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在御字48年之后，万历皇帝平静地离开了人间。他被安葬在他亲自参与设计的定陵里，安放在孝端皇后和孝靖皇后即恭妃王氏的棺椁之间。他所宠爱的贵妃郑氏比他多活了10年。由于她被认定是国家的妖孽，她得不到任何人的同情。这10年，她住在紫禁城里一座寂寞的冷宫中，和她的爱子福王永远睽离。福王本人也是一个祸患，据说万历生前赠给他的庄田共达400万亩。由于成为众人怨望之所集，也没有人敢为他作任何辩解，说这个数字已经被极度地夸大，而且大部田土已折银每年未逾20000两。
奇怪的问题是，皇位的继承问题早已解决，万历皇帝又龙驭上宾，而关于当年延搁立嗣的责任之争，反较问题没有解决的时候更加严重。每当提及往事，就有许多廷臣被卷入，而且舌战之后继以笔战。这时朝廷中的文臣已经分裂为若干派别，彼此间无数的旧恨新仇需要清算，激烈的争论则常常肇始于微不足道的衅隙。万历皇帝几十年的统治，至此已经造成了文官集团中不可收拾的损伤。
皇帝是一国之主，他应当尽心竭力以保持文官集团的平衡。做到这一点是很不容易的，除了公正和不辞劳瘁以外，还需要超出寻常的精明能干。针对文官的双重性格，需要给予物质上的报酬使他们乐于效劳，也要动员他们的精神力量，使他们根据伦理道德的观念尽忠国事。这两项目标的出发点已有分歧，而皇帝能用来达到目标的手段也极为有限，概言之，不出于人事的升降和礼仪的举行。而万历皇帝的所作所为，正与此背道而驰。他有意地与文官不合作，不补官的做法等于革除了最高名位。他们鞠躬尽瘁，理应得到物质上的酬报，升官发财、光宗耀祖，此时都成泡影，使他们的毕生心力付之东流。再者，他又把伦理道德看作虚伪的装饰，自然就不在这方面用功夫。很多把孔孟之道奉为天经地义的文官，至此也觉得他们的一片丹心已经成了毫无意义的愚忠。
表面上的宁静通常是虚幻的。文官集团缺乏应有的和衷共济，反而集中了无数的利害冲突，形成了一个带有爆炸性的团体。在万历皇帝御宇的48年中，特别到了后期，大臣们已经看透了中枢无复具有领导全局的能力，也就不得不以消极敷衍的态度来应付局面。此类态度类似疫气，很快就在文官中流传，使忠于职守者缺乏信心，贪污腐败者更加有机可乘。这种不景气的趋势愈演愈烈，使整个王朝走到了崩溃的边缘。其所以能勉强维持，实在是因为替代的办法尚未找到。而像我们这样庞大而历史悠久的帝国，即使在不利的条件之下，仅凭惯性的作用也可以使这个王朝继续存在若干年月。
这种气氛，不消说令人悲观。有一部分文官，即以后被称为东林党的人，发愤要力挽狂澜。他们的理想是，精神上的领导力量可以在皇帝的宝座之外建树。他们从小熟读《四书》和朱熹的注释，确认一个有教养的君子决无消极退让和放弃职责的可能，需要的是自强不息的奋斗。这些以君子自诩的人物，不论在朝在野，总是标榜自己的品德，而指斥和他们不合的为小人。其后，这一派中的若干人被任命为吏部和都察院的官员，职司百官的考察和弹劾。在定期的考核中，他们大刀阔斧地斥退他们心目中认为萎靡不振的官员。
这种重振道德的运动，其标榜的宗旨固然极为堂皇，但是缺少了皇帝的主持，其不能成功已在预料之内。皇帝也是人而并非神，即使他的意志被称为“圣旨”，也并不是他的判断真正高于常人。他的高于一切的、神秘的力量是传统所赋予，超过理智的范围，带有宗教性的色彩，这才使成为他的决断人间最大的权威。如果官员们承认他的决断确乎出于他自己而非出于佞幸的操纵，那么即使有欠公允，也可以使大家绝对服从。东林党当然不能具备这样的绝对权威，更何况当日两万名身穿锦袍的文官，作为一个整体，已经丧失了评定善恶的标准，仅凭这几十个自诩为品德优秀的官员，反倒能订出一个大家所承认的标准？这几十个官员尽了很大的力量，要重新建立一种能为别人所承认的道德伦理，结果却事与愿违。反对他们的，也同样地使用了他们治人之道，即用道德伦理的名义组织他们的集团以资对抗。
万历的去世，失去了最后的缓冲因素。互相猜忌的小团体至此公开地互相责难。一连串的问题被提出来了：当初先皇对继承人的问题犹豫不决，在中枢任要职的人何以不慷慨直言？王锡爵身为首辅，居然同意先皇提出的三王并封的主张，即皇长子常洛、皇三子常洵、皇五子常浩同时不分高下地并封为王，这是何居心？要不是大臣们缺乏骨气而作迁就，先皇何至把“国本”问题拖延得如此之久，致使后果难于收拾？据说郑贵妃还有谋害皇长子的阴谋，何以不作彻底的调查追究？这些问题，没有法律上的程序可供参照以找到答案，但是在感情上则带有强烈的煽动性。提出问题的人自己也未必有寻根究底的决心，而只是利用这些问题作为控诉的口实，把食指指向反对者的鼻子，借此在党争中取得主动。
本朝的制度，应当说是不能听任这种党争发展的。我们的司法制度极为简单，缺乏判决争端的根据。即使是技术上的问题送交御前请求决定，也要翻译成为道德问题，以至善或极恶的名义作出断语。在这种具体情况下，只有使全部文官按照“四书”的教导，以忠厚之道待人接物，约束自己的私心，尊重别人的利益，大事化小，小事化无，朝廷才能上下一心，和衷共济。要是官员们口诵经典中的词句，称自己为君子，别人为小人，在道德的掩盖下夺利争权，这就是把原则整个颠倒了。这种做法会导致文官集团的涣散，进而导致我们的帝国无法治理。这不必等到1620年万历的灵枢抬到大峪山下葬的时候才能明白，1587年申时行说的“自古国家未有如此而能长治久安者”，已经把这个道理说得十分清楚了。
但是当日的申时行并没有足够的力量影响舆论，此后的影响则更为微弱。皇位的继承问题发生在他担任首辅的时候，所以很多人都感慨在这紧张的几个年头之内偏偏碰上了这样一个软弱无能的人做了文渊阁的首脑。
1591年申时行被迫去职的时候，舆论对他已经丧失了同情。这原因需要追溯到上一年，即1590年。这一年之初，皇长子常洛只有足岁七岁半，但按中国传统的计算方法，他已经9岁。这时他还没有出阁讲学，给很多廷臣造成了不安，担心他长大以后不能和文官作正常的交往。但是出阁讲学，他又必须具有太子的名义，否则就是名不正言不顺。问题迫在眉睫，所有的京官集体向文渊阁的四个大学士施加压力，要求他们运用自己的声望，促使万历册立常洛为太子。于是，以申时行为首的四个大学士向皇帝提出了辞呈，理由是他们无法向百官交代。皇帝当然也不能接受他们的辞呈，因为他们一去，就不再有人敢接受这个首当其冲的职位。
于是皇帝宣布，他无意于废长立幼，但是他不能接受臣下的要挟。他说，如果一年之内廷臣不再以立储一事打扰他，他可以在1592年立常洛为太子。如果再有人以此纠缠，立储就要延后。在这一妥协的条件下，各位大学士才回到文渊阁继续办公。
在这一年里，群臣遵照万历的意见不再以立储相催促，但却都感到了气氛的沉重。也有很多人怀疑申时行已经为皇帝所利诱，而在运用他的声望引导京官，使他们拥护常洵。1591年春天，万历打算授予申时行以太师，这是文官的最高职衔，即使是张居正，也只是在临死前才得到了这样的荣誉。申时行坚决辞谢，万历又提议赐给申时行以伯爵的俸禄，这也是没有前例的。申时行又一次极其惶恐地声称他没有功德可以接受这样的恩赐。以上的提议虽然都没有成为事实，但是已经使申时行感到窘迫。这种特殊的宠信使别人因羡生妒，给他执行皇帝和百官的联络职务增添了困难。申时行纵然以长厚著称，但官员们决不会愿意这个位极人臣的首辅再立下拥立太子的新功。就在这时候，他又成为舆论攻击的对象。那一年的阳历9月，福建金事李琯参劾首辅，说申时行主持的大峪山陵寝工程出了问题，按照他的情报，地基内已有水涌出。这位远在数千里外的地方官，冒着丢掉前程的危险来参劾首辅，其目的不外乎公开警告申时行：你虽然深得皇帝的信任，但是文官集团仍然有足够的力量动摇你的地位，如果你不对全体文官负责的话。这位上书言事的官员在事后被革职为民，但在文官们看来，这种牺牲决不会是没有意义的。此人既已博得了忠臣的名声，而他的计算如果正确，他日复职加官，也是意中之事。
阳历10月，工部的一位官员因为皇帝允诺的册立太子的期限在即，立储大典的各项开销理应由他负责筹备，他就编造预算，呈请皇帝批准。皇帝的朱批使全体文官为之瞠目咋舌。朱批说，他早已声明不准臣下在一年之内催促他立储，这个工部官员借编造预算为名而行催促之实，这就是违反了他的命令，而他也就必须按照声明中所说的那样，把立储延后。这种故意的节外生枝不禁使群臣深感忧虑，人君如此缺乏诚意，他将用什么来维持威信，统治国家？于是他们联名奏请皇帝收回这一朱批，并希望他亲口许诺的明春立储一事能付诸实现。因为申时行正在病中，内阁大学士的联名呈请，由二辅许国执笔。但这份奏章仍然由申时行领衔。
这一大规模的抗议使龙心赫然震�