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1979年5月，即贝克尔总统宣布复兴社会党领导接受他辞职请求前两个月，复兴社会党地区领导机构和民族领导机构举行了一次联席会议。在这次会议上，人们第一次听贝克尔总统说，他一直要求萨达姆允许他卸掉自己的职务，因为他感到健康状况不允许他继续担任领导职务。因此贝克尔总统要求在座的各位领导同他一起说服萨达姆·侯赛因。会后，其他领导人试图说服萨达姆遵从贝克尔总统的愿望，并向他指出，贝克尔总统难以继续承担所负的责任。萨达姆听了同志们的意见后，就到贝克尔总统那里，企图说服他继续任职。他曾多次试图说服贝克尔总统继续担任国家元首之职，但不必做那么繁重的工作；他本人愿意代劳。但是贝克尔总统不愿意讨论这种意见，而是表明他对掌权的虚名和排场不感兴趣。他希望事物按其自然规律发展，由萨达姆·侯赛因掌权，无论是形式上或实质上。结果，贝克尔总统和萨达姆达成了一致意见：由总统在7月16日，即1968年7·17革命周年纪念日前夕，向全国发表讲话，宣布自己引退。
革命指挥委员会随后发布命令，对多个部委进行了调整。该委员会还决定设立一个第一副总理和五个副总理的职位。这些决定是在7月16日贝克尔总统辞职和萨达姆继任总统之后公布的。
第二天，即1979年7月17日，萨达姆·侯赛因发表了他就任革命指挥委员会主席和共和国总统之后的第一次讲话。在这次讲话中，他称贝克尔总统是“父亲和伟大的同志”，并谈到权力移交问题：
“昨天你们听到了慈父和伟大的同志阿布·海萨姆（即贝克尔）的讲话，他在讲话中所提到的是一件史无前例的事情。像这样自然而然的、符合道德与宪法规范的权力交替方式在我们国家、我们党、我们革命的历史上都是前所未有的。它绝无仅有却又毫不足奇。因为它来自我们纯洁的阿拉伯民族精神，来自###教义的伟大和阿拉伯复兴社会党理想的崇高。”萨达姆还慷慨激昂地向他的人民作出保证。他说：
“我绝不要求我的同志和人民去做任何我自己不肯做的事，也绝不禁止他们做我没有禁止自己做的事情。我们的职责是为追求公理、反对压迫而努力奋斗。我们不能让任何一位党员同志、任何一个平民百姓蒙受耻辱。我们要推翻任何形式的专制制度，随时随地捍卫正义和公理。权力不是用来满足私欲的，我们行使权力是为了服务于人民，保卫祖国，消除不公，使我们的理想变成真正的现实。”
在谈到前总统贝克尔时，萨达姆的语气充满了崇敬，对贝克尔的一生赞颂备至。他说：“贝克尔同志虽然已经辞去了党和国家的领导职务，但是在我们的心目中，他永远是一位慈父和革命领袖。他漫长的斗争生涯为我们所敬仰，他为党和民族尽了最大的力量。我和领导机构的同志们祈祷真主赐给他健康幸福，使他作为父亲和同志长久地在我们身旁。艾哈迈德·哈桑·贝克尔同志终生为捍卫我们人民的自由、平等和尊严而斗争，毫不犹豫地为这一事业而牺牲自己的一切，人民将永远敬仰他、感激他。”萨达姆·侯赛因平平安安、和和气气地从他的前任手里接过了大权，从幕后走上前台。人们无法了解这种和平接交权力的背后是否还有什么“内幕”情节，贝克尔是否真的就那么心甘情愿地隐退桑田？
不管怎样，从1958年萨达姆加入复兴党算起，经过20年的努力，他终于到达了权力的顶点，成为伊拉克的最高主宰。
上台的第一步清除异己
萨达姆·侯赛因当上总统后所做的第一件大事，便是着手深入调查一个旨在反对他和他的政权的阴谋计划。萨达姆的兄弟巴尔赞参加了这一调查行动。巴尔赞以前负责国民议会大厦的安全工作，萨达姆担任革命指挥委员会副主席时的办公室就设在这座大楼里。
根据伊拉克官方记载，这个阴谋的苗头出现在7月12日革命指挥委员会的一次会议上。当贝克尔总统表示希望辞去他在国家和党内所有职务时，革命指挥委员会秘书毛希丁·阿卜杜勒·侯赛因突然站了起来，要求对贝克尔总统把他在党和国内所有职务移交给萨达姆这一问题进行投票表决。他坚持，这一决定要一致通过才有效。参加会议的贝克尔总统问道：“你想要干什么呢？我已讲清了我想辞职的原因，你为什么还要为我讲话呢？”但是毛希丁继续说：“要您退休，这真是不可想像的事；如果您有病，您可以休息养病”这番话使贝克尔总统和在座的一些人很感不快。毛希丁与贝克尔总统没有深交，不应这样与他讲话或表现出这样的关切。虽然毛希丁是革命指挥委员会秘书（主席是贝克尔），因而是总统府的要人之一，但他只是贝克尔总统的一名普通相识；因为他加入复兴社会党比较晚，任职时间不长；与贝克尔总统有特殊关系的人多是复兴社会党的老党员。此外，毛希丁的任务是作记录，没有资格与总统这样讲话。大多数党的地区领导机构成员都希望这次权力交接能够顺利地、本着信赖的精神完成。谁做他的继承人的问题早已依据在党内的资历、个人的素质和能力等情况作出了决定。革命指委会会议最后通过了接受贝克尔总统辞职的决定。13日又召开了党的地区领导机构与革命指挥委员会的联席会议。会议由萨达姆主持，并一致选举萨达姆·侯赛因担任革命指挥委员会主席和共和国总统。出于对毛希丁行为的考虑，以及对另一位党的领导人穆罕默德·阿耶什的疑心，萨达姆决定双管齐下，一面继续按计划进行权力交接，一面严密监视某些领导人的行为，因为这些人在革命指委员会决定审问毛希丁之后流露出忧虑和不安的情绪。革命指挥委员会随后发布命令，对多个部委进行了调整。这时候，对两位已受到怀疑的领导人做了处理：毛希丁的革命指挥委员会书记职务被陆军准将塔贝克·哈马德所取代；而穆罕默德·阿耶什则改任由萨达姆·侯赛因总统组织的第一届政府的工业部长。后来被揭露出是阴谋参与者之一的阿德南·侯赛因继续受到委员会的信任，他被任命为第四副总理和总统办公厅主任。
在毛希丁问题暴露后，那些卷入阴谋计划的人自然而然地加紧了活动，这反使得他们受到了怀疑。萨达姆总统认为毛希丁为达到削弱领导层的目的，企图使尽可能多的人被牵连进这个阴谋计划。以至于在毛希丁交待出一些参与阴谋者名字时，还被认为他是在有意牵连别人。在调查过程中毛希丁表示他一直想与阴谋团伙的人分手，这一团伙包括穆罕默德·阿耶什，他是毛希丁的一位密友且对他影响很深。
毛希丁揭发的那些人没有立即遭到逮捕，但他们自己的心虚行为却证实了他们曾参与阴谋活动。7月12日逮捕毛希丁之后，穆罕默德·阿耶什表现得越来越心虚。他于7月16日被逮捕。虽然没有对甘纳姆·阿卜杜勒·贾利勒进行调查，但他的行为也变得令人怀疑。阿德南·侯赛因的情况也是如此，尽管他被任命为副总理和总统办公室主任。萨达姆·侯赛因和新政府其他成员于7月17日晚上拜会贝克尔总统，在革命周年之际向他表示祝贺之时，密谋者显得坐立不安。阿德南·侯赛因以一种紧张不安的声音一遍一遍地重复说：“我与他们之中的任何人都没有会晤过。”
7月18日，高级官员应邀到总统府参加宴会，同时这些官员被告知，宴会后将举行党的领导机构会议。会议中，萨达姆总统要求与会的每个人写一份详细的秘密报告，写明在过去一年里与毛希丁或穆罕默德·阿耶什会晤的情况。他要求这些报告第二天交给他，以便于调查。
7月19日，萨达姆与革命指挥委员会成员举行了会议。阿德南·侯赛因没有出席会议，他已经把报告交给萨达姆总统。总统宣读了他和甘纳姆·阿卜杜勒·贾利勒的报告，与会人员一致认为这两份报告提到了若干互相矛盾的问题。然后总统说，毛希丁透露，阿德南·侯赛因、甘纳姆·阿卜杜勒·贾利勒和穆罕默德·马哈古卜参与了政变阴谋，并从叙利亚接受了资金。萨达姆总统要调查负责人向会议介绍在那以前揭发出来的情况，他还把毛希丁召进来。毛希丁承认，一个由阿德南·侯赛因、甘纳姆·阿卜杜勒·贾利勒、穆罕默德·阿耶什和穆罕默德·马哈古卜组成的委员会（他本人后来也参加了）从1975年起一直不时地在一起开会。他说，该委员会一直密谋推翻现政府，穆罕默德·阿耶什是他们与叙利亚的联络人。毛希丁还透露，甘纳姆·阿卜杜勒·贾利勒过去常把送交副总统（当时是萨达姆·侯赛因）办公室的报告整理归纳，然后直接送交叙利亚总统哈菲兹·阿萨德。1978年10月签署叙利亚和伊拉克民族行动联合宪章之后，该委员会与叙利亚的联系增加，他们开始准备接管权力，但是他们在1979年5月发现，贝克尔总统正准备辞职。
后来甘纳姆·阿卜杜勒·贾利勒对此供认不讳，于是在1979年7月20日把他逮捕。7月21日，地区领导机构和革命指挥委员会召开联席会议，要阿德南·侯赛因和穆罕默德·马哈古卜到会交待（他们到国外去了，7月16日才回到伊拉克）。开始时，两人都否认与阴谋活动有任何联系，但是把他们送交调查委员会后，又都承认了。
既然证据如此确凿，阴谋者又供认不讳，于是7月21日，萨达姆总统在巴格达哈立德会堂召开了“进步干部和人民领袖”特别地区会议，公布所有参加这一阴谋活动的人员的名单。参加会议的人员听取了毛希丁的供词，会议还向他们通报了领导机构采取的步骤。会议决定把穆罕默德·阿耶什、甘纳姆·阿卜杜勒·贾利勒、阿德南·侯赛因、穆罕默德·马哈古卜和毛希丁从地区领导机构、党内和革命指挥委员会内开除出去，并剥夺他们的一切