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奏疏上去以后，奉圣旨：
卿等说的是，事不考成，何由底绩？这所奏，都依议行。其节年未完事件，系紧要的，著该部、院另立期限，责令完报。若不系钱粮紧要，及年远难完的，明白奏请开除，毋费文移烦扰。（同上）
居正曾经说过：“法之不行也，人不力也，不议人而议法何益？”现在他创制了，这是他底有名的考成法。事情真是简单异常。他只要各衙门分置三本账簿。一本记载一切发文、收文、章程、计划，这是底册。在这许多项目之中，把例行公事无须查考的，概行剔除以外，再同样造成两本账簿：一本送各科备注，实行一件、注销一件，如有积久尚未实行，即由该科具奏候旨；一本送内阁查考。居正底综核名实，完成万历初年之治，最得力的还是这三本账簿。
政治只是民族精神底表现。十六世纪的中国民族血液里，已经渗入因循底成分，“置邮而传之四方”，成为一切政令的归宿。法令、章程，一切的一切，只是纸笔底浪费。几个脑满肠肥的人督率着一群面黄肌瘦的人，成日办公，其实只是办纸！纸从北京南纸店里出来，送进衙门，办过以后，再出衙门，经过长短不等的公文旅行以后，另进一个衙门归档，便从此匿迹消声，不见天日。三百七十年了，想到已往的政治情况，真是不胜警惕。
居正是一个现实的政治家。他知道政务的办不通，不是机构底缺乏，所以他不主张增加政治机构。他也知道公文政治不能打倒公文政治，所以他不主张提出新的法令、章程，增加纸笔底浪费。他只要清清白白的一个交代。办法在纸上说过了，究竟办到没有？他要在各科底账簿上切实注明。在内阁里，他自己也有账簿，可以随时稽考。他以六科控制六部，再以内阁控制六科。这是居正底政治系统。
六科是明朝特有的政治机构。一切行政事务，分属吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部行政长官，有尚书、左右侍郎。同时又有吏、户、礼、兵、刑、工六科，各科有都给事中、左右给事中、给事中。尚书是二品，都给事中只有七品，但是对于六部的封驳、纠劾之权，完全在六科手里。明朝的大官可以统率小官，但是小官同样可以牵掣大官，这是明朝的立法精神。六科实际上是六部的监察机关，各科给事中分管各科的事，但是对于国家大事，同样地可以建言；对于奉旨会推内阁大学士，吏、兵二部尚书，及在外总督、总兵的场合，各科都给事中同样地可以参加；至于光宗逝世的时候，杨涟以从七品的兵科右给事中，和内阁同受顾命，更是特有的创例。
居正以六科控制六部，是明朝的祖制，但是以内阁控制六科，使是一种创制。内阁本来是皇帝的秘书处，事实上不负行政责任，更谈不上监察责任，实施考成法以后，内阁实权显然扩大，所以万历四年刘台劾居正疏，称“居正定令，抚、按考成，章奏每具二册，一送内阁，一送六科。抚、按延迟则部臣纠之，六部隐蔽则科臣纠之，六科隐蔽则内阁纠之。夫部院分理国事，科臣封驳奏章，举劾其职也。内阁衔列翰林，止备顾问，从容论思而已。居正创为是说，欲胁制科臣，拱手听令。祖宗之法若是乎？”刘台底言论其实没有说错。
考成法底实施，在整理赋税的方面，发生的影响最大。中国人受圣经贤传底影响太大了。孟子见梁惠王，第一句便是“王何必曰利，亦有仁义而已矣”。孟子又劝梁惠王，“王如施仁政于民，省刑罚，薄税敛，深耕易耨，壮者以暇日，修其孝悌忠信，入以事其父兄，出以事其长上，可使制梃以挞秦楚之坚甲利兵。”政治家谈到理财，好象做了一件亏心的事。汉武帝时代，桑弘羊领大农，在整个国家，因为对外战争，已经走上经济崩溃底路线以后，居然靠着平准政策底运用，“民不益赋而天下用饶”。（《史记·平准书》）这是多么大的贡献，但是卜式对他的批评，只是“烹弘羊，天乃雨”。其实一个有组织的国家，不能没有国家的经济政策。没有经济，便没有政治。孟子底主张，是十分取一。白圭问道：“吾欲二十而取一，何如？”孟子说：“子之道，貉道也。”孟子是说无组织的民族，才能二十取一，有组织的国家，不能不十分取一。这是孟子底经济政策。他那“薄税政”的主张，用现代的术语，其实只是“养税源‘。国家对于人民的赋税，不能太重，人民才可以谋经济发展，人民底经济发展了，国家便增加十分取一的机会。孟子底主张，其实不是”崇礼义，退财利，复往古之道，匡当世之失“（桓宽《盐铁论·利议第二十七》）那一套。
居正当国以后，他底主张是富国强兵。要强兵便先要富国。富国不外是开源、节流。在这两方面，他都尽了最大的努力。考成法是开源，在考成法以外，当然还有节流。
隆庆二、三年间的预算，每年国家收入二百五十余万两，支出四百余万两。（见奏疏一《请停取银两疏》）这是一个岌岌可危的预算。当时没有屋上架屋的构机，也谈不到亲戚故旧的汲引，所以要节流便不仅是裁减“骈枝机关”、“闲散人员”。隆庆年间的节流是从皇帝和国防入手。这是大处著墨的方法。所以隆庆三年穆宗向户部索银三十万两，内阁便把岁入、岁出的状况奏明，请求停取银两，其结果穆宗只是说：朕览卿等所奏，户部银两缺乏。内库亦缺银两，朕方取。既这等说，且取十万来。卿等传示，不必再来奏扰。（附前疏）
这时的内阁大臣，真是负责任的大臣，穆宗底态度，有一些惫赖，但是皇帝索款，立刻打了三折，不能不算是好的。
隆庆六年居正当国以后，在节流方面，真是“锱铢必较”。神宗开馆纂修《穆宗实录》，居正上疏，请求免循旧例赐宴。他说：臣等夙夜皇皇，方切兢惕，岂敢为此饮食宴乐之事，非唯于礼有不可，于心亦实有不安也。且一宴之费，动至数百金，省此一事，亦未必非节财之道。（奏疏二《辞免筵宴疏》）
这一年的冬天，居正在日讲的时候，请求次年正月早开日讲，不必设宴，并免元夕灯火。神宗真是一个听话的孩子，他说：早吩咐停止了。伺候圣母用膳的时候，都很简单，逢到节期，只有果宴。
筵宴停止了，光禄寺春节的供应又省去七百余金。万历元年十月，居正进讲，言及宋仁宗不爱珠饰。
“贤臣才是宝贝，珠玉有什么用处！”神宗说。
“是呀，”居正再说，“明君贵五谷而贱珠玉；五谷养人，珠玉饥不可食，寒不可衣。”
“正是，”神宗说，“宫人们喜欢珠玉，但是朕在岁赐上，没有一次不减省。”
“皇上说到这�