战，蒙其不战而退，吾料定其必无加害之意，诸公不必担忧。”秀吉打马入城，会见利家，劝其道：“贱岳一战，公不战而退，致全线崩溃。胜家并未责怪，实乃以公御敌尔。鸟尽弓藏之事，古已有之。日后胜家重翻旧账，公悔之晚矣。如今胜家如丧家之犬，时日不多矣。公不若献城，与秀吉共谋大计。”利家道：“公豪气万丈，敌前单刀赴会，利家深感钦佩。自此，唯公马首是瞻耳。”府中城不战而落，利家主动请缨追杀胜家。金森长近、不破胜光等柴田氏重臣也献出人质请降，秀吉大喜，使诸降将仍领旧地。
翌日，前田利家所部作为羽柴军先阵，包围了胜家本城——北之庄城，城内兵力仅三千余众。胜家勇猛一世，却落得英雄末路，也只有断头颅一条路可走。胜家信守承诺，将利家之女交予羽柴军中，又劝说娇妻市姬逃出城外，但市姬不愿再次因失去夫君而苟活，决意殉夫，仅将与浅井长政生的三个女儿茶茶、阿初和阿江送出城去。茶茶姐妹被羽柴军抓获，并被利家保护起来。入夜，胜家一门及家臣八十余众共进最后的晚餐。廿四日午后三时，利家全力攻城，胜家与市姬进入天守阁*，胜家时年六十一岁，阿市三十六岁。不久，北之庄城陷落。茶茶姐妹于远处望见燃烧的天守阁，泪流满面，泣不成声。
佐久间盛政、柴田胜敏逃亡后被农民俘虏，献予秀吉邀赏。秀吉谓盛政道：“盛政公勇猛过人，如若归降，可领九州肥后之地”，盛政笑道：“吾虽一勇之夫，却全无智谋。九州乃岛津氏领地，汝欺吾不知否？信长、胜家二公待吾恩重如山，岂可背之。”于是英勇就义于京都，时年二十九岁，柴田胜敏也于佐和山城被斩首。柴田胜丰于贱岳合战前便已病逝，柴田胜政死于贱岳乱军之中。自此，柴田氏一族灭亡。不久，利家送茶茶姐妹到秀吉帐下。爱美之心，人皆有之。秀吉虽然形象猥琐，貌如枯猴，但也不例外，一直对美女市姬报有好感，于是爱屋及乌，将三女收养。
闻知胜家已死，织田信孝和泷川一益先后向秀吉请降。秀吉见到信孝后怒不可遏，骂道：“反复小人，前日饶尔不死，尔却不思悔改，趁寡人不备，举兵谋反。今日竟恬不知耻，前来请降，如不杀尔，天理难容！姑念尔乃主公后嗣，赦尔全尸，切腹去吧。”
四月廿九，信孝身着白服，跪坐于席上，仰天咒道：“猴子，尔残害先主后嗣，必遭天谴，不得超生！”随后切腹自尽，时年二十六岁。泷川一益仅被没收伊势领地，降封南近江五千石。
自本能寺之变至胜家兵败自尽，一年多的时间，秀吉已接管信长生前的全部家业，掌管分国二十有余。为鼓舞军心，秀吉褒奖贱岳合战中的有功将领：福岛正则居功至伟，受封五千石；片桐且元、加藤清正、加藤嘉明、平野长泰、胁坂安治、糟屋武则，受封三千石以上的领地，后世统称此七人为“贱岳七本枪”。石田三成、大谷吉继等也在作战中表现突出，这批年轻将领日后成为秀吉统一天下的股肱之臣，也成为他侵略朝鲜、觊觎明朝的马前卒，此事后文再表。
眼见天下霸主的桂冠落到秀吉头上，各路大名自然不肯罢休，为扼杀其于摇篮之中，三河的德川家康、四国岛的长宗我部元亲、柴田胜家仅存的旧部——越中的佐佐成政、纪伊的杂贺众和根来众等各地豪强组成了包围网，一起对付秀吉。
天正十一年（1583）九月初一，秀吉开始在摄津的石山本愿寺废墟上修筑新城——大坂城。当时人们深信占领这块土地即意味着征服全日本乃至全世界，秀吉的野心昭然若揭。大坂城地势险峻，大和川、淀川既给城中提供充足的水源，又可作为天然屏障。城墙由大石条筑成，共分三层，最外围有防御工事保护城下町，城外还有三道护城河。大坂城工程浩大，以至秀吉过世时还未完成。
当年底，秀吉要求各城主到刚开始修筑的大坂城向其道贺。织田信雄接到秀吉诏令后，气恼万分。在他看来，秀吉本是织田氏家臣，如若晋见秀吉，无异于承认自己的从属地位，前日信孝被迫自尽，或许下一个便是自己了。于是，信雄拒绝了前去大坂城的要求。
秀吉得知信雄拒绝道贺，决议及早除之，以绝后患。秀吉一面派池田恒兴、蒲生氏乡调停与信雄的紧张关系，另一面在近江的三井寺密会信雄重臣泷川雄利、津川益冬、冈田重孝和浅井长时，威逼利诱四臣签下誓书，声明效忠羽柴氏。岂料，泷川雄利一回清洲城就向信雄告密，信雄大怒，立斩另外三臣。信雄深知秀吉势力已远胜当年的信长，更非自己所能匹敌，此时能与秀吉抗衡的唯有三河的德川家康，于是便遣使三河，与德川氏联盟。早有意与秀吉一争天下的家康一面煽动一向宗势力袭扰秀吉，一面厉兵秣马、扩充军备。
天正十二年（1584）三月初六，秀吉得知三重臣被杀，恼怒之余下书责问信雄。初七日，应信雄邀请，家康起兵八千由浜松城杀入尾张。同时，长宗我部元亲也答应统一四国岛后，立刻出兵呼应家康。得知家康起兵，秀吉下令：封锁伊势、伊贺、近江三国与美浓之间的全部道路；蜂须贺正胜、黑田孝高、中村一氏等驻守和泉、纪伊两国，防备长宗我部氏、杂贺众和根来众；因幡、美作、备前等国按兵不动，以防毛利氏；大坂城驻重兵两千；美浓的池田恒兴、稻叶一铁，及池田恒兴的女婿森长可作为先阵分西、北两路进兵尾张，应战家康。
伊势的龟山城驻军被秀吉征调一空，仅数十人把守。十二日，信雄乘虚派神户正武率五百人马攻打龟山城。城主关盛信笼城不战，趁织田军于城下町放火之机，率队突然杀出，烟雾中织田军不知守军杀出多少人马，纷纷溃逃。
十三日，家康本队进入清洲城，与信雄合兵一处。美浓的池田恒兴所部由北路突袭尾张的犬山城，恒兴曾做过犬山城城主，城内有其内应，里应外合之下，犬山城被羽柴军攻下，织田军守将中川定成被讨杀。得知犬山城陷落，家康亲自进驻清洲城以北的小牧山城，相距犬山城仅二十里。恒兴此时正驻守犬山城，其母乃是信长乳母，与信长也有兄弟之宜，家康欲以此情劝说其投靠信雄，却被恒兴严辞拒绝。
西路的蒲生氏乡所部一万人攻打织田军重镇——峰城，此城前一年因羽柴军征讨泷川一益，已成断瓦残垣，未及修缮。守将佐久间信盛之子佐久间正胜等五千人马虽奋勇抵抗，怎奈无险可拒，不久陷落。十六日，氏乡乘胜包围了伊势的松岛城。原织田水军将领九鬼嘉隆已投靠羽柴军，他率水师封锁松岛城的出海口，三日后，松岛城弹尽粮绝而落。
十六日，羽柴军森长可所部三千人从犬山城出发，进攻小牧山城。德川氏家臣酒井忠次接报，认为森长可气焰嚣张，竟然孤军冒进，于是向家康建议：“主公可派人马潜出城外，绕行至八幡林设伏，待敌军前来，袭其后背，森长可可擒矣。”家康接受了其建议。
入夜，酒井忠次、榊原康政、奥平信昌率军五千潜出小牧山城，绕至森长可后翼。次日清晨，德川军于八幡林一带奇袭森长可侧后，羽柴军后队猝不及防，顿时大乱，前队不明何事，也随之大乱。森长可暴怒之下欲单骑冲入敌阵，以死谢罪，却被部将劝阻，随后与败兵一起狼狈逃向犬山城。恒兴闻讯，急忙与稻叶一铁率军增援。一铁道：“前去增援已然不及，不若于敌兵追击之道设伏，放过森长可残部，以火枪射杀追兵。”恒兴闻之有理，随即于路上埋伏，但德川军并未追杀败兵，恒兴等只得悻悻回城。
八幡林一战后，为迎击秀吉主力，家康下令修筑工事：榊原康政加固小牧山城；小牧山城、家康本城冈崎城之间修筑小幡城；小牧山城、清洲城之间修筑比良城。
果然，闻听八幡林败报，秀吉盛怒之下亲率三万人马，从大坂城出发，廿四日进入岐阜城，三天后，进入犬山城。秀吉刚出发，杂贺众、根来众就乘虚袭击了大坂城，守将蜂须贺正胜、黑田孝高奋力抵抗，才将敌兵击退。
家康在小牧山城附近的蟹清水、北望山等处筑寨，严密防守，而秀吉在犬山和小牧山两城之间的二宫山修筑 内久保山、外久保山、小松寺山等大寨。二人皆深知对方实力，不敢轻举妄动，皆深沟高垒，只用火枪互射，相峙一月有余。三月廿八，秀吉本队从犬山城出发，进驻二宫山附近的乐田城。信雄闻讯也从清洲城出兵支援家康，此时，羽柴军约八万人，而织田、德川联军仅两万有余。羽柴军人多势众，但每日粮草也消耗巨大，家康欲拖延时日，耗尽羽柴军粮草。眼见粮仓见底，秀吉只得终日长吁短叹。四月初四深夜，恒兴向秀吉献计道：“吾军虽人多势众，但粮草接济不上，宜速战速决。家康此次倾巢而出，后方必然空虚，末将请令率军袭击三河，敌军可破矣。”秀吉认为此计甚妙，从其言。
秀吉将突袭队分为两路：
东路先阵：池田恒兴、池田元助父子率六千人，二番队森长可率三千人，三番队堀秀政率三千人，攻克边境附近的岩崎城后，迅速突入三河。
西路：总大将是秀吉外甥三好秀次，率兵八千人，随时戒备德川军动向。
初六日深夜，突袭队悄悄奔往三河，直捣家康本城——冈崎城。初七日午前十时，突袭队翻过二宫山，午后四时，在小牧山东南约十里的上条村宿营。
初七日上午，乐田城的羽柴军主力佯攻小牧山城，以掩护�