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戊戌八月之变，康有为流窜他邦，清廷惟株连其党，西太后复垂帘训政。
“以抑格言路，首违诏旨，尽夺礼部尚书、侍郎职。旧臣疑惧，群起指责有为，御史文悌复痛劾之。上先命有为督办官报，复促出京。”（《清史稿》卷四三七）
召荣禄入政府，直隶总督兼北洋大臣着袁世凯暂行护理。
第三节护理北洋大臣之时期
袁世凯以新进之候补侍郎，望浅资轻，辄护理首领之总督，其时流言四起，谓袁与康同谋，且尔时抄康南海会馆邸寓，得袁与康密信甚多。康党皆株连，朝廷所以不罪袁者，以其兵权在握，防其变乱也。故令护直督以羁之，俟徐撤其兵权，遣散其军队，再治其罪，而袁若未闻也。但此语传至军中，兵以将被裁撤，众心惶惶。袁令其执法营务处下令悬赏，有拿获造谣言惑乱军心者，赏银五百两；知情不举者同罪。旋即将此种谣说禀告荣禄。荣以朝内方生变端，风波未息，宜安军心。遂奏请于西太后曰，皇上前用康逆之谋，曾下幸津校阅之诏，兹宜收回成命。以该军等操演勤劳，赏银若干，以安军心。清廷遂下诏云：
前经降旨，择于九月初五日，朕恭奉（中略）皇太后慈舆启銮，先赴南苑，再往天津，以次阅操。第本年节令较早，现在天气渐寒。朕侍奉慈躬，允宜璇宫颐养，以卫兴居。所有巡幸天津之处，著即停止。惟念国家讲求武备，本期亲临校阅，鼓舞戎行。近畿各军业已次第预备，该官兵等平日操演，不惮勤劳，朕心良深轸念。（中略）侍郎袁世凯所部新建陆军，著赏银四千两，（中略）以示体恤。该侍郎等仍当督率将士，随时认真训练，总期纪律严明，缓急足恃，毋负朝廷整军经武之至意。钦此。
袁奉旨后即具折谢恩，领赏分给将士，并安军心。其谢恩折云：
窃臣于光绪二十四年八月十四日，钦奉上谕云云。（中略）跪聆之下，钦感莫名。当即恭设香案，率领将士望阙叩头谢恩。伏念臣猥以樗材，忝司兰锜，枕戈矢志，愧无尺寸之微劳；负弩前驱，恭待銮舆之巡阅。兹复钦承玉诏，崇护璇闱，聿隆孝养之心，暂缓大搜之典。九重端拱，弥殷瞻天仰圣之思；万众铭恩，远过挟扩投胶之乐。皇仁共沐，列校腾欢。臣惟有益励戎行，精求武备，督率将士，随时认真训练。务期兵皆可用，饷不虚糜，以仰答高厚鸿慈于万一。
袁世凯护理直督虽无多日，而凡事均尚认真，不存五日京兆之心。时有福靖兵轮在海洋遭风，遇难员弁，袁为奏请抚恤，其遗族均感称袁德。北京虽人心惶惶，天津尚平静。迨裕禄到任，袁仍回小站练兵。然袁此时亦一危险境也。录其交卸折于下：
（上略）窃查新任督臣裕禄于八月二十日行抵天津，接印任事，臣即于是日交卸。伏查臣所部新建陆军，现驻小站一带，拱卫畿疆，是臣专责，巡缉操防，在均关重要。臣拟即驰回防所，督饬将领暨臣营武备各员司教习，认真训练课导，精益求精，以期储备将材，悉成劲旅。搜卒补乘，敢忘绸缪未雨之谋；秣马厉兵，冀收袍泽同仇之效。
当时中国之论袁者，仍以向与康同谋不轨，朝廷虽暂不究，终必发作。是年十月，袁世凯忽奉旨陛见。当袁入都时，咸谓袁恐不能生还矣，而袁之左右及其军中亦皆惶惶。计袁于是月二十三日抵都，二十四日召见。二十五日奉谕旨云：
候补侍郎袁世凯，著在西苑门内骑马，并乘坐船只拖床。钦此。
召见后袁仍安然回营，论者谓系荣禄力保，不然恐难免祸云。
清光绪二十五年春，荣禄疏称新建陆军经袁世凯勤加训练，现届三年期满，颇著成效，请准奖励。奉旨云：荣禄奏新建陆军训练三年，著有成效，请将出力员弁择尤褒奖一折。新建陆军经候补侍郎袁世凯悉心擘画，按照泰西操法，训练精勤，现在已历三年，确有成效。该侍郎勤明果毅，办事认真，深堪嘉尚。袁世凯着交部从优议叙，所有该军得力员弁，着荣禄传知该侍郎，准其择尤酌保。
袁世凯自得交部从优议叙，于五月初九日奉旨：
工部右侍郎兼管钱法堂事务，着袁世凯补授。钦此。
时光绪帝忧闷成疾，不亲朝政。袁之迁升，皆西太后之旨意斯时也即康有为在新加坡倡言西太后监皇上于瀛台，享以玻璃粉者也。。
袁得补侍郎，即具折谢恩云：
奏为叩谢大恩，恭折仰祈慈鉴事：窃臣伏读邸钞，（中略）白天闻命，伏地增惭，当即恭设香案，望阙叩头谢恩讫。伏念臣一介庸愚，毫无知识，昔奉使于海外，叨拜监司；继典兵于畿南，谬陈臬事。愧乏涓埃之报，叠邀高厚之恩。超迁远过乎寻常，班列遽跻诸卿贰。实形尘忝，时切冰兢。兹复渥荷温纶，真除水部，职考工而六官幸附，稽阙法而九府兼司。自顾辁材，膺斯宠遇，鹈濡益忧其不称，鳌戴弥觉其难胜。惟有趋叩宫门，跪聆慈训，瞻天仰圣，稍纾依恋于九重；竭力殚心，冀答生成于万一。所有微臣感激下忱，谨缮折具奏，叩谢天恩，伏乞皇太后圣鉴。
按：时人见袁之谢恩疏，谓其目无皇上。不知袁仍有谢光绪帝一疏。兹并录于左：
奏为叩谢天恩，恭折仰祈圣鉴事：（中略）伏念臣中州下士，才识凡庸。浙水分巡，愧无坠露轻尘之报；畿疆陈臬，常懔素餐赤芾之讥。未建寸功，谬膺内转。一心兢业，五夜惭惶。兹复钦奉温纶，祗承特简，率百工而兴作，忝职司空，台六府以交修，兼综圜法。凡此宠荣之叠被，惧怍捣昧所能胜。臣惟有趋诣阙廷，叩求训诲，仰聆天语，冀稍宽陨越之愆；俯励冰心，当奋勖从公之志。所有徼臣感激下忱，谨缮折具陈，叩谢天恩，伏乞皇上圣鉴。
第四节巡抚山东
西太后此次临朝，内倚李莲英，外任荣禄。李、荣两人皆与袁有密切关系。故袁慈眷极隆，其权亦日渐澎涨。是年冬山东拳匪倡乱，巡抚毓贤被御史弹劾，荣禄遂保袁世凯办事悉合机宜，才堪大用，得署理山东巡抚。奉旨曰：
毓贤着来京陛见。山东巡抚著袁世凯署理，即行来京请训。钦此。
溯袁世凯自戊戌秋至此，仅期年耳，由臬司开府畿疆，可谓不次之迁，而在袁犹有未洽意者。袁世凯练新兵煞费苦心，一旦移交他人，势必变更，使数载经营尽归乌有。西太后与荣禄亦虑及此，故著袁来京请训，时于新建陆军并未派人接统，俟与袁面商。袁召见时，西太后问新建陆军归何人统率合宜？袁对以数年来如何训兵，如何练将，如何选械，皆中国从来所未有，虽不敢称劲旅，但所有军队，均可与东西各国相比较。近常有外国兵官到臣营看操，亦皆啧啧称赞。惟旧日统兵大员，多不以臣之训练为然，接统之人，臣实不敢妄拟。臣之部下虽有一二精通兵学之员，亦皆望浅资轻，难胜巨任。盖将不得人，有用之兵皆为无用，臣数年心血固无足重轻，但数百万国帑似宜珍惜。袁奏对后即往谒荣禄，谓山东土匪猖獗，又加以义和拳邪术惑民，势诚可虑。本省防营皆老弱不堪，如准将新建陆军带往山东，既可剿灭土匪，又可随时训练，实一举而两善备焉。否则世凯实不忍舍此数年训练之师，坐令废弛也。愿仍司练兵事，并详言历年训练之苦衷与新军之大可恃，中堂若见世凯所著之兵书，便得其详细矣。荣遂转奏西太后，于是遂准袁带队赴任，以资训练。是袁既任疆寄，复绾兵符，盖以一身而兼两任矣。
袁世凯奉命后，遂由小站拔队直赴山东巡抚新任，舳舻千里，顺流而东。
“今请先述其任东抚时之秘史，彼署理山东巡抚之日，正鲁省义和团滋蔓之时。先是前抚毓贤夙仇视外人，遇有交涉案件发生，不问事理曲直一意持强硬态度，袒民而抑外族。语云：‘上有所好，下必有甚焉者’。鲁省民风强悍，而无意识之徒十居八九，久之遂演成排外之举动。初，山东堂邑本有八卦教，旧名曰：‘义和会’，素精拳术，其派分二系，曰坎字拳，曰乾字拳，盖为林清与离卦教之余孽。教中无分老幼尊卑，悉以师弟、师兄称之。彼自谓熟练一种柔术，凡枪炮、刀戟皆所弗惧，以故四方无赖子弟，失业游民，悉归附之，于是声势益大，当李秉衡抚鲁时，震惊其名，曾招其党从。入署见两党魁各手持红灯一，叩之故，彼自言此红灯为教主二目，光线所及，枪炮弗能举火。李信之，厚赉有加。及毓贤莅任，循萧规曹随成例，与义和团深相纳，其宠遇尤过李也。适义和团戕杀临清教堂神父一案，毓贤为御史弹劾罢官。世凯趁间请于荣禄，保荐接任其事。西后以世凯破坏康梁阴谋曾有功于己也，乃许之。世凯又请挈小站训练新军俱住，后可其请，遂于光绪二十五年十一月二十四日将兵而抵济南。”（《袁世凯轶事》）
当袁告荣禄表其练兵方略，有兵书一语，茉奏西太后极言袁训练之精，皆取法西洋，非他人所能及，其所著兵书甚详。又格外说得热闹，西太后闻之，亦甚好听，遂诏命袁世凯进呈兵书。
论袁世凯之训练，不过初具规模，其所著之《练兵要则》，于兵事上各种方略亦不过得其大概。虽然当中国军事幼稚时代，创始改良谈何容易？能得其大要，微袁世凯尚无其选。苟能从此研究，是亦未可限量。袁世凯之《练兵要则》，成于光绪二十五年，迄今将近十年，使当时上下一心，力求进步，不难与世界各国齐驱并驾。惜哉清国人凡事皆浅尝辄止，亦不仅军事一端也。以向无学术之袁世凯，竟能立说著书，发明军事，虽不尽亲手制造，然主动者袁也。考中国发明科学，�