为了使印第安人皈依天主教，西班牙传教士允许土著的教友会（cofradía）拥有一定程度的自主权。结果，大量的印第安人在表面上皈依天主教的同时，却在天主教信仰的掩盖下，保留了传统的宗教信仰。最突出的例子是他们举行的多姿多彩、热情奔放的圣徒（saint）节日庆祝活动。表面上，这是天主教节日的庆祝，但印第安人内心里所认同的依然是他们传统的神灵。这些活动的组织者，一般是印第安人教友会。印第安人教友会的自主性，使土著领袖有可能确立一定的领导权，并在特定的情况下，打着宗教的旗帜，率领印第安人反抗西班牙殖民统治。
“上帝和国王都不复存在了”（5）
这场起义的领导者塞瓦斯蒂安·戈麦斯（Sebastián Gómez）就是这样一位印第安人的领袖。他自称“来自天堂的塞瓦斯蒂安·戈麦斯”（Sebastián Gómez de la Gloria）；公开反对西班牙人的天主教会，准备起义。1712年初，在策尔塔尔人的地区，就发生了几次自发的小规模的起义。例如，在亚哈隆（Yajalón），当地的牧师被袭击、痛打，西班牙人被抓，但几天后该镇事态逐渐平息。最终引发全面起义的是，阿尔瓦雷斯·德·托莱多在1712年8月2日的一封主教教书（pastoral letter）中宣布，他将在这个月的10日开始在各地进行第二次“巡察”（visitas）。主教在上任之初的第一次“巡察”，曾极大地增加了印第安人的负担，第二次“巡察”的宣布，引起了印第安人的强烈反对。
坎库克的印第安人领导者准备行动。在主教开始“巡察”的当天，28个村镇的印第安人村社头人成立了一个委员会，宣布建立紧密的联盟，联合反抗任何敌人，直到西班牙人被消灭为止。8月10日，坎库克的印第安人委员会发表了一份宣言，其中宣布：
今天，上帝和国王都不复存在了，他们（指印第安人）必须只能崇拜、信仰、服从从天堂来到坎库克村落，以保护和管理印第安人为唯一目的的圣女玛丽亚。同时，他们必须服从和尊敬她所任命的部长、上尉和官员，明确地命令他们杀死所有的牧师（priests）和助理牧师（curates），以及西班牙人、梅斯蒂索人（Mestizos；指印欧混血种人）、黑人和穆拉托人（Mulattoes；指黑白混血种人），只有印第安人留在他们的土地上，在充满良心的自由中，不必向王室和教会交纳贡赋，彻底消灭天主教会和国王的统治权，向圣女玛丽亚缴纳奉物和捐献，对此抗拒者将受到严惩。
起义的领导者向各村庄派出使者，除向印第安人宣读上述宣言外，还要求印第安人前来坎库克瞻仰圣女，并洗劫当地的教堂，将教堂内的白银和黄金饰品送往坎库克。有32个印第安人村庄参与的起义由此开始。
8月12日和14日，起义者袭击了西班牙人聚居的城镇契隆和奥科辛格。在契隆，西班牙军队放下武器投降，以求保命，但皆被起义者处决。奥科辛格的西班牙人及时撤退到考米坦（itan），但是，留下了妇女和儿童，因为他们看到，在契隆，妇女和儿童没有受到伤害。但是，在奥科辛格，起义者将西班牙人儿童杀死，将妇女带回坎库克；命令她们与印第安人结婚，穿印第安人妇女的服装，碾压玉米，制作玉米饼。
雷亚尔城的西班牙人试图反扑，但是，8月25日，他们在维克斯坦（Huixtan）遭到包围。后来，只是由于来自恰帕（Chiapa）的仍忠于西班牙王室的印第安人的援助，才得以解围。这次战役后，西班牙人决定坚守雷亚尔城，同时向危地马拉和塔巴斯科求援。
维克斯坦战役后几天，塞瓦斯蒂安·戈麦斯宣布，他到了天堂，与上帝、圣女玛丽亚和圣彼得进行了会谈，圣彼得任命他为新的主教。接着，他召集能够读写的印第安人举行了一次会议，在玛丽亚·德·拉·坎德拉里亚的协助下，塞瓦斯蒂安·戈麦斯任命这些人为所在地区的牧师，命令他们回到所在村庄，宣讲福音，主持圣礼。与此同时，塞瓦斯蒂安·戈麦斯任命了领导起义的各级军事领导人，隶属于三名总指挥。
但是，在来自危地马拉的西班牙人武装的进攻下，这支印第安人起义队伍在奥克斯丘克（Oxchuc）遭遇首次失利，他们决定凭借峡谷环绕的高地丛林，固守坎库克，但是11月21日，他们被装备火炮和来复枪的西班牙军队打败。
起义被*后，为了防止印第安人再次反抗，起义地区的印第安人被禁止使用铁制农具，他们的农田被毁，遭受饥饿和疾病的折磨。起义者受到疯狂的报复，有的被俘后被割掉耳朵，有的被送往低地的牧场或庄园服苦役。
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种族之战（1）
18世纪，恰帕斯在发展过程中逐渐显现出不同地区间的差别和矛盾。到19世纪初，低地地区的地主和商人与国王政府及其在恰帕斯的代表发生了冲突。在19世纪初西班牙自由主义意识形态的影响下，低地地区的社会精英认为，恰帕斯经济的落后是雷亚尔城寄生的殖民官僚造成的。1808年，拿破仑大军挺进西班牙，废黜西班牙国王费尔南多七世，并派自己的哥哥约瑟夫担任西班牙国王。这一事变直接触发了西班牙美洲殖民地争取独立的运动。独立战争爆发时，危地马拉都督辖区的下辖危地马拉、恰帕斯、萨尔瓦多、洪都拉斯、尼加拉瓜和哥斯达黎加六个省之中，恰帕斯是一个处于边缘的、贫困的省份，经济停滞，政治上不受重视，“恰帕斯在危地马拉政府管辖之下的三个世纪中，从未繁荣过。……危地马拉从未为该省带来科学、工业或任何其他有用的东西，而是一直将这里看作一块无关紧要的地方。” 1821年8月，西班牙承认墨西哥帝国的独立和主权后，在低地地区的种植园主和商人的推动下，恰帕斯省议会宣布脱离西班牙和危地马拉而独立，并请求与墨西哥合并。1823年9月，在墨西哥外交部长、保守派领袖卢卡斯·阿拉曼（Lucas Alamán）的策划下，恰帕斯举行公民投票，结果万票赞成与墨西哥合并，万票主张与危地马拉合并。在投票过程中，印第安人受到主张与墨西哥合并的教士的操纵，驻扎在附近的特旺特佩克（Tehuantepec）的墨西哥军队对投票人进行恐吓。1824年9月14日，除索科努斯科（Soconusco）以外的整个恰帕斯正式并入墨西哥。1842年，在遭受危地马拉的一次入侵后，索科努斯科也加入墨西哥。但是，由于独立后的墨西哥政府的软弱，加上与其他地区在地理上的隔离，恰帕斯的当地精英在相当长的一段时间内拥有很大的自主性。
获得独立的墨西哥摆脱了西班牙的殖民统治，但是，欧洲和北美的企业家接踵而至，在墨西哥投资生产供工业化国家需要的农、林、矿产品。在恰帕斯，他们发现了两种最有价值的物产——木材和咖啡。
如果设想从恰帕斯的西北角到东南角划一条斜线，这条线以西是相对繁荣的索科努斯科海岸，肥沃的马德雷山（Sierra Madre）斜坡以及格里哈尔瓦河谷；这条线以东是中央高地和东部低地，也是印第安人的主要聚居区。由这条虚幻的线分开的两部分走上了不同的发展道路，形成了不同的政治和文化历史。
19世纪，恰帕斯东部的主要经济活动是欧洲人经营的木材生意。到19世纪90年代，欧洲木材公司在乌苏马辛塔河（Usumacinta）及其支流流域开采古老的桃花心木和雪松，这是制作家具的极好材料，价值昂贵，历史学家简·德·博斯（Jan de Vos）称之为“绿色黄金”。由于这两种树木稀稀落落地散布在整个森林地区，可能一公顷的面积内仅有一两棵成熟的树木，因而木材公司占据了穿越森林的河流两岸的大片土地，他们在河岸搭建临时营地，雇用那些采集树液制作口香糖的印第安人寻找这两种珍贵木材。一棵树木被放倒后，用牛将树干拖到溪流岸边，等河水上涨时将其漂往下游。然后，木材公司将其制作成厚木板，用船运往利物浦或伦敦，拍卖给整个欧洲的家具制造商。一旦一个地区的树木被采伐完毕，木材公司即将营地迁往别处。公司的印第安人劳工由于负债于向他们出售食物和饮料的公司商店，没有人身自由，类似于奴隶状态，也随公司的营地迁移。这种产业，满足了欧洲的需要，但没有给当地留下居民点、道路、铁路或其他建设性的基础设施。
种族之战（2）
相比之下，恰帕斯西部山区咖啡种植园的发展的确对恰帕斯地区经济的增长作出了贡献。这里的种植园是随着19世纪中期美国加利福尼亚的淘金热而兴起的。由于美国东西部大陆交通不便，东部的人需乘船绕过南美南端的合恩角进入太平洋沿岸北上，前往加利福尼亚淘金，这条运送淘金者的航线也开辟了将原材料和食品运往北大西洋港口的道路。外国企业家，主要是德国人利用这一突如其来地进入北大西洋市场的途径，前来投资经营咖啡种植园。恰帕斯的索科努斯科海岸马德雷山肥沃的陡峭山坡是种植咖啡的理想场所，于是，这里出现了大的种植园。直到现在，这些咖啡种植园仍提供墨西哥30％的咖啡出口量。
咖啡种植园带动了邻近地区的经济增长。格里哈尔瓦河谷的低地向咖啡种植园提供食品和家畜，在19世纪后半期成为商品农业的基地。随着经济实力的增强，这里的农牧场主开始向中央高地的旧寡头集团展开挑战。当时的墨西哥，统治集团的两大派别——保守派和自由派，正为争夺国家政权进行激烈的角逐。保守派主张保留教会和军队特权，自由派主张为促进企业发展没收教会土地。恰帕斯的精英分子也卷入了这场政治漩涡。随着两派的冲突演变为内战，恰帕斯中央高地的精英希望维护他们对高地地区的经济和印第安人劳动力的控制，加入了保守派；而低地的