有一个无法估计的气候问题。
第三，即便这一切都顺利，对空中攻击的效果也不会有十分的把握。因为珍珠港水浅、空域狭窄，要实行航空鱼雷攻击是相当困难的，加上敌舰可能布设防鱼雷网；高空轰炸命中率极低，俯冲轰炸无法击破军舰的装甲等等。
总之，富冈的结论是
黑岛针对富冈的反对理由逐条地进行了反驳。他承认保守秘密是压倒一切的重要，但他又说
黑岛坚持认为，虽然入侵东南亚需要航空母舰，但“用基地航空部队和陆军航空部队也不是不能打”。他强调，我们应把南方作战作为整个对美作战的一部分来考虑，不要光考虑南方作战。因此联合舰队“假如不在夏威夷方面给具有威力的美国太平洋舰队以打击，就不能安心地进行南方战役”。南方战役成功的前提必须是空袭美舰队主力。“如果让敌舰队占领马绍尔群岛，敌人在这里部署了许多水上飞机，我方再夺回马绍尔就很困难，南洋群岛就会一个接一个地被美国占领。”
双方各持己见，反复进行了激烈的争论，但终未能得出结论，最后只商定留待9月中旬举行的联合舰队图上演习时再作进一步研究。
在“长门”号上，山本也在继续认真考虑着攻击珍珠港。8月10日，当他的旗舰停泊在佐伯湾时，他把自己的计划告诉了他在江田岛的同班同学吉田善吾海军大将。吉田在山本之前曾是联合舰队司令长官，在海军大臣任期结束后担任枢密院的军事顾问。吉田来“长门”号，是为了与他的这位好友讨论政治和军事形势。
“日本必须在开战之际给美国海军致命的一击，”山本又开始对吉田强调他的观点，“这是联合舰队的唯一出路。攻击珍珠港对于使日本能腾出一只手来用于南方作战，是非常必要的。”
吉田第一次听到这个大胆的计划。作为一名旧军事学派的谨慎而注重实际的将军，他用这样的提问表示了自己的反应
山本知道，吉田发现了最主要的难点之一。“特遣舰队将在海上加油。”他回答说，“目前正进行海上加油的训练，其成功的前景是乐观的。”
是的，山本清楚地知道，要让军令部采纳他的计划，就必须在实际的训练中将一项项被认为是不可能的事情化为可能。因而，联合舰队在鹿儿岛海湾选择了与珍珠港极为相似的地形，展开了有针对性的实战训练。
这项任务是艰巨的。又由于需要绝对保密而不能向飞行员说明训练的目标，更增加了工作的艰巨性。各种不同类型的飞机——高空轰炸机、鱼雷轰炸机、俯冲轰炸机、战斗机，必须机动配合，成为一支紧凑有力的打击力量，不是40架或50架飞机，而是数百架飞机，结成完美无缺的群体飞行，分成不同的攻击波次。首先是超低空的鱼雷机，然后是在鱼雷轰炸的黑烟尚未升起时，高空轰炸机编组轰炸，最后是俯冲轰炸机的俯冲轰炸扫射。而完成这项如此困难复杂的任务的时间已经不多，随着时钟的每一下滴答声，时间正在飞逝而去。
源田实为山本推荐了一个负责这项工作的最合适的人选，他在海军军官学校的同学渊田美津雄少佐。39岁的渊田仍然是一个现役飞行员。1939年从海军大学毕业的渊田被分到“赤城”号当飞行队长，在这里他第一次遇见了山本。山本精力充沛的个性，以及对航空的兴趣，赢得了渊田对他的尊敬。当1941年春刚调任第三航空战队参谋的渊田，又接到回“赤城”号任飞行队长的命令时，渊田已积累了3000小时的飞行时间，其中有些是在侵略中国的空战中得来的。
“渊田有一种很强的战斗精神——这是他最好的品质。”源田是这样评论他的这位同学的，“他也是一名能够理解任何特定情况并迅速做出反应的天才的领导，他不仅是我们最好的飞行领导人，还是一名优秀的参谋——肯合作，头脑清晰。攻击珍珠港的成功，取决于这次攻击的飞行领导人的个性与能力。这就是为什么渊田被选中担任这项工作的原因。”
渊田所担负的任务是，不仅要训练“赤城”舰上他下属的飞行员，而且还要训练在4月新组编的第1舰队所有航空母舰上的飞行员。训练完全是模拟将要对珍珠港进行的攻击
这种训练使队员胆战心惊，因为在20米的高度上发射鱼雷，稍不留神，飞机就会一头扎到海里去。山本之所以要求进行这种自杀式的低空飞行训练，是因为珍珠港水浅，只有12米。在鱼雷机实施鱼雷攻击的高度为100米，距离目标1000到15O0米发射的条件下，鱼雷下水后，要下潜到60米深，然后靠横舵作用上浮到离水面4—6米，再冲向目标。因此，如果鱼雷从通常的高度投放，它就会一头扎进珍珠港的水底。就是在20米的高度投放，源田还嫌太高，他死死缠住横须贺海军基地的鱼雷专家们，要他们研制浅水鱼雷。
在这些发疯似的飞行训练中，首先被吓坏的是鹿儿岛市民。那些突然出现的鱼雷机，一架接着一架几乎擦着屋顶掠过去，连晒衣服的竹竿也被那强大的气流和冲击波震倒了。
水平高空轰炸机的训练则是在离鹿儿岛不远的有明湾布志海岸的海军轰炸靶场进行。日本人在地面上画出同美国“西弗吉尼亚”号战列舰同样大小的白色标志，每天进行投弹练习，最后达到了在3O00米高度投弹误差不超过30米。如果按九机编队为一个攻击单位，这就保证了80％的命中率。
经过数周的刻苦训练，轰炸的结果非常可观。现在只差最后一个技术问题了，即找到合适的鱼雷。
日本海军拥有航迹隐蔽、比当时世界各国鱼雷性能都好的“九四”式鱼雷。为保密起见，日本把这种鱼雷所使用的氧气推进剂称为“第二空气”。每只鱼雷的重量都在1吨以上，因此高速飞行的鱼雷轰炸机向水中发射鱼雷对水深的要求是很严格的。在50米的高空发射时，鱼雷入水后，至少要下沉100米。这种鱼雷用于太平洋中部地区的舰队决战比较合适，如用于珍珠港的浅水域，将会因入水后的鱼雷钻进港底而影响作战效果。要想使这种鱼雷充分发挥作用，就必须尽早解决鱼雷本身的有关技术问题。
横须贺的海军鱼雷专家爱甲文雄大住在山本的督促下，正加紧解决这一问题。他用飞机平衡器做成木翅，安装在鱼雷上，大大减轻了鱼雷的下沉。为了验证此法可行，决定在鹿儿岛进行试验。飞行队长渊田美津雄，在他的飞行队里按技术水平上中下三个层次各选一名飞行员，让他们驾驶携载改装后鱼雷的轰炸机，依次在预先于水深20米处树好标志的鹿儿岛港内发射鱼雷。试验的结果，3架飞机发射的3枚鱼雷有两枚达到了预期目的——入水后不超过12米，只有技术最差的那个飞行员把鱼雷射入了海底。也就是说，经过改装后，80％的鱼雷都适宜于在珍珠港内的浅水中使用。
山本的联合舰队在整个一个夏天都在埋头进行紧张的训练。而此时在日本统治集团上层，对西方国家的禁运却越来越感到不安。当时，日本每月消耗石油45万吨左右。1941年8月，B本储备的石油约94O万吨，仅能维持两年左右。美、英、荷的石油禁运虽未马上构成致命威胁，但从长远来看，对日本非常不利。在这种形势下，日本统治集团再次对开战问题展开争论。
9月3日上午11时，政府与大本营的联席会议在皇宫隔壁的宫内省召开。海军军令部总长永野说
陆军参谋总长杉山不甘落后
在军部的坚决要求下，联席会议一致同意了下列政策
9月5日，近卫进宫见驾，将联席会议通过的《帝国国策施行要领》草案上奏天皇。天皇一口气看完这个草案，脸上露出不解而担心的表情问道
近卫担心天皇在御前会议时再质问军部，遂建议天皇召见两位总长进行私下听证。下午6时，永野和杉山来到皇宫，就天皇的有关质问作了回答。最后天皇问杉山
杉山惶恐地解释说
永野对他倒霉的同事表示同情，赶忙插话解围。他告诉裕仁
第二天，天皇正式召集御前会议，审议《帝国国策施行要领》，进行战争的最后选择。近卫、永野、杉山、丰田外相和企划院总裁铃木贞一陆军中将，一个接一个地表态，都对外交谈判不抱希望，认为日本必须为战争做准备，越快越好。最后轮到枢密院议长原嘉道男爵发言。作为枢密院议长，原嘉道在日本政界地位很高，因为他是天皇的最高顾问，通常代表天皇说话。原嘉道议长高举起决定开战的草案，似乎还在犹豫
杉山刚要站起来回答，海相及川因为知道杉山在前一天已受到天皇的严厉斥责，便抢先站起来回答
“拟定草案的意图与原议长的意见是一致的。”
由于陆军和海军总长再没有发表意见，原嘉道显然认为他们的沉默就是表示同意，松了一口气说
在正常情况下，御前会议应该到此结束。但这一次在事关战与和的选择上，天皇却突然开了口。裕仁以前从未在御前会议上发过言，他的顾问们就是在听到镰仓大佛突然开口说话时，也不会比这更感到震惊了。他戏剧性地从口袋里取出一张纸条，这是他祖先明治天皇四十年前在对俄开战前夕所写的一首含义不明的短诗
四海本来皆兄弟，
缘何世上起风波。
裕仁读完这首诗，告诉大家说
裕仁以天使和哲学家的含糊方式说完上述话之后，便退出明治以来曾经屡次举行决定日本命运的御前会议的千种厅。他把恐惧不安和紧张留给了那些辅粥他的重臣们，使他们暗自付度他不动声色的内心想法。事态很快表明，裕仁又以日本特有的“腹艺”方式说出日本要打这一仗。
御前会议结束后第五天，即9月11日，在海军大学举行的图上演习开始，大约200名日本海军高级军官齐集位于东京目黑区的海军大学�