但是日本的最终目的并不仅是占领马尼拉，而是要通过马尼拉这块跳板，进击石油资源丰富的荷属东印度群岛。因此在激烈的轰炸之后，陆军又开始大规模登陆了，并继续向南进击。12月11日，日机轰炸了苏比克湾的乌都牙坡海军基地，炸沉美舰艇4艘，炸毁1/3的海军巡逻机。12日，日军进击马尼拉南部的黎牙实比。15日，日军又侵入婆罗洲北部，先后占领古晋、米里、打拉根等地。22日，72艘日本运兵船当中的第一批船在吕宋岛的仁牙因湾缓缓倾斜的海滩附近抛锚了。这批运兵船由战舰和巡洋舰护航，载着本间雅晴将军的第14军团4。3万人。14军团所辖各师团经历过中国战场的炮火考验，装备有坚甲大炮。22日凌晨，天还一片漆黑，第14军团的主力第48师团的日本士兵，在一大批战舰的猛烈炮火的掩护下，率先在3个滩头堡登陆。汹涌的海面比菲律宾步兵的三个师和菲律宾正规骑兵团具有更大的威胁，当日军冲上阵地的时候，守军丢下老式的恩菲尔德步枪，仓惶逃命。第二天一整天，日本的坦克、士兵和装备陆续由驳船穿梭般地送上岸，除了偶尔遭到一阵射击外，几乎没有遇到任何抵抗。到了下午，本间将军的先头部队已在深入吕宋岛的腹地，以便与一个星期以前在吕宋岛北部海岸登陆的部队会合。24日，又一批日军在马尼拉东南仅仅60英里的拉蒙湾登陆。这样，日军先后就有3支登陆部队对马尼拉构成了向心攻击。而布置在沿海的10万战斗力极差的菲籍军队根本无法顶住日军的锐利攻势，一触即溃。麦克阿瑟无可奈何，被迫率领美菲军向巴丹半岛撤退。
那是一个阴沉惨淡的黄昏，麦克阿瑟和他的将军们，以及他的妻子、儿子和中国保姆一同伫立在马尼拉饭店前的码头上。当饭店的舞厅里飘荡出轻快的宴会乐曲时，他们登上了一艘名叫“埃斯特万”的渡轮。从远处的海边传来一阵爆炸声，那是士兵们在炸毁供油站和仓库，以防落入日本人之手。在马尼拉以南的“卡维特”海军船坞，近100万桶石油被付之一炬，冲天的火舌映红了夜空。
1942年1月2日，日军坦克开进马尼拉。当日傍晚，在美国驻菲高级专员署的草坪上，一队日军护旗兵集合在枝繁叶茂的洋槐树下，随着3声炮响，美国国旗从旗杆上掉落在地上，一名日本海军陆战队员将其踩在脚下，把一面太阳旗系在旗杆上。当这面日本国旗升起时，乐队精神抖擞地奏起日本国歌《君之代》
我皇御统传千代，
一直传到八千代，
直到卵石变岩石，
直到岩石长鲜苔。
到1942年1月间，在太平洋战争爆发后两周多一点的时间里，日军就侵入并越过了菲律宾。显然，日军继续进攻的方向有三
此时，美亚洲舰队已被迫从菲律宾撤到荷属东印度，与驻泊爪哇的盟国其他海军舰队联合。在1942年初丘吉尔在华盛顿与罗斯福举行了“阿卡迪亚”会议之后，盟国在东南亚组建了统一的作战司令部，任命英军上将阿奇博尔德·维韦尔为美国一英国一荷兰一澳大利亚四国最高司令部司令。空军和陆军分别由英国和荷兰的将军担任指挥官。老资格的美海军上将哈特将军担任了美英荷澳联合海军司令部指挥官，荷兰海军少将杜尔曼任盟国海军攻击部队司令官。
当时盟军在这一地区的海军尚有一定势力，美亚洲舰队拥有重巡洋舰“休斯敦”号、旧式轻巡洋舰“马布尔黑德”号、性能极佳的新式轻巡洋舰“波伊斯”号以及13艘旧式驱逐舰，另外还有飞机28架、潜艇25艘；雷顿上将指挥的英国海军舰队拥有“厄克塞特”号重巡洋舰以及澳大利亚的2艘轻巡洋舰和7艘驱逐舰；康拉德·赫尔弗里克中将指挥的荷兰海军舰队拥有轻巡洋舰“特隆普”号、“爪哇”号、“鲁特”号以及7艘驱逐舰、16艘潜艇。但是这支四国联合作战的部队，由于各自独立作战，面临着难以克服的困难，根本未能实施统一的战略，这在客观上给了日军将其各个击破的机会。
就在维韦尔就任四国最高指挥官的第二天，1942年1月11日，日本海军空降部队在西里伯斯岛的默纳杜实施空降，这是日军首次在战争中使用空降部队。3天以后，婆罗洲岛东岸的打拉根便落入日军手中。
打拉根盛产石油，急需石油的日军，正式踏上石油资源地带。日军下一个目标又盯上了石油港口巴里巴板。巴里巴板隔望加锡海峡与西里伯斯相望，距爪哇岛的泗水军港仅500海里，以巡洋舰的速度一天即可到达。巴里巴板海战不可避免。
1月20日，哈特海军上将得到消息说，一支强大的日本舰队正经过望加锡海峡全速向巴里巴板驶去。然而，哈特将军手边仅有几艘美舰可供使用，他尽了所有的力量，派他的副手格拉斯福德海军少将率领2艘轻型巡洋舰和4艘驱逐舰，从帝汶岛出发北上阻击。然而舰队刚出发即遭到不幸，原定在此战中充当主力的“波伊斯”号巡洋舰途中撞到地图上没有标明的一个暗礁上，舰底部被划开一条长达38米的裂口，被迫退出战斗。谁知祸不单行，格拉斯福德乘坐的“马布尔黑德”号巡洋舰的发动机又出了故障，不得已，他只有派遣4艘旧的驱逐舰北上望加锡海峡，在没有大炮的支援下发动进攻。
1月24日夜晚，没有月亮，“约翰·福德”号驱逐舰率领“波普”号、“鹦鹉”号和“保罗·琼斯”号驱逐舰，以每小时27海里的航速，劈浪进入日军的锚地。本来掩护12艘日本运兵船的是西村祥治少将率领的第4水雷战队，包括“那坷”号轻巡洋舰和9艘驱逐舰、4艘扫雷艇、3艘巡逻艇、3艘驱潜艇，由于早些时候出现的一艘荷兰潜艇，把西村祥治海军少将的驱逐舰都吸引过去了，日本运输船队毫无防备。美国驱逐舰乘虚而入，在凌晨3时开始发动攻击。日本的运兵船正停在那里，在岸上油库熊熊火光的映衬下，呈现出黑糊糊的影子。塔尔博特舰长一声令下，4艘驱逐舰开足马力，向日本护航舰队冲去，在相距几百米时，迅速发射了鱼雷。一艘日舰当即中雷，浓烟烈火腾空而起。接着，另一艘日船亦遭厄运。鱼雷在海面上飞窜，日舰乱成一团。由于双方舰只相距很近，“日舰炸裂时所产生的震动，几乎把人从舰桥上震下来”，一位盟军指挥官回忆说。
盟舰纵横驰骋，如入无人之境。当前面看不到任何日舰时，塔尔博特就率舰反身再度冲入敌阵，展开猛攻。就这样，“福德”号首当其冲，其他三艘紧紧随后，在塔尔博特的指挥下，反复往来冲杀，直到把舰上所有的鱼雷发射完为止。此役盟军共击沉3艘运兵船和1艘巡逻艇，击伤多艘，是美国海军“自从杜威在1898年率领美国亚洲舰队进入马尼拉以来，美国海军进行的首次水面战斗”。时任美国太平洋舰队司令的尼米兹后来评价此役说
但是巴里巴板海战毕竟只是一场小规模的海上突袭战，它无法阻挡日军南下的步伐，日军的优势局面仍在扩大
在爪哇的泗水方面，尚有美、英、荷联合舰队以及在泗水附近的3个机场，共150多架飞机。为了占领爪哇岛，首先必须击溃这些空中武力，以掌握制空权。因此第11航空队长官命令鹿屋、第一、高雄等各航空队的陆上攻击机，向位于西里伯里岛最大的机场肯达里集结；将台南的护航战斗机以及第3航空队调来的2/3兵力进驻巴里巴板地区。
2月3日，由肯这里和巴里巴板机场起飞的134架飞机对盟军在泗水周围的3个机场进行了毁灭性的轰炸，这是日本航空部队在这一战区内最猛烈的一次空袭。泗水港损失惨重，机场飞机几乎全部被炸毁。
2月4日，重新组编的四国联军舰队在荷兰海军少将卡雷尔·杜尔曼的指挥下，驶离泗水北上攻击巴里巴板的日本舰只。但在出海后不久，即被日侦察机发现，驻肯达里的54架日本陆上攻击机立即起飞，前往攻击。日机每9架编成一队，首先向目标显著的“休斯顿”号和“马尔布黑德”号冲来。“休斯顿”号当即被1枚1000磅重的炸弹命中，后炮塔被炸成一堆废铁，50余名船员当场毙命。轻巡洋舰“马尔布黑德”号也被命中6弹，遭到重创。杜尔曼只得下令退却。
此后杜尔曼将军转而去对付进攻苏门答腊的日军部队。他率领5艘巡洋舰和10艘驱逐舰前去增援苏门答腊东部的大油港——巨港。但2月13日夜驶至邦加岛附近时，遭到日军航空兵的连续攻击。虽然没有遭到重大损伤，但仍有数艘军舰遭到轰炸。2月15日，杜尔曼舰队一无所获地返航。就在这天下午7时，新加坡在细雨檬檬的黄昏中凄惨地陷落了。
新加坡陷落后，日军剩下的最后一个目标就是爪哇岛了。面对这种危局，四国联合司令部认为，对爪哇岛进一步采取防御措施是徒劳无益的，宣布解散四国联军。然而荷兰人不甘心就这样不战而放弃爪哇，遂集结十几艘军舰，企图在爪哇海通过攻击日军运输船队，阻止日军登陆。可是，盟军舰队在杜尔曼少将的率领下，自2月初以来，由于屡屡受到掌握制空权的日本海军航空兵的攻击，一直处于被动挨打的地位，虽然多次出击，但均无所获，徒然使舰员疲劳。与此相反，日军在优势空军的配合下，却连连得手，并派出了优于盟军的兵力参加战斗，共有2艘重巡洋舰、2艘轻巡洋舰和14艘驱逐舰参战。这样，双方在2月27日便在爪哇海酿成了“自从日德兰海战以来最大的一次水面战斗”——泗水海战（美军称爪哇海海战）。
26日傍晚，盟军军舰接获情报，迅速驶离泗水港，在公海上编成3队，准备截击日本运输船队。3艘英国驱逐舰并列在前作掩护，成一线跟在后面的是5艘巡洋舰
但是，由于盟舰官兵在战斗岗位上已达37小时，不少人双目熬红。途中杜尔曼少将给设在万隆山上的盟国海军司令部发