，仅仅刚恢复到可以通车的程度。横滨至东京的这条路，原为工业繁盛区域，日本投降前已被炸光；路旁的高楼大厦、工厂花园统统不见了，所见的只是一堆堆堆在路旁的破铁、乱板、残瓦、柱烬等。面对此情此景，李济感慨万千：“将近１０年的抗战及窜逃西南各省的经验，使我此时只感到悲悯：战时的那股怨气，似乎软化了，收缩了，隐蔽了；在那时我确实没有任何称快的心情。”
应该说，这次由美国主持的盟军总部的工作做得十分周到。此前，李济得到南京美国使馆的通知后，盟军总部就派了一位“中国通”的美国人史克门少校特别先到上海来与他接洽，但是他却错过了。
日本的前一天，他去访史克门少校，少校又未到；到了东京的第三天，他又去找少校，少校却已飞往上海了。
李济到东京后所见的第一个美国人是美国海军司令斯脱特。斯脱特中等身材，灰色眼睛，平常最喜欢穿的衣服，就是黑色海军制服，他给李济留下的印象是：“一位很诚恳率直的人”。在服役海军以前，斯脱特曾是一位富有经验的博物馆工作者。最初他听说李济他们来日本寻找“北京人”，“似乎感觉到有一点惊讶”，等李济将有关“北京人”的前后发掘情况以及它的重大意义与他交谈后，他很快便理解了中国人为什么要苦苦寻找“北京人”了，同时也理解了中国对于文化教育注重的意义，并为中国人对古文明执著的追求精神所深深打动。
斯脱特司令告诉李济的第一件事情，就是关于“北京人”的消息。遗憾的是，他谈的消息却是一个很坏的消息———斯脱特对李济说：“盟军总部已查询东京帝大的教授，据他们的说明及答复，‘北京人’不在东京，也不在日本。”
“这……事情怎么会是这样呢？有两篇报道不都报道说，已经在日本发现了‘北京人’吗？怎么转眼间‘北京人’又不在东京，也不在日本了呢？”李济感到很是惊讶，甚至简直难以置信。但斯脱特司令官的话又说得十分肯定。从对方的口气中，李济明显感觉到，斯脱特的话决非儿戏，而是十分慎重。
“我也不希望事情变成这样，但目前我得到的情报就是如此。”斯脱特摊了摊手，有些无奈地说。
“斯脱特先生，我恳切地希望您再协助我们查证一下，如果事情果真如此，是一件非常令人遗憾的事情。不过，希望您能协助我们再找一找新的线索。您知道，‘北京人’对中华民族这样一个古文明国家来说，是很重要很重要的。”李济再次强调说。
“这我理解。放心吧，我会尽力的，李先生。”斯脱特满口答应，十分爽快。
李济先生与斯脱特道别后，接着就开始了对“北京人”的寻找。他当然清楚，要想在日本找到“北京人”的线索，首先必须找到日本东京帝国大学的长谷部言人和高井冬二。
然而，李济费尽周折，始终找不着长谷部言人和高井冬二。有关人士向他介绍说，这两个曾以学者身份多次反复出现在中国的教授，于１９４２年底返回东京后，便开始对从中国拿回的化石标本进行潜心研究。日本战败后，两位曾经风光一世的教授顿时失去了往日那种春风得意、霸领天下的“英雄气度”，很快变得神情恍惚、老态龙钟了。他们同所有参战和被战争所累所害的日本人一样，最终不得不受到了历史的严厉惩罚，进而陷入了战败后精神的巨大痛苦和绝望之中，不久便听说隐身于某个乡村角落里，再也无从寻找了。
真实的情况到底如何，李济难以作出判断，也无法判断，只能无可奈何地中止了对长谷部言人和高井冬二的查找。
李济随后又和号称“中国通”的盟军总部的美国史克门少校取得了联系。史克门少校于４月８日由上海返回东京后，４月９日便与李济会了面。由于他对中、日两国的历史文化有甚深的造诣，故二人的谈话开展得既快又顺利。
可惜的是，史克门少校同样否认了他们已经找到了“北京人”化石标本的事实。李济的希望再次落空。不过，在这次会晤中，史克门少校向李济表示了七点意见：
（一）京都大学的梅原末治教授想约我当面谈退还日本劫掠的中国古物问题，他很赞成并愿前往；
（二）盟军总部管美术品与纪念品物品的一组，保存有“珍珠港事变”后日本广播新闻的全份，其中有数条记载日本搬运中国古物的消息，可作中国代表团参考；
（三）现在总部所订的规则为：凡是有确实证据、并及容易辨认为日本战时劫掠的属于盟国的器物，总部均可代为搜寻并退还原主；
（四）在平时劫掠的美术品与古物，总部不拟办理；
（五）周口店上洞层的遗物，已由盟军总部保管，可以退还中国；
（六）中央图书馆的书籍现在东京，可以咨请盟军总部代索；
（七）要日本政府命令日本收藏家各编一完备的收藏目录送盟军总部及各国代表团作参考，可以考虑。
史克门少校的这七条意见，有几条是对一些问题的答复，有的则代表的是盟军总部已经采定的立场，大致与斯脱特司令所说类似。
少校谈完意见后，又与李济商量下一步如何查找的问题。由于东京除了沿皇宫区域及大学一带，大半都炸毁了，旧日收藏多已下乡或已散失，所以在那里可以说没有什么看头。而京都却完全不同，大战期间没遭任何轰炸，有关教育文化的事业更没停顿过，又为收藏家集中之地。因此，史克门少校提议，一起去京都走一趟，到那里好好查找查找，说不定在那里能找到“北京人”。李济满口答应，因为这也正是中国此次日本之行的计划内容之一。
史克门少校和李济一行当即赶往京都。他们在京都共住了七天，李济与史克门少校同住一个饭店，差不多朝夕相见，且同桌吃饭的时候甚多，李济便尽量利用这些机会与史克门少校多交换意见。史克门少校是一位爱好东方艺术的人，很富有收藏经验，对于中国抗战前的考古工作也甚为熟悉，并认识很多的东方学者，所以两人很谈得来，谈的范围也相当的广泛。自然，他们各自也都有必须保留的部分，对此都很理解，彼此心照不宣。但一般说来，史克门少校是很同情中国的愿望的。
在此期间，李济曾提出三个问题征询史克门少校的意见：
１．中日的战争，应该从何年算起？２．日本军阀在中国毁坏的文物，日本应该如何赔偿（例如上海商务印书馆的东方文化图书馆、南开图书馆等）？３．未经中国政府允许（伪政府的允许当然不算），日本人在中国发掘器物，应如何处理？
关于第一个问题的答案，当时有四种不同的说法：即（１）从“珍珠港事变”算起；（２）从“七·七”事变算起；（３）从“九·一八”算起；（４）算到甲午战争那一年。对此，史克门少校认为，自“九·一八”起似乎最合理，但应该呈送到高一层的机关决定。毁坏的古物应该赔偿，盗窃的古物应该归还，这在原则上应无问题，但具体的办法仍应遵守“有切实证据的”及“可以辨别的”两个标准。
史克门少校的这些意见应该说大致符合中国代表团的期望，不过真正实行起来，盟军总部似乎也不是那么痛快，或者说显得很困难。至于何以如此，不得而知。
一日，盟军总部有一个叫鲍尔士（ＧｏｒｄｏｎＢｏｗｌｅｓ）的高级美国顾问，在京都碰见了李济。鲍尔士曾在哈佛大学研究民族学，也在西藏考过古，与李济是旧相识了。两人在日本相遇，自然都很高兴。当鲍尔士得知李济所遭遇的困难后，很坦诚地对李济说：“美国政府对于中国要求日本偿还劫掠的文物，是极同情的，但英国却不一定。他们对于‘劫掠’一词（斯坦因等在新疆、甘肃一带的行为）极为敏感，不一定会帮助中国。所以，我的意见这事最好就在盟军总部办理最好，不要推到ＡｌｌｉｅｄＣｏｕｎｃｉｌ去决定，那里是不会得到什么好结果的。”
听了鲍尔士的话，李济已心中有数。但可惜的是，他和史克门少校在京都寻找了整整一个星期，还是没有找到“北京人”。
在余下的日子里，李济依然坚持在日本四处奔波，八方打听，哪怕有一点点与“北京人”相关的线索，他也要亲自过问，亲自查询。但依然没有什么新的线索。
这是怎么回事呢？在日本找长谷部言人和高井冬二，本来是一件不应该成问题的事情，可有关人士却推说：“地址不明，难以查询”。再者，去年１１月１９日美联社就曾向世界发布了“‘北京人’遗骸在日本发现”的消息，今年１月１日英国路透社又发表了“‘北京人’将由日本归还中国”的消息，但现在，为什么以美国为首的盟军总部对“北京人”到底找到没找到，找到后到底在谁的手里，又避而不谈甚至干脆从根本上加以否定呢？很显然，“北京人”还在日本人手上，或者遗失在了别的什么地方，是完全可能的；但谁又可以断言，美国就一定没有从日本人手上将“北京人”揽入自己的腰包呢？
李济把有关寻找“北京人”的情况向中国代表团团长朱世明将军作了汇报。朱世明将军听了后，感到问题比较复杂，也很棘手，便当即给盟军总部发去一份《备忘录》，请求盟军总部继续协助查找“北京人”和其他人类学标本之下落。该《备忘录》原文如下：
备忘录
致威娄柏中将
参谋长助理主文：为送还周口店的人类学材料及中国猿人的研究记录
１．根据报告，以下各项物件在战时从北平中国地质调查所新生代研究室被送到日本：
（１）“北京人”标本，包括７个头骨，１２个下颌骨，一些牙齿及骨骼材料。
（２）周口店第１地点，第１５地点及山顶洞