在谈到边区问题时，林伯渠提出，边区辖区及民主制度不变。国民党代表提出，把边区改为陕北行政区，直属行政院，实行国民政府的法令。在第五次会谈时双方商定，将历次会谈双方意见整理成记录，经双方代表签字后各自向中央报告，请两党中央作最后决定。会谈记录凡4项17条，全文为：
甲、关于军事者
一、第十八集团军暨原属新四军之部队，服从军事委贝会之命令；
二、前项部队之编制，最低限度照去年林彪所提出四军十二师之数；
三、前项部队经编定后，仍守原地抗战，但须受其所在地区司令长官之指挥，一俟抗战胜利后，应遵照中央命令移动，以守指定集中之防地；
四、前项军队改编后，其人事准由其长官依照中央人事法呈报请委；
五、前项军队改编后，其军需照中央所属其他部队同样办法，同等待遇。
乙、关于陕甘宁边区者
一、名称可改称陕北行政区；
二、该行政区直属行政院，不属陕西省政府管辖；
三、区域以原有地区为范围（附地图），并由中央派员会同勘定；
四、该行政区当实行三民主义，实行抗战建国纲领，实行中央法令，其因地方特殊情形而需要之法令，可呈报中央核定施行；
五、该行政区预算，当逐年编呈中央核定；
六、该行政区及第十八集团军等部队，经中央编定发给经费后不得发行钞票，其己发之钞票，由财政部妥定办法处理；
七、该行政区内，国民党可以去办党办报，并在延安设电台；同时国民党也承认中共在全国的合法地位，并允许在重庆设电台，以利两党中央交换意见：
八、陕甘宁边区现行组织，暂不予变更。
丙、关于党的问题
依照抗战建国纲领之规定，予中共以合法地位，停捕人，停扣书报，开放言论，推进民治，立即释放新四军事件而被捕之人员，及一切在狱之共产党员，如廖承志、张文彬等，并通令保护第十八集团军之军人家属。
丁、其他
一、中共表示继续忠实实行四项诺言、拥护蒋委员长领导抗战，并领导建国；国民党表示愿由政治途径公平合理解决两党关系问题；
二、撤消陕甘宁边区之军事封锁，现在对于商业交通，即先予便利；
三、敌后游击区的军事政治经济问题，服从国民政府及军事委员会的领导，一切按有利于抗战的原则去解决。＇秦孝仪：《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》第5编，中共活动真相（4），台北1985年版，第258～259页。＇
显然，中共代表对国民党的要求作了很大的让步。尽管如此，当林伯渠按约首先在记录上签字后，国民党代表却违背前约，拒绝签字＇《林伯渠传》，红旗出版社，1986年版，第298页。＇。
5月17日，国共双方谈判代表一起飞重庆继续谈判。
国民党方面对中共代表来渝谈判作了精心准备。早在2月中共决定先派林伯渠赴重庆谈判时，国民党方面就多次召开会议，商讨制定林伯渠来渝后的对策。梁寒生、吴铁城、张厉生、陈布雷、陈立夫、潘公展，何应钦、徐恩曾等军政要员，多次聚会嘉陵新村4号，研究“关于林伯渠来渝对策”和“对中共政治解决方案”。关于谈判的原则，决定“注重其宣传性，而不期待其成功”，“在大的原则上坚持，俾中外人士易于理解”，“对具体细目表示无不可以商量之态度”。＇《林祖涵来渝事件应付之要点》，中国第二历史档案馆藏。＇
3月15日，蒋介石就林伯渠来渝与外籍记者赴延安作专门指示：“此次林祖涵之来渝”，“我方应首先提出之最重要者，为军政、军令之统一，中共方面必须遵守。”“我方与之谈判，所持军事与政治之根本要求，两相比较，政治方面可酌予放宽一步，但于军事方面之军政、军令与纪律三者，必须坚持绝对之统一，要求其严格遵守，而不容有丝毫违反”。＇《关于外籍记者赴延安及林祖涵束渝之准备注意事项》，中国第二历史档案馆藏。＇
国民党为执行上述方针，同时也为了防止林伯渠到重庆后扩大中共在国际上的影响，制订软化、监视林伯渠的活动计划：
（1）即电西安注意林到西安后之活动，并派员随车到渝，注意其在途次之动态与表现。
（2）到渝后，借招待之名，指定住所，派宪兵担任警卫，借以监视其行动。
（3）发动与林过去有友谊关系之党国元老与之往来，以感动之，设法使其表示愿意脱离延安。
（4）派精通外语及有政治修养之干部，充任对林招待，经常随林出入。
（5）控制其与外人接近，其与外人谈话，事先予以劝导，发言不得违背国家民族之立场，
（6）请其到中政校讲话，摘予发表并予以评论。
（7）运用各党派对我抱好感之人士与林谈话，表示劝告中共放弃军权政权以谋国家之统一。”＇《林祖涵来渝后我方应付对策》，中国第二历史档案馆藏。＇
甚至在公布谈判的消息问题上，国民党也费了一番苦心：“在商谈已有不成之见端时”，应由国民党中宣部向外公布。“若《新华日报》披露谈商不能成就时，扣留其消息，而先由（国民党）中宣部发布‘如中共以大局为重，此次谈商必有适当之结论’之乐观消息，以混乱《新华日报》之报导。”＇《林祖涵来渝事件应付之要点》，中国第二历史档案馆藏。＇
由于国民党没有谈判的诚意，所以当22日林伯渠将中共中央向国民党中央执行委员会提出的《关于解决目前若干急切问题的意见》，共二十条，交给张治中、王世杰后，他们认为所提条件太多，拒绝转呈蒋介石。中共中央6月3日复电林伯渠、董必武，决定将原提案的二十条改为十二条，小问题改为备忘录。
中共十二条的主要内容是：
国民政府实行民主政治，保证言论、出版、集会、结社及人身之自由；
开放党禁，承认中共及抗日各党派的合法地位；
中共军队应编为16个军47个师，目前至少给5个军16个师的番号；
中共军队的防地在抗战期间维持现状；
在物资上充分接济八路军和新四军；
承认陕甘宁边区及华北根据地民选抗日政府为合法地方政府，撤销对各抗日根据地的军事和经济封锁；
释放各地的被捕人员等。＇中央档案馆：《中共中央文件选集》第14册，中共中央党校出版社，1992年版，第341～343页。＇
上述各条合情合理合法，但仍遭拒绝。
6月5日，张治中、王世杰向林伯渠面交了国民党《中央对中共问题政治解决提示案》。这个《提示案》对于中共提出的有利于抗日和两党合作的要求一字未提，反而要借谈判达到其削弱中共力量的目的。其主要内容：在军事上，规定“第十八集团军及其在各地之一切部队，合共编为4个军10个师，其番号以命令定之。”在根据地政权问题上，规定把陕甘宁边区的名称“定为陕北行政区，其行政机构称为陕北行政公署”，实行中央法令，根本没有提到敌后各抗日根据地的政权问题，对中共的合法地位等问题也是只字未提。＇秦孝仪：《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》第5编，中共活动真相（4），台北1985年版，第269～271页。＇
这个提示案正如周恩来所揭露的那样，“集中起来就是要我们做三件事：第一，十个师以外的队伍全部限期取消。第二，规定要十个师集中到哪里就必须到哪里。第三，敌后解放区所有的政府一律都交给流亡重庆的省政府接收。”＇《周恩来选集》上卷，人民出版社，1983年版，第204页。＇
这样的条件，中共当然无法接受。6月11日，林伯渠写信给张治中、王世杰，指出张、王拒绝中共提案，又不转报国民党中央，只片面要求中共接受国民党的提示案，阻碍了谈判的进行。6月15日，张治中、王世杰复信林伯渠，称已将中共十二条意见转呈国民党中央，但解决办法仍照国民党提示案不能变动，谈判遂成僵局。
国民党为隐瞒国共谈判的真相，把未达成协议的责任推到中共身上，于7月26日，由其中央宣传部部长梁寒操出面举行记者招待会，宣布“国共关系已有改进，并将继续改进”，“政府的观点和共产党的观点事实又无严重分歧”，“根本解决问题的障碍，是在于中共党人一方面宣称他们有意合作，但事实不然，他们所作的事情和他们的说话相反”，并宣称国民党中央“始终以最大诚恳，宽容与忍耐，谋谈判之成功”＇《解放日报》，1944年8月13日。＇，等等。为了澄清是非，8月12日，周恩来发表了《关于国共谈判问题答新华社记者问》，用事实逐条驳斥了梁寒操的种种谬论后严正指出：国共谈判迄今无结果，根本障碍在“国民党统治人士及其政府始终固执其一党统治与拖延实行三民主义的方针”。只有国民党“立即放弃一党独裁政治，立即放弃削弱与消灭异己的方针，立即实行民主政治，并从民主途径中，公平合理的解决国共关系，才能得到效果。”＇《解放日报》，1944年8月13日。＇
9月5日，三届三次国民参政会在重庆召开。中共代表林伯渠、董必武出席了这次会议。中共中央指示林伯渠，要他在作《关于国共谈判的报告》时，提出废除国民党一党专政和成立联合政府的主张，另一方面公布国共谈判的文件，使全国人民了解此次谈判的真相。9月15日，林伯渠在参政会上报告了国共谈判4个月来的经过，以及迄今还无结果的原因，提出了挽救危局，准备反攻的办法。他在报告的最后部分正式提出了中共的政治主张：“希望国民党立即结束一党统治的局面，由国民政府召集各党备派、各抗日部队、各地方政府、各人民团体代表，开国事会议，组织各抗日党派联合政府”。
他认为，只有这样，才能“一新天下耳目，振奋全国人心，鼓励前方士气，以加强全国团结，集中全国人才，集中全国力量，这样一定能够准备配合盟军反攻，将日寇打垮。”＇中央档�