地的精英希望维护他们对高地地区的经济和印第安人劳动力的控制，加入了保守派；而低地的农牧场主觊觎格里哈尔瓦河谷的教会庄园土地，加入了自由派。
1860年，自由派击败了保守派，1861—1867年法国干涉的失败进一步削弱了恰帕斯州中央高地的保守派力量。1863—1864年间保守派曾一度控制州政权，但很快，自由派重新获得了州政权。1869年，自由派将首府自圣克里斯托瓦尔西迁至低地地区的恰帕德库尔索（Chiapa de Corzo），不久后又迁往图斯拉古铁雷斯，进一步削弱了中央高地的保守派力量。
两派斗争加剧了印第安人的负担。双方都增加了对印第安人的税收，并强征印第安人充作脚夫和士兵。保守派失败、自由派掌权后，印第安人村庄的官员——“秘书官”（secretario），宣布印第安人宗教信仰自由，命令教区居民拒绝向牧师缴税。利用自由派胜利带来的自由空间，高地地区的很多印第安人摆脱教会和村庄官员的束缚，建立了自己的市场和宗教中心。但是，并非所有地区都做到了这一点，在圣克里斯托瓦尔以北的一个佐齐尔人城镇恰穆拉，教会竭力保住了他们的控制权，强迫印第安人继续履行其宗教义务，置自由派政府的法令于不顾。实际上，恰穆拉教区牧师的权力在1865年之后反而增强了。这在很大程度上是由于1865年年中之后就职的新任神父米格尔·马丁内斯（Miguel Martínez）实行的严厉措施。高地其他地区的牧师在新的形势下变得相对温和，米格尔·马丁内斯却变本加厉地在恰穆拉教区搜刮财富。他为了从印第安人的教友会（cofradía）榨取钱财，拒绝向那些因太穷困而不能付费的印第安人提供宗教服务，甚至鞭打完不成税收份额的印第安人头领。他的倒行逆施终于引发了一场印第安人的反抗运动。
种族之战（3）
同1712年的起义一样，印第安人的反抗首先表现为对新的宗教神灵的崇拜。1867年下半年，恰穆拉的一名叫做奥古斯蒂娜·戈麦斯·切切巴（Augustina Gómez Checheb）的印第安人妇女宣布，她看到有三块石头从天而降。一名村庄头人宣布，这些石头是圣灵，能与奥古斯蒂娜·戈麦斯·切切巴交谈。消息迅速传播，几千名印第安人从各地赶来朝拜。年底，一名来自恰穆拉的村社头人（fiscal）佩德罗·迪亚斯·库斯卡特（Pedro Díaz Cuzcat）宣布，自己也能够与这些石头交谈，并要求在这些石头被发现的地方策哈莱迈尔（Tzajalhemel）建立一座神庙。1868年1月底，受圣灵石头和佩德罗·迪亚斯·库斯卡特举行的定期布道吸引，前来策哈莱迈尔朝拜的印第安人络绎不绝。
值得注意的是，佩德罗·迪亚斯·库斯卡特是一名村社头人。在当时恰穆拉的教会结构中，村社头人是天主教会和土著社会之间的主要沟通者，他们担任牧师的翻译，负责保管所有教区档案，甚至在牧师缺席时主持宗教活动。他们因此获得一份微薄的薪金，并通常任职十年以上甚至更多的时间。因此，佩德罗·迪亚斯·库斯卡特不仅了解政府有关印第安人和教会的法令，而且具有一定的宗教权威吸引人们崇拜他所推崇的新的神灵。
在这种形势下，1868年2月中旬，米格尔·马丁内斯神父被迫亲自前往策哈莱迈尔。可能是意识到政府的宗教自由法令，米格尔·马丁内斯的态度比较温和。他向在场的印第安人发表讲话，说明崇拜邪教的危险，命令他们散去。米格尔·马丁内斯自信已达到目的后，径直回到了恰穆拉。
实际上，此后的两个月是这一新的宗教迅速发展的时期。在此前的内战期间，由于受到白人两派的虐待，很多印第安人在这个封闭的神庙里找到了一个避难所，在这里，他们不但可以和平地祈祷，而且能够不受白人干扰地与其他印第安人进行接触与贸易。3月，整个恰穆拉教区以及附近的策尔塔尔人社群，如特纳哈巴（Tenejapa），开始定期到此参拜，使策哈莱迈尔不仅成为一个重要的宗教中心，而且成为高地地区最繁忙的贸易中心之一。
由于到策哈莱迈尔朝拜和贸易的人数增加，白人城镇周围的宗教收入和贸易下降了。低地的白人（中央谷地的自由派）幸灾乐祸，而对高地地区的保守派（圣克里斯托瓦尔的传统精英）来说，这是一个不祥之兆。1868年4月12日复活节时，几乎没有印第安人前来圣克里斯托瓦尔参加庆祝仪式和贸易活动，这是前所未有的。5月3日是圣克鲁斯日（Día de Santa Cruz），印第安人都到策哈莱迈尔进行庆祝，圣克里斯托瓦尔的庆祝活动再次没有印第安人参加。这一天，该城新任保守派领袖率领25个人袭击了策哈莱迈尔，逮捕了切切巴，并命令印第安人回家。令保守派惊愕的是，自由派掌权的州政府命令将切切巴释放，并宣布尊重印第安人的信仰自由。txt电子书分享平台
种族之战（4）
于是，高地地区的保守派另谋对策。5月27日，他们派出了一个由三名牧师组成的代表团去劝说印第安人改信天主教。在策哈莱迈尔，他们向聚集在那里的印第安人赐予了一个十字架，并警告印第安人，信仰邪教是危险的。他们以为印第安人已经被说服了，这天下午，满意地回到了圣克里斯托瓦尔。
不知是由于这次劝说的效果还是其他原因，此后的两个月内，到策哈莱迈尔的神庙参拜的印第安人减少了。但是，8月，圣罗莎节（San Rosa）之前，由于州政府的默许，印第安人扩建了他们的神庙，购买了一座大钟和一些喇叭，选择看守人和侍僧照管神庙和祭坛，并任命了一名干事专门负责组织圣罗莎节的庆祝活动。圣罗莎节过后，库斯卡特开始逐渐承担了教区牧师的职责。在周日，他穿上长袍，在凌晨和傍晚进行祈祷，看守人敲钟召集印第安人前来参加。在其他日子，他听取申诉，分发圣餐。另外，还负责管理每日的小市场以及周日和节日的较大规模的聚会。
白人再也无法忍受了。1868年12月2日，一支50人的队伍从圣克里斯托瓦尔出发，前来平息印第安人的分离运动。虽然最初印第安人暂时阻挡了这支队伍的进攻，并保住了他们的神庙，但是后来，装备优良的白人成功地突入印第安人中间，抓住了切切巴，扣押了印第安人的圣物，神庙内的装饰被洗劫一空。库斯卡特最初逃脱，但在通过伊克斯塔巴（Ixtapa）前往州政府请求援助的途中被捕。他被戴上铁铐送往恰帕德库尔索（当时的首府）。两个月后，他证明自己无罪，但是，州长没有将其无罪释放，而是将他送回圣克里斯托瓦尔。在这里，他很快于1869年2月8日再次被保守派逮捕。
1869年初，自由派州长潘塔莱翁·多明戈斯（Pantaleón Domínguez）宣布恰帕斯州实施新的税收条例，特别是开征人头税，目的一是为了承建公共工程募集资金，二是为了争取全州地方官员的支持，因为负责征税的官员将获得税收数额的8％。新的税收将按季缴纳，第一笔缴纳的时间为5月30日。为了保证税收的有效征集，征税官被授权无限期地关押任何拒绝合作的市政会（ayuntamiento）成员。
然而，1869年4月和5月初，征税官向印第安人征收第一季度的人头税时，在市政会内与政府持不同立场的委员的率领下，印第安人逃到了丛林。在与白人的贸易再度下降，前往教堂的人越来越少的情况下，恰穆拉教区的白人要求圣克里斯托瓦尔地方政府采取行动。
当时，有一位来自墨西哥中部的自由主义教士自1868年以来一直住在圣克里斯托瓦尔，此人名叫伊格纳西奥·费尔南德斯·德·加林多（Ignacio Fernández de Galindo），他曾几次在公共辩论中捍卫印第安人的权利。看到政府决定采取新的军事行动，5月26日，他和妻子以及一名叫做贝尼尼奥·特雷霍（Benigno Trejo）的学生悄悄离开圣克里斯托瓦尔，前往恰穆拉，向印第安人通报他们面临的危险。根据伊格纳西奥·费尔南德斯·德·加林多后来的供述，他的目的仅仅是告诉印第安人自身的权利，帮助他们的村庄免遭袭击，防止流血事件的发生。而在当时的白人看来，伊格纳西奥·费尔南德斯·德·加林多想继承被捕的库斯卡特的位置，成为印第安人的领袖，组织印第安人向白人发动战争。他们认为，印第安人撤往丛林，目的是集结势力，准备向白人展开进攻。在这种情况下，6月13日，米格尔·马丁内斯神父和以恰穆拉的牧师为首的一个小代表团前来与印第安人会谈，一方面是为了做出最后一次努力，劝说印第安人服从，另一方面也是为了探查一下印第安人的实力。到达策哈莱迈尔后，他们发现神庙那里只有很少几个印第安人。米格尔·马丁内斯劝说他们放弃“叛乱”回家。据说，这些印第安人听从了他的劝告，甚至在离开以前还请求神父为他们祈祷，并将神庙的圣物交给了米格尔·马丁内斯神父。但是，在米格尔·马丁内斯及其同伴返回恰穆拉的路上，一些印第安人闻听消息，追上了他们，要求归还圣物，显然被拒绝。在随后发生的冲突中，米格尔·马丁内斯神父和随行的白人被杀。txt电子书分享平台
种族之战（5）
流血事件发生后，高地地区的白人陷于一片恐慌。在圣克里斯托瓦尔城内，白人自卫队确信印第安人的袭击迫在眉睫，开始为守城做准备。附近村落的白人聚集在几个大村庄内准备战斗。可能在印第安人看来，这种集聚意味着白人将发动进攻，而自己既然已经开了杀戒，已经没有退路了。因此，6月15和16日，来自恰穆拉教区最南端的一些印第安人袭击并杀害了隐藏在圣安德烈斯（San Andrés）附近的纳蒂维达德（Natividad）和圣马尔塔（Santa Marta）附近的拉梅塞德（La Merced