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同样一个印尼共和国电台，同一天之内却播放截然不同的两种声音。那天晚7点正播放苏哈托将军事前准备好的向全国人民的讲话。苏哈托说，1965年9月30日晚至10月1日在雅加达发生了反革命的九三O运动事件。这伙发动政变的人绑架了以陆军司令雅尼中将为首的6名将领。同时，他宣告苏加诺总统阁下安然无恙。苏哈托说，军队控制了局势。陆军领导权暂由他接管。各军兵种司令都决心消灭自称九三O运动的反革命运动。
苏哈托的陆军战略司令部的部队虽已首战告捷，夺回了电台和电报大楼。但苏哈托对九三O运动叛乱者并不手软，他准备接着攻打哈利姆空军基地。苏加诺总统的副官班邦从哈利姆给陆军战略司令部去电话，告诉苏哈托将军说总统晚11时30分已离开哈利姆去茂物。
午夜，万籁具寂，首都雅加达也变得像死城一样。这时准备就绪的苏哈托的部队开始向哈利姆空军基地挺进，攻打这个基地。在哈利姆基地同空军部队发生了短暂的小规模战斗，进行抵抗的部分空军部队打了一阵后就投降了。而其余的部队早已离开基地逃跑了。哈利姆基地的战斗打响之前，翁东中校早已不在那里，印尼共产党领导人艾地也已乘空军的飞机飞往中爪哇日惹。空军司令奥马尔·达尼及其家属受到苏哈托总统的保护，在茂物宫内避难。
夺回空军基地战斗的胜利，标志着翁东发动的九三O运动政变的失败，提高了苏哈托将军在军中和人民中的威信。这位不知名的将军的名字一夜之间便传遍印尼国内外。人们都渴望了解这位将军的背景情况。外国人更不了解苏哈托究竟是何许人也？
10月2日下午，苏加诺总统在茂物宫召见苏哈托将军。当苏哈托进到茂物宫大厅时，有些内阁成员和空军司令奥马尔·达尼都已在座。苏哈托早已怀疑奥马尔·达尼同九三O事件有关。因此会议的气氛变得格外紧张。苏哈托向总统敬个礼后，苏加诺总统便同苏哈托握手。
1965年10月11日九三O运动的头目翁东被捕，被送到法庭并被判处死刑。印尼共产党领导人艾地在从哈利姆逃往日惹后，11月22日在军方的一次追捕中被打死。
苏哈托在执行任务时，总是强调他是总统的忠实执行者。他从没有忘记用苏加诺总统的各种头衔和称呼来恭维这位“伟大的革命领袖”，因为当时苏加诺总统在人民心目中仍是个很有权威的领导人。
1965年12月反对九三O运动和印尼共产党的行动，在苏哈托将军的怂恿和支持下，发展到新的高潮。印尼各大学，特别是雅加达大学各校园里都沸腾起来。他们的斗争矛头由反对印尼共产党发展到针对苏加诺总统，他们喊出“审判苏加诺！”“苏加诺辞职！”等口号，他们还提出“人民的三项要求”，即解散印尼共产党，改组两项人民命令 、内阁和降低物价等要求。与此同“哈托伯万岁！”的口号声也开始出现。苏加诺总统对学生的这些行动极为恼火。但当时他确实已无可奈何了。九三O事件后，苏加诺总统的威信日益下降，群众已不怎么听他的了。
1966年2月21日，在群众运动的强烈要求下，迫使苏加诺总统改组内阁，成立了“改组后的两项人民命令的内阁”。但改组后的内阁并不令人满意，因为这个内阁中仍然有不少旧面孔占据内阁职务，尤其解除在军中和人民中享有威望的纳蒂安的国防部长职务，更是引起群众的强烈不满。
当时游行示威的青年学生队伍想冲进独立宫，警卫人员被迫开枪打死一名学生，这引起学生抗议示威的更加高涨。但经苏哈托将军出面劝说终于平静下来。
在学生运动的高潮中，苏哈托将军同苏加诺总统在独立宫进行对话。他们谈了有关形势和印尼共产党的情况。苏哈托在谈话中，努力说服总统认清形势的变化。
这段时间，苏加诺总统在同苏哈托将军的频繁接触中，发现苏哈托有其自己的见解，不轻易接受他的命令。有一天，苏哈托曾对总统说，“伯，如果我们犯了错误后能后退一步该多好。我们后退是为了胜利。退一步是为了再前进好几步。”
但苏加诺总统在解散印尼共产党的问题上寸步不让。他不愿解散或取缔印尼共产党。他借口担心印尼共产党一旦被取缔，它会转入地下活动，那就更不好办。况且总统曾向世界各国兜售“纳沙贡” 体制，怕取缔印尼工产党后会被世人所耻笑。后来苏哈托虽建议由他宣布解散印尼共产党，而不以总统的名义，但总统仍不松口。
苏加诺总统迟迟不解散印尼共产党的暧昧态度引起一些人的更大不满。而苏哈托将军支持群众反对共产党的态度则受到一些人的拥护和欢迎。
3月11日上午，苏加诺总统在独立宫召开内阁会议。在会议进行中，总统的副官萨布尔准将向总统报告，来历不明的部队包围了独立宫。总统听了之后，借口有急事，便同苏班德里约和盖鲁尔·萨勒两位副总理一起匆匆离开会场，乘直升机飞往茂物。面对这一形势，苏哈托委托苏加诺的家属和好友做苏加诺的工作，劝说总统把权力移交给苏哈托将军。于是，苏加诺签发了一份《命令书》。《命令书》说，苏加诺总统命令苏哈托将军可以总统的名义采取一切必要的措施，以维持治安和社会稳定，保证政府的正常工作，确保苏加诺的人身安全和权威。
苏加诺总统签署这份《命令书》，标志着他大权旁落，他的总统、武装部队最高司令、伟大的革命领袖等桂冠已有名无实，而真正的实权却已紧紧地握在苏哈托将军的手中。
苏哈托将军接到苏加诺总统的《命令书》之后，并不喜形于色。他是善于克制自己的人。有了这一《命令书》，苏哈托将军第二天便迫不及待地作出“解散印尼共产党”的决定。
印尼共产党被取缔后，苏哈托将军紧接着宣布不准其他政党或群众组织接受原印尼共产党成员，并要求印尼共产党成员向就近的政府机构报到。
1966年3月，苏加诺总统再次被迫改组内阁，清除内阁中的印尼共产党成员，同时把人民代表大会中的印尼共产党代表由支持新秩序的人物取代。6月，临时人民协商会议召开全体会议推选纳苏蒂安将军为主席。同时，确认了《3月11日命令书》，这意味着苏哈托将军获得“临时人民协调会议”的委托，其地位更加合法化了。会议还批准通过解散印尼共产党，并决定禁止马列主义和共产主义在印尼土地上的存在。
会议撤销赋予苏加诺的“伟大的革命领袖”和“终身总统”的头衔。并责成苏加诺向临时人民协调会议报告他在九三O事件前后的所作所为。
会上，苏哈托指责苏加诺违背国家和民族的利益，不仅不对九三O运动和印尼共产党的主要领导人采取措施，反而保护九三O运动和印尼共产党的领导人。当时在会外有许多示威者，他们对苏加诺总统的谴责越来越激烈，要求苏加诺辞职。
这次会议大大地加强了苏哈托将军的地位和权力。会议虽然仍保留苏加诺的“总统”头衔，但“总统”已名存实亡。实际上他已被推到被告的席位上了。
1967年元旦，掌握国家最高领导权的苏哈托将军，以内阁主席团主席的身份向人民作了年终报告。报告着重谈经济问题，谈政府关于改善人民的生活状况。这同过去苏加诺在这个时候大谈政治或意识形态问题形成鲜明对比。苏哈托朴实无华的报告也使人耳目一新。苏哈托的报告受到群众热烈的欢迎。
在尖锐的政治冲突的气氛中，政界和军方许多人督促苏哈托出来当总统。他们希望苏哈托能马上接管国家政权。但苏哈托拒绝采取简单的办法接管国家政权。
当苏加诺决定交出领导权时，苏哈托却建议希望苏加诺保留“总统”的头衔，但他不再掌握实权。那就是说让苏加诺在其位，但不谋其政。苏加诺开始不干，但在几位军区司令的说服和压力下，只好接受这个建议。
当时紧张的政治气氛仍未见缓和。支持和反对苏加诺的群众的对立日益白热化，政治冲突有一触即发的危险。这时一些政界和军界人士又向苏哈托重提总统的职务问题，他们说服苏哈托接受当总统的建议。苏哈托的背景人们都了如指掌，他从未受过当总统的那种教育，但他们完全信任苏哈托能胜任这一重担。经过同军政人士的反复商讨和讨价还价，苏哈托终于表示可以“试一试”，先担任为期一年的“代总统”职务。苏哈托说，在这一年期间，大家再考虑考虑，他是否能胜任这一职务，或者在这段时间发现更为合适的人选。
苏哈托一再推辞出任总统，并说出了许多谦虚的客套话，无非想表明他并没有当总统的野心，他出任总统职务是鸭子上架出于无奈。1967年3月，临时人民协调会议召开特别会议，会议一致推选苏哈托将军为印度尼西亚代总统。
苏哈托任代总统，标志着苏加诺时代的结束，苏哈托时代的开始。从此后，苏加诺不仅从权力顶峰一落千丈，成为平民，而且还成了阶下囚，对他进行“政治隔离”。
苏哈托代总统一年的任期即将结束之际，政界人士和各军种司令又向他表示，请他担任总统职务。在1968年3月临时人民协商会议上，苏哈托当选为总统。这样，苏哈托将军在镇压九三O运动两年多的时间后顺利地走向总统的宝座，成为印尼共和国第二任总统。
自此之后，尽管有人批评治国权力过于集中，令苏哈托一家在商界享有极大的影响力�