，劝生者，使天下之为臣子者，皆知竭忠尽力，以共戴尧舜之君也。（奏疏八《为故大学士高拱乞恩疏》）
神宗批道：“高拱负先帝委托，藐朕冲年，罪在不宥。卿等既说他曾侍先帝潜邸讲读，朕推念旧恩，姑准复原职，给与祭葬。”（见前疏）这一次所得的葬，只是“半葬”；在祭文里面，还带着不少的贬词。（《明纪》卷四十）居正和高梅庵说起：“元翁恤典，甚费心力，仅乃得之，然赠谥尚未敢渎请，俟再图之。遇此一番应得之例，续请根基，定于此矣。”（书牍十《答参军高梅庵》）半葬是由国库担任葬费底一半，居正特为函嘱河南巡抚周鉴从速发出。（书牍十《答河南周巡抚》）等到葬事有了头绪，梅庵又请居正为高拱作传，作墓志铭。居正说：“仆与元老交深，平生行履，知之甚真，固愿为之创传以垂来世。墓铭一事，虽委微命，亦所不辞，谨操笔以俟。”（书牍十《答参军高梅庵》）这几句话，透出居正对于高拱的情感。
第十二章 元老底成功
万历六年六月居正回京以后，这是大功告成的时期了。内阁方面，七月吕调阳致仕，十月马自强病卒，只剩居正和张四维、申时行三人；四维、时行一切唯唯听命，大权只在居正手中。六部方面，五年十月吏部尚书张瀚免职，王国光继任，六年六月户部尚书殷正茂致仕，张学颜继任；六年六月礼部尚书马自强入阁，潘晟继任；五年十月兵部尚书王崇古致仕，方逢时继任；五年八月刑部尚书刘应节致仕，吴百朋继任；六年五月百朋病卒，严清继任；五年十一月工部尚书郭朝宾致仕，李幼滋继任。都察院方面，五年十月左都御史陈炌病免，陈价继任。六部和都察院底首长，除了严清以外，都和居正有私人关系，在这个局面之下，政治方面的发展，当然不会有任何的障碍。
第一件要实行的，还是清丈的事，这是一件有关当时国计民生的大事，自从五年提议以后，到六年才实行，又因为原案有限三载竣事的规定，清丈的大事，在不慌不忙的状态中继续前进；大家对于实行开始的时间，反而有些茫昧了。居正死后，敬修作《文忠公行实》说起在劳堪为福建巡抚实行度田以后，居正才和张四维、申时行、张学颜等上疏提议清丈。其实这是错的。清丈固然从福建开始，但是在耿定向的时期，不在劳堪的时期。六年定向为福建巡抚，八年始去，劳堪继任，中间便差了两年。居正曾和定向说起：丈田一事，按之人情，必云不便，但此中未闻有阻议者，或有之，亦不敢闻之于仆耳。“苟利社稷，死生以之，”仆比来唯守此二言，虽以此蒙垢致怨，而于国家实为少裨，愿公之自信，而无畏于浮言也。（书牍十一《答福建巡抚耿楚侗谈王霸之辩》）
同卷又与定向言及“丈地亩，清浮粮，为闽人立经久计，须详细精核，不宜草草。”（答福建巡抚耿楚侗》）这是万历七年之事。
到万历九年，限期将满，照例给事中可以按限彻查，指名提劾；但是居正还是吩咐各省慎重将事，一面叮嘱科臣从缓提劾。他屡次说起：清丈之议，在小民实被其惠，而于官豪之家，殊为未便。况齐俗最称顽梗，今仗公威重，业已就绪，但恐代者，或意见不同，摇于众论，则良法终不可行，有初鲜终，殊可惜也。今虽借重冬曹，愿公少需，以毕此举，慰主上子惠元元之心。（书牍十三《答山东巡抚何来山》）
清丈事，实百年旷举，宜及仆在位，务为一了百当，若但草草了事，可惜此时徒为虚文耳。已属该部、科有违限者，俱不查参，使诸公得便宜从事。昨杨二山公书，谓此事只宜论当否，不必论迟速，诚格言也。（同卷《答山东巡抚何来山》）
临川丈田事，偶有闻，即以告，今事己竣，法无阻滞，则其人亦不必深究矣。此举实均天下大政，然积弊丛冠之余，非精核详审，末能妥当。诸公宜及仆在位，做个一了百当，不宜草草速完也。前已属该科老成查参，将此件不必入参，正欲其从容求精耳。江右事已就理，独五县未完，谅数月之内，即可了结，俟通完之后，具奏未晚。人旋，贱恙尚未全愈，力此草草，统惟鉴存。（同卷《答江西巡抚王又池》）
万历九年九月，居正抱病，答王宗载（即王又池）书，大致在九月以后，江西全省清丈通完具奏，大致已在十年之初，不及半年，居正即逝世了。居正对于清丈之事，屡称宜及自己在位，做个一了百当，这里流露他对于此事的热心，同时也流露内阁其他诸人对此的缺乏认识。当他把考成法搁置，吩咐科臣不必提参的时候，我们很可看出他对于此事寄与最大的期望。
孟子说过，“夫仁政必自经界始”，在田亩没有清丈以前，人民底负担不能公允，便是最大的不平。居正认为“小民实被其惠”，认为“慰主上子惠元元之心”，确是不错，但是这一次的清丈，和弘治十五年的清丈一样，还是一次失败。
居正对于清丈，曾经发动政治力量，但是结果没有成功，最大的原因，还是当时的官吏，对于政治的认识不够。有的主张只和旧额一样，无须多报；有的看到清丈条例对于田地，有分列上、中、下三等的规定，索性一例填报下田，认为清丈是一种爱民的政策，不当填报上田，以致加重民众的负担。（息县知县鹿久徵事，见《明纪》卷四十）这些官吏在当时都认为是爱民的好官，而居正所得的声名是“掊克”，是“以溢额为功”，再加以嘉靖间计算数字底错误，于是误认弘治十五年清丈只有四百余万顷，万历六年清丈，得七百零一万三千九百七十六顷，三百万顷底增加，证实居正底掊克。数字的错误，更增加他底罪状。
其实这一年比弘治十五年的数字，只增加八十一万顷，而比之洪武二十六年清丈的数字，即连后开的云南、贵州在内，尚差一百四十九万顷，这又算什么“掊克”呢？民间的田地，逐年集中到勋爵、官吏和大地主底手里，大地主又倚仗他们的社会地位，对于国家逃避赋税的负担，以致造成国穷民困的现象。居正原有的计划，是要大地主同样尽国民底义务，他自认“于官豪之家，殊多未便，”其故在此。
假如我们把万历六年清丈的成绩，加以分析，我们更可看出这里没有什么“掊克”底气息。万历六年的数字，比之弘治十五年的数字，在总数上，固然增加了，但是十三省中，增加的只有七省，减少的也有六省；南、北两京直隶二十八府、州之中，增加的只有十六府、州，如故的两州，减少的也有十府、州：可见居正没有“以溢额为功”的成见，否则在他大权在握的时候，决没有这许多敢和居正抵抗的地方长官。其次如福建巡抚耿定向、劳堪，江西巡抚王宗载，算是和居正接近的了，居正对于福建、江西两省的清丈，也显见特别关心，但是这一次清丈底结果，福建从十三万五千余顷，减到十三万四千余顷，江西从四十万二千余顷，减至四十万一千余顷，差额固然是很小，但是差额究竟是差额，证实居正没有“掊克”的存心。至如苏州田土从一十五万五千余顷，减至九万二千余顷；更是很大的差额。
这次清丈之后，田额增加最大的是北京府、州，河南和山东三处；全国增加八十一万顷，单这三处，便增加五十一万余顷。弘治十五年，清丈北京十府、州，共计田土二十六万九千余顷，现在是四十九万三千余顷；河南旧系四十一万六千余顷，现在是七十四万一千余顷；山东旧系五十四万二千余顷，现在是六十一万七千余顷。除这三处以外，广东旧系七万二千余顷，现在增至二十五万六千余顷，也是一个很大的数字，在百分比上更加显著。
广东方面，主要的还是“治安”问题。中央力量加强，地方秩序良好，担负赋税的民众和田土，当然会逐渐增加，事情本来简单。北京、山东、河南，都是畿辅之地，除去建文年间，曾经发生一度的内战，以及长城一带，偶然遭受敌人底破坏以外，从开国以来，始终保持良好的秩序，现在的增加，当然与“治安”无关。那么这是怎样的呢？
北京、山东、河南都是辎辅，三处的田土，不断地被勋戚、权贵吸收了，一经集中以后，他们提出许多似是而非的理由，躲避纳税的义务。居正底政策，是要打击他们底特权，使他们对于国家，有同样的负担。阳武侯便是一个好例。成祖时代，薛禄从征有功封侯，传到万历年间，已是第七代了，除了公田以外，还有自置田土，是否应当纳税，这是一个问题。居正决然地说：承询阳武优免事，查律、功臣家除拨赐公田外。但有田土，尽数报官，纳粮当差。是功臣田土，系钦赐者，粮且不纳，而况于差？锡之土田，恩数已渥，岂文武官论品优免者可比？若自置田土，自当与齐民一体办纳粮差，不在优免之数也。近据南直隶册开诸勋臣地土，除赐田外，其余尽数查出，不准优免，似与律意相合。幸惟尊裁。（书牍十三《答山东巡抚杨本庵》）
万历六年清丈，除云南、贵州因系新辟地方本应增加，及陕西、四川和南京所属八府、州所加无多，不待研讨外，其余河南、山东、广东三省，和北京所属八府，共增七十万顷，占去增加额的百分之八十九。居正从政令不易贯彻的广东，夺获担负国税的田土，这一点也许人还了解；但是他从勋贵盘据的畿辅，夺回担负国税的田土，便引起莫大的物议。他们不说他得罪勋贵，而说他掊克小民；正和他在沙汰生员的时候，一般人不说他整顿学政，而怀疑他得罪圣贤一样。孟子说：“为政不难，不得罪于巨室：巨室之所慕，一国慕之；一国之所慕，天下慕之。”在一般人民觉悟没有提高的时候，他们对于大地主阶级的危害，认识不够，甚至还会受到大地主阶�