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一个名为“为博爱而战志愿人士”的私人援助机构人员纳迪亚称，调查人员及向该机构热线求助的人士都曾受到威吓，证明他们的对话曾被窃听。很多人员都接到恐吓电话及匿名信，对方声称要强奸与他们敌对的妇女及阉割男性。
澳洲广播电台报道，印尼退役将领哈斯南中将暗示，曾担任平息暴乱训练的前特种部队司令，苏哈托女婿普拉博沃可能是强奸滥杀暴行的幕后策划者。在暴乱期间被绑架及监禁，至6月13日始获释的政治活跃分子阿时夫称，他相信他当时是被特种部队、正规军或警察部队掳走，幸而终能重见天日。
越来越多证据显示，惨剧的黑手就是前陆军战略后备司令部司令，也是前总统苏哈托的二女婿普拉博沃。华人妇女遭强暴、华人遭蹂躏，和去年下半年开始发生的一连串民运人士遭绑架、5月12日雅加达特利萨蒂大学4名学生被枪杀、5月13日至15日雅加达空前大暴乱等事件的“肇事者”，就是陆军特种部队（俗称红帽兵）人员，而幕后策划这些事件的黑手，就是曾任特种部队司令的普拉博沃。民间传言他在东帝汶作战时被阉割，故有变态报复心理。军方消息则指他想趁机兵变夺权。
随着调查的展开，人们发现很多蛛丝马迹。当地媒体披露，一些军人涉嫌5月的暴乱和一系列绑架事件，当局已拘留7名特种部队成员，其中5人被提交军事法庭审讯。他们是一名上尉、一名少校、两名上校及一名高级军官。
从收集到的暴乱情况来看，参加暴乱者多为外地人，他们都是乘坐卡车结伴而来，很多暴徒事前曾接受训练，以执行纵火抢掠和强奸华裔妇女的任务：每强奸一名华裔妇女能得到2万盾（约2美元）的报酬。暴徒在施暴前都服过兴奋剂，一些人事后感到体力严重衰竭，因而到私人诊所求医，使这见不得人的勾当大白于天下。
据悉，当地臭名昭著的黑社会组织、反华团体和极端势力卷入这些事件中，已出现的“万隆反华组织”等，他们曾扬言，宁可让印尼倒退20年，也要把华人赶走。
● 恶有恶报，苏哈托女婿被解职
7月29日，由哈比比指派成立真相调查小组，开始对5月暴乱案和华裔妇女受强暴案正式展开调查。
经过各方面调查证实，这次强暴丑行是印尼前总统苏哈托的女婿，原陆军战略后备部队司令普拉博沃中将一手策划。普拉博沃“试图制造一场混乱，使武装部队总司令维兰托无法恢复首都的治安”，这样，普拉博沃就可以迫使苏哈托宣布军事管制，然后由他出面控制局势。但是苏哈托不久后宣布辞职，这个计划流产了。
印度尼西亚的前总统苏哈托的女婿普拉博沃中将，因涉嫌指挥绑架和迫害政治活动人士案件，7月10日在位于雅加达的武装部队总部接受军官荣誉委员会的首次传讯。
身着军装的普拉博沃乘坐一辆黑色面包车，于当地时间上午8时20分来到离印尼总统府不远的军队总部。这次传讯历时7个小时。维护军官荣誉委员会主席、印尼陆军参谋长苏巴吉约在当天的一个新闻发布会上说：“我们首先得查出普拉博沃指挥手下参与绑架事件究竟是出于何种动机。我们并不急于结案，我们将搜集足够的证据来查清真相。”该委员会的一位发言人说，普拉博沃将作为嫌疑人或证人再次被传讯。
从1997年底至1998年3月间，共有20多名对苏哈托政权不满的政治活动人士遭绑架，其中12人至今下落不明。那些被救出的受害者纷纷表示曾受到绑架者的拷打和迫害。当时由普拉博沃率领的印尼特种部队被指参与了上述案件。
印尼各大报纸援引苏巴吉约的话说，他领导的维护军官荣誉委员会在传讯了另外两名特种部队高级军官后认为，有一系列证据表明普拉博沃应该对绑架事件负责。而普拉博沃本人早些时候也曾表示，如果能证实他的部队的确干了违纪的事情，他愿意承担责任。
现年47岁的普拉博沃曾是印尼武装部队中一名备受重用的将领。他20岁进入军事学院学习，80年代又先后到美国和德国的军校深造。由于是苏哈托的女婿，他在军中平步青云，飞黄腾达。他于1995年出任印尼特种部队司令，今年3月又被任命为陆军战略后备部队司令，掌握着印尼的精锐之师。然而，随着苏哈托政权的结束，他的军旅生涯也走到了尽头。他先是被改任为万隆参谋指挥学院院长。
7月31日，武装部队司令维兰托签署命令，解除了普拉博沃的职务，原因是普拉博沃涉嫌参与今年年初以来对政界反对派人士的绑架。
印度尼西亚失踪人士和暴力活动受害者委员会协调人穆尼尔8月14日说，雅加达警方最近逮捕的16名涉嫌参与5月骚乱的人都是一些次要人物，骚乱的策划者目前仍然逍遥法外。
他认为，政府当前的政策是寻找替罪羊，而不是下决心寻找真正的策划者。首恶之所以逍遥法外，原因是他们同军方和政府关系密切。据此间媒体报道，警方总共审查了1919人，其中250人被怀疑参与抢劫和破坏活动。但警方迄今只逮捕了其中的16人，还有20人正在追捕中。在这16名被逮捕的人中，有3人经检察官审查后将提交法庭审判，其他仍然被关押在雅加达警察拘留所。
印度尼西亚外交部8月17日发表新闻公报，要求任何知情个人或团体向联合实情调查委员会提供他们所掌握的有关5月骚乱中强奸案的线索。
新闻公报强烈谴责了在5月骚乱期间所有被指控的对华人妇女的性骚扰和强奸案件。印尼政府为此成立了以印尼人权委员会副主席马祖基·达鲁斯曼为首的实情调查委员会，对5月骚乱期间在雅加达和其他城市发生的粗暴侵犯人权行为进行全面和彻底的调查。此外，政府还成立了由妇女事务国务部长图蒂·阿拉维亚为首的、全部由妇女参加的保护妇女免受暴力袭击小组。
新闻公报说，政府还将同一些组织和机构合作，在首都向受害者和她们的家庭提供各种设施和服务，她们可以得到心理学家、法律专家和宗教专家的咨询。公报说，政府将努力确保印尼所有民族的人权得到保障。
印尼总统哈比比15日在参加印尼独立53周年庆祝活动发表讲话时，代表政府向5月骚乱的受害者表示道歉。印尼国会议长哈尔莫斯15日主持国会本年度第一次会议开幕时也敦促政府彻底调查5月骚乱和集体强奸华人妇女案件。
印尼联合实情调查委员会受害人实情调查小组主席萨巴里纳·萨德里，8月19日批评印尼治安部门和一些政府官员试图在公众中制造5月骚乱中华人妇女没有被强奸的舆论。她对出现这种情况表示非常遗憾。
她在接受《改革之声》晚报记者采访时说：“我们正在收集有关全部事件的第一手和第二手资料。警察部门和政府官员在政府成立的联合实情调查委员会和人道志愿者组织等完成其任务前不要发表混淆是非的言论。”
她还说，一些人进行恐吓、威胁和施加压力，以使有关方面不把强奸案件的事实和真相曝光。她说：“现在实际上已有受害者要报告事件经过，但是当听到警方和一些人的讲话她们不再准备报告了，因为怕受到威胁。”
● 印尼华人遭受迫害之根源
印尼排华事件是印尼之耻，而人们亦感迷惑，为何每次动乱，必发生这类惨案？有时连男性亦不能幸免，苏哈托以前就有多位长官被人割去性器官。
60年代，曾有犯奸杀妇女罪的暴徒，向调查员承认有军方背景，是奉命行事，因为这样做才算彻底解决敌人，也满足了本身的权力欲望。有心理学家指出，从此点可看出他们的暴力行为隐藏着恐怖思想。
此次，苏哈托政权企图转移目标的策略并未延长他的政治寿命，但华人及华人妇女的伤害却已造成。对于这些野蛮的纳粹暴行，印尼政府一直企图掩饰，但在马来西亚媒体、国际妇女组织以及人权机构的努力论证下，真相才逐渐被公开。这不仅引发了新马、港台以及美国华人社会的公愤，也造成了诸如联合国及欧盟的关切。这些令人发指的暴行都违背了现代文明国家最低限的水准，它不仅应当被抗议谴责，更应向联合国人权委员会提出控诉，让它的野蛮成为人类文明的耻辱。
印尼华人只占印尼总人口的3％…4％，绝大多数世代定居印尼，不但采用了印尼人的姓名，而且在语言、生活习惯等方面融入了印尼社会。他们之中绝大多数加入了印尼国籍。他们奉公守法，辛勤劳动，善于经营。但他们的贡献从来没有得到承认，在当地只是被当做会赚钱的“经济怪物”，政治地位低下。苏哈托执政30多年来，几乎没有一个华裔进入他的内阁（他下台之前，只有一个华裔入阁当了两个月的部长），没有为华人说话的代言人，没有保护华人利益的政党。苏哈托除允许华人进行经济活动外，对其他许多方面都加以限制，用苏哈托的话来说，就是利用华裔的经营管理才能为印尼的经济发展服务，但仅是“利用”而已！印尼一旦发生危机，华人就成为替罪羊，首先遭到攻击和迫害，历来如此。
有报道认为，华人遭迫害与印尼政府的歧视性政策有关。长期以来，印尼华人被称为“非土著居民”，华人身份证同土著居民的身份证有区别，其号码注有特别符号，这使华裔外出办事面临很多困难，他们必须填写特别的文件表格，比当地人交更多的费用等等。受此影响，在华人遭攻击时，军警人员只是在一边袖手旁观，不加制止。
由于印尼华人比较勤奋，而且教育程度较高，因此在印尼还是荷兰殖民地时，华人从事贸易的情况就比较普及，而荷兰殖民者也愿意让会说英语的华人参与管理，从那时起，华人与�