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关于居正入阁之初，还有一段记载，应当辨正的。王世贞《张居正传》，称“当居正之进阁，阁臣凡六人，……居正最后拜，独谓辅相体当尊重，于朝堂倨见九卿，他亦无所延纳；而间出一语，辄中的，人以是愈畏惮之，重于他相矣”。其后《明史》居正本传亦称“时徐阶以宿老居首辅，与李春芳皆折节礼士，居正最后入，独引相体，倨见九卿，无所延纳，间出一语，辄中肯，人以是严惮之，重于他相。”《明史》本传底记载，完全根据王传，连字句方面，都可以指出雷同的地方。其实两传都是错误的。
这段记载的错误，是时间的错误。居正倨见九卿，为众严惮的时候，是有的，但是这是万历以后的事了。万历元年九月，吏部尚书杨博致仕，十二月礼部尚书陆树声致仕，三年六月左都御史葛守礼致仕，老成人退休了，九卿之中，不是居正所汲引，便是他底亲戚，居正身为首辅，连带阁中的吕调阳、张四维，都几乎成为他底僚属，何况九卿！“倨”是诚然有的，“惮”也理有固然。但是隆庆元年，居正入阁之初，杨博为吏部尚书，葛守礼为户部尚书，都是居正平时严惮的人物，在官阶方面，都在居正之上，本来谈不到“倨”。隆庆六年六月，神宗即位，居正当国，七月用陆树声为礼部尚书。树声是嘉靖二十年进士，比居正前两科，居正见树声，用后辈见先辈礼。有一次树声到内阁拜访居正，因为客坐稍偏，简直不肯入坐，直待居正亲自改正席次以后，方肯接谈。这里固然看到树声底严正，但是同样也看出居正底礼遇。居正当然有居正底气魄，但是要说入阁之初“倨见九卿”，这是时间的错误。
隆庆元年四月，居正进礼部尚书，兼武英殿大学士。据《文忠公行实》，这次进官，因为“永乐大典成”底原故，当然这是指重修《永乐大典》底故事。
就在这短短的时期里，内阁里发生一次阁潮。隆庆初年的内阁，实际是三个名臣底内阁，——徐阶、高拱、张居正。居正和徐阶、高拱，都有相当的关系，现在还没有到他出露头角的时机，但是徐阶、高拱底对立，正在逐日地尖锐。
第一个攻击高拱的，是吏科给事中胡应嘉。世宗病重的时候，高拱从直庐里，偷偷地回去，准备搬家。应嘉知道了，提出弹劾，世宗在昏眩的当中，一切不问，但是高拱认为胡应嘉和徐阶同乡，一定受了徐阶底指使，事态便扩大了。高拱有仇必报，本来谈不上容忍，一切正在等待机会。隆庆元年，吏部尚书杨博主持京察。京察是明代的制度，宪宗成化四年，奏准，京官五品以下，吏部会同都察院及各堂上掌印官共同考察。孝宗弘治十七年奏准，每六年一次举行。六年京察的制度确定了，但是万历以前，有时还来一个特别考察。这便是所谓“闰察”。本来明朝底文官制度。是终身制，象那些“改组”、“裁员”，以及“手谕”开除这一类的制度，都还没有发明。在大臣手里的威柄，只是“京察”。这个威柄，照理握在礼部尚书手中，除了都御史可以随时过问外，不受任何的干涉。现在权柄在杨博手中了，这一次的京察，连御史、给事中都降黜了，算得雷厉风行。偏偏杨博底同乡，山西人没有一个降黜的。这一来动了御史和给事中底公愤。第一个攻击杨博的，又是胡应嘉。
应嘉弹劾杨搏挟私愤，庇乡里，错是没有说错，可是恰恰错在应嘉底吏科给事中上面。在吏部办理京察的时候，吏科给事中应当参加，事前没有提出异议，事后偏要提出弹劾。连宽厚的穆宗也认为抵牾，下令内阁商量处罚。这一来高拱报复的机会到了。
内阁当中，郭朴和高拱同乡，这一次首先发言的是郭朴。他毅然地说：“胡应嘉出尔反尔，全不是人臣事君的道理，应当革职。”
“应当革职为民，”高拱也说。
徐阶看了郭朴，再看高拱，两位阁老都紧张的了不得，没奈何，只得点点头。胡应嘉底革职，算是革定了。
明朝的言官，真是了不得。他们是一窝胡蜂，你动了一个，他们会来一群。都察院有的是御史，六科里有的是给事中，你瞧罢！京察的时候，吏部尚书对于言官，照例谈不到降黜。偏偏杨博给他们一次降黜，偏偏郭朴、高拱又主张胡应嘉革职为民，胡蜂窝惊动了，兵科给事中欧阳一敬先劾高拱“奸险横恶，无异蔡京”。给事中辛自修、御史陈联芳上疏再劾高拱，御史郝杰直攻高拱“无宰辅器”。事态更加严重了。一切的责任都在徐阶身上。徐阶拟旨调胡应嘉为建宁推官，处分减轻了，但是一般的言官们还不满意。欧阳一敬再劾高拱“威制朝绅，专柄擅国，亟宜罢”。高拱当然不能承认，便来一次答辩。事情又到徐阶手里了。徐阶拟旨一边慰留高拱，一边斥责言官：他满心以为从此结束了一件公案。
可是高拱没有满意。高拱希望徐阶拟旨，给言官们一次廷杖。杖，杖，杖！高拱记得世宗的时候，言官们弹劾大学士以后，通常是一次廷杖，说不定还有更坏的在后面，杖一下，算什么？徐阶也记得这是严嵩掌握政权的故事；他知道穆宗不是世宗，自己也不是严嵩，至于为了高拱，再和言官们结怨，那更犯不着；他再三考虑，只是摇摇头。徐阶决定不和言官们结怨，但是高拱却决定和徐阶结怨了。“你手下有言官”，高拱想，“我手下也有一两个”。
高拱手下的御史是齐康。在应嘉事后不久，齐康便对徐阶提出一次弹劾。可是这一次却犯了言官们底众怒，大众聚齐了，痛痛快快地先给他一次唾骂。一敬劾齐康，齐康也劾一敬。“你说我是高党，我便说你是徐党。”北京城里有的是纸张，弹劾，弹劾！但是齐康这一边人数太少了，究竟抵不上欧阳一敬底气势。从此高拱成为众矢之的。但是最后的一枝箭，却从南京放过来。
京察底大权操在吏部和都察院手里，在京察的时候，得到贬黜处分的，连皇帝也留不得，神宗万历以后，偶然还留几个，这真是偶然了。隆庆以前，京察是无上的威权，五品以下的官吏，一经“察典”，便是终身的耻辱。这是“上剋下”。但是明朝的制度，一切都有个平衡，有了“上剋下”，当然便有“下剋上”。四品以上的官，是京察管不了的，他们在京察这一年，每人照例“遵诏自陈”。自陈便是陈述个人的阙失，听候皇帝底处分。当然这是一种形式，自己不妨来一个“学疏才浅”，用不到直抉隐微，自行攻击。但是给事中、御史们，可以提出“京察拾遗”；经过“京察抬遗”的，没有幸免底机会。这一次高拱和北京的言官闹翻了，因为要顾全身分，北京的言官到底不好提出拾遗。拾遗底责任，落在南京的给事中和御史肩上。就在隆庆元年五月，高拱致仕。高拱去了以后，言官对于郭朴还是不断地攻击，到九月间，郭朴也致仕。这一次阁潮里，徐阶又得了决定性的胜利。
当然这是一个严重的阁潮，然而居正毕竟度过了，在左右为难的当中，总算没有得罪老师，也没有得罪朋友，但是他对于言官们底嚣张，留下一个不可磨灭的印象。他认为“士习人情，渐落晚宋窠臼”，（书牍一《答少司马杨二山》）正在计较怎样地给他们一个处分。言官们得到徐阶底保障，议论逐日地激昂起来，穆宗感觉厌倦，吩咐徐阶惩诫，徐阶只是传谕言官，自行省改，事情又平息下去了。这样度过隆庆元年。
二年正月，居正加少保兼太子太保。
这一年的上半年，政局又发生了一些波浪。内阁里面，除了徐阶、居正，只有李春芳、陈以勤，都是忠厚长者，本来不会有什么波浪的。波浪却发生在皇帝底宫中。穆宗是一个宽厚的人，但是他爱玩好，爱游幸。这算得什么呢？但是古代的大臣，对于皇上私人的行为，负有政治上的责任。徐阶一再谏阻，免不了皇帝左右底厌恶。六月间，穆宗又要幸南海子，而徐阶再来一次切谏。也许穆宗委实有些厌倦了，也许他还不十分清楚，他毕竟往南海子去了。七月间，给事中张齐又给徐阶提出一次弹劾。终于徐阶也致仕了，十七年的大学士，七年的首辅，就在隆庆二年七月间舍弃了北京的政治生活，回到江南的故乡。临行的时候，徐阶把朝廷大事和个人家事，一切都托付给居正。朝廷大事，居正当然应当担当的。徐家的事，也许还有一些曲折。徐阶三个儿子，当徐阶在朝的时候，在家乡委实有些作威作福。尽管父亲在那里高讲心性之学，但是儿子们所爱的只是钱财。亲戚陆家底家长死了，孩子还小，巨万的家财，都到了徐家。家乡底怨讟，正在那里滋长，连在北京城里，也成了公开的消息。齐康不曾为此提出弹劾吗？高拱致仕了，但是会不会长在林下，谁都不能说。徐阶知道自己是林下的人了，处处都得提防。他只有吩咐居正，他知道惟有居正，是自己一手提拔的人，也惟有居正，可以替自己担当这些大事。（参书牍三《答上师相徐存斋十八》）
和徐阶分别以后，居正给他一封信：
不肖受知于老师也，天下莫不闻；老师以家国之事，托之于不肖也，天下亦莫不闻。丙寅之事，老师手扶日月，照临寰宇，沈几密谋，相与图议于帷幄者，不肖一人而已。既而获被末光，滥蒙援拔，不肖亦自以为不世之遇，日夜思所以报主思、酬知己者。后悟人事不齐，世局屡变，使老师经纶匡�